More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_5306 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_5306  NusG antitermination factor  100 
 
 		 174 aa  351  2.9999999999999997e-96  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.955236  normal  0.0968328 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3605  NusG antitermination factor  48.55 
 
 		 174 aa  180  1e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.358379  hitchhiker  0.000423635 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0546  NGN domain protein  40.24 
 
 		 168 aa  118  4.9999999999999996e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00381555 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3498  transcription antitermination protein nusG  34.18 
 
 		 194 aa  94  1e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0357  NusG antitermination factor  34.96 
 
 		 154 aa  91.3  6e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3892  NGN domain protein  32.16 
 
 		 176 aa  87.4  9e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2803  NusG antitermination factor  34.15 
 
 		 207 aa  84.3  9e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3398  NusG antitermination factor  27.45 
 
 		 174 aa  83.6  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.191132  normal  0.539584 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5198  NusG antitermination factor  30.2 
 
 		 170 aa  84  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.296838 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0887  transcription antitermination protein nusG  25.15 
 
 		 182 aa  81.3  0.000000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.769632  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2660  NusG antitermination factor  33.75 
 
 		 161 aa  81.3  0.000000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.192124  normal  0.041125 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1511  NusG antitermination factor  32.26 
 
 		 172 aa  80.9  0.000000000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1589  NusG antitermination factor  31.29 
 
 		 184 aa  80.5  0.00000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.262291  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1665  NusG antitermination factor  29.63 
 
 		 170 aa  77.4  0.00000000000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0965  NusG antitermination factor  29.94 
 
 		 169 aa  77  0.0000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0626  NusG antitermination factor  29.63 
 
 		 196 aa  76.3  0.0000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000497813  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0149  NusG antitermination factor  28.1 
 
 		 197 aa  76.3  0.0000000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.114969  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2360  NusG antitermination factor  32.84 
 
 		 185 aa  76.3  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00889306  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6306  NusG antitermination factor  29.11 
 
 		 160 aa  73.9  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.343168 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2904  transcriptional acivator RfaH  29.88 
 
 		 168 aa  73.2  0.000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00160957  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1469  transcriptional acivator RfaH  29.88 
 
 		 168 aa  73.2  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000410204  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1699  NusG antitermination factor  31.25 
 
 		 212 aa  73.2  0.000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.341221 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3134  NusG antitermination factor  33.54 
 
 		 182 aa  73.2  0.000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2894  transcriptional acivator RfaH  29.88 
 
 		 168 aa  72  0.000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000245267  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3036  transcriptional acivator RfaH  29.27 
 
 		 168 aa  72.4  0.000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00758207  normal  0.29399 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0093  transcription antitermination protein nusG  30.6 
 
 		 177 aa  70.1  0.00000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2544  NusG antitermination factor  27.44 
 
 		 168 aa  70.1  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1314  transcription antitermination protein nusG  28.48 
 
 		 166 aa  68.6  0.00000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0397005  normal  0.368263 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1381  transcription antitermination protein nusG  28.48 
 
 		 166 aa  68.6  0.00000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.111282  normal  0.154927 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1374  transcription antitermination protein nusG  29.94 
 
 		 166 aa  68.2  0.00000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000814975  hitchhiker  0.00000420235 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2594  transcription antitermination protein nusG  27.22 
 
 		 180 aa  67.8  0.00000000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000665583  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3194  transcriptional activator rfaH, putative  27.88 
 
 		 166 aa  66.2  0.0000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2672  transcriptional activator RfaH  27.27 
 
 		 166 aa  66.2  0.0000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000489964  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1345  transcription antitermination protein NusG  26.01 
 
 		 176 aa  65.1  0.0000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3693  transcription antitermination protein NusG  26.01 
 
 		 176 aa  65.1  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3638  NusG antitermination factor  27.63 
 
 		 180 aa  65.1  0.0000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3198  NusG antitermination factor  29.61 
 
 		 184 aa  64.7  0.0000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.243646 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2276  transcription antitermination protein NusG  26.01 
 
 		 176 aa  64.3  0.0000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.136705  normal  0.759568 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3033  NusG antitermination factor  28.74 
 
 		 179 aa  64.3  0.0000000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201282  hitchhiker  0.00738104 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2265  NusG antitermination factor  27.98 
 
 		 175 aa  63.5  0.000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3202  transcription antitermination protein NusG  26.01 
 
 		 176 aa  63.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1526  transcription antitermination protein NusG  26.01 
 
 		 176 aa  63.9  0.000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1444  NusG antitermination factor  24.43 
 
 		 178 aa  63.2  0.000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5088  transcription antitermination protein NusG  26.23 
 
 		 185 aa  62.4  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.120932  normal  0.503676 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3473  transcription antitermination protein NusG  25.43 
 
 		 176 aa  62.4  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.106397  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1807  transcription antitermination protein nusG  27.37 
 
 		 177 aa  61.2  0.000000006  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.379623  normal  0.264433 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3359  NusG antitermination factor  24.86 
 
 		 176 aa  61.2  0.000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.16997 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0891  transcriptional activator  28.21 
 
 		 167 aa  60.8  0.000000009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01331  transcriptional activator RfaH  25.77 
 
 		 166 aa  60.5  0.00000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1025  transcription antitermination protein NusG  25.43 
 
 		 176 aa  59.3  0.00000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1319  transcription antitermination protein NusG  23.56 
 
 		 176 aa  59.7  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.20753  normal  0.259679 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2130  NusG antitermination factor  24.57 
 
