More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0259 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0259  NusG antitermination factor  100 
 
 		 177 aa  360  4e-99  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0348  NusG antitermination factor  82.29 
 
 		 177 aa  300  8.000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.789152  normal  0.714428 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1704  transcription antitermination protein nusG  82.29 
 
 		 177 aa  300  8.000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.999252  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0334  NusG antitermination factor  82.29 
 
 		 177 aa  300  8.000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0344546  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2547  NusG antitermination factor  82.29 
 
 		 178 aa  300  1e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0560  transcription antitermination protein nusG  81.71 
 
 		 177 aa  294  4e-79  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0227  transcription antitermination protein nusG  80.57 
 
 		 177 aa  290  8e-78  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.355469  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0742  NusG antitermination factor  78.21 
 
 		 179 aa  289  2e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0172264 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1321  transcription antitermination protein NusG  59.43 
 
 		 176 aa  223  9e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.885271 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2724  NusG antitermination factor  58.86 
 
 		 176 aa  223  1e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0514206  normal  0.451833 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4442  transcription antitermination protein NusG  56.9 
 
 		 185 aa  218  3e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3693  transcription antitermination protein NusG  58.86 
 
 		 176 aa  218  3.9999999999999997e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1807  transcription antitermination protein nusG  55.93 
 
 		 177 aa  217  6e-56  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.379623  normal  0.264433 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3359  NusG antitermination factor  58.29 
 
 		 176 aa  217  7.999999999999999e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.16997 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3473  transcription antitermination protein NusG  57.71 
 
 		 176 aa  216  1e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.106397  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2700  transcription antitermination protein NusG  56.57 
 
 		 176 aa  216  2e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1319  transcription antitermination protein NusG  57.71 
 
 		 176 aa  216  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.20753  normal  0.259679 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1417  transcription antitermination protein NusG  57.71 
 
 		 176 aa  215  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.311768 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2276  transcription antitermination protein NusG  57.71 
 
 		 176 aa  215  2.9999999999999998e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.136705  normal  0.759568 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5088  transcription antitermination protein NusG  57.8 
 
 		 185 aa  215  2.9999999999999998e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.120932  normal  0.503676 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3202  transcription antitermination protein NusG  57.71 
 
 		 176 aa  214  4e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1025  transcription antitermination protein NusG  56.57 
 
 		 176 aa  214  8e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1526  transcription antitermination protein NusG  56.82 
 
 		 176 aa  213  8e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1345  transcription antitermination protein NusG  56.57 
 
 		 176 aa  212  1.9999999999999998e-54  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3863  NusG antitermination factor  56 
 
 		 176 aa  211  3.9999999999999995e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0971314 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0973  transcription antitermination protein NusG  56.57 
 
 		 176 aa  211  3.9999999999999995e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00943054 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1818  transcription antitermination protein NusG  56.82 
 
 		 176 aa  211  5.999999999999999e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1894  NusG antitermination factor  56.82 
 
 		 177 aa  207  4e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0214948  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0367  NusG antitermination factor  56.82 
 
 		 177 aa  208  4e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.527388  normal  0.813654 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1342  NusG antitermination factor  54.29 
 
 		 176 aa  207  5e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.204626  normal  0.0694294 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0835  transcription antitermination protein nusG  54.29 
 
 		 176 aa  206  2e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000261776  normal  0.0934709 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3845  NusG antitermination factor  55.93 
 
 		 177 aa  206  2e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.64843 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4366  NusG antitermination factor  55.68 
 
 		 177 aa  204  4e-52  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3997  transcription termination/antitermination factor NusG  55.68 
 
 		 177 aa  204  4e-52  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.183871  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4478  NusG antitermination factor  55.68 
 
 		 177 aa  204  4e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1249  transcription antitermination protein NusG  55.43 
 
 		 175 aa  202  2e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.330166  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1210  transcription antitermination protein NusG  55.43 
 
 		 175 aa  202  2e-51  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0566  transcription antitermination protein NusG  55.43 
 
 		 176 aa  202  2e-51  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000268519  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1942  transcription antitermination protein NusG  54.86 
 
 		 175 aa  199  1.9999999999999998e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.321032  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1824  transcription antitermination protein NusG  56.07 
 
 		 174 aa  197  7.999999999999999e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0446524  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0446  transcription antitermination protein nusG  52.84 
 
 		 177 aa  194  4.0000000000000005e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.144554  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0870  NusG antitermination factor  52.54 
 
 		 177 aa  193  8.000000000000001e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0485  NusG antitermination factor  51.98 
 
 		 177 aa  190  9e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00514524  hitchhiker  0.00000162097 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0314  transcription termination/antitermination factor NusG  51.98 
 
 		 177 aa  190  9e-48  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.655686  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2725  transcription antitermination protein NusG  53.45 
 
 		 182 aa  189  1e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000195897  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002168  transcription antitermination protein NusG  52.3 
 
 		 182 aa  187  9e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000118825  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0668  NusG antitermination factor  48.57 
 
 		 175 aa  185  2e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.652128  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00230  transcription antitermination protein NusG  51.72 
 
 		 182 aa  184  5e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0283  NusG antitermination factor  49.72 
 
 		 177 aa  184  7e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000912407  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2991  transcription antitermination protein nusG  51.16 
 
 		 184 aa  183  9e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0614  transcription antitermination protein nusG  48.57 
 
 		 175 aa  183  1.0000000000000001e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000451246 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2181  NusG antitermination factor  48.59 
 
