76 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_2660 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_2660  NusG antitermination factor  100 
 
 		 161 aa  332  2e-90  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.192124  normal  0.041125 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6306  NusG antitermination factor  55.7 
 
 		 160 aa  186  2e-46  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.343168 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0357  NusG antitermination factor  41.06 
 
 		 154 aa  127  7.000000000000001e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2360  NusG antitermination factor  40.51 
 
 		 185 aa  119  9.999999999999999e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00889306  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3892  NGN domain protein  36.48 
 
 		 176 aa  101  5e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3605  NusG antitermination factor  31.79 
 
 		 174 aa  91.7  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.358379  hitchhiker  0.000423635 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1589  NusG antitermination factor  31.45 
 
 		 184 aa  90.9  7e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.262291  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3398  NusG antitermination factor  30 
 
 		 174 aa  85.5  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.191132  normal  0.539584 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0546  NGN domain protein  32.08 
 
 		 168 aa  84  8e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00381555 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5306  NusG antitermination factor  33.75 
 
 		 174 aa  81.3  0.000000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.955236  normal  0.0968328 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0149  NusG antitermination factor  29.75 
 
 		 197 aa  79.3  0.00000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.114969  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0965  NusG antitermination factor  28.95 
 
 		 169 aa  75.1  0.0000000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5198  NusG antitermination factor  32.19 
 
 		 170 aa  72.8  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.296838 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0626  NusG antitermination factor  31.01 
 
 		 196 aa  72.4  0.000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000497813  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2594  transcription antitermination protein nusG  26.42 
 
 		 180 aa  71.6  0.000000000004  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000665583  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1665  NusG antitermination factor  28.48 
 
 		 170 aa  71.6  0.000000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1511  NusG antitermination factor  30 
 
 		 172 aa  69.7  0.00000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0887  transcription antitermination protein nusG  25.81 
 
 		 182 aa  65.9  0.0000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.769632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1705  NusG antitermination factor  30.38 
 
 		 173 aa  62.4  0.000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0707648  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3498  transcription antitermination protein nusG  26.22 
 
 		 194 aa  60.5  0.000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01331  transcriptional activator RfaH  30.67 
 
 		 166 aa  55.1  0.0000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2398  NusG antitermination factor  30.84 
 
 		 196 aa  55.1  0.0000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.134344  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0891  transcriptional activator  27.74 
 
 		 167 aa  54.7  0.0000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3638  NusG antitermination factor  41.54 
 
 		 180 aa  54.7  0.0000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3226  transcriptional activator RfaH  31.96 
 
 		 170 aa  54.3  0.0000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0093  transcription antitermination protein nusG  26.98 
 
 		 177 aa  52  0.000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3134  NusG antitermination factor  24.32 
 
 		 182 aa  52  0.000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3198  NusG antitermination factor  25.15 
 
 		 184 aa  51.6  0.000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.243646 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1124  transcriptional activator RfaH  27.1 
 
 		 167 aa  51.6  0.000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1381  transcription antitermination protein nusG  28.57 
 
 		 166 aa  51.2  0.000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.111282  normal  0.154927 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1314  transcription antitermination protein nusG  28.57 
 
 		 166 aa  51.2  0.000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0397005  normal  0.368263 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1374  transcription antitermination protein nusG  28.57 
 
 		 166 aa  50.8  0.000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000814975  hitchhiker  0.00000420235 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2894  transcriptional acivator RfaH  30.53 
 
 		 168 aa  50.8  0.000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000245267  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2904  transcriptional acivator RfaH  30.53 
 
 		 168 aa  50.8  0.000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00160957  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2672  transcriptional activator RfaH  38.33 
 
 		 166 aa  50.8  0.000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000489964  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1469  transcriptional acivator RfaH  30.53 
 
 		 168 aa  50.8  0.000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000410204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3036  transcriptional acivator RfaH  30.53 
 
 		 168 aa  50.8  0.000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00758207  normal  0.29399 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3444  transcriptional activator RfaH  28.57 
 
 		 170 aa  50.4  0.00001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3466  NusG antitermination factor  27.34 
 
 		 169 aa  50.4  0.00001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2265  NusG antitermination factor  29.73 
 
 		 175 aa  49.3  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2484  transcriptional activator RfaH  28.06 
 
 		 174 aa  49.7  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3033  NusG antitermination factor  30.23 
 
 		 179 aa  48.9  0.00003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201282  hitchhiker  0.00738104 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1650  transcriptional acivator RfaH  25.5 
 
 		 179 aa  48.9  0.00003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0204524  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004133  transcriptional activator RfaH  27.16 
 
 		 166 aa  48.9  0.00003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3194  transcriptional activator rfaH, putative  29.47 
 
 		 166 aa  48.5  0.00004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2812  transcription antitermination protein nusG  26 
 
 		 178 aa  47  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3755  transcriptional activator RfaH  30.71 
 
 		 162 aa  45.8  0.0002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5280  transcriptional activator RfaH  25.6 
 
 		 162 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.311175  normal  0.111679 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4364  transcriptional activator RfaH  24.8 
 
 		 162 aa  45.8  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.394669  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4208  transcriptional activator RfaH  24.8 
 
 		 162 aa  45.8  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03682  hypothetical protein  25.6 
 
 		 162 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4360  transcriptional activator RfaH  25.6 
 
 		 162 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.659634  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4185  transcriptional activator RfaH  24.8 
 
 		 162 aa  45.8  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.143916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4257  transcriptional activator RfaH  24.8 
 
 		 162 aa  45.8  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4139  transcriptional acivator RfaH  25.6 
 
 		 162 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2844  NusG antitermination factor  37.04 
 
 		 170 aa  46.2  0.0002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.117724  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2544  NusG antitermination factor  28.42 
 
 		 168 aa  46.2  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4064  transcriptional activator RfaH  25.6 
 
 		 162 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03733  transcriptional activator RfaH  25.6 
 
 		 162 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4304  transcriptional activator RfaH  24.8 
 
 		 162 aa  45.8  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4222  transcriptional activator RfaH  25.6 
 
 		 162 aa  46.6  0.0002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00601937 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4311  transcriptional activator RfaH  25.6 
 
 		 162 aa  46.2  0.0002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4168  transcriptional activator RfaH  25.6 
 
 		 162 aa  46.2  0.0002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131258 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1549  transcription antitermination protein nusG  27.64 
 
 		 234 aa  45.4  0.0004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.671844  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1398  NusG antitermination factor  27.89 
 
 		 175 aa  44.3  0.0006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000128095  normal  0.158725 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4091  hypothetical protein  25.95 
 
 		 174 aa  44.3  0.0007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.177028 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3907  transcriptional activator RfaH  30.71 
 
 		 162 aa  44.3  0.0008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.519229  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0826  transcriptional activator RfaH  31.39 
 
 		 165 aa  43.9  0.0009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4048  transcriptional activator RfaH  32.03 
 
 		 162 aa  42.4  0.003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0204  NusG antitermination factor  25.48 
 
 		 188 aa  41.6  0.004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1699  NusG antitermination factor  27.27 
 
 		 212 aa  41.2  0.006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.341221 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4239  transcriptional activator RfaH  32.03 
 
 		 162 aa  41.2  0.006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3953  transcriptional activator RfaH  24.8 
 
 		 163 aa  40.8  0.008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.038453 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2803  NusG antitermination factor  25.47 
 
 		 207 aa  40.4  0.01  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0263  transcription antitermination protein NusG  28.3 
 
 		 179 aa  40.4  0.01  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.000027375  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0164  transcription antitermination protein NusG  25.71 
 
 		 181 aa  40.4  0.01  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>