More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_6556 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_6556  NusG antitermination factor  100 
 
 		 218 aa  409  1e-113  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0171458  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5952  NusG antitermination factor  72.92 
 
 		 225 aa  236  2e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0103264 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6990  NusG antitermination factor  38.73 
 
 		 254 aa  108  6e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6268  NusG antitermination factor  41.76 
 
 		 255 aa  106  3e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5072  NusG antitermination factor  34.3 
 
 		 230 aa  82.4  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.27919  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4274  NusG antitermination factor  37.79 
 
 		 230 aa  82  0.000000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1894  NusG antitermination factor  45.21 
 
 		 177 aa  70.9  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0214948  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0994  transcription antitermination protein NusG  27.17 
 
 		 177 aa  69.3  0.00000000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000169889  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_866  transcription antiterminator  27.17 
 
 		 177 aa  69.3  0.00000000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00385803  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0367  NusG antitermination factor  45.21 
 
 		 177 aa  69.3  0.00000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.527388  normal  0.813654 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0885  transcription antitermination protein nusG  27.17 
 
 		 177 aa  69.7  0.00000000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0219053  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1342  NusG antitermination factor  43.21 
 
 		 176 aa  68.9  0.00000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.204626  normal  0.0694294 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1818  transcription antitermination protein NusG  36.45 
 
 		 176 aa  68.9  0.00000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3863  NusG antitermination factor  43.21 
 
 		 176 aa  68.6  0.00000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0971314 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1046  NusG antitermination factor  52.31 
 
 		 189 aa  67.4  0.0000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  decreased coverage  0.000000149181  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4321  NusG antitermination factor  27.32 
 
 		 194 aa  67.8  0.0000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0895327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3325  NusG antitermination factor  28.49 
 
 		 194 aa  67  0.0000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0701558  normal  0.115804 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4442  transcription antitermination protein NusG  47.14 
 
 		 185 aa  66.2  0.0000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2364  NusG antitermination factor  42.5 
 
 		 179 aa  66.2  0.0000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0318836  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2276  NusG antitermination factor  42.5 
 
 		 179 aa  66.2  0.0000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5088  transcription antitermination protein NusG  27.17 
 
 		 185 aa  65.9  0.0000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.120932  normal  0.503676 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1587  transcription antitermination protein nusG  45.71 
 
 		 179 aa  65.9  0.0000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4288  NusG antitermination factor  45.21 
 
 		 177 aa  65.9  0.0000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000127222  hitchhiker  0.00000238714 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2725  NusG antitermination factor  29.05 
 
 		 181 aa  65.9  0.0000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0672465  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1417  transcription antitermination protein NusG  35.51 
 
 		 176 aa  65.5  0.0000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.311768 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6676  hypothetical protein  34.52 
 
 		 171 aa  65.5  0.0000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.26464  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1319  transcription antitermination protein NusG  35.51 
 
 		 176 aa  65.1  0.0000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.20753  normal  0.259679 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3451  NusG antitermination factor  55.56 
 
 		 183 aa  65.5  0.0000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0281776  normal  0.0124295 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0446  transcription antitermination protein nusG  43.84 
 
 		 177 aa  65.1  0.0000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.144554  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0973  transcription antitermination protein NusG  35.51 
 
 		 176 aa  65.1  0.0000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00943054 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3736  transcription antitermination protein NusG  30.56 
 
 		 181 aa  64.3  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.192921  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1477  NusG antitermination factor  27.07 
 
 		 187 aa  64.3  0.000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0560518  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3890  transcription antitermination protein NusG  30.56 
 
 		 181 aa  64.3  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0134744  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2724  NusG antitermination factor  40.74 
 
 		 176 aa  64.3  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0514206  normal  0.451833 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1210  transcription antitermination protein NusG  38.27 
 
 		 175 aa  63.9  0.000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1249  transcription antitermination protein NusG  38.27 
 
 		 175 aa  63.9  0.000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.330166  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3693  transcription antitermination protein NusG  49.12 
 
 		 176 aa  63.9  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1942  transcription antitermination protein NusG  38.27 
 
 		 175 aa  63.5  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.321032  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1345  transcription antitermination protein NusG  50.88 
 
 		 176 aa  63.9  0.000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2276  transcription antitermination protein NusG  49.12 
 
 		 176 aa  63.9  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.136705  normal  0.759568 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3473  transcription antitermination protein NusG  49.12 
 
 		 176 aa  63.5  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.106397  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1526  transcription antitermination protein NusG  49.12 
 
 		 176 aa  63.5  0.000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2871  transcription antitermination protein NusG  52.73 
 
 		 181 aa  63.9  0.000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000236415  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00690  transcription termination/antitermination factor NusG  41.98 
 
 		 183 aa  63.5  0.000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.0000164845  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3845  NusG antitermination factor  42.47 
 
 		 177 aa  63.5  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.64843 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2226  NusG antitermination factor  41.25 
 
 		 179 aa  63.2  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0470266 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4366  NusG antitermination factor  42.47 
 
 		 177 aa  63.5  0.000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4020  NusG antitermination factor  50.91 
 
 		 189 aa  63.2  0.000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.579663  normal  0.523412 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3997  transcription termination/antitermination factor NusG  42.47 
 
 		 177 aa  63.5  0.000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.183871  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1444  NusG antitermination factor  50.94 
 
 		 178 aa  63.2  0.000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4478  NusG antitermination factor  42.47 
 
 		 177 aa  63.5  0.000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2181  NusG antitermination factor  42.47 
 
