242 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_3605 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_3605  NusG antitermination factor  100 
 
 		 174 aa  356  9.999999999999999e-98  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.358379  hitchhiker  0.000423635 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5306  NusG antitermination factor  48.55 
 
 		 174 aa  180  1e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.955236  normal  0.0968328 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0546  NGN domain protein  41.56 
 
 		 168 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00381555 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0149  NusG antitermination factor  31.68 
 
 		 197 aa  100  1e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.114969  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3498  transcription antitermination protein nusG  32.28 
 
 		 194 aa  97.8  6e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3892  NGN domain protein  30.25 
 
 		 176 aa  97.4  9e-20  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0887  transcription antitermination protein nusG  27.95 
 
 		 182 aa  96.3  2e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.769632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1665  NusG antitermination factor  30.67 
 
 		 170 aa  94.7  5e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1589  NusG antitermination factor  30.91 
 
 		 184 aa  93.2  1e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.262291  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1699  NusG antitermination factor  34.15 
 
 		 212 aa  92.4  3e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.341221 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2660  NusG antitermination factor  31.79 
 
 		 161 aa  91.7  4e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.192124  normal  0.041125 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2803  NusG antitermination factor  33.75 
 
 		 207 aa  91.7  5e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2360  NusG antitermination factor  36.51 
 
 		 185 aa  90.9  7e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00889306  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3398  NusG antitermination factor  27.33 
 
 		 174 aa  87.4  8e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.191132  normal  0.539584 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0965  NusG antitermination factor  30.06 
 
 		 169 aa  85.9  3e-16  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0626  NusG antitermination factor  30.43 
 
 		 196 aa  85.9  3e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000497813  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0357  NusG antitermination factor  28.29 
 
 		 154 aa  85.1  4e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5198  NusG antitermination factor  27.85 
 
 		 170 aa  82  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.296838 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2594  transcription antitermination protein nusG  28.76 
 
 		 180 aa  80.9  0.000000000000008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000665583  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6306  NusG antitermination factor  29.49 
 
 		 160 aa  80.1  0.00000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.343168 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1511  NusG antitermination factor  30.82 
 
 		 172 aa  79.7  0.00000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3226  transcriptional activator RfaH  31.93 
 
 		 170 aa  72  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0891  transcriptional activator  30.06 
 
 		 167 aa  70.9  0.000000000009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3638  NusG antitermination factor  26.01 
 
 		 180 aa  70.9  0.00000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2672  transcriptional activator RfaH  27.85 
 
 		 166 aa  68.6  0.00000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000489964  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1124  transcriptional activator RfaH  28.4 
 
 		 167 aa  68.2  0.00000000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3134  NusG antitermination factor  26.16 
 
 		 182 aa  67.8  0.00000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2544  NusG antitermination factor  26.38 
 
 		 168 aa  67.4  0.00000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2484  transcriptional activator RfaH  29.24 
 
 		 174 aa  67  0.0000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2265  transcriptional activator rfaH, putative  27.16 
 
 		 167 aa  67  0.0000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000106043  hitchhiker  0.00695369 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5088  transcription antitermination protein NusG  26.86 
 
 		 185 aa  66.2  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.120932  normal  0.503676 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3444  transcriptional activator RfaH  30.3 
 
 		 170 aa  65.5  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4442  transcription antitermination protein NusG  28.26 
 
 		 185 aa  65.9  0.0000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004133  transcriptional activator RfaH  23.46 
 
 		 166 aa  65.5  0.0000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2904  transcriptional acivator RfaH  27.88 
 
 		 168 aa  64.7  0.0000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00160957  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1469  transcriptional acivator RfaH  27.88 
 
 		 168 aa  64.7  0.0000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000410204  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0093  transcription antitermination protein nusG  26.99 
 
 		 177 aa  64.3  0.0000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01331  transcriptional activator RfaH  22.84 
 
 		 166 aa  64.3  0.0000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3036  transcriptional acivator RfaH  27.27 
 
 		 168 aa  64.3  0.0000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00758207  normal  0.29399 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2894  transcriptional acivator RfaH  26.67 
 
 		 168 aa  63.9  0.0000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000245267  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3325  NusG antitermination factor  27.46 
 
 		 194 aa  62.8  0.000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0701558  normal  0.115804 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3473  transcription antitermination protein NusG  25.57 
 
 		 176 aa  62.4  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.106397  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2406  transcription antitermination protein NusG  27.12 
 
 		 185 aa  62  0.000000004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00337578  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3466  NusG antitermination factor  24.24 
 
 		 169 aa  62  0.000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4321  NusG antitermination factor  27.46 
 
 		 194 aa  62  0.000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0895327  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2265  NusG antitermination factor  28.57 
 
 		 175 aa  61.2  0.000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1374  transcription antitermination protein nusG  25.15 
 
 		 166 aa  60.5  0.00000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000814975  hitchhiker  0.00000420235 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0511  transcriptional activator RfaH  22.98 
 
 		 165 aa  59.7  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1314  transcription antitermination protein nusG  24.54 
 
 		 166 aa  60.1  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0397005  normal  0.368263 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1381  transcription antitermination protein nusG  24.54 
 
