More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_1549 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_1549  transcription antitermination protein nusG  100 
 
 
234 aa  473  1e-133  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.671844  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3902  transcription antitermination protein nusG  29.47 
 
 
196 aa  82.4  0.000000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3251  NusG antitermination factor  28.99 
 
 
196 aa  79.3  0.00000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3597  NusG antitermination factor  28.28 
 
 
202 aa  69.7  0.00000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.259347  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2972  transcription antitermination protein NusG  28.72 
 
 
194 aa  68.6  0.00000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.65694 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3319  transcription antitermination protein NusG  28.72 
 
 
194 aa  68.9  0.00000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.243679  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1702  NusG antitermination factor  27.09 
 
 
196 aa  68.6  0.00000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00942091  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3863  NusG antitermination factor  30.48 
 
 
176 aa  68.2  0.0000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0971314 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4447  transcription antitermination protein nusG  26.47 
 
 
199 aa  67.8  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0158403  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2725  NusG antitermination factor  26.7 
 
 
181 aa  67.4  0.0000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0672465  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0505  NusG antitermination factor  28.14 
 
 
194 aa  67.4  0.0000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0546  NGN domain protein  26.63 
 
 
168 aa  66.6  0.0000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00381555 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0037  NusG antitermination factor  27.87 
 
 
190 aa  66.6  0.0000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00000759472  hitchhiker  0.0000000000226007 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3454  NusG antitermination factor  26.94 
 
 
184 aa  66.6  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000805693  normal  0.0356218 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0697  NusG antitermination factor  30.65 
 
 
176 aa  66.2  0.0000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00804947  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2226  NusG antitermination factor  28.04 
 
 
179 aa  66.2  0.0000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0470266 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4536  transcription antitermination protein nusG  26.5 
 
 
197 aa  66.2  0.0000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.151972  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0272  transcription antitermination protein NusG  43.68 
 
 
181 aa  65.9  0.0000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000325159  normal  0.0243514 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2871  transcription antitermination protein NusG  40.23 
 
 
181 aa  65.9  0.0000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000236415  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4761  transcription antitermination protein NusG  29.15 
 
 
177 aa  66.2  0.0000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00000265262  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1025  transcription antitermination protein NusG  30.48 
 
 
176 aa  65.9  0.0000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0442  transcription antitermination protein NusG  29.15 
 
 
177 aa  65.9  0.0000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.122371  unclonable  0.000000284446 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0472  transcription antitermination protein NusG  29.15 
 
 
177 aa  65.9  0.0000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.030114  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0475  transcription antitermination protein NusG  29.15 
 
 
177 aa  65.9  0.0000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000120697  normal  0.0264815 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3645  NusG antitermination factor  27.8 
 
 
198 aa  65.5  0.0000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.56368 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2725  transcription antitermination protein NusG  42.35 
 
 
182 aa  65.1  0.0000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000195897  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0121  NusG antitermination factor  25.95 
 
 
188 aa  65.5  0.0000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.978934  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1444  NusG antitermination factor  25.56 
 
 
178 aa  65.1  0.0000000009  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2259  NusG antitermination factor  26.15 
 
 
212 aa  64.7  0.000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.610472  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0334  transcription antitermination protein NusG  42.53 
 
 
181 aa  64.7  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000111742  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3194  transcription antitermination protein NusG  27.6 
 
 
193 aa  64.7  0.000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.178337  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0205  transcription antitermination protein NusG  42.53 
 
 
181 aa  64.7  0.000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000145742  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3865  transcription antitermination protein NusG  42.53 
 
 
181 aa  64.7  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  8.284e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2805  transcription antitermination protein NusG  42.53 
 
 
181 aa  64.7  0.000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000375303  normal  0.085047 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0421  NusG antitermination factor  28.65 
 
 
183 aa  64.7  0.000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.000000362021  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3339  transcription antitermination protein NusG  27.6 
 
 
193 aa  64.7  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0200  transcription antitermination protein NusG  42.53 
 
 
181 aa  64.7  0.000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00968308  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0446  transcription antitermination protein nusG  29.08 
 
 
177 aa  64.7  0.000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.144554  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3921  transcription antitermination protein NusG  30.57 
 
 
177 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.326446  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03858  transcription antitermination protein NusG  41.38 
 
 
181 aa  63.5  0.000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00000783565  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4013  NusG antitermination factor  41.38 
 
 
181 aa  63.5  0.000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000017638  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4521  transcription antitermination protein NusG  41.38 
 
 
181 aa  63.5  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000238759  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0870  NusG antitermination factor  27.6 
 
 
177 aa  63.9  0.000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0614  transcription antitermination protein NusG  28.36 
 
 
177 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.332962  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4215  transcription antitermination protein NusG  41.38 
 
 
181 aa  63.5  0.000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.3776099999999998e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03811  hypothetical protein  41.38 
 
 
181 aa  63.5  0.000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00000794784  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4560  transcription antitermination protein NusG  28.36 
 
 
177 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000238123  normal  0.475852 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5447  transcription antitermination protein NusG  41.38 
 
 
181 aa  63.5  0.000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000061444  hitchhiker  0.00794731 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4288  NusG antitermination factor  30.21 
 
 
177 aa  63.9  0.000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000127222  hitchhiker  0.00000238714 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2336  NusG antitermination factor  26.56 
 
 
177 aa  63.5  0.000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.045954  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4430  transcription antitermination protein NusG  41.38 
 