 		 177 aa  62.8  0.000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0146  NusG antitermination factor  43.84 
 
 		 180 aa  62.4  0.000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000173451  normal  0.0355944 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3359  NusG antitermination factor  50 
 
 		 176 aa  62.8  0.000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.16997 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2805  transcription antitermination protein NusG  28.89 
 
 		 181 aa  62.4  0.000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000375303  normal  0.085047 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3202  transcription antitermination protein NusG  48.21 
 
 		 176 aa  62.4  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0334  transcription antitermination protein NusG  28.89 
 
 		 181 aa  62.4  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000111742  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2347  NusG antitermination factor  27.43 
 
 		 203 aa  62.4  0.000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00861255  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3865  transcription antitermination protein NusG  28.89 
 
 		 181 aa  62.4  0.000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  8.284e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0322  transcription termination/antitermination factor NusG  46.88 
 
 		 173 aa  62  0.000000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00302903  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1867  transcription antitermination protein  46.88 
 
 		 188 aa  62  0.000000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0000420515  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0835  transcription antitermination protein nusG  50.94 
 
 		 176 aa  62.4  0.000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000261776  normal  0.0934709 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03858  transcription antitermination protein NusG  51.85 
 
 		 181 aa  62  0.000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00000783565  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4013  NusG antitermination factor  51.85 
 
 		 181 aa  62  0.000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000017638  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4477  transcription antitermination protein NusG  51.85 
 
 		 181 aa  62  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00122338  hitchhiker  0.00131185 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03811  hypothetical protein  51.85 
 
 		 181 aa  62  0.000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00000794784  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4521  transcription antitermination protein NusG  51.85 
 
 		 181 aa  62  0.000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000238759  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4430  transcription antitermination protein NusG  51.85 
 
 		 181 aa  62  0.000000007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000852563  hitchhiker  0.00000586315 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4215  transcription antitermination protein NusG  51.85 
 
 		 181 aa  62  0.000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.3776099999999998e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4470  transcription antitermination protein NusG  51.85 
 
 		 181 aa  62  0.000000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000671893  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0560  transcription antitermination protein nusG  36.49 
 
 		 177 aa  62  0.000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4390  transcription antitermination protein NusG  51.85 
 
 		 181 aa  62  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000826486  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4043  transcription antitermination protein NusG  51.85 
 
 		 181 aa  62  0.000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000183625  hitchhiker  0.00769513 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4480  transcription antitermination protein NusG  51.85 
 
 		 181 aa  62  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0050057  decreased coverage  0.0000000000000047886 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5447  transcription antitermination protein NusG  51.85 
 
 		 181 aa  62  0.000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000061444  hitchhiker  0.00794731 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4358  transcription antitermination protein NusG  51.85 
 
 		 181 aa  62  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00203543  normal  0.568115 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4554  transcription antitermination protein NusG  51.85 
 
 		 181 aa  62  0.000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0154777  hitchhiker  0.000000000000240769 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4329  NusG antitermination factor  50.91 
 
 		 183 aa  61.6  0.000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000065431  hitchhiker  0.00000000191931 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4702  NusG antitermination factor  50.91 
 
 		 183 aa  61.6  0.000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000069225  hitchhiker  0.0000042395 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1321  transcription antitermination protein NusG  37.04 
 
 		 176 aa  61.6  0.000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.885271 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0697  NusG antitermination factor  50.94 
 
 		 176 aa  61.6  0.00000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00804947  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0205  transcription antitermination protein NusG  30 
 
 		 181 aa  61.2  0.00000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000145742  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0272  transcription antitermination protein NusG  28.89 
 
 		 181 aa  61.2  0.00000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000325159  normal  0.0243514 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2336  transcription antitermination protein NusG  46.15 
 
 		 177 aa  60.8  0.00000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000349971  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2562  transcription antitermination protein nusG  49.06 
 
 		 179 aa  61.2  0.00000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0500837 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0090  transcription antitermination protein NusG  46.03 
 
 		 177 aa  60.8  0.00000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000996375  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0192  transcription antitermination protein NusG  30.56 
 
 		 181 aa  60.8  0.00000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000000156554  normal  0.240176 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0593  NusG antitermination factor  42.47 
 
 		 190 aa  61.2  0.00000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.0000418183  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0172  NusG antitermination factor  42.47 
 
 		 183 aa  61.2  0.00000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000325102  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0200  transcription antitermination protein NusG  30 
 
 		 181 aa  61.2  0.00000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00968308  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0187  transcription antitermination protein nusG  42.47 
 
 		 183 aa  61.2  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000254051  normal  0.0190585 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0668  NusG antitermination factor  48.21 
 
 		 175 aa  60.8  0.00000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.652128  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4536  transcription antitermination protein nusG  26.9 
 
 		 197 aa  60.8  0.00000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.151972  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2259  NusG antitermination factor  31.54 
 
 		 212 aa  60.8  0.00000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.610472  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0219  transcription antitermination protein NusG  42.47 
 
 		 183 aa  60.1  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0096  transcription antitermination protein NusG  32.03 
 
 		 177 aa  60.5  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000000132326  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0116  transcription antitermination protein NusG  32.03 
 
 		 177 aa  60.5  0.00000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000109294  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3319  transcription antitermination protein NusG  38.27 
 
 		 194 aa  60.1  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.243679  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04536  transcription antitermination protein NusG  43.84 
 
 		 185 aa  60.1  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.408108  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0497  transcription termination/antitermination factor NusG  50 
 
 		 181 aa  60.5  0.00000002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>