 		 177 aa  183  1.0000000000000001e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3657  transcription antitermination protein NusG  50.29 
 
 		 185 aa  182  1.0000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00011215  hitchhiker  0.000000822613 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0301  transcription antitermination protein NusG  50.29 
 
 		 185 aa  182  1.0000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00942193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0444  NusG antitermination factor  51.16 
 
 		 183 aa  182  1.0000000000000001e-45  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2871  transcription antitermination protein NusG  50.57 
 
 		 181 aa  182  2.0000000000000003e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000236415  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2853  transcription antitermination protein NusG  50.29 
 
 		 185 aa  182  2.0000000000000003e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0969707  normal  0.420997 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1056  NusG antitermination factor  49.14 
 
 		 175 aa  182  2.0000000000000003e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.654649  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0409  transcription antitermination protein NusG  51.98 
 
 		 177 aa  181  3e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00119754  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0146  NusG antitermination factor  49.71 
 
 		 180 aa  182  3e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000173451  normal  0.0355944 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3736  transcription antitermination protein NusG  50.57 
 
 		 181 aa  181  4.0000000000000006e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.192921  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3890  transcription antitermination protein NusG  50.57 
 
 		 181 aa  181  4.0000000000000006e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0134744  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3350  transcription antitermination protein NusG  48.59 
 
 		 177 aa  181  5.0000000000000004e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.309973  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2646  transcription antitermination protein NusG  49.14 
 
 		 185 aa  181  6e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00341422  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1909  transcription antitermination protein NusG  49.14 
 
 		 185 aa  181  6e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.000000000847824  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3183  transcription antitermination protein NusG  49.14 
 
 		 185 aa  181  6e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000738018  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3464  transcription antitermination protein NusG  49.14 
 
 		 185 aa  181  6e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00605291  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3759  transcription antitermination protein NusG  49.14 
 
 		 185 aa  180  7e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000163041  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3791  transcription antitermination protein NusG  49.14 
 
 		 185 aa  180  7e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000837051  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3081  transcription antitermination protein NusG  49.14 
 
 		 185 aa  180  7e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0106863  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3821  transcription antitermination protein NusG  49.14 
 
 		 185 aa  180  7e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0635584  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2868  transcription antitermination protein NusG  48.57 
 
 		 175 aa  180  8.000000000000001e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.157482  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0707  transcription antitermination protein NusG  52.27 
 
 		 177 aa  180  8.000000000000001e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0627927  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0314  transcription antitermination protein NusG  48.57 
 
 		 185 aa  180  9.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00007649  normal  0.212857 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3434  transcription antitermination protein NusG  48.57 
 
 		 185 aa  180  9.000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00962421  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2772  transcription antitermination protein NusG  48.57 
 
 		 185 aa  180  9.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.268118  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0263  transcription antitermination protein NusG  48.57 
 
 		 185 aa  180  9.000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00191516  normal  0.632034 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0236  transcription antitermination protein NusG  48.57 
 
 		 185 aa  180  9.000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.176958  normal  0.0127315 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0254  transcription antitermination protein NusG  48.57 
 
 		 185 aa  180  9.000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0345322  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0335  transcription antitermination protein NusG  48.57 
 
 		 185 aa  180  9.000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00697763  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03858  transcription antitermination protein NusG  50.29 
 
 		 181 aa  180  1e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00000783565  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4013  NusG antitermination factor  50.29 
 
 		 181 aa  180  1e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000017638  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4430  transcription antitermination protein NusG  50.29 
 
 		 181 aa  180  1e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000852563  hitchhiker  0.00000586315 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4470  transcription antitermination protein NusG  50.29 
 
 		 181 aa  180  1e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000671893  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4702  NusG antitermination factor  49.14 
 
 		 183 aa  179  1e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000069225  hitchhiker  0.0000042395 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3339  transcription antitermination protein NusG  49.43 
 
 		 193 aa  179  1e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03811  hypothetical protein  50.29 
 
 		 181 aa  180  1e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00000794784  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4521  transcription antitermination protein NusG  50.29 
 
 		 181 aa  180  1e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000238759  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1450  NusG antitermination factor  50 
 
 		 184 aa  180  1e-44  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5447  transcription antitermination protein NusG  50.29 
 
 		 181 aa  180  1e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000061444  hitchhiker  0.00794731 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4043  transcription antitermination protein NusG  50.29 
 
 		 181 aa  180  1e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000183625  hitchhiker  0.00769513 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4215  transcription antitermination protein NusG  50.29 
 
 		 181 aa  180  1e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.3776099999999998e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3039  transcription antitermination protein NusG  49.43 
 
 		 194 aa  179  2e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0831127 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0307  transcription antitermination protein NusG  47.46 
 
 		 177 aa  179  2e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000168566  normal  0.0486415 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0754  transcription antitermination protein NusG  48.02 
 
 		 177 aa  179  2e-44  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0919  transcription antitermination protein nusG  50.57 
 
 		 177 aa  179  2e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000542135  hitchhiker  0.00000170909 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0697  NusG antitermination factor  45.71 
 
 		 176 aa  179  2e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00804947  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2336  NusG antitermination factor  49.15 
 
 		 177 aa  179  2e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.045954  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2805  transcription antitermination protein NusG  50 
 
 		 181 aa  178  2.9999999999999997e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000375303  normal  0.085047 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3451  NusG antitermination factor  48.86 
 
 		 183 aa  178  2.9999999999999997e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0281776  normal  0.0124295 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>