More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_4329 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_4329  NusG antitermination factor  100 
 
 
183 aa  376  1e-103  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000065431  hitchhiker  0.00000000191931 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4702  NusG antitermination factor  95.08 
 
 
183 aa  360  5.0000000000000005e-99  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000069225  hitchhiker  0.0000042395 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0172  NusG antitermination factor  93.44 
 
 
183 aa  354  2.9999999999999997e-97  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000325102  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0136  NusG antitermination factor  91.26 
 
 
183 aa  353  6.999999999999999e-97  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000274411  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0146  NusG antitermination factor  93.85 
 
 
180 aa  350  8.999999999999999e-96  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000173451  normal  0.0355944 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0158  transcription termination/antitermination factor NusG  90.71 
 
 
183 aa  347  7e-95  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000171251  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0201  transcription antitermination protein NusG  88.52 
 
 
183 aa  341  4e-93  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000538288  hitchhiker  0.00010102 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3771  NusG antitermination factor  88.46 
 
 
183 aa  340  5e-93  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000919  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0219  transcription antitermination protein NusG  87.91 
 
 
183 aa  339  1e-92  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0187  transcription antitermination protein nusG  87.91 
 
 
183 aa  339  1e-92  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000177465  hitchhiker  0.00840518 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0182  transcription antitermination protein nusG  87.91 
 
 
183 aa  339  1e-92  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000371558  normal  0.0116836 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0187  transcription antitermination protein nusG  87.91 
 
 
183 aa  339  1e-92  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000254051  normal  0.0190585 
 
 
-
 
NC_009037  Sbal_4470  NusG antitermination factor  87.36 
 
 
183 aa  337  4e-92  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0188  NusG antitermination factor  87.36 
 
 
183 aa  337  4e-92  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000173496  hitchhiker  0.000578467 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0184  NusG antitermination factor  87.36 
 
 
183 aa  337  4e-92  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000410017  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4068  NusG antitermination factor  87.36 
 
 
183 aa  337  4e-92  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000120393  hitchhiker  0.00918489 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2725  transcription antitermination protein NusG  80.22 
 
 
182 aa  303  8.000000000000001e-82  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000195897  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00230  transcription antitermination protein NusG  79.67 
 
 
182 aa  302  2.0000000000000002e-81  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00690  transcription termination/antitermination factor NusG  78.02 
 
 
183 aa  302  2.0000000000000002e-81  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.0000164845  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2871  transcription antitermination protein NusG  78.69 
 
 
181 aa  302  2.0000000000000002e-81  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000236415  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002168  transcription antitermination protein NusG  79.67 
 
 
182 aa  301  3.0000000000000004e-81  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000118825  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0593  NusG antitermination factor  76.19 
 
 
190 aa  299  2e-80  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.0000418183  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0272  transcription antitermination protein NusG  75.27 
 
 
181 aa  293  1e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000325159  normal  0.0243514 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03858  transcription antitermination protein NusG  74.86 
 
 
181 aa  291  3e-78  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00000783565  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4013  NusG antitermination factor  74.86 
 
 
181 aa  291  3e-78  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000017638  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4480  transcription antitermination protein NusG  74.86 
 
 
181 aa  291  3e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0050057  decreased coverage  0.0000000000000047886 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4390  transcription antitermination protein NusG  74.86 
 
 
181 aa  291  3e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000826486  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4521  transcription antitermination protein NusG  74.86 
 
 
181 aa  291  3e-78  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000238759  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4043  transcription antitermination protein NusG  74.86 
 
 
181 aa  291  3e-78  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000183625  hitchhiker  0.00769513 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03811  hypothetical protein  74.86 
 
 
181 aa  291  3e-78  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00000794784  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4430  transcription antitermination protein NusG  74.86 
 
 
181 aa  291  3e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000852563  hitchhiker  0.00000586315 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5447  transcription antitermination protein NusG  74.86 
 
