More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_1374 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008577  Shewana3_1374  transcription antitermination protein nusG  100 
 
 
166 aa  347  5e-95  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000814975  hitchhiker  0.00000420235 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1314  transcription antitermination protein nusG  94.58 
 
 
166 aa  330  7.000000000000001e-90  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0397005  normal  0.368263 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1381  transcription antitermination protein nusG  94.58 
 
 
166 aa  330  7.000000000000001e-90  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.111282  normal  0.154927 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3194  transcriptional activator rfaH, putative  90.96 
 
 
166 aa  318  1.9999999999999998e-86  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2904  transcriptional acivator RfaH  89.76 
 
 
168 aa  314  3e-85  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00160957  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3036  transcriptional acivator RfaH  89.76 
 
 
168 aa  314  3e-85  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00758207  normal  0.29399 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1469  transcriptional acivator RfaH  89.76 
 
 
168 aa  314  3e-85  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000410204  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2894  transcriptional acivator RfaH  86.14 
 
 
168 aa  309  1e-83  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000245267  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2544  NusG antitermination factor  85.54 
 
 
168 aa  303  5.0000000000000004e-82  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1650  transcriptional acivator RfaH  56.9 
 
 
179 aa  209  2e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0204524  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1398  NusG antitermination factor  53.49 
 
 
175 aa  196  1.0000000000000001e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000128095  normal  0.158725 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1394  transcriptional acivator RfaH  55.62 
 
 
173 aa  196  1.0000000000000001e-49  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0133861  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2672  transcriptional activator RfaH  54.17 
 
 
166 aa  195  2.0000000000000003e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000489964  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2844  NusG antitermination factor  57.23 
 
 
170 aa  192  2e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.117724  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3033  NusG antitermination factor  54.29 
 
 
179 aa  191  3e-48  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201282  hitchhiker  0.00738104 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2265  transcriptional activator rfaH, putative  55.09 
 
 
167 aa  185  2e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000106043  hitchhiker  0.00695369 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3226  transcriptional activator RfaH  34.36 
 
 
170 aa  100  9e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2484  transcriptional activator RfaH  33.73 
 
 
174 aa  97.1  9e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4304  transcriptional activator RfaH  34.21 
 
 
162 aa  97.1  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4185  transcriptional activator RfaH  34.21 
 
 
162 aa  97.1  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.143916  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3953  transcriptional activator RfaH  32.91 
 
 
163 aa  97.1  1e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.038453 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4364  transcriptional activator RfaH  34.21 
 
 
162 aa  96.7  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.394669  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4208  transcriptional activator RfaH  34.21 
 
 
162 aa  97.1  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4257  transcriptional activator RfaH  34.21 
 
 
162 aa  97.1  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2265  NusG antitermination factor  32.54 
 
 
175 aa  95.9  2e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4222  transcriptional activator RfaH  33.55 
 
 
162 aa  94.4  7e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00601937 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0093  transcription antitermination protein nusG  30.67 
 
 
177 aa  94.4  7e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03733  transcriptional activator RfaH  32.89 
 
 
162 aa  93.2  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4139  transcriptional acivator RfaH  32.89 
 
 
162 aa  93.2  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4048  transcriptional activator RfaH  33.55 
 
 
162 aa  93.2  1e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4360  transcriptional activator RfaH  32.89 
 
 
162 aa  93.2  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.659634  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4064  transcriptional activator RfaH  32.89 
 
 
162 aa  93.2  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03682  hypothetical protein  32.89 
 
 
162 aa  93.2  1e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4311  transcriptional activator RfaH  32.89 
 
 
162 aa  93.2  1e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4168  transcriptional activator RfaH  32.89 
 
 
162 aa  93.2  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00131258 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5280  transcriptional activator RfaH  32.89 
 
 
162 aa  93.2  1e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.311175  normal  0.111679 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3466  NusG antitermination factor  29.45 
 
 
169 aa  93.2  1e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3444  transcriptional activator RfaH  33.13 
 
 
170 aa  92.8  2e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0256  transcriptional activator RfaH  32.89 
 
 
162 aa  91.3  5e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.108005 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3755  transcriptional activator RfaH  32.24 
 
 
162 aa  91.3  6e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3907  transcriptional activator RfaH  32.24 
 
 
162 aa  90.5  9e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.519229  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4239  transcriptional activator RfaH  32.24 
 
 
162 aa  89  3e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01331  transcriptional activator RfaH  34.97 
 
 
166 aa  88.6  4e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3134  NusG antitermination factor  34.18 
 
 
182 aa  87.8  6e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3937  transcriptional activator RfaH  35.48 
 
 
161 aa  87.4  9e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0279  transcriptional activator RfaH  35.48 
 
 
162 aa  87  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0891  transcriptional activator  31.25 
 
 
167 aa  87  1e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2812  transcription antitermination protein nusG  32.1 
 
 
178 aa  86.7  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1124  transcriptional activator RfaH  31.25 
 
 
167 aa  86.3  2e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0826  transcriptional activator RfaH  31.25 
 
 
165 aa  85.1  4e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004133  transcriptional activator RfaH  33.96 
 
 
166 aa  85.1  4e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1908  transcriptional activator RfaH  34.84 
 
