More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gura_1056 on replicon NC_009483
Organism: Geobacter uraniireducens Rf4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009483  Gura_1056  NusG antitermination factor  100 
 
 
175 aa  354  2.9999999999999997e-97  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.654649  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0614  transcription antitermination protein nusG  94.86 
 
 
175 aa  335  9.999999999999999e-92  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000451246 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3340  NusG antitermination factor  92 
 
 
175 aa  333  1e-90  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0014891 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0921  NusG antitermination factor  92 
 
 
175 aa  333  1e-90  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2868  transcription antitermination protein NusG  93.71 
 
 
175 aa  332  2e-90  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.157482  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0668  NusG antitermination factor  85.71 
 
 
175 aa  308  2.9999999999999997e-83  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.652128  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1334  NusG antitermination factor  83.33 
 
 
175 aa  301  2.0000000000000002e-81  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0792615  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0689  transcription termination/antitermination factor NusG  77.14 
 
 
177 aa  276  1e-73  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  4.8031099999999993e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1587  transcription antitermination protein nusG  67.42 
 
 
179 aa  240  7.999999999999999e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2364  NusG antitermination factor  67.42 
 
 
179 aa  239  1e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0318836  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2276  NusG antitermination factor  67.42 
 
 
179 aa  239  1e-62  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2226  NusG antitermination factor  66.29 
 
 
179 aa  237  5e-62  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0470266 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0446  transcription antitermination protein nusG  65.91 
 
 
177 aa  237  5.999999999999999e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.144554  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2336  NusG antitermination factor  64.77 
 
 
177 aa  235  2e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.045954  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0870  NusG antitermination factor  64.2 
 
 
177 aa  234  5.0000000000000005e-61  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0697  NusG antitermination factor  65.14 
 
 
176 aa  231  4.0000000000000004e-60  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00804947  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0307  transcription antitermination protein NusG  63.07 
 
 
177 aa  226  1e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000168566  normal  0.0486415 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2181  NusG antitermination factor  61.36 
 
 
177 aa  222  2e-57  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0754  transcription antitermination protein NusG  61.93 
 
 
177 aa  222  2e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1544  NusG antitermination factor  60.57 
 
 
180 aa  222  2e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.52343  normal  0.525349 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3350  transcription antitermination protein NusG  59.09 
 
 
177 aa  221  4e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.309973  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2853  transcription antitermination protein NusG  62.43 
 
 
185 aa  219  9.999999999999999e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0969707  normal  0.420997 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3339  transcription antitermination protein NusG  63.01 
 
 
193 aa  219  9.999999999999999e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3194  transcription antitermination protein NusG  63.01 
 
 
193 aa  219  1.9999999999999999e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.178337  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1909  transcription antitermination protein NusG  61.85 
 
 
185 aa  218  3e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.000000000847824  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2646  transcription antitermination protein NusG  61.85 
 
 
185 aa  218  3e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00341422  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3791  transcription antitermination protein NusG  61.85 
 
 
185 aa  218  3e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000837051  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3183  transcription antitermination protein NusG  61.85 
 
 
185 aa  218  3e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000738018  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3081  transcription antitermination protein NusG  61.85 
 
 
185 aa  218  3e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0106863  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3657  transcription antitermination protein NusG  61.85 
 
 
185 aa  218  3e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00011215  hitchhiker  0.000000822613 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0301  transcription antitermination protein NusG  61.85 
 
 
185 aa  218  3e-56  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00942193  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3821  transcription antitermination protein NusG  61.85 
 
 
185 aa  218  3e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0635584  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3464  transcription antitermination protein NusG  61.85 
 
 
185 aa  218  3e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00605291  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3759  transcription antitermination protein NusG  61.85 
 
 
185 aa  218  3e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000163041  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0283  NusG antitermination factor  59.09 
 
 
177 aa  218  3.9999999999999997e-56  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000912407  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3434  transcription antitermination protein NusG  61.27 
 
 
185 aa  217  6e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00962421  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0314  transcription antitermination protein NusG  61.27 
 
 
185 aa  217  6e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00007649  normal  0.212857 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2772  transcription antitermination protein NusG  61.27 
 
 
185 aa  217  6e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.268118  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0263  transcription antitermination protein NusG  61.27 
 
 
185 aa  217  6e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00191516  normal  0.632034 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0236  transcription antitermination protein NusG  61.27 
 
 
185 aa  217  6e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.176958  normal  0.0127315 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0254  transcription antitermination protein NusG  61.27 
 
 
185 aa  217  6e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0345322  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0335  transcription antitermination protein NusG  61.27 
 
 
185 aa  217  6e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00697763  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0835  transcription antitermination protein nusG  59.43 
 
 
176 aa  215  2e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000261776  normal  0.0934709 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3872  NusG antitermination factor  61.85 
 
 
188 aa  215  2.9999999999999998e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3039  transcription antitermination protein NusG  62.43 
 
 
194 aa  214  5e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0831127 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4020  NusG antitermination factor  56.73 
 
 
189 aa  214  7e-55  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.579663  normal  0.523412 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3597  NusG antitermination factor  60.69 
 
 
202 aa  214  7e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.259347  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0442  transcription antitermination protein NusG  58.52 
 
 
177 aa  213  8e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.122371  unclonable  0.000000284446 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0475  transcription antitermination protein NusG  58.52 
 
 
177 aa  213  8e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000120697  normal  0.0264815 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0472  transcription antitermination protein NusG  58.52 
 
