156 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Paes_1511 on replicon NC_011059
Organism: Prosthecochloris aestuarii DSM 271



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011059  Paes_1511  NusG antitermination factor  100 
 
 		 172 aa  348  2e-95  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0965  NusG antitermination factor  74.7 
 
 		 169 aa  260  6.999999999999999e-69  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1589  NusG antitermination factor  67.68 
 
 		 184 aa  226  1e-58  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.262291  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0626  NusG antitermination factor  64.71 
 
 		 196 aa  217  7e-56  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000497813  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2594  transcription antitermination protein nusG  61.76 
 
 		 180 aa  206  2e-52  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000665583  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1665  NusG antitermination factor  62.13 
 
 		 170 aa  201  4e-51  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0149  NusG antitermination factor  62.11 
 
 		 197 aa  201  4e-51  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.114969  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3892  NGN domain protein  36.2 
 
 		 176 aa  103  2e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5198  NusG antitermination factor  32.28 
 
 		 170 aa  100  7e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.296838 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0887  transcription antitermination protein nusG  31.74 
 
 		 182 aa  89.4  2e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.769632  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6306  NusG antitermination factor  34.62 
 
 		 160 aa  84.7  5e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.343168 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0357  NusG antitermination factor  32.86 
 
 		 154 aa  84.7  6e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0546  NGN domain protein  33.33 
 
 		 168 aa  84  9e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00381555 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2360  NusG antitermination factor  39.33 
 
 		 185 aa  83.6  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00889306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2803  NusG antitermination factor  29.63 
 
 		 207 aa  81.6  0.000000000000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5306  NusG antitermination factor  32.26 
 
 		 174 aa  80.9  0.000000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.955236  normal  0.0968328 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1699  NusG antitermination factor  31.25 
 
 		 212 aa  80.5  0.00000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.341221 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3605  NusG antitermination factor  30.82 
 
 		 174 aa  79.7  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.358379  hitchhiker  0.000423635 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3498  transcription antitermination protein nusG  35.03 
 
 		 194 aa  77  0.0000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3638  NusG antitermination factor  29.45 
 
 		 180 aa  75.9  0.0000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3398  NusG antitermination factor  24.1 
 
 		 174 aa  72.8  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.191132  normal  0.539584 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01331  transcriptional activator RfaH  27.33 
 
 		 166 aa  71.2  0.000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2660  NusG antitermination factor  30 
 
 		 161 aa  69.7  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.192124  normal  0.041125 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3466  NusG antitermination factor  29.73 
 
 		 169 aa  67  0.0000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0826  transcriptional activator RfaH  25.64 
 
 		 165 aa  64.7  0.0000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2904  transcriptional acivator RfaH  28.75 
 
 		 168 aa  65.1  0.0000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00160957  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1469  transcriptional acivator RfaH  28.75 
 
 		 168 aa  65.1  0.0000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000410204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3036  transcriptional acivator RfaH  28.75 
 
 		 168 aa  65.1  0.0000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00758207  normal  0.29399 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004133  transcriptional activator RfaH  25.95 
 
 		 166 aa  63.9  0.000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2672  transcriptional activator RfaH  26.38 
 
 		 166 aa  62  0.000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000489964  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2894  transcriptional acivator RfaH  27.92 
 
 		 168 aa  62.4  0.000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000245267  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3134  NusG antitermination factor  29.93 
 
 		 182 aa  61.2  0.000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2812  transcription antitermination protein nusG  25.78 
 
 		 178 aa  59.7  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1374  transcription antitermination protein nusG  27.56 
 
 		 166 aa  60.1  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000814975  hitchhiker  0.00000420235 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2544  NusG antitermination factor  26.67 
 
 		 168 aa  59.3  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1650  transcriptional acivator RfaH  25.57 
 
 		 179 aa  58.5  0.00000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0204524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2265  NusG antitermination factor  27.22 
 
 		 175 aa  58.5  0.00000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1314  transcription antitermination protein nusG  26.28 
 
 		 166 aa  57.8  0.00000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0397005  normal  0.368263 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1381  transcription antitermination protein nusG  26.28 
 
 		 166 aa  57.8  0.00000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.111282  normal  0.154927 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3194  transcriptional activator rfaH, putative  26.14 
 
 		 166 aa  56.6  0.0000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0511  transcriptional activator RfaH  24.36 
 
 		 165 aa  56.2  0.0000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2844  NusG antitermination factor  24.14 
 
 		 170 aa  54.3  0.0000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.117724  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1477  NusG antitermination factor  26.83 
 
 		 187 aa  52.4  0.000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0560518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1398  NusG antitermination factor  24.85 
 
 		 175 aa  52.4  0.000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000128095  normal  0.158725 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1705  NusG antitermination factor  31.48 
 
 		 173 aa  52.4  0.000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0707648  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2484  transcriptional activator RfaH  24.07 
 
 		 174 aa  52  0.000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1930  NusG antitermination factor  30.29 
 
 		 175 aa  51.6  0.000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000062864  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3198  NusG antitermination factor  29.63 
 
 		 184 aa  51.2  0.000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.243646 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3033  NusG antitermination factor  22.99 
 
 		 179 aa  50.8  0.000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201282  hitchhiker  0.00738104 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4442  transcription antitermination protein NusG  27.08 
 
