More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3454 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_3454  NusG antitermination factor  100 
 
 		 184 aa  366  1e-100  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000805693  normal  0.0356218 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4482  NusG antitermination factor  72.43 
 
 		 186 aa  283  7e-76  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.000412602  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3174  transcription antitermination protein nusG  72.13 
 
 		 185 aa  276  1e-73  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1401  hypothetical protein  60.67 
 
 		 186 aa  228  4e-59  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0844  transcription termination/antitermination factor NusG  58.24 
 
 		 180 aa  217  7.999999999999999e-56  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.508276 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00050  putative transcription antitermination protein  58.76 
 
 		 183 aa  207  1e-52  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1938  NusG antitermination factor  56.5 
 
 		 183 aa  200  9.999999999999999e-51  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1103  NusG antitermination factor  52.22 
 
 		 186 aa  195  4.0000000000000005e-49  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00324857  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0421  NusG antitermination factor  49.73 
 
 		 183 aa  190  1e-47  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.000000362021  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1702  NusG antitermination factor  50.28 
 
 		 196 aa  178  4e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00942091  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0389  transcription antitermination protein NusG  50.56 
 
 		 179 aa  176  1e-43  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3845  NusG antitermination factor  44.44 
 
 		 177 aa  156  1e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.64843 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2724  NusG antitermination factor  45.2 
 
 		 176 aa  152  2.9999999999999998e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0514206  normal  0.451833 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3359  NusG antitermination factor  44.94 
 
 		 176 aa  152  2.9999999999999998e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.16997 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0973  transcription antitermination protein NusG  45 
 
 		 176 aa  152  4e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00943054 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2181  NusG antitermination factor  42.78 
 
 		 177 aa  151  5e-36  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0283  NusG antitermination factor  44.38 
 
 		 177 aa  150  7e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000912407  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3863  NusG antitermination factor  43.33 
 
 		 176 aa  150  7e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0971314 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0267  transcription antitermination protein nusG  40.98 
 
 		 179 aa  150  1e-35  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00185967  hitchhiker  0.0014194 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1807  transcription antitermination protein nusG  42.78 
 
 		 177 aa  150  1e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.379623  normal  0.264433 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4478  NusG antitermination factor  42.78 
 
 		 177 aa  149  2e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3997  transcription termination/antitermination factor NusG  42.78 
 
 		 177 aa  149  2e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.183871  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1319  transcription antitermination protein NusG  45 
 
 		 176 aa  149  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.20753  normal  0.259679 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0367  NusG antitermination factor  42.78 
 
 		 177 aa  149  2e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.527388  normal  0.813654 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4366  NusG antitermination factor  42.78 
 
 		 177 aa  149  2e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1342  NusG antitermination factor  42.78 
 
 		 176 aa  149  2e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.204626  normal  0.0694294 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1417  transcription antitermination protein NusG  44.44 
 
 		 176 aa  149  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.311768 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0314  NusG antitermination factor  45.05 
 
 		 193 aa  149  3e-35  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000044126  decreased coverage  0.000127563 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1818  transcription antitermination protein NusG  43.89 
 
 		 176 aa  148  4e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0446  transcription antitermination protein nusG  43.82 
 
 		 177 aa  148  4e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.144554  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0835  transcription antitermination protein nusG  44.44 
 
 		 176 aa  148  4e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000261776  normal  0.0934709 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1894  NusG antitermination factor  42.78 
 
 		 177 aa  148  5e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0214948  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0311  NusG antitermination factor  41.11 
 
 		 177 aa  147  6e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000340936  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3202  transcription antitermination protein NusG  42.78 
 
 		 176 aa  147  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0283  NusG antitermination factor  44.69 
 
 		 191 aa  146  2.0000000000000003e-34  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000000819878  hitchhiker  0.00383281 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0485  NusG antitermination factor  43.33 
 
 		 177 aa  146  2.0000000000000003e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00514524  hitchhiker  0.00000162097 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0870  NusG antitermination factor  41.67 
 
 		 177 aa  145  2.0000000000000003e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3693  transcription antitermination protein NusG  42.78 
 
 		 176 aa  146  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2182  NusG antitermination factor  39.11 
 
 		 176 aa  145  2.0000000000000003e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0729444  normal  0.026966 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0314  transcription termination/antitermination factor NusG  43.33 
 
 		 177 aa  146  2.0000000000000003e-34  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.655686  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1942  transcription antitermination protein NusG  42.22 
 
 		 175 aa  145  3e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.321032  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1345  transcription antitermination protein NusG  42.22 
 
 		 176 aa  145  4.0000000000000006e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2276  transcription antitermination protein NusG  42.22 
 
 		 176 aa  145  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.136705  normal  0.759568 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2336  NusG antitermination factor  40.56 
 
 		 177 aa  144  5e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.045954  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1249  transcription antitermination protein NusG  41.67 
 
 		 175 aa  144  7.0000000000000006e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.330166  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1892  transcription antitermination protein nusG  38.55 
 
 		 176 aa  144  7.0000000000000006e-34  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.194693  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1210  transcription antitermination protein NusG  41.67 
 
 		 175 aa  144  7.0000000000000006e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1526  transcription antitermination protein NusG  42.22 
 
 		 176 aa  144  9e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1061  transcription antitermination protein NusG  41.11 
 
 		 177 aa  143  1e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0756818  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0409  transcription antitermination protein NusG  41.44 
 
 		 177 aa  144  1e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00119754  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0191  NusG antitermination factor  42.61 
 
