215 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphamn1_0965 on replicon NC_010831
Organism: Chlorobium phaeobacteroides BS1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010831  Cphamn1_0965  NusG antitermination factor  100 
 
 		 169 aa  342  1e-93  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1511  NusG antitermination factor  74.7 
 
 		 172 aa  260  6.999999999999999e-69  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1589  NusG antitermination factor  63.8 
 
 		 184 aa  225  3e-58  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.262291  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0626  NusG antitermination factor  60.49 
 
 		 196 aa  208  2e-53  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000497813  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2594  transcription antitermination protein nusG  61.82 
 
 		 180 aa  208  3e-53  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000665583  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0149  NusG antitermination factor  58.9 
 
 		 197 aa  206  1e-52  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.114969  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1665  NusG antitermination factor  62.03 
 
 		 170 aa  205  3e-52  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3892  NGN domain protein  36.25 
 
 		 176 aa  103  9e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5198  NusG antitermination factor  32.86 
 
 		 170 aa  98.2  5e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.296838 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1699  NusG antitermination factor  32.53 
 
 		 212 aa  93.2  1e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.341221 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2803  NusG antitermination factor  31.93 
 
 		 207 aa  90.9  7e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0357  NusG antitermination factor  31.43 
 
 		 154 aa  90.5  9e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3605  NusG antitermination factor  30.06 
 
 		 174 aa  85.9  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.358379  hitchhiker  0.000423635 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0546  NGN domain protein  30.95 
 
 		 168 aa  85.9  3e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00381555 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0887  transcription antitermination protein nusG  30.63 
 
 		 182 aa  84.3  6e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.769632  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2360  NusG antitermination factor  35.17 
 
 		 185 aa  83.2  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00889306  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6306  NusG antitermination factor  32.39 
 
 		 160 aa  80.1  0.00000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.343168 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3498  transcription antitermination protein nusG  32.9 
 
 		 194 aa  79.7  0.00000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5306  NusG antitermination factor  29.94 
 
 		 174 aa  77  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.955236  normal  0.0968328 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2660  NusG antitermination factor  28.95 
 
 		 161 aa  75.1  0.0000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.192124  normal  0.041125 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3638  NusG antitermination factor  28.92 
 
 		 180 aa  73.6  0.000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3398  NusG antitermination factor  27.14 
 
 		 174 aa  72  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.191132  normal  0.539584 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3036  transcriptional acivator RfaH  28.57 
 
 		 168 aa  70.9  0.000000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00758207  normal  0.29399 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2672  transcriptional activator RfaH  28.3 
 
 		 166 aa  70.1  0.00000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000489964  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1469  transcriptional acivator RfaH  27.95 
 
 		 168 aa  69.7  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000410204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2904  transcriptional acivator RfaH  27.95 
 
 		 168 aa  69.7  0.00000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00160957  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2894  transcriptional acivator RfaH  27.33 
 
 		 168 aa  69.3  0.00000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000245267  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2544  NusG antitermination factor  26.88 
 
 		 168 aa  67.4  0.00000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3194  transcriptional activator rfaH, putative  26.88 
 
 		 166 aa  67.4  0.0000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1314  transcription antitermination protein nusG  27.5 
 
 		 166 aa  67  0.0000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0397005  normal  0.368263 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1381  transcription antitermination protein nusG  27.5 
 
 		 166 aa  67  0.0000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.111282  normal  0.154927 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1374  transcription antitermination protein nusG  27.33 
 
 		 166 aa  65.1  0.0000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000814975  hitchhiker  0.00000420235 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0826  transcriptional activator RfaH  25 
 
 		 165 aa  64.3  0.0000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3466  NusG antitermination factor  29.1 
 
 		 169 aa  63.5  0.000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2844  NusG antitermination factor  25.9 
 
 		 170 aa  62.4  0.000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.117724  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1398  NusG antitermination factor  27.78 
 
 		 175 aa  62  0.000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000128095  normal  0.158725 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01331  transcriptional activator RfaH  23.72 
 
 		 166 aa  62  0.000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2265  NusG antitermination factor  26.75 
 
 		 175 aa  60.5  0.00000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0511  transcriptional activator RfaH  25.48 
 
 		 165 aa  60.5  0.00000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2812  transcription antitermination protein nusG  25.71 
 
 		 178 aa  60.1  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1705  NusG antitermination factor  32.33 
 
 		 173 aa  59.7  0.00000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0707648  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1477  NusG antitermination factor  27.44 
 
 		 187 aa  60.1  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0560518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0891  transcriptional activator  25.32 
 
 		 167 aa  59.7  0.00000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1394  transcriptional acivator RfaH  25.73 
 
 		 173 aa  58.2  0.00000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0133861  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2484  transcriptional activator RfaH  25 
 
 		 174 aa  57  0.0000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004133  transcriptional activator RfaH  23.9 
 
 		 166 aa  56.2  0.0000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1124  transcriptional activator RfaH  24.68 
 
 		 167 aa  56.6  0.0000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1650  transcriptional acivator RfaH  25.61 
 
 		 179 aa  56.2  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0204524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3325  NusG antitermination factor  25.75 
 
 		 194 aa  55.8  0.0000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0701558  normal  0.115804 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0121  NusG antitermination factor  27.44 
 
 		 188 aa  55.1  0.0000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.978934  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0228  transcription antitermination protein nusG  28.67 
 