 		 166 aa  60.1  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.111282  normal  0.154927 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3953  transcriptional activator RfaH  25.5 
 
 		 163 aa  59.3  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.038453 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3693  transcription antitermination protein NusG  24.43 
 
 		 176 aa  59.3  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1345  transcription antitermination protein NusG  24.86 
 
 		 176 aa  58.5  0.00000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3198  NusG antitermination factor  24.86 
 
 		 184 aa  58.2  0.00000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.243646 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2276  transcription antitermination protein NusG  23.86 
 
 		 176 aa  57.8  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.136705  normal  0.759568 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1650  transcriptional acivator RfaH  25.29 
 
 		 179 aa  57.4  0.00000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0204524  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1249  transcription antitermination protein NusG  24.59 
 
 		 175 aa  57  0.0000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.330166  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0367  NusG antitermination factor  25.71 
 
 		 177 aa  56.6  0.0000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.527388  normal  0.813654 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1210  transcription antitermination protein NusG  24.59 
 
 		 175 aa  57  0.0000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3202  transcription antitermination protein NusG  23.86 
 
 		 176 aa  57.4  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1807  transcription antitermination protein nusG  24.72 
 
 		 177 aa  56.6  0.0000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.379623  normal  0.264433 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1705  NusG antitermination factor  27.98 
 
 		 173 aa  57.4  0.0000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0707648  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0826  transcriptional activator RfaH  23.72 
 
 		 165 aa  56.6  0.0000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4222  transcriptional activator RfaH  23.6 
 
 		 162 aa  56.2  0.0000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00601937 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4478  NusG antitermination factor  25.86 
 
 		 177 aa  56.6  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3907  transcriptional activator RfaH  25.62 
 
 		 162 aa  56.2  0.0000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.519229  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1526  transcription antitermination protein NusG  23.86 
 
 		 176 aa  56.2  0.0000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1894  NusG antitermination factor  25.71 
 
 		 177 aa  56.6  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0214948  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4364  transcriptional activator RfaH  24.54 
 
 		 162 aa  56.2  0.0000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.394669  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0256  transcriptional activator RfaH  23.95 
 
 		 162 aa  56.6  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.108005 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3997  transcription termination/antitermination factor NusG  25.86 
 
 		 177 aa  56.6  0.0000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.183871  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4366  NusG antitermination factor  25.86 
 
 		 177 aa  56.6  0.0000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03733  transcriptional activator RfaH  23.6 
 
 		 162 aa  55.8  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4139  transcriptional acivator RfaH  23.6 
 
 		 162 aa  55.8  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3194  transcriptional activator rfaH, putative  24.24 
 
 		 166 aa  55.8  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5280  transcriptional activator RfaH  23.6 
 
 		 162 aa  55.8  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.311175  normal  0.111679 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3359  NusG antitermination factor  24.73 
 
 		 176 aa  56.2  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.16997 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4360  transcriptional activator RfaH  23.6 
 
 		 162 aa  55.8  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.659634  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4304  transcriptional activator RfaH  24.54 
 
 		 162 aa  55.8  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4208  transcriptional activator RfaH  24.54 
 
 		 162 aa  55.8  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4239  transcriptional activator RfaH  24.07 
 
 		 162 aa  55.8  0.0000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4185  transcriptional activator RfaH  24.54 
 
 		 162 aa  55.8  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.143916  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4064  transcriptional activator RfaH  23.6 
 
 		 162 aa  55.8  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4311  transcriptional activator RfaH  23.6 
 
 		 162 aa  55.8  0.0000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4168  transcriptional activator RfaH  23.6 
 
 		 162 aa  55.8  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131258 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0566  transcription antitermination protein NusG  24.14 
 
 		 176 aa  55.8  0.0000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000268519  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4257  transcriptional activator RfaH  24.54 
 
 		 162 aa  55.8  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3033  NusG antitermination factor  26.35 
 
 		 179 aa  55.8  0.0000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201282  hitchhiker  0.00738104 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03682  hypothetical protein  23.6 
 
 		 162 aa  55.8  0.0000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1824  NusG antitermination factor  25.54 
 
 		 201 aa  55.1  0.0000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1319  transcription antitermination protein NusG  23.56 
 
 		 176 aa  55.1  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.20753  normal  0.259679 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0835  transcription antitermination protein nusG  24.02 
 
 		 176 aa  55.1  0.0000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000261776  normal  0.0934709 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3755  transcriptional activator RfaH  23.6 
 
 		 162 aa  54.7  0.0000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2142  transcription antitermination protein nusG  23.31 
 
 		 182 aa  54.7  0.0000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.592011  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1417  transcription antitermination protein NusG  23.56 
 
 		 176 aa  54.3  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.311768 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2347  NusG antitermination factor  24.34 
 
 		 203 aa  54.3  0.0000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00861255  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0121  NusG antitermination factor  25.18 
 
 		 188 aa  54.3  0.0000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.978934  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4048  transcriptional activator RfaH  24.69 
 
 		 162 aa  53.5  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1824  transcription antitermination protein NusG  26.59 
 
 		 174 aa  53.9  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0446524  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1942  transcription antitermination protein NusG  24.71 
 
 		 175 aa  53.5  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.321032  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>