 		 191 aa  142  2e-33  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000382089  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0919  transcription antitermination protein nusG  41.81 
 
 		 177 aa  142  2e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000542135  hitchhiker  0.00000170909 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1824  transcription antitermination protein NusG  41.24 
 
 		 174 aa  142  2e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0446524  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0228  transcription antitermination protein nusG  43.65 
 
 		 191 aa  142  2e-33  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00207828  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4777  transcription termination/antitermination factor NusG  39.78 
 
 		 195 aa  142  3e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.113479  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4702  NusG antitermination factor  40.78 
 
 		 183 aa  142  3e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000069225  hitchhiker  0.0000042395 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0825  transcription antitermination protein NusG  41.01 
 
 		 177 aa  142  3e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00247224  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08710  transcription antitermination protein NusG  41.01 
 
 		 177 aa  142  3e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000110912  hitchhiker  0.00206249 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1321  transcription antitermination protein NusG  40.45 
 
 		 176 aa  142  3e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.885271 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2684  NusG antitermination factor  41.81 
 
 		 191 aa  141  4e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000736005  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3473  transcription antitermination protein NusG  42.22 
 
 		 176 aa  142  4e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.106397  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0593  NusG antitermination factor  40.88 
 
 		 190 aa  142  4e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.0000418183  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2041  NusG antitermination factor  38.12 
 
 		 176 aa  141  6e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000215719  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1704  transcription antitermination protein nusG  42.86 
 
 		 177 aa  140  7e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.999252  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0352  NusG antitermination factor  41.48 
 
 		 191 aa  140  7e-33  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000459133  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2700  transcription antitermination protein NusG  41.67 
 
 		 176 aa  140  7e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0334  NusG antitermination factor  42.86 
 
 		 177 aa  140  7e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0344546  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0348  NusG antitermination factor  42.86 
 
 		 177 aa  140  7e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.789152  normal  0.714428 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2547  NusG antitermination factor  43.33 
 
 		 178 aa  140  9e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1025  transcription antitermination protein NusG  38.76 
 
 		 176 aa  140  9.999999999999999e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0614  transcription antitermination protein NusG  40.45 
 
 		 177 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.332962  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4560  transcription antitermination protein NusG  40.45 
 
 		 177 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000238123  normal  0.475852 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00690  transcription termination/antitermination factor NusG  39.89 
 
 		 183 aa  140  9.999999999999999e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.0000164845  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5091  transcription antitermination protein NusG  41.24 
 
 		 177 aa  140  9.999999999999999e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000183077  normal  0.524031 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1967  NusG antitermination factor  39.66 
 
 		 192 aa  140  9.999999999999999e-33  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.688216  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2725  transcription antitermination protein NusG  40.45 
 
 		 182 aa  140  9.999999999999999e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000195897  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3451  NusG antitermination factor  39.66 
 
 		 183 aa  140  9.999999999999999e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0281776  normal  0.0124295 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4329  NusG antitermination factor  40.22 
 
 		 183 aa  139  1.9999999999999998e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000065431  hitchhiker  0.00000000191931 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5088  transcription antitermination protein NusG  41.44 
 
 		 185 aa  139  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.120932  normal  0.503676 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0689  transcription termination/antitermination factor NusG  40.66 
 
 		 177 aa  139  3e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  4.8031099999999993e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0146  NusG antitermination factor  39.44 
 
 		 180 aa  139  3e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000173451  normal  0.0355944 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3921  transcription antitermination protein NusG  40.45 
 
 		 177 aa  138  3e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.326446  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0442  transcription antitermination protein NusG  40.45 
 
 		 177 aa  138  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.122371  unclonable  0.000000284446 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0472  transcription antitermination protein NusG  40.45 
 
 		 177 aa  138  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.030114  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0172  NusG antitermination factor  39.66 
 
 		 183 aa  138  3.9999999999999997e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000325102  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0158  transcription termination/antitermination factor NusG  39.66 
 
 		 183 aa  138  3.9999999999999997e-32  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.00000000000171251  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0475  transcription antitermination protein NusG  40.45 
 
 		 177 aa  138  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000120697  normal  0.0264815 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3039  transcription antitermination protein NusG  40.68 
 
 		 194 aa  138  4.999999999999999e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0831127 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4442  transcription antitermination protein NusG  41.34 
 
 		 185 aa  138  4.999999999999999e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2336  transcription antitermination protein NusG  42.7 
 
 		 177 aa  137  6e-32  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000349971  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0227  transcription antitermination protein nusG  44.13 
 
 		 177 aa  137  6e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.355469  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4761  transcription antitermination protein NusG  40.68 
 
 		 177 aa  137  6e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.00000265262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3339  transcription antitermination protein NusG  39.78 
 
 		 193 aa  137  7e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1334  NusG antitermination factor  40.56 
 
 		 175 aa  137  7.999999999999999e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0792615  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00230  transcription antitermination protein NusG  39.33 
 
 		 182 aa  137  7.999999999999999e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002168  transcription antitermination protein NusG  39.33 
 
 		 182 aa  137  1e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000118825  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3194  transcription antitermination protein NusG  39.78 
 
 		 193 aa  136  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.178337  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3319  transcription antitermination protein NusG  39.78 
 
 		 194 aa  137  1e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.243679  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0136  NusG antitermination factor  39.11 
 
 		 183 aa  137  1e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000274411  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0201  transcription antitermination protein NusG  38.89 
 
 		 183 aa  137  1e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000538288  hitchhiker  0.00010102 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>