180 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_0546 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_0546  NGN domain protein  100 
 
 		 168 aa  343  7e-94  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00381555 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3605  NusG antitermination factor  41.56 
 
 		 174 aa  127  1.0000000000000001e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.358379  hitchhiker  0.000423635 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5306  NusG antitermination factor  40.24 
 
 		 174 aa  118  3.9999999999999996e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.955236  normal  0.0968328 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0149  NusG antitermination factor  34.15 
 
 		 197 aa  103  1e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.114969  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0626  NusG antitermination factor  35.29 
 
 		 196 aa  99.4  2e-20  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000497813  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3892  NGN domain protein  32.72 
 
 		 176 aa  97.8  6e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1589  NusG antitermination factor  32.94 
 
 		 184 aa  95.5  3e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.262291  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2594  transcription antitermination protein nusG  33.33 
 
 		 180 aa  93.6  1e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000665583  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1665  NusG antitermination factor  32.3 
 
 		 170 aa  92.8  2e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6306  NusG antitermination factor  30.57 
 
 		 160 aa  89  3e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.343168 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0965  NusG antitermination factor  30.95 
 
 		 169 aa  85.9  2e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0357  NusG antitermination factor  32.03 
 
 		 154 aa  85.9  2e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1511  NusG antitermination factor  33.33 
 
 		 172 aa  84  8e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2660  NusG antitermination factor  32.08 
 
 		 161 aa  84  9e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.192124  normal  0.041125 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2812  transcription antitermination protein nusG  27.27 
 
 		 178 aa  81.6  0.000000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2360  NusG antitermination factor  32.06 
 
 		 185 aa  79.3  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00889306  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2672  transcriptional activator RfaH  31.61 
 
 		 166 aa  79  0.00000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000489964  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4091  hypothetical protein  35.77 
 
 		 174 aa  77.8  0.00000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.177028 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3498  transcription antitermination protein nusG  28.95 
 
 		 194 aa  77.4  0.00000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0887  transcription antitermination protein nusG  25.9 
 
 		 182 aa  74.3  0.0000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.769632  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5198  NusG antitermination factor  30.92 
 
 		 170 aa  73.6  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.296838 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3226  transcriptional activator RfaH  31.72 
 
 		 170 aa  73.2  0.000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3466  NusG antitermination factor  30.95 
 
 		 169 aa  72.4  0.000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2803  NusG antitermination factor  28.3 
 
 		 207 aa  67.8  0.00000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2894  transcriptional acivator RfaH  27.88 
 
 		 168 aa  68.2  0.00000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000245267  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0093  transcription antitermination protein nusG  27.78 
 
 		 177 aa  67.8  0.00000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3398  NusG antitermination factor  23.27 
 
 		 174 aa  67.4  0.00000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.191132  normal  0.539584 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3036  transcriptional acivator RfaH  27.27 
 
 		 168 aa  67  0.0000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00758207  normal  0.29399 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1469  transcriptional acivator RfaH  26.67 
 
 		 168 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000410204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2904  transcriptional acivator RfaH  26.67 
 
 		 168 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00160957  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0891  transcriptional activator  31.41 
 
 		 167 aa  66.6  0.0000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1549  transcription antitermination protein nusG  26.63 
 
 		 234 aa  66.6  0.0000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.671844  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2265  NusG antitermination factor  29.01 
 
 		 175 aa  65.5  0.0000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2265  transcriptional activator rfaH, putative  30.77 
 
 		 167 aa  65.5  0.0000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000106043  hitchhiker  0.00695369 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2484  transcriptional activator RfaH  29.65 
 
 		 174 aa  64.7  0.0000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2544  NusG antitermination factor  28.03 
 
 		 168 aa  64.3  0.0000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1124  transcriptional activator RfaH  30.77 
 
 		 167 aa  63.5  0.000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1650  transcriptional acivator RfaH  28.41 
 
 		 179 aa  63.2  0.000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0204524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1699  NusG antitermination factor  26.92 
 
 		 212 aa  62.4  0.000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.341221 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1374  transcription antitermination protein nusG  28.95 
 
 		 166 aa  62  0.000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000814975  hitchhiker  0.00000420235 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0854  transcription antitermination protein NusG  31.97 
 
 		 174 aa  62.4  0.000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000907525  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3444  transcriptional activator RfaH  28.87 
 
 		 170 aa  62  0.000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1314  transcription antitermination protein nusG  27.27 
 
 		 166 aa  61.6  0.000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0397005  normal  0.368263 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1381  transcription antitermination protein nusG  27.27 
 
 		 166 aa  61.6  0.000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.111282  normal  0.154927 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1398  NusG antitermination factor  29.83 
 
 		 175 aa  60.5  0.000000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000128095  normal  0.158725 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3953  transcriptional activator RfaH  27.63 
 
 		 163 aa  60.1  0.00000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.038453 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3194  transcriptional activator rfaH, putative  28.1 
 
 		 166 aa  59.7  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3325  NusG antitermination factor  26.43 
 
 		 194 aa  57.8  0.00000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0701558  normal  0.115804 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3134  NusG antitermination factor  30 
 
 		 182 aa  57.8  0.00000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2844  NusG antitermination factor  27.92 
 
