More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmar_1103 on replicon NC_013501
Organism: Rhodothermus marinus DSM 4252



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013501  Rmar_1103  NusG antitermination factor  100 
 
 
186 aa  369  1e-101  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00324857  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0844  transcription termination/antitermination factor NusG  56.98 
 
 
180 aa  213  9.999999999999999e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.508276 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00050  putative transcription antitermination protein  52.84 
 
 
183 aa  196  2.0000000000000003e-49  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1938  NusG antitermination factor  51.96 
 
 
183 aa  195  4.0000000000000005e-49  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3454  NusG antitermination factor  52.22 
 
 
184 aa  195  4.0000000000000005e-49  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000805693  normal  0.0356218 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0283  NusG antitermination factor  52 
 
 
191 aa  193  2e-48  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000000819878  hitchhiker  0.00383281 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3174  transcription antitermination protein nusG  54.49 
 
 
185 aa  190  9e-48  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0314  NusG antitermination factor  50.29 
 
 
193 aa  187  8e-47  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000044126  decreased coverage  0.000127563 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0191  NusG antitermination factor  49.72 
 
 
191 aa  186  2e-46  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000382089  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0228  transcription antitermination protein nusG  50.86 
 
 
191 aa  186  2e-46  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00207828  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2684  NusG antitermination factor  49.72 
 
 
191 aa  184  5e-46  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000736005  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0689  transcription termination/antitermination factor NusG  49.43 
 
 
177 aa  184  8e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  4.8031099999999993e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1967  NusG antitermination factor  48.57 
 
 
192 aa  183  1.0000000000000001e-45  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.688216  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0352  NusG antitermination factor  48.85 
 
 
191 aa  182  2.0000000000000003e-45  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000459133  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0421  NusG antitermination factor  49.43 
 
 
183 aa  182  3e-45  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.000000362021  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4482  NusG antitermination factor  50.28 
 
 
186 aa  181  6e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.000412602  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2336  NusG antitermination factor  50.57 
 
 
177 aa  181  7e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.045954  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0389  transcription antitermination protein NusG  52 
 
 
179 aa  180  1e-44  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0283  NusG antitermination factor  50 
 
 
177 aa  179  2e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000912407  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4681  transcription antitermination protein nusG  49.13 
 
 
199 aa  179  2e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.000131174  hitchhiker  0.00867825 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1401  hypothetical protein  50.28 
 
 
186 aa  178  4e-44  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1930  NusG antitermination factor  48.88 
 
 
175 aa  177  1e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000062864  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1056  NusG antitermination factor  49.43 
 
 
175 aa  173  9.999999999999999e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.654649  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0180  transcription antitermination protein nusG  44.63 
 
 
174 aa  172  2.9999999999999996e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000000727534  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1702  NusG antitermination factor  48.31 
 
 
196 aa  171  3.9999999999999995e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00942091  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2181  NusG antitermination factor  48.28 
 
 
177 aa  171  5.999999999999999e-42  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2725  NusG antitermination factor  45.81 
 
 
181 aa  171  7.999999999999999e-42  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0672465  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0835  transcription antitermination protein nusG  48.28 
 
 
176 aa  169  2e-41  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000261776  normal  0.0934709 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0614  transcription antitermination protein nusG  47.73 
 
 
175 aa  169  3e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000451246 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0754  transcription antitermination protein NusG  48 
 
 
177 aa  168  4e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1587  transcription antitermination protein nusG  46.63 
 
 
179 aa  168  4e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0263  transcription antitermination protein NusG  46.29 
 
 
185 aa  168  5e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00191516  normal  0.632034 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0236  transcription antitermination protein NusG  46.29 
 
 
185 aa  168  5e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.176958  normal  0.0127315 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0314  transcription antitermination protein NusG  46.29 
 
 
185 aa  168  5e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00007649  normal  0.212857 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3434  transcription antitermination protein NusG  46.29 
 
 
185 aa  168  5e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00962421  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2772  transcription antitermination protein NusG  46.29 
 
 
185 aa  168  5e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.268118  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0446  transcription antitermination protein nusG  47.16 
 
 
177 aa  167  5e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.144554  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0254  transcription antitermination protein NusG  46.29 
 
 
185 aa  168  5e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0345322  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0335  transcription antitermination protein NusG  46.29 
 
 
185 aa  168  5e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00697763  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2364  NusG antitermination factor  46.63 
 
 
179 aa  167  7e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0318836  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2276  NusG antitermination factor  46.63 
 
 
179 aa  167  7e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2226  NusG antitermination factor  46.63 
 
 
179 aa  167  7e-41  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0470266 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2868  transcription antitermination protein NusG  46.86 
 
 
175 aa  166  1e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.157482  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1909  transcription antitermination protein NusG  43.78 
 
 
185 aa  167  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.000000000847824  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2646  transcription antitermination protein NusG  43.78 
 
 
185 aa  167  1e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00341422  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0697  NusG antitermination factor  46.24 
 
 
176 aa  167  1e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00804947  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3340  NusG antitermination factor  47.73 
 
 
175 aa  167  1e-40  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0014891 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3464  transcription antitermination protein NusG  43.78 
 
 
185 aa  167  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00605291  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3872  NusG antitermination factor  47.13 
 
 
188 aa  167  1e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0921  NusG antitermination factor  47.73 
 
 
175 aa  167  1e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3183  transcription antitermination protein NusG  43.78 
 