 
181 aa  291  3e-78  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000061444  hitchhiker  0.00794731 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4358  transcription antitermination protein NusG  74.86 
 
 
181 aa  291  3e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00203543  normal  0.568115 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4477  transcription antitermination protein NusG  74.86 
 
 
181 aa  291  3e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00122338  hitchhiker  0.00131185 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4470  transcription antitermination protein NusG  74.86 
 
 
181 aa  291  3e-78  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000671893  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4215  transcription antitermination protein NusG  74.86 
 
 
181 aa  291  3e-78  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.3776099999999998e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4554  transcription antitermination protein NusG  74.86 
 
 
181 aa  291  3e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0154777  hitchhiker  0.000000000000240769 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0334  transcription antitermination protein NusG  74.73 
 
 
181 aa  291  5e-78  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000111742  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3865  transcription antitermination protein NusG  74.73 
 
 
181 aa  291  5e-78  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  8.284e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2805  transcription antitermination protein NusG  74.73 
 
 
181 aa  291  5e-78  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000375303  normal  0.085047 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3890  transcription antitermination protein NusG  74.73 
 
 
181 aa  290  7e-78  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0134744  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3736  transcription antitermination protein NusG  74.73 
 
 
181 aa  290  7e-78  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.192921  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0205  transcription antitermination protein NusG  74.32 
 
 
181 aa  289  1e-77  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000145742  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0200  transcription antitermination protein NusG  74.32 
 
 
181 aa  289  1e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00968308  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4777  transcription termination/antitermination factor NusG  77.27 
 
 
195 aa  288  3e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.113479  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0192  transcription antitermination protein NusG  73.22 
 
 
181 aa  287  5.0000000000000004e-77  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000000156554  normal  0.240176 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3451  NusG antitermination factor  76 
 
 
183 aa  283  1.0000000000000001e-75  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0281776  normal  0.0124295 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0193  transcription antitermination protein NusG  72.68 
 
 
184 aa  282  2.0000000000000002e-75  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00000930263  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0497  transcription termination/antitermination factor NusG  71.02 
 
 
181 aa  273  8e-73  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2181  NusG antitermination factor  71.84 
 
 
177 aa  270  9e-72  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0614  transcription antitermination protein NusG  70.86 
 
 
177 aa  270  1e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.332962  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4560  transcription antitermination protein NusG  70.86 
 
 
177 aa  270  1e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000238123  normal  0.475852 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0707  transcription antitermination protein NusG  69.71 
 
 
177 aa  266  8e-71  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0627927  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0475  transcription antitermination protein NusG  70.69 
 
 
177 aa  266  2e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000120697  normal  0.0264815 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0442  transcription antitermination protein NusG  70.69 
 
 
177 aa  266  2e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.122371  unclonable  0.000000284446 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1061  transcription antitermination protein NusG  68.97 
 
 
177 aa  266  2e-70  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0756818  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0825  transcription antitermination protein NusG  70.11 
 
 
177 aa  266  2e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00247224  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0472  transcription antitermination protein NusG  70.69 
 
 
177 aa  266  2e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.030114  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08710  transcription antitermination protein NusG  70.11 
 
 
177 aa  266  2e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000110912  hitchhiker  0.00206249 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0919  transcription antitermination protein nusG  67.24 
 
 
177 aa  265  2.9999999999999995e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000542135  hitchhiker  0.00000170909 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4761  transcription antitermination protein NusG  70.69 
 
 
177 aa  265  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00000265262  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5091  transcription antitermination protein NusG  69.54 
 
 
177 aa  263  8.999999999999999e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000183077  normal  0.524031 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0446  transcription antitermination protein nusG  70.29 
 
 
177 aa  263  1e-69  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.144554  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3921  transcription antitermination protein NusG  68 
 
 
177 aa  261  4.999999999999999e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.326446  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0870  NusG antitermination factor  68.97 
 
 
177 aa  259  1e-68  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0409  transcription antitermination protein NusG  67.43 
 