 		 191 aa  54.7  0.0000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00207828  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0314  NusG antitermination factor  28.17 
 
 		 193 aa  54.7  0.0000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000044126  decreased coverage  0.000127563 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4321  NusG antitermination factor  24.55 
 
 		 194 aa  54.3  0.0000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0895327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3953  transcriptional activator RfaH  23.03 
 
 		 163 aa  53.9  0.0000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.038453 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4364  transcriptional activator RfaH  23.64 
 
 		 162 aa  52.8  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.394669  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1930  NusG antitermination factor  28.16 
 
 		 175 aa  52.4  0.000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000062864  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3033  NusG antitermination factor  22.64 
 
 		 179 aa  52.4  0.000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201282  hitchhiker  0.00738104 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3755  transcriptional activator RfaH  21.82 
 
 		 162 aa  52.4  0.000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4304  transcriptional activator RfaH  23.64 
 
 		 162 aa  52  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4208  transcriptional activator RfaH  23.64 
 
 		 162 aa  52  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4257  transcriptional activator RfaH  23.64 
 
 		 162 aa  52  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4185  transcriptional activator RfaH  23.64 
 
 		 162 aa  52  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.143916  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0256  transcriptional activator RfaH  24.18 
 
 		 162 aa  51.6  0.000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.108005 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2684  NusG antitermination factor  30.14 
 
 		 191 aa  51.6  0.000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000736005  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0093  transcription antitermination protein nusG  26.53 
 
 		 177 aa  51.2  0.000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0405  NusG antitermination factor  26.87 
 
 		 175 aa  50.8  0.000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000272103  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0283  NusG antitermination factor  27.27 
 
 		 191 aa  50.8  0.000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000000819878  hitchhiker  0.00383281 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3134  NusG antitermination factor  26.24 
 
 		 182 aa  50.8  0.000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0697  NusG antitermination factor  26.76 
 
 		 176 aa  50.8  0.000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00804947  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1824  NusG antitermination factor  25.18 
 
 		 201 aa  50.1  0.00001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3907  transcriptional activator RfaH  22.76 
 
 		 162 aa  50.1  0.00001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.519229  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2265  transcriptional activator rfaH, putative  27.52 
 
 		 167 aa  50.4  0.00001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000106043  hitchhiker  0.00695369 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1342  NusG antitermination factor  26.95 
 
 		 176 aa  50.4  0.00001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.204626  normal  0.0694294 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0180  transcription antitermination protein nusG  27.08 
 
 		 174 aa  49.7  0.00002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000000727534  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2700  transcription antitermination protein NusG  26.62 
 
 		 176 aa  50.1  0.00002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2473  transcription antitermination protein nusG  27.4 
 
 		 175 aa  49.3  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000147395  decreased coverage  0.00105272 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4222  transcriptional activator RfaH  22.08 
 
 		 162 aa  49.3  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00601937 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0191  NusG antitermination factor  29.66 
 
 		 191 aa  49.7  0.00002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000382089  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1319  transcription antitermination protein NusG  28.57 
 
 		 176 aa  50.1  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.20753  normal  0.259679 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4442  transcription antitermination protein NusG  23.49 
 
 		 185 aa  49.3  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03733  transcriptional activator RfaH  22.08 
 
 		 162 aa  49.3  0.00003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4139  transcriptional acivator RfaH  22.08 
 
 		 162 aa  49.3  0.00003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4168  transcriptional activator RfaH  22.08 
 
 		 162 aa  49.3  0.00003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131258 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3863  NusG antitermination factor  26.24 
 
 		 176 aa  48.9  0.00003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0971314 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4360  transcriptional activator RfaH  22.08 
 
 		 162 aa  49.3  0.00003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.659634  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5280  transcriptional activator RfaH  22.08 
 
 		 162 aa  49.3  0.00003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.311175  normal  0.111679 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0259  NusG antitermination factor  26.95 
 
 		 177 aa  48.9  0.00003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03682  hypothetical protein  22.08 
 
 		 162 aa  49.3  0.00003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1417  transcription antitermination protein NusG  28.57 
 
 		 176 aa  49.3  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.311768 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0742  NusG antitermination factor  31.25 
 
 		 179 aa  49.3  0.00003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0172264 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4311  transcriptional activator RfaH  22.08 
 
 		 162 aa  49.3  0.00003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4064  transcriptional activator RfaH  22.08 
 
 		 162 aa  49.3  0.00003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0973  transcription antitermination protein NusG  27.46 
 
 		 176 aa  49.3  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00943054 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3359  NusG antitermination factor  27.27 
 
 		 176 aa  48.9  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.16997 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2868  transcription antitermination protein NusG  27.34 
 
 		 175 aa  48.9  0.00004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.157482  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2347  NusG antitermination factor  24.82 
 
 		 203 aa  48.5  0.00004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00861255  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3198  NusG antitermination factor  25 
 
 		 184 aa  48.9  0.00004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.243646 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1894  NusG antitermination factor  28.17 
 
 		 177 aa  48.9  0.00004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0214948  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0367  NusG antitermination factor  28.17 
 
 		 177 aa  48.1  0.00005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.527388  normal  0.813654 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2724  NusG antitermination factor  25.53 
 
 		 176 aa  48.1  0.00005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0514206  normal  0.451833 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>