More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2812 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2812  transcription antitermination protein nusG  100 
 
 		 178 aa  364  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15910  transcriptional activator RfaH  48.72 
 
 		 153 aa  151  4e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3444  transcriptional activator RfaH  42.01 
 
 		 170 aa  126  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3226  transcriptional activator RfaH  41.57 
 
 		 170 aa  120  7e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2142  transcription antitermination protein nusG  39.66 
 
 		 182 aa  116  1.9999999999999998e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.592011  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3466  NusG antitermination factor  32.1 
 
 		 169 aa  111  6e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2265  NusG antitermination factor  38.12 
 
 		 175 aa  108  3e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1124  transcriptional activator RfaH  37.42 
 
 		 167 aa  106  1e-22  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0891  transcriptional activator  37.42 
 
 		 167 aa  105  4e-22  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01331  transcriptional activator RfaH  32.1 
 
 		 166 aa  99.8  2e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3755  transcriptional activator RfaH  37.66 
 
 		 162 aa  98.6  4e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004133  transcriptional activator RfaH  36.2 
 
 		 166 aa  97.8  7e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0256  transcriptional activator RfaH  36.91 
 
 		 162 aa  95.5  4e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.108005 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0279  transcriptional activator RfaH  35.57 
 
 		 162 aa  95.1  5e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3937  transcriptional activator RfaH  35.57 
 
 		 161 aa  95.1  5e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4048  transcriptional activator RfaH  35.81 
 
 		 162 aa  94  9e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3907  transcriptional activator RfaH  36.49 
 
 		 162 aa  94  1e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.519229  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0511  transcriptional activator RfaH  30.52 
 
 		 165 aa  93.2  2e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0093  transcription antitermination protein nusG  35.37 
 
 		 177 aa  93.6  2e-18  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4185  transcriptional activator RfaH  36.91 
 
 		 162 aa  92.4  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.143916  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4239  transcriptional activator RfaH  34.46 
 
 		 162 aa  92.4  3e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4257  transcriptional activator RfaH  36.91 
 
 		 162 aa  92.4  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4304  transcriptional activator RfaH  36.91 
 
 		 162 aa  92.4  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4208  transcriptional activator RfaH  36.91 
 
 		 162 aa  92.4  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2894  transcriptional acivator RfaH  35.76 
 
 		 168 aa  92  4e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000245267  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1908  transcriptional activator RfaH  34.9 
 
 		 162 aa  92  4e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00305393 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2904  transcriptional acivator RfaH  34.55 
 
 		 168 aa  91.7  5e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00160957  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0826  transcriptional activator RfaH  32.67 
 
 		 165 aa  91.7  5e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1469  transcriptional acivator RfaH  34.55 
 
 		 168 aa  91.7  5e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000410204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3036  transcriptional acivator RfaH  34.55 
 
 		 168 aa  91.7  6e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00758207  normal  0.29399 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3953  transcriptional activator RfaH  36.49 
 
 		 163 aa  90.9  8e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.038453 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4364  transcriptional activator RfaH  36.24 
 
 		 162 aa  90.9  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.394669  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1650  transcriptional acivator RfaH  31.98 
 
 		 179 aa  89.4  2e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0204524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4091  hypothetical protein  31.71 
 
 		 174 aa  89  3e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.177028 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1314  transcription antitermination protein nusG  32.1 
 
 		 166 aa  89.4  3e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0397005  normal  0.368263 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1381  transcription antitermination protein nusG  32.1 
 
 		 166 aa  89.4  3e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.111282  normal  0.154927 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03733  transcriptional activator RfaH  33.77 
 
 		 162 aa  88.6  4e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4311  transcriptional activator RfaH  33.77 
 
 		 162 aa  88.6  4e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4139  transcriptional acivator RfaH  33.77 
 
 		 162 aa  88.6  4e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4168  transcriptional activator RfaH  33.77 
 
 		 162 aa  88.6  4e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131258 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5280  transcriptional activator RfaH  33.77 
 
 		 162 aa  88.6  4e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.311175  normal  0.111679 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4064  transcriptional activator RfaH  33.77 
 
 		 162 aa  88.6  4e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4360  transcriptional activator RfaH  33.77 
 
 		 162 aa  88.6  4e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.659634  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03682  hypothetical protein  33.77 
 
 		 162 aa  88.6  4e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4222  transcriptional activator RfaH  33.77 
 
 		 162 aa  87.8  8e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00601937 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3194  transcriptional activator rfaH, putative  33.74 
 
 		 166 aa  87  1e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2544  NusG antitermination factor  33.33 
 
 		 168 aa  87.4  1e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2484  transcriptional activator RfaH  33.92 
 
 		 174 aa  86.7  2e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1374  transcription antitermination protein nusG  32.1 
 
 		 166 aa  86.7  2e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000814975  hitchhiker  0.00000420235 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2265  transcriptional activator rfaH, putative  33.13 
 
 		 167 aa  85.1  4e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000106043  hitchhiker  0.00695369 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3033  NusG antitermination factor  29.48 
 
 		 179 aa  85.1  5e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201282  hitchhiker  0.00738104 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0546  NGN domain protein  27.27 
 
