274 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A0511 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009457  VC0395_A0511  transcriptional activator RfaH  100 
 
 		 165 aa  345  2e-94  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01331  transcriptional activator RfaH  66.06 
 
 		 166 aa  229  2e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004133  transcriptional activator RfaH  64.85 
 
 		 166 aa  228  4e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0826  transcriptional activator RfaH  62.58 
 
 		 165 aa  215  2e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4364  transcriptional activator RfaH  46.3 
 
 		 162 aa  155  2e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.394669  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4208  transcriptional activator RfaH  45.68 
 
 		 162 aa  154  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4257  transcriptional activator RfaH  45.68 
 
 		 162 aa  154  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4304  transcriptional activator RfaH  45.68 
 
 		 162 aa  154  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4185  transcriptional activator RfaH  45.68 
 
 		 162 aa  154  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.143916  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0279  transcriptional activator RfaH  46.01 
 
 		 162 aa  153  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3937  transcriptional activator RfaH  46.01 
 
 		 161 aa  153  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0256  transcriptional activator RfaH  45.4 
 
 		 162 aa  151  4e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.108005 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3907  transcriptional activator RfaH  47.17 
 
 		 162 aa  150  5e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.519229  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1908  transcriptional activator RfaH  45.4 
 
 		 162 aa  150  8e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00305393 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03733  transcriptional activator RfaH  44.44 
 
 		 162 aa  149  2e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4139  transcriptional acivator RfaH  44.44 
 
 		 162 aa  149  2e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4168  transcriptional activator RfaH  44.44 
 
 		 162 aa  149  2e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131258 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5280  transcriptional activator RfaH  44.44 
 
 		 162 aa  149  2e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.311175  normal  0.111679 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4222  transcriptional activator RfaH  44.44 
 
 		 162 aa  149  2e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00601937 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03682  hypothetical protein  44.44 
 
 		 162 aa  149  2e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4360  transcriptional activator RfaH  44.44 
 
 		 162 aa  149  2e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.659634  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4064  transcriptional activator RfaH  44.44 
 
 		 162 aa  149  2e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4311  transcriptional activator RfaH  44.44 
 
 		 162 aa  149  2e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3953  transcriptional activator RfaH  46.67 
 
 		 163 aa  148  4e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.038453 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4048  transcriptional activator RfaH  46.63 
 
 		 162 aa  145  2.0000000000000003e-34  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3755  transcriptional activator RfaH  45.91 
 
 		 162 aa  142  2e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4239  transcriptional activator RfaH  44.85 
 
 		 162 aa  142  2e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3466  NusG antitermination factor  37.89 
 
 		 169 aa  125  3e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2812  transcription antitermination protein nusG  30.52 
 
 		 178 aa  93.2  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2672  transcriptional activator RfaH  35.22 
 
 		 166 aa  92.8  2e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000489964  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2142  transcription antitermination protein nusG  35.29 
 
 		 182 aa  92.8  2e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.592011  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2484  transcriptional activator RfaH  32.72 
 
 		 174 aa  90.5  9e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2265  transcriptional activator rfaH, putative  34.55 
 
 		 167 aa  88.2  4e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000106043  hitchhiker  0.00695369 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3226  transcriptional activator RfaH  34 
 
 		 170 aa  87.8  5e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2844  NusG antitermination factor  35.12 
 
 		 170 aa  88.2  5e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.117724  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0093  transcription antitermination protein nusG  32.72 
 
 		 177 aa  87.8  6e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3033  NusG antitermination factor  32.95 
 
 		 179 aa  86.7  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201282  hitchhiker  0.00738104 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3444  transcriptional activator RfaH  36 
 
 		 170 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2904  transcriptional acivator RfaH  35.26 
 
 		 168 aa  85.5  3e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00160957  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3036  transcriptional acivator RfaH  35.26 
 
 		 168 aa  85.5  3e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00758207  normal  0.29399 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1469  transcriptional acivator RfaH  35.26 
 
 		 168 aa  85.5  3e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000410204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2894  transcriptional acivator RfaH  35.26 
 
 		 168 aa  85.5  3e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000245267  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3194  transcriptional activator rfaH, putative  35.26 
 
 		 166 aa  84.7  5e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2544  NusG antitermination factor  33.97 
 
 		 168 aa  84.7  6e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0891  transcriptional activator  31.08 
 
 		 167 aa  82  0.000000000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1124  transcriptional activator RfaH  31.08 
 
 		 167 aa  81.6  0.000000000000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0058  transcriptional activator  32.92 
 
 		 159 aa  80.5  0.00000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1314  transcription antitermination protein nusG  33.54 
 
 		 166 aa  80.1  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0397005  normal  0.368263 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1381  transcription antitermination protein nusG  33.54 
 
 		 166 aa  80.1  0.00000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.111282  normal  0.154927 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1374  transcription antitermination protein nusG  33.33 
 
 		 166 aa  80.5  0.00000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000814975  hitchhiker  0.00000420235 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15910  transcriptional activator RfaH  28.1 
 
 		 153 aa  79  0.00000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1394  transcriptional acivator RfaH  30.54 
 
 		 173 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0133861  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1650  transcriptional acivator RfaH  29.48 
 