 
181 aa  63.5  0.000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000852563  hitchhiker  0.00000586315 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3736  transcription antitermination protein NusG  41.38 
 
 
181 aa  63.5  0.000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.192921  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4480  transcription antitermination protein NusG  41.38 
 
 
181 aa  63.5  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0050057  decreased coverage  0.0000000000000047886 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4554  transcription antitermination protein NusG  41.38 
 
 
181 aa  63.5  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0154777  hitchhiker  0.000000000000240769 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4043  transcription antitermination protein NusG  41.38 
 
 
181 aa  63.5  0.000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000183625  hitchhiker  0.00769513 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3890  transcription antitermination protein NusG  41.38 
 
 
181 aa  63.5  0.000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0134744  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4358  transcription antitermination protein NusG  41.38 
 
 
181 aa  63.5  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00203543  normal  0.568115 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0497  transcription termination/antitermination factor NusG  41.18 
 
 
181 aa  63.9  0.000000002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2687  NusG antitermination factor  29.69 
 
 
185 aa  63.9  0.000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00303522  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4470  transcription antitermination protein NusG  41.38 
 
 
181 aa  63.5  0.000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000671893  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4390  transcription antitermination protein NusG  41.38 
 
 
181 aa  63.5  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000826486  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4477  transcription antitermination protein NusG  41.38 
 
 
181 aa  63.5  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00122338  hitchhiker  0.00131185 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1061  transcription antitermination protein NusG  26.84 
 
 
177 aa  63.2  0.000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0756818  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3039  transcription antitermination protein NusG  27.32 
 
 
194 aa  63.2  0.000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0831127 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2276  NusG antitermination factor  27.51 
 
 
179 aa  63.5  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0689  transcription termination/antitermination factor NusG  27.57 
 
 
177 aa  63.2  0.000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  4.8031099999999993e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4702  NusG antitermination factor  42.7 
 
 
183 aa  63.2  0.000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000069225  hitchhiker  0.0000042395 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2364  NusG antitermination factor  27.51 
 
 
179 aa  63.5  0.000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0318836  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0146  NusG antitermination factor  43.68 
 
 
180 aa  63.2  0.000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000173451  normal  0.0355944 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2181  NusG antitermination factor  27.55 
 
 
177 aa  63.5  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0835  transcription antitermination protein nusG  28.72 
 
 
176 aa  63.2  0.000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000261776  normal  0.0934709 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4329  NusG antitermination factor  43.68 
 
 
183 aa  62.8  0.000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000065431  hitchhiker  0.00000000191931 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0172  NusG antitermination factor  43.68 
 
 
183 aa  62.8  0.000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000325102  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0825  transcription antitermination protein NusG  28.14 
 
 
177 aa  62.8  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00247224  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0041  NusG antitermination factor  28.18 
 
 
190 aa  63.2  0.000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000273158  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08710  transcription antitermination protein NusG  28.14 
 
 
177 aa  62.8  0.000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000110912  hitchhiker  0.00206249 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0707  transcription antitermination protein NusG  29.51 
 
 
177 aa  62.8  0.000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0627927  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2724  NusG antitermination factor  29.79 
 
 
176 aa  62.4  0.000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0514206  normal  0.451833 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1321  transcription antitermination protein NusG  27.13 
 
 
176 aa  62.4  0.000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.885271 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1450  NusG antitermination factor  28.87 
 
 
184 aa  62.8  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0405  NusG antitermination factor  25.67 
 
 
175 aa  62.4  0.000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000272103  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3456  transcription antitermination protein NusG  27.32 
 
 
192 aa  62.8  0.000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.147926  normal  0.436073 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0444  NusG antitermination factor  28.11 
 
 
183 aa  62.8  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00230  transcription antitermination protein NusG  40 
 
 
182 aa  62.4  0.000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0192  transcription antitermination protein NusG  41.38 
 
 
181 aa  62.4  0.000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000000156554  normal  0.240176 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002168  transcription antitermination protein NusG  40 
 
 
182 aa  62.4  0.000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000118825  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3451  NusG antitermination factor  27.32 
 
 
183 aa  62.4  0.000000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0281776  normal  0.0124295 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4777  transcription termination/antitermination factor NusG  40.48 
 
 
195 aa  62  0.000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.113479  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1587  transcription antitermination protein nusG  26.46 
 
 
179 aa  62.4  0.000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3845  NusG antitermination factor  50.88 
 
 
177 aa  62  0.000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.64843 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0136  NusG antitermination factor  29.9 
 
 
183 aa  62  0.000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000274411  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1181  NusG antitermination factor  27.08 
 
 
185 aa  61.6  0.000000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00327311  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2991  transcription antitermination protein nusG  26.02 
 
 
184 aa  61.6  0.000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0367  NusG antitermination factor  27.13 
 
 
177 aa  61.6  0.000000009  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.527388  normal  0.813654 
 
 
-
 
NC_009037  Sbal_4470  NusG antitermination factor  41.18 
 
 
183 aa  61.2  0.00000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1894  NusG antitermination factor  28.72 
 
 
177 aa  61.2  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0214948  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0184  NusG antitermination factor  41.18 
 
 
183 aa  61.2  0.00000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000410017  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4366  NusG antitermination factor  49.12 
 
 
177 aa  61.2  0.00000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4478  NusG antitermination factor  49.12 
 
 
177 aa  61.2  0.00000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0201  transcription antitermination protein NusG  42.53 
 
 
183 aa  61.2  0.00000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000538288  hitchhiker  0.00010102 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>