 
177 aa  213  8e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.030114  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0409  transcription antitermination protein NusG  58.52 
 
 
177 aa  213  8e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00119754  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3921  transcription antitermination protein NusG  57.39 
 
 
177 aa  213  9e-55  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.326446  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4761  transcription antitermination protein NusG  58.52 
 
 
177 aa  213  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00000265262  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5091  transcription antitermination protein NusG  58.52 
 
 
177 aa  213  9.999999999999999e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000183077  normal  0.524031 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0707  transcription antitermination protein NusG  59.09 
 
 
177 aa  213  9.999999999999999e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0627927  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0825  transcription antitermination protein NusG  57.95 
 
 
177 aa  212  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00247224  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08710  transcription antitermination protein NusG  57.95 
 
 
177 aa  212  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000110912  hitchhiker  0.00206249 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0614  transcription antitermination protein NusG  57.39 
 
 
177 aa  211  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.332962  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4560  transcription antitermination protein NusG  57.39 
 
 
177 aa  211  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000238123  normal  0.475852 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0314  transcription termination/antitermination factor NusG  59.09 
 
 
177 aa  211  3.9999999999999995e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.655686  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4447  transcription antitermination protein nusG  59.54 
 
 
199 aa  211  3.9999999999999995e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0158403  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0485  NusG antitermination factor  59.09 
 
 
177 aa  211  3.9999999999999995e-54  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00514524  hitchhiker  0.00000162097 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0393  transcription antitermination protein nusG  58.38 
 
 
187 aa  211  4.9999999999999996e-54  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00772348 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1061  transcription antitermination protein NusG  58.52 
 
 
177 aa  211  5.999999999999999e-54  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0756818  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3456  transcription antitermination protein NusG  59.54 
 
 
192 aa  211  5.999999999999999e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.147926  normal  0.436073 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1321  transcription antitermination protein NusG  54.86 
 
 
176 aa  209  2e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.885271 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3645  NusG antitermination factor  58.38 
 
 
198 aa  209  2e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.56368 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2972  transcription antitermination protein NusG  59.54 
 
 
194 aa  207  4e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.65694 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3319  transcription antitermination protein NusG  59.54 
 
 
194 aa  207  4e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.243679  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0919  transcription antitermination protein nusG  56.25 
 
 
177 aa  207  7e-53  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000542135  hitchhiker  0.00000170909 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0583  NusG antitermination factor  59.54 
 
 
203 aa  207  8e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4536  transcription antitermination protein nusG  57.23 
 
 
197 aa  207  8e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.151972  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0041  NusG antitermination factor  57.8 
 
 
190 aa  206  1e-52  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000273158  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0037  NusG antitermination factor  58.38 
 
 
190 aa  205  2e-52  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00000759472  hitchhiker  0.0000000000226007 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2336  transcription antitermination protein NusG  58.19 
 
 
177 aa  206  2e-52  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000349971  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0744  transcription antitermination protein NusG  56.04 
 
 
186 aa  206  2e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000594191  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2700  transcription antitermination protein NusG  54.29 
 
 
176 aa  205  3e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3251  NusG antitermination factor  56.65 
 
 
196 aa  204  4e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4442  transcription antitermination protein NusG  57.23 
 
 
185 aa  204  4e-52  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3902  transcription antitermination protein nusG  56.65 
 
 
196 aa  204  5e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04536  transcription antitermination protein NusG  54.95 
 
 
185 aa  204  5e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.408108  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2201  transcription antitermination protein NusG  53.85 
 
 
185 aa  203  1e-51  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000256386  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2724  NusG antitermination factor  55.43 
 
 
176 aa  202  2e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0514206  normal  0.451833 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3359  NusG antitermination factor  54.29 
 
 
176 aa  201  4e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.16997 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2112  transcription antitermination protein NusG  53.3 
 
 
185 aa  201  4e-51  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00000000834658  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0505  NusG antitermination factor  57.8 
 
 
194 aa  201  4e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4288  NusG antitermination factor  54.55 
 
 
177 aa  201  5e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000127222  hitchhiker  0.00000238714 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2725  transcription antitermination protein NusG  55.49 
 
 
182 aa  200  9e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000195897  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2259  NusG antitermination factor  56.07 
 
 
212 aa  199  9.999999999999999e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.610472  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3890  transcription antitermination protein NusG  55.49 
 
 
181 aa  199  1.9999999999999998e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0134744  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3202  transcription antitermination protein NusG  53.71 
 
 
176 aa  199  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3736  transcription antitermination protein NusG  55.49 
 
 
181 aa  199  1.9999999999999998e-50  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.192921  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0367  NusG antitermination factor  53.41 
 
 
177 aa  198  3e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.527388  normal  0.813654 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0192  transcription antitermination protein NusG  55.49 
 
 
181 aa  198  3e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000000156554  normal  0.240176 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4681  transcription antitermination protein nusG  56.4 
 
 
199 aa  198  3e-50  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.000131174  hitchhiker  0.00867825 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0444  NusG antitermination factor  56.98 
 
 
183 aa  197  5e-50  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1345  transcription antitermination protein NusG  54.29 
 
 
176 aa  196  9e-50  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5447  transcription antitermination protein NusG  54.91 
 
 
181 aa  196  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000061444  hitchhiker  0.00794731 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3693  transcription antitermination protein NusG  53.14 
 
 
176 aa  196  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4470  transcription antitermination protein NusG  54.91 
 
 
181 aa  196  1.0000000000000001e-49  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000671893  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>