 		 170 aa  57  0.0000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.117724  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3638  NusG antitermination factor  26.49 
 
 		 180 aa  55.8  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15910  transcriptional activator RfaH  27.15 
 
 		 153 aa  55.5  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4321  NusG antitermination factor  26.43 
 
 		 194 aa  55.8  0.0000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0895327  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0826  transcriptional activator RfaH  25.48 
 
 		 165 aa  55.5  0.0000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1477  NusG antitermination factor  25.71 
 
 		 187 aa  55.1  0.0000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0560518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0885  transcription antitermination protein nusG  26.95 
 
 		 177 aa  54.7  0.0000007  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0219053  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_866  transcription antiterminator  26.95 
 
 		 177 aa  54.3  0.0000009  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00385803  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0994  transcription antitermination protein NusG  26.95 
 
 		 177 aa  52.8  0.000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000169889  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1375  NusG antitermination factor  28.57 
 
 		 176 aa  53.1  0.000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000078055  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1930  NusG antitermination factor  21.97 
 
 		 175 aa  53.1  0.000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000062864  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1705  NusG antitermination factor  27.39 
 
 		 173 aa  53.1  0.000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0707648  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4257  transcriptional activator RfaH  23.17 
 
 		 162 aa  53.1  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3937  transcriptional activator RfaH  28.92 
 
 		 161 aa  53.1  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4304  transcriptional activator RfaH  23.17 
 
 		 162 aa  53.1  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4185  transcriptional activator RfaH  23.17 
 
 		 162 aa  53.1  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.143916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4208  transcriptional activator RfaH  23.17 
 
 		 162 aa  53.1  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0279  transcriptional activator RfaH  28.92 
 
 		 162 aa  53.1  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4364  transcriptional activator RfaH  23.17 
 
 		 162 aa  52.4  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.394669  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01331  transcriptional activator RfaH  24.2 
 
 		 166 aa  52.4  0.000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0256  transcriptional activator RfaH  23.53 
 
 		 162 aa  51.6  0.000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.108005 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4222  transcriptional activator RfaH  22.22 
 
 		 162 aa  51.6  0.000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00601937 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3033  NusG antitermination factor  25 
 
 		 179 aa  51.6  0.000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201282  hitchhiker  0.00738104 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03733  transcriptional activator RfaH  22.22 
 
 		 162 aa  51.6  0.000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4139  transcriptional acivator RfaH  22.22 
 
 		 162 aa  51.6  0.000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5280  transcriptional activator RfaH  22.22 
 
 		 162 aa  51.6  0.000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.311175  normal  0.111679 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4311  transcriptional activator RfaH  22.22 
 
 		 162 aa  51.6  0.000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4168  transcriptional activator RfaH  22.22 
 
 		 162 aa  51.6  0.000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131258 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03682  hypothetical protein  22.22 
 
 		 162 aa  51.6  0.000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4064  transcriptional activator RfaH  22.22 
 
 		 162 aa  51.6  0.000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4360  transcriptional activator RfaH  22.22 
 
 		 162 aa  51.6  0.000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.659634  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2239  NusG antitermination factor  29.1 
 
 		 179 aa  50.4  0.00001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000688878  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2130  NusG antitermination factor  29.05 
 
 		 176 aa  50.1  0.00001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0645684  normal  0.768925 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0121  NusG antitermination factor  23.91 
 
 		 188 aa  50.4  0.00001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.978934  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3451  NusG antitermination factor  30.26 
 
 		 183 aa  50.1  0.00001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0281776  normal  0.0124295 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0405  NusG antitermination factor  25 
 
 		 175 aa  50.1  0.00001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000272103  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1908  transcriptional activator RfaH  28.31 
 
 		 162 aa  50.4  0.00001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00305393 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3907  transcriptional activator RfaH  22.22 
 
 		 162 aa  49.7  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.519229  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01040  NusG antitermination factor  25.71 
 
 		 176 aa  49.7  0.00002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  2.9624500000000004e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2972  transcription antitermination protein NusG  29.08 
 
 		 194 aa  48.9  0.00003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.65694 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3319  transcription antitermination protein NusG  29.08 
 
 		 194 aa  48.9  0.00003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.243679  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3198  NusG antitermination factor  26.09 
 
 		 184 aa  48.5  0.00004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.243646 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0511  transcriptional activator RfaH  22.01 
 
 		 165 aa  48.1  0.00005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4239  transcriptional activator RfaH  25.15 
 
 		 162 aa  48.1  0.00006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09670  transcription antitermination protein nusG  26.67 
 
 		 178 aa  48.1  0.00006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00365981  hitchhiker  0.0000231337 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0180  transcription antitermination protein nusG  26.81 
 
 		 174 aa  47.8  0.00007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000000727534  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3694  NusG antitermination factor  22.99 
 
 		 172 aa  47.4  0.00009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000043421  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2142  transcription antitermination protein nusG  23.12 
 
 		 182 aa  47  0.0001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.592011  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0643  NusG antitermination factor  23.16 
 
 		 190 aa  47  0.0001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.313093  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4048  transcriptional activator RfaH  24.54 
 
 		 162 aa  47  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4447  transcription antitermination protein nusG  30.07 
 
 		 199 aa  46.6  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0158403  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>