 
177 aa  257  7e-68  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00119754  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4288  NusG antitermination factor  66.86 
 
 
177 aa  257  8e-68  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000127222  hitchhiker  0.00000238714 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0283  NusG antitermination factor  67.43 
 
 
177 aa  256  1e-67  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000912407  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2336  NusG antitermination factor  67.24 
 
 
177 aa  254  7e-67  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.045954  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0744  transcription antitermination protein NusG  65.22 
 
 
186 aa  253  9e-67  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000594191  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04536  transcription antitermination protein NusG  64.67 
 
 
185 aa  249  1e-65  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.408108  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2336  transcription antitermination protein NusG  68.39 
 
 
177 aa  247  7e-65  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000349971  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06110  transcription termination/antitermination factor NusG  69.18 
 
 
159 aa  243  1.9999999999999999e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3350  transcription antitermination protein NusG  61.71 
 
 
177 aa  240  9e-63  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.309973  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0307  transcription antitermination protein NusG  61.71 
 
 
177 aa  237  5.999999999999999e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000168566  normal  0.0486415 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1867  transcription antitermination protein  62.3 
 
 
188 aa  236  2e-61  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0000420515  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0322  transcription termination/antitermination factor NusG  63.69 
 
 
173 aa  234  3e-61  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00302903  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2112  transcription antitermination protein NusG  59.24 
 
 
185 aa  235  3e-61  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00000000834658  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2201  transcription antitermination protein NusG  59.24 
 
 
185 aa  235  3e-61  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000256386  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0393  transcription antitermination protein nusG  60.75 
 
 
187 aa  234  4e-61  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00772348 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0236  transcription antitermination protein NusG  60.22 
 
 
185 aa  232  2.0000000000000002e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.176958  normal  0.0127315 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3039  transcription antitermination protein NusG  60.57 
 
 
194 aa  233  2.0000000000000002e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0831127 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3434  transcription antitermination protein NusG  60.22 
 
 
185 aa  232  2.0000000000000002e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00962421  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0267  transcription antitermination protein nusG  61.27 
 
 
179 aa  232  2.0000000000000002e-60  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00185967  hitchhiker  0.0014194 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2772  transcription antitermination protein NusG  60.22 
 
 
185 aa  232  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.268118  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0254  transcription antitermination protein NusG  60.22 
 
 
185 aa  232  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0345322  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0335  transcription antitermination protein NusG  60.22 
 
 
185 aa  232  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00697763  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0314  transcription antitermination protein NusG  60.22 
 
 
185 aa  232  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00007649  normal  0.212857 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0263  transcription antitermination protein NusG  60.22 
 
 
185 aa  232  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00191516  normal  0.632034 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0357  transcription antitermination protein NusG  62.3 
 
 
182 aa  231  3e-60  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3194  transcription antitermination protein NusG  58.56 
 
 
193 aa  231  3e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.178337  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0382  transcription antitermination protein NusG  62.84 
 
 
182 aa  231  4.0000000000000004e-60  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3657  transcription antitermination protein NusG  59.12 
 
 
185 aa  231  4.0000000000000004e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00011215  hitchhiker  0.000000822613 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0301  transcription antitermination protein NusG  59.12 
 
 
185 aa  231  4.0000000000000004e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00942193  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3183  transcription antitermination protein NusG  59.12 
 
 
185 aa  231  5e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000738018  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2646  transcription antitermination protein NusG  59.12 
 
 
185 aa  231  5e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00341422  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3464  transcription antitermination protein NusG  59.12 
 
 
185 aa  231  5e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00605291  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1909  transcription antitermination protein NusG  59.12 
 
 
185 aa  231  5e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.000000000847824  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3339  transcription antitermination protein NusG  58.33 
 
 
193 aa  231  6e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3791  transcription antitermination protein NusG  59.12 
 
 
185 aa  230  8.000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000837051  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>