 
185 aa  167  1e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000738018  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3821  transcription antitermination protein NusG  45.71 
 
 
185 aa  166  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0635584  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3791  transcription antitermination protein NusG  45.71 
 
 
185 aa  166  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000837051  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3081  transcription antitermination protein NusG  45.71 
 
 
185 aa  166  2e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0106863  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0919  transcription antitermination protein nusG  45.45 
 
 
177 aa  166  2e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000542135  hitchhiker  0.00000170909 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3759  transcription antitermination protein NusG  45.71 
 
 
185 aa  166  2e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000163041  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2724  NusG antitermination factor  46.86 
 
 
176 aa  164  5.9999999999999996e-40  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0514206  normal  0.451833 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3736  transcription antitermination protein NusG  44.57 
 
 
181 aa  164  5.9999999999999996e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.192921  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1321  transcription antitermination protein NusG  44.57 
 
 
176 aa  164  5.9999999999999996e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.885271 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3890  transcription antitermination protein NusG  44.57 
 
 
181 aa  164  5.9999999999999996e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0134744  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2853  transcription antitermination protein NusG  45.14 
 
 
185 aa  164  6.9999999999999995e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0969707  normal  0.420997 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3657  transcription antitermination protein NusG  43.24 
 
 
185 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00011215  hitchhiker  0.000000822613 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0301  transcription antitermination protein NusG  43.24 
 
 
185 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00942193  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1544  NusG antitermination factor  44.57 
 
 
180 aa  163  1.0000000000000001e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.52343  normal  0.525349 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4777  transcription termination/antitermination factor NusG  44.92 
 
 
195 aa  163  2.0000000000000002e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.113479  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0870  NusG antitermination factor  45.4 
 
 
177 aa  162  2.0000000000000002e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4442  transcription antitermination protein NusG  43.55 
 
 
185 aa  162  2.0000000000000002e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2725  transcription antitermination protein NusG  44 
 
 
182 aa  162  3e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000195897  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0497  transcription termination/antitermination factor NusG  44.57 
 
 
181 aa  161  4.0000000000000004e-39  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0668  NusG antitermination factor  45.98 
 
 
175 aa  162  4.0000000000000004e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.652128  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1334  NusG antitermination factor  45.98 
 
 
175 aa  161  5.0000000000000005e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0792615  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002168  transcription antitermination protein NusG  44 
 
 
182 aa  161  5.0000000000000005e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000118825  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3350  transcription antitermination protein NusG  44.57 
 
 
177 aa  161  5.0000000000000005e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.309973  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3451  NusG antitermination factor  43.85 
 
 
183 aa  161  5.0000000000000005e-39  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0281776  normal  0.0124295 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4020  NusG antitermination factor  43.41 
 
 
189 aa  161  6e-39  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.579663  normal  0.523412 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2991  transcription antitermination protein nusG  43.48 
 
 
184 aa  160  7e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0707  transcription antitermination protein NusG  44.07 
 
 
177 aa  160  7e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0627927  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0307  transcription antitermination protein NusG  44 
 
 
177 aa  160  8.000000000000001e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000168566  normal  0.0486415 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0311  NusG antitermination factor  46.55 
 
 
177 aa  160  9e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000340936  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3039  transcription antitermination protein NusG  45.14 
 
 
194 aa  159  1e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0831127 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2336  transcription antitermination protein NusG  47.16 
 
 
177 aa  160  1e-38  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000349971  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0200  transcription antitermination protein NusG  43.43 
 
 
181 aa  160  1e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00968308  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0205  transcription antitermination protein NusG  43.43 
 
 
181 aa  160  1e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000145742  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03858  transcription antitermination protein NusG  43.43 
 
 
181 aa  159  2e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00000783565  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4013  NusG antitermination factor  43.43 
 
 
181 aa  159  2e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000017638  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4521  transcription antitermination protein NusG  43.43 
 
 
181 aa  159  2e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000238759  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0334  transcription antitermination protein NusG  43.43 
 
 
181 aa  159  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000111742  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5447  transcription antitermination protein NusG  43.43 
 
 
181 aa  159  2e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000061444  hitchhiker  0.00794731 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03811  hypothetical protein  43.43 
 
 
181 aa  159  2e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00000794784  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4215  transcription antitermination protein NusG  43.43 
 
 
181 aa  159  2e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.3776099999999998e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2805  transcription antitermination protein NusG  43.43 
 
 
181 aa  159  2e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000375303  normal  0.085047 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4430  transcription antitermination protein NusG  43.43 
 
 
181 aa  159  2e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000852563  hitchhiker  0.00000586315 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3865  transcription antitermination protein NusG  43.43 
 
 
181 aa  159  2e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  8.284e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4043  transcription antitermination protein NusG  43.43 
 
 
181 aa  159  2e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000183625  hitchhiker  0.00769513 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00230  transcription antitermination protein NusG  43.43 
 
 
182 aa  159  2e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0201  transcription antitermination protein NusG  42.7 
 
 
183 aa  159  2e-38  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000538288  hitchhiker  0.00010102 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4470  transcription antitermination protein NusG  43.43 
 
 
181 aa  159  2e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000671893  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0444  NusG antitermination factor  44.86 
 
 
183 aa  159  2e-38  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0272  transcription antitermination protein NusG  43.43 
 
 
181 aa  159  3e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000325159  normal  0.0243514 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0744  transcription antitermination protein NusG  44.32 
 
 
186 aa  159  3e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000594191  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>