 
162 aa  84.7  6e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00305393 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4091  hypothetical protein  29.73 
 
 
174 aa  82.8  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.177028 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2142  transcription antitermination protein nusG  26.28 
 
 
182 aa  82.4  0.000000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.592011  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0511  transcriptional activator RfaH  33.33 
 
 
165 aa  80.5  0.00000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1705  NusG antitermination factor  27.56 
 
 
173 aa  77.8  0.00000000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0707648  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3198  NusG antitermination factor  30.43 
 
 
184 aa  77  0.0000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.243646 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15910  transcriptional activator RfaH  30.26 
 
 
153 aa  74.3  0.0000000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3892  NGN domain protein  28.31 
 
 
176 aa  72.8  0.000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0626  NusG antitermination factor  27.85 
 
 
196 aa  70.9  0.000000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000497813  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0149  NusG antitermination factor  27.22 
 
 
197 aa  69.7  0.00000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.114969  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3498  transcription antitermination protein nusG  26.47 
 
 
194 aa  68.2  0.00000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5306  NusG antitermination factor  29.94 
 
 
174 aa  68.2  0.00000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.955236  normal  0.0968328 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1665  NusG antitermination factor  26.99 
 
 
170 aa  67.8  0.00000000007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0965  NusG antitermination factor  27.33 
 
 
169 aa  65.1  0.0000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4321  NusG antitermination factor  26.97 
 
 
194 aa  63.5  0.000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0895327  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1589  NusG antitermination factor  27.1 
 
 
184 aa  63.5  0.000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.262291  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3398  NusG antitermination factor  27.03 
 
 
174 aa  63.2  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.191132  normal  0.539584 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3325  NusG antitermination factor  26.4 
 
 
194 aa  62.8  0.000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0701558  normal  0.115804 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0546  NGN domain protein  28.95 
 
 
168 aa  62  0.000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00381555 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1824  NusG antitermination factor  27.16 
 
 
201 aa  62  0.000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5198  NusG antitermination factor  29.59 
 
 
170 aa  62  0.000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.296838 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0357  NusG antitermination factor  28.36 
 
 
154 aa  60.8  0.000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2719  transcription antitermination protein nusG  27.04 
 
 
177 aa  60.8  0.000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00403072  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0121  NusG antitermination factor  26.29 
 
 
188 aa  60.8  0.000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.978934  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3605  NusG antitermination factor  25.15 
 
 
174 aa  60.5  0.000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.358379  hitchhiker  0.000423635 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1375  NusG antitermination factor  28.05 
 
 
176 aa  60.1  0.00000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000078055  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1477  NusG antitermination factor  26.38 
 
 
187 aa  60.5  0.00000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0560518  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1511  NusG antitermination factor  27.56 
 
 
172 aa  60.1  0.00000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2594  transcription antitermination protein nusG  24.84 
 
 
180 aa  59.3  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000665583  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0386  NusG antitermination factor  26.35 
 
 
243 aa  58.5  0.00000004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2360  NusG antitermination factor  29.75 
 
 
185 aa  58.5  0.00000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00889306  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2347  NusG antitermination factor  24.57 
 
 
203 aa  58.2  0.00000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00861255  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0643  NusG antitermination factor  26.01 
 
 
190 aa  58.2  0.00000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.313093  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0201  transcription antitermination protein NusG  29.7 
 
 
183 aa  57.4  0.00000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000538288  hitchhiker  0.00010102 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2724  NusG antitermination factor  25.14 
 
 
176 aa  57  0.0000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0514206  normal  0.451833 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2803  NusG antitermination factor  28.57 
 
 
207 aa  57  0.0000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2687  NusG antitermination factor  25 
 
 
185 aa  56.6  0.0000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00303522  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2473  transcription antitermination protein nusG  23.64 
 
 
175 aa  56.2  0.0000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000147395  decreased coverage  0.00105272 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0146  NusG antitermination factor  29.09 
 
 
180 aa  56.2  0.0000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000173451  normal  0.0355944 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0219  transcription antitermination protein NusG  28.83 
 
 
183 aa  55.5  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09670  transcription antitermination protein nusG  24.72 
 
 
178 aa  55.5  0.0000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00365981  hitchhiker  0.0000231337 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0187  transcription antitermination protein nusG  28.83 
 
 
183 aa  55.5  0.0000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000177465  hitchhiker  0.00840518 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0182  transcription antitermination protein nusG  28.83 
 
 
183 aa  55.5  0.0000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000371558  normal  0.0116836 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0187  transcription antitermination protein nusG  28.83 
 
 
183 aa  55.5  0.0000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000254051  normal  0.0190585 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1321  transcription antitermination protein NusG  26.06 
 
 
176 aa  55.5  0.0000003  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000116235  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2364  NusG antitermination factor  24.85 
 
 
179 aa  55.1  0.0000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0318836  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2276  NusG antitermination factor  24.85 
 
 
179 aa  55.1  0.0000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23990  transcription antitermination protein nusG  24.04 
 
 
301 aa  55.1  0.0000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.160343  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6676  hypothetical protein  21.15 
 
 
171 aa  54.7  0.0000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.26464  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>