 		 176 aa  59.3  0.00000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0645684  normal  0.768925 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3466  NusG antitermination factor  28.48 
 
 		 169 aa  59.3  0.00000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1967  NusG antitermination factor  24 
 
 		 192 aa  58.5  0.00000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.688216  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4442  transcription antitermination protein NusG  25.29 
 
 		 185 aa  58.2  0.00000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1417  transcription antitermination protein NusG  23.56 
 
 		 176 aa  58.2  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.311768 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2724  NusG antitermination factor  24.57 
 
 		 176 aa  58.2  0.00000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0514206  normal  0.451833 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2844  NusG antitermination factor  26.58 
 
 		 170 aa  57.8  0.00000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.117724  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1398  NusG antitermination factor  27.01 
 
 		 175 aa  57.8  0.00000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000128095  normal  0.158725 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1124  transcriptional activator RfaH  27.56 
 
 		 167 aa  57.8  0.00000008  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1824  transcription antitermination protein NusG  24.86 
 
 		 174 aa  57  0.0000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0446524  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0180  transcription antitermination protein nusG  24.02 
 
 		 174 aa  57  0.0000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000000727534  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0835  transcription antitermination protein nusG  27.68 
 
 		 176 aa  57.4  0.0000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000261776  normal  0.0934709 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1824  NusG antitermination factor  25 
 
 		 201 aa  57.4  0.0000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3325  NusG antitermination factor  23.67 
 
 		 194 aa  56.2  0.0000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0701558  normal  0.115804 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1867  transcription antitermination protein  25.13 
 
 		 188 aa  56.2  0.0000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.0000420515  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0973  transcription antitermination protein NusG  22.99 
 
 		 176 aa  56.2  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00943054 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004133  transcriptional activator RfaH  25.15 
 
 		 166 aa  56.6  0.0000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1549  transcription antitermination protein nusG  23.68 
 
 		 234 aa  56.2  0.0000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.671844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0352  NusG antitermination factor  24.29 
 
 		 191 aa  56.6  0.0000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000459133  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1175  NusG antitermination factor  26.29 
 
 		 181 aa  56.2  0.0000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.00000000364949  unclonable  0.0000000228976 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1818  transcription antitermination protein NusG  23.56 
 
 		 176 aa  56.6  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1650  transcriptional acivator RfaH  25.9 
 
 		 179 aa  56.6  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0204524  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1953  NusG antitermination factor  22.46 
 
 		 195 aa  55.8  0.0000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00519694  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2473  transcription antitermination protein nusG  25 
 
 		 175 aa  55.8  0.0000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000147395  decreased coverage  0.00105272 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1342  NusG antitermination factor  24.28 
 
 		 176 aa  55.8  0.0000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.204626  normal  0.0694294 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1705  NusG antitermination factor  26.9 
 
 		 173 aa  55.8  0.0000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0707648  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3863  NusG antitermination factor  24.28 
 
 		 176 aa  55.5  0.0000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0971314 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1148  NusG antitermination factor  23.91 
 
 		 207 aa  55.1  0.0000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000000795097  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_866  transcription antiterminator  24.72 
 
 		 177 aa  55.1  0.0000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00385803  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0885  transcription antitermination protein nusG  24.72 
 
 		 177 aa  55.5  0.0000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0219053  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1249  transcription antitermination protein NusG  22.41 
 
 		 175 aa  55.1  0.0000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.330166  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0283  NusG antitermination factor  22.73 
 
 		 191 aa  55.1  0.0000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000000819878  hitchhiker  0.00383281 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1210  transcription antitermination protein NusG  22.41 
 
 		 175 aa  55.1  0.0000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0355  transcription antiterminator  26.06 
 
 		 183 aa  55.1  0.0000006  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000436573 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4321  NusG antitermination factor  23.12 
 
 		 194 aa  55.1  0.0000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0895327  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1587  transcription antitermination protein nusG  28.42 
 
 		 179 aa  54.7  0.0000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08690  transcription antitermination protein nusG  23.03 
 
 		 178 aa  54.3  0.0000008  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000619667  hitchhiker  0.000000019364 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2972  transcription antitermination protein NusG  26.6 
 
 		 194 aa  54.3  0.0000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.65694 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2347  NusG antitermination factor  26.92 
 
 		 203 aa  54.3  0.0000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00861255  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3319  transcription antitermination protein NusG  26.6 
 
 		 194 aa  54.3  0.0000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.243679  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0259  NusG antitermination factor  25.57 
 
 		 177 aa  54.3  0.0000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0511  transcriptional activator RfaH  22.98 
 
 		 165 aa  54.3  0.0000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0994  transcription antitermination protein NusG  24.72 
 
 		 177 aa  53.5  0.000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.0000169889  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2077  NusG antitermination factor  22.73 
 
 		 179 aa  53.9  0.000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0367  NusG antitermination factor  23.86 
 
 		 177 aa  53.5  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.527388  normal  0.813654 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2265  transcriptional activator rfaH, putative  22.7 
 
 		 167 aa  53.9  0.000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000106043  hitchhiker  0.00695369 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0754  transcription antitermination protein NusG  26.11 
 
 		 177 aa  53.5  0.000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2276  NusG antitermination factor  26.26 
 
 		 179 aa  53.1  0.000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0314  NusG antitermination factor  24.71 
 
 		 193 aa  53.1  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000044126  decreased coverage  0.000127563 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>