 		 179 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0204524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2265  NusG antitermination factor  29.03 
 
 		 175 aa  75.1  0.0000000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1398  NusG antitermination factor  28.32 
 
 		 175 aa  71.6  0.000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000128095  normal  0.158725 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1068  Transcription antiterminator-like protein  27.49 
 
 		 266 aa  67  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.740991 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1589  NusG antitermination factor  29.94 
 
 		 184 aa  65.5  0.0000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.262291  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5109  NusG antitermination factor  26.97 
 
 		 280 aa  63.5  0.000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.210055  normal  0.503084 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2659  transcription antitermination protein NusG  28.49 
 
 		 250 aa  63.2  0.000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.208003  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6062  NusG antitermination factor  29.24 
 
 		 273 aa  62.8  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.275139  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6641  NusG antitermination factor  28.98 
 
 		 266 aa  63.2  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2130  NusG antitermination factor  27.38 
 
 		 176 aa  61.6  0.000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0645684  normal  0.768925 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0568  transcription antitermination protein nusG  28.65 
 
 		 277 aa  61.2  0.000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0121  NusG antitermination factor  28.31 
 
 		 188 aa  60.8  0.000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.978934  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0965  NusG antitermination factor  25.48 
 
 		 169 aa  60.5  0.00000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4020  NusG antitermination factor  25.58 
 
 		 189 aa  59.7  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.579663  normal  0.523412 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3605  NusG antitermination factor  22.98 
 
 		 174 aa  59.7  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.358379  hitchhiker  0.000423635 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1665  NusG antitermination factor  25.64 
 
 		 170 aa  59.3  0.00000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4321  NusG antitermination factor  27.98 
 
 		 194 aa  58.9  0.00000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0895327  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1181  NusG antitermination factor  26.29 
 
 		 185 aa  58.5  0.00000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00327311  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4356  NusG antitermination factor  26.74 
 
 		 238 aa  57.8  0.00000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0626  NusG antitermination factor  28.85 
 
 		 196 aa  57.8  0.00000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000497813  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0149  NusG antitermination factor  27.22 
 
 		 197 aa  57.8  0.00000007  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.114969  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21030  transcription antitermination protein nusG  27.17 
 
 		 296 aa  57.4  0.00000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0843287  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03630  transcription antitermination protein nusG  26.67 
 
 		 267 aa  57  0.0000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3325  NusG antitermination factor  26.79 
 
 		 194 aa  57  0.0000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0701558  normal  0.115804 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1511  NusG antitermination factor  24.36 
 
 		 172 aa  56.2  0.0000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2594  transcription antitermination protein nusG  26.28 
 
 		 180 aa  56.6  0.0000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000665583  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0405  NusG antitermination factor  29.82 
 
 		 175 aa  56.6  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000272103  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1477  NusG antitermination factor  26.19 
 
 		 187 aa  56.2  0.0000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0560518  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1930  NusG antitermination factor  25.43 
 
 		 175 aa  55.8  0.0000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000062864  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09670  transcription antitermination protein nusG  27.06 
 
 		 178 aa  55.8  0.0000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00365981  hitchhiker  0.0000231337 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0294  transcription antitermination protein nusG  27.43 
 
 		 228 aa  55.5  0.0000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.620815 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1699  NusG antitermination factor  26.32 
 
 		 212 aa  55.1  0.0000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.341221 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0386  NusG antitermination factor  24.42 
 
 		 243 aa  54.7  0.0000005  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1375  NusG antitermination factor  25.29 
 
 		 176 aa  55.1  0.0000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000078055  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0909  NusG antitermination factor  25.58 
 
 		 262 aa  54.7  0.0000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.269153  normal  0.196956 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2687  NusG antitermination factor  26.55 
 
 		 185 aa  54.7  0.0000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00303522  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3938  transcription termination/antitermination factor NusG  27.33 
 
 		 242 aa  54.7  0.0000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3454  NusG antitermination factor  23.98 
 
 		 184 aa  54.3  0.0000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000805693  normal  0.0356218 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4330  NusG antitermination factor  26.74 
 
 		 242 aa  54.3  0.0000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5306  NusG antitermination factor  22.98 
 
 		 174 aa  54.3  0.0000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.955236  normal  0.0968328 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08690  transcription antitermination protein nusG  26.47 
 
 		 178 aa  53.9  0.000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000619667  hitchhiker  0.000000019364 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1013  NusG antitermination factor  24.86 
 
 		 306 aa  52.8  0.000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2473  transcription antitermination protein nusG  29.65 
 
 		 175 aa  52.8  0.000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000147395  decreased coverage  0.00105272 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0887  transcription antitermination protein nusG  24.84 
 
 		 182 aa  53.1  0.000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.769632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4681  transcription antitermination protein nusG  23.81 
 
 		 199 aa  53.1  0.000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.000131174  hitchhiker  0.00867825 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0307  NusG antitermination factor  25.6 
 
 		 172 aa  52.8  0.000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000155754  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2803  NusG antitermination factor  27.48 
 
 		 207 aa  52.8  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1824  NusG antitermination factor  24.1 
 
 		 201 aa  52.8  0.000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>