 		 185 aa  50.8  0.000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0283  NusG antitermination factor  28.67 
 
 		 191 aa  50.4  0.00001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000000819878  hitchhiker  0.00383281 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0405  NusG antitermination factor  27.66 
 
 		 175 aa  49.3  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000272103  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0093  transcription antitermination protein nusG  23.53 
 
 		 177 aa  49.3  0.00003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0314  NusG antitermination factor  29.08 
 
 		 193 aa  48.5  0.00004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000044126  decreased coverage  0.000127563 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0121  NusG antitermination factor  27.67 
 
 		 188 aa  48.9  0.00004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.978934  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1824  NusG antitermination factor  29.75 
 
 		 201 aa  48.5  0.00005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0689  transcription termination/antitermination factor NusG  27.66 
 
 		 177 aa  48.1  0.00005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  4.8031099999999993e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0256  transcriptional activator RfaH  24.84 
 
 		 162 aa  48.5  0.00005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.108005 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1394  transcriptional acivator RfaH  25.15 
 
 		 173 aa  48.1  0.00006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0133861  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2719  transcription antitermination protein nusG  28.19 
 
 		 177 aa  47.8  0.00008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00403072  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3907  transcriptional activator RfaH  20.65 
 
 		 162 aa  47  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.519229  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2347  NusG antitermination factor  26.24 
 
 		 203 aa  47  0.0001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00861255  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08710  transcription antitermination protein NusG  28.17 
 
 		 177 aa  47.4  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000110912  hitchhiker  0.00206249 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4364  transcriptional activator RfaH  21.43 
 
 		 162 aa  47  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.394669  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0825  transcription antitermination protein NusG  28.17 
 
 		 177 aa  47.4  0.0001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00247224  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03733  transcriptional activator RfaH  20.75 
 
 		 162 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4139  transcriptional acivator RfaH  20.75 
 
 		 162 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5280  transcriptional activator RfaH  20.75 
 
 		 162 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.311175  normal  0.111679 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0191  NusG antitermination factor  25.9 
 
 		 191 aa  46.6  0.0002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000382089  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03682  hypothetical protein  20.75 
 
 		 162 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0228  transcription antitermination protein nusG  28.67 
 
 		 191 aa  46.6  0.0002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00207828  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4208  transcriptional activator RfaH  23.91 
 
 		 162 aa  46.6  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4304  transcriptional activator RfaH  23.91 
 
 		 162 aa  46.6  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0180  transcription antitermination protein nusG  28.87 
 
 		 174 aa  46.6  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000000727534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0891  transcriptional activator  26.15 
 
 		 167 aa  46.6  0.0002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4064  transcriptional activator RfaH  20.75 
 
 		 162 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4360  transcriptional activator RfaH  20.75 
 
 		 162 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.659634  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_02231  transcription antitermination protein NusG  29.7 
 
 		 219 aa  46.6  0.0002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0245401  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4185  transcriptional activator RfaH  23.91 
 
 		 162 aa  46.6  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.143916  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0210  NusG antitermination factor  29.71 
 
 		 178 aa  46.2  0.0002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000666853  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4168  transcriptional activator RfaH  20.75 
 
 		 162 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131258 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4222  transcriptional activator RfaH  20.75 
 
 		 162 aa  46.6  0.0002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00601937 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4257  transcriptional activator RfaH  23.91 
 
 		 162 aa  46.6  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4311  transcriptional activator RfaH  20.75 
 
 		 162 aa  46.2  0.0002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2868  transcription antitermination protein NusG  31.03 
 
 		 175 aa  45.4  0.0003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.157482  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0352  NusG antitermination factor  26.86 
 
 		 191 aa  45.8  0.0003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000459133  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2472  transcription antitermination protein NusG  29.7 
 
 		 222 aa  45.4  0.0003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.469167  normal  0.0838688 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0835  transcription antitermination protein nusG  29.37 
 
 		 176 aa  45.8  0.0003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000261776  normal  0.0934709 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2684  NusG antitermination factor  27.97 
 
 		 191 aa  45.8  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000736005  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0442  transcription antitermination protein NusG  28.87 
 
 		 177 aa  45.4  0.0004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.122371  unclonable  0.000000284446 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5091  transcription antitermination protein NusG  28.87 
 
 		 177 aa  45.4  0.0004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000183077  normal  0.524031 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2157  transcription antitermination protein NusG  29.09 
 
 		 222 aa  45.4  0.0004  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.325374  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_27761  transcription antitermination protein NusG  29.09 
 
 		 241 aa  45.4  0.0004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0475  transcription antitermination protein NusG  28.87 
 
 		 177 aa  45.4  0.0004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000120697  normal  0.0264815 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0472  transcription antitermination protein NusG  28.87 
 
 		 177 aa  45.4  0.0004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.030114  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0919  transcription antitermination protein nusG  28.76 
 
 		 177 aa  45.1  0.0005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000542135  hitchhiker  0.00000170909 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4761  transcription antitermination protein NusG  28.87 
 
 		 177 aa  45.1  0.0005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00000265262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1572  transcription antitermination protein NusG  29.09 
 
 		 222 aa  45.1  0.0006  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0307  NusG antitermination factor  26.17 
 
 		 172 aa  44.7  0.0006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000155754  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02811  transcription antitermination protein NusG  29.09 
 
 		 222 aa  44.7  0.0006  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.282538  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>