 		 168 aa  81.6  0.000000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00381555 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2844  NusG antitermination factor  28.66 
 
 		 170 aa  79  0.00000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.117724  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3325  NusG antitermination factor  28.25 
 
 		 194 aa  76.3  0.0000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0701558  normal  0.115804 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2672  transcriptional activator RfaH  28.48 
 
 		 166 aa  75.9  0.0000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000489964  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1394  transcriptional acivator RfaH  30.36 
 
 		 173 aa  75.9  0.0000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0133861  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4321  NusG antitermination factor  27.12 
 
 		 194 aa  75.1  0.0000000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0895327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1398  NusG antitermination factor  29.7 
 
 		 175 aa  73.2  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000128095  normal  0.158725 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2130  NusG antitermination factor  26.44 
 
 		 176 aa  72.8  0.000000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0645684  normal  0.768925 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3198  NusG antitermination factor  31.71 
 
 		 184 aa  70.9  0.00000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.243646 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1665  NusG antitermination factor  24.5 
 
 		 170 aa  70.1  0.00000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0149  NusG antitermination factor  26.72 
 
 		 197 aa  69.3  0.00000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.114969  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1477  NusG antitermination factor  25.88 
 
 		 187 aa  70.1  0.00000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0560518  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3134  NusG antitermination factor  30.13 
 
 		 182 aa  70.1  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5198  NusG antitermination factor  25.85 
 
 		 170 aa  68.9  0.00000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.296838 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2594  transcription antitermination protein nusG  27.48 
 
 		 180 aa  68.9  0.00000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000665583  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0355  transcription antiterminator  25.44 
 
 		 183 aa  67.8  0.00000000008  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000436573 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0121  NusG antitermination factor  27.11 
 
 		 188 aa  67  0.0000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.978934  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3892  NGN domain protein  27.65 
 
 		 176 aa  67  0.0000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3398  NusG antitermination factor  23.64 
 
 		 174 aa  66.2  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.191132  normal  0.539584 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09670  transcription antitermination protein nusG  28.57 
 
 		 178 aa  65.9  0.0000000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00365981  hitchhiker  0.0000231337 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0643  NusG antitermination factor  24.87 
 
 		 190 aa  65.9  0.0000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.313093  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2687  NusG antitermination factor  25.97 
 
 		 185 aa  64.7  0.0000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00303522  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1589  NusG antitermination factor  25.19 
 
 		 184 aa  63.9  0.000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.262291  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1824  NusG antitermination factor  32.31 
 
 		 201 aa  63.2  0.000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0438  transcription termination/antitermination factor NusG  26.97 
 
 		 204 aa  63.5  0.000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0887  transcription antitermination protein nusG  29.03 
 
 		 182 aa  62.8  0.000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.769632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2719  transcription antitermination protein nusG  26.55 
 
 		 177 aa  63.5  0.000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00403072  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1175  NusG antitermination factor  25.43 
 
 		 181 aa  63.5  0.000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.00000000364949  unclonable  0.0000000228976 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0307  NusG antitermination factor  25.14 
 
 		 172 aa  63.2  0.000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000155754  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1375  NusG antitermination factor  29.94 
 
 		 176 aa  62.4  0.000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000078055  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3498  transcription antitermination protein nusG  31.65 
 
 		 194 aa  62.4  0.000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1181  NusG antitermination factor  25.97 
 
 		 185 aa  61.6  0.000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00327311  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2659  transcription antitermination protein NusG  24.72 
 
 		 250 aa  61.6  0.000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.208003  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0626  NusG antitermination factor  24.32 
 
 		 196 aa  61.6  0.000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000497813  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0093  transcription antitermination protein NusG  25.57 
 
 		 177 aa  61.2  0.000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6062  NusG antitermination factor  23.91 
 
 		 273 aa  61.2  0.000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.275139  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5109  NusG antitermination factor  24.32 
 
 		 280 aa  61.2  0.000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.210055  normal  0.503084 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0386  NusG antitermination factor  24.6 
 
 		 243 aa  60.5  0.00000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4356  NusG antitermination factor  23.6 
 
 		 238 aa  60.8  0.00000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0405  NusG antitermination factor  23.84 
 
 		 175 aa  60.5  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000272103  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1930  NusG antitermination factor  23.39 
 
 		 175 aa  60.1  0.00000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000062864  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1511  NusG antitermination factor  25.78 
 
 		 172 aa  59.7  0.00000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0965  NusG antitermination factor  25.71 
 
 		 169 aa  60.1  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08690  transcription antitermination protein nusG  24.71 
 
 		 178 aa  58.9  0.00000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000619667  hitchhiker  0.000000019364 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0568  transcription antitermination protein nusG  26.44 
 
 		 277 aa  58.9  0.00000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0854  transcription antitermination protein NusG  25.29 
 
 		 174 aa  58.5  0.00000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000907525  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4777  transcription termination/antitermination factor NusG  25.86 
 
 		 195 aa  58.2  0.00000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.113479  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1068  Transcription antiterminator-like protein  21.79 
 
 		 266 aa  58.2  0.00000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.740991 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6641  NusG antitermination factor  22.4 
 
 		 266 aa  57.8  0.00000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>