More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_0444 on replicon NC_012039
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012039  Cla_0444  transcription antitermination protein NusG  100 
 
 
176 aa  356  9.999999999999999e-98  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.00370515  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0523  transcription antitermination protein NusG  87.43 
 
 
177 aa  318  1.9999999999999998e-86  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0829173  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0503  transcription antitermination protein NusG  87.43 
 
 
177 aa  318  1.9999999999999998e-86  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000847234  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1461  transcription antitermination protein NusG  87.43 
 
 
177 aa  318  3e-86  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.000103444  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0176  transcription antitermination protein NusG  83.52 
 
 
176 aa  306  1.0000000000000001e-82  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0141603  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1321  transcription antitermination protein NusG  84.09 
 
 
176 aa  305  2.0000000000000002e-82  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000116235  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0169  transcription antitermination protein NusG  81.82 
 
 
176 aa  303  1.0000000000000001e-81  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0213318  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0348  transcription termination/antitermination factor NusG  78.98 
 
 
176 aa  282  1.0000000000000001e-75  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.0068179  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1668  transcription antitermination protein NusG  74.43 
 
 
176 aa  273  1.0000000000000001e-72  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0130356  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0348  transcription antitermination protein NusG  65.14 
 
 
179 aa  238  2.9999999999999997e-62  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000000375919  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0835  transcription antitermination protein nusG  44.89 
 
 
176 aa  164  5.9999999999999996e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000261776  normal  0.0934709 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4681  transcription antitermination protein nusG  43.18 
 
 
199 aa  164  8e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.000131174  hitchhiker  0.00867825 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0267  transcription antitermination protein nusG  43.93 
 
 
179 aa  162  2.0000000000000002e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00185967  hitchhiker  0.0014194 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0446  transcription antitermination protein nusG  43.18 
 
 
177 aa  162  2.0000000000000002e-39  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.144554  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2181  NusG antitermination factor  42.05 
 
 
177 aa  160  6e-39  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0311  NusG antitermination factor  43.75 
 
 
177 aa  160  7e-39  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000340936  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4442  transcription antitermination protein NusG  44 
 
 
185 aa  160  9e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0689  transcription termination/antitermination factor NusG  42.29 
 
 
177 aa  159  2e-38  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  4.8031099999999993e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2725  transcription antitermination protein NusG  42.53 
 
 
182 aa  158  4e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000195897  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0409  transcription antitermination protein NusG  41.48 
 
 
177 aa  158  4e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00119754  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2336  NusG antitermination factor  42.61 
 
 
177 aa  158  5e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.045954  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0697  NusG antitermination factor  43.18 
 
 
176 aa  157  5e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00804947  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002168  transcription antitermination protein NusG  41.95 
 
 
182 aa  157  8e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000118825  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2700  transcription antitermination protein NusG  42.61 
 
 
176 aa  156  1e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2724  NusG antitermination factor  41.48 
 
 
176 aa  156  1e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0514206  normal  0.451833 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0754  transcription antitermination protein NusG  42.61 
 
 
177 aa  156  2e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0593  NusG antitermination factor  42.29 
 
 
190 aa  155  3e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.0000418183  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0707  transcription antitermination protein NusG  43.18 
 
 
177 aa  155  3e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0627927  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00230  transcription antitermination protein NusG  41.38 
 
 
182 aa  154  5.0000000000000005e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2871  transcription antitermination protein NusG  41.62 
 
 
181 aa  154  5.0000000000000005e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.0000236415  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0870  NusG antitermination factor  40.91 
 
 
177 aa  154  5.0000000000000005e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1342  NusG antitermination factor  43.18 
 
 
176 aa  154  6e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.204626  normal  0.0694294 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4777  transcription termination/antitermination factor NusG  39.53 
 
 
195 aa  154  7e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.113479  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0307  transcription antitermination protein NusG  39.77 
 
 
177 aa  154  8e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000168566  normal  0.0486415 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0919  transcription antitermination protein nusG  41.81 
 
 
177 aa  154  8e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000542135  hitchhiker  0.00000170909 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3865  transcription antitermination protein NusG  41.04 
 
 
181 aa  153  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  8.284e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3736  transcription antitermination protein NusG  40.46 
 
 
181 aa  153  1e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.192921  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2336  transcription antitermination protein NusG  43.18 
 
 
177 aa  153  1e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000349971  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3350  transcription antitermination protein NusG  39.2 
 
 
177 aa  153  1e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.309973  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0334  transcription antitermination protein NusG  41.04 
 
 
181 aa  153  1e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000111742  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2805  transcription antitermination protein NusG  41.04 
 
 
181 aa  153  1e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000000375303  normal  0.085047 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3921  transcription antitermination protein NusG  41.48 
 
 
177 aa  153  1e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.326446  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3890  transcription antitermination protein NusG  40.46 
 
 
181 aa  153  1e-36  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0134744  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3771  NusG antitermination factor  41.04 
 
 
183 aa  152  2e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000919  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4554  transcription antitermination protein NusG  41.04 
 
 
181 aa  152  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0154777  hitchhiker  0.000000000000240769 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0272  transcription antitermination protein NusG  40.46 
 
 
181 aa  152  2e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000325159  normal  0.0243514 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5091  transcription antitermination protein NusG  40.68 
 
 
177 aa  152  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000183077  normal  0.524031 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4390  transcription antitermination protein NusG  41.04 
 
 
181 aa  152  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000000826486  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4477  transcription antitermination protein NusG  41.04 
 
 
181 aa  152  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00122338  hitchhiker  0.00131185 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4358  transcription antitermination protein NusG  41.04 
 
 
181 aa  152  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00203543  normal  0.568115 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0825  transcription antitermination protein NusG  40.11 
 
 
177 aa  153  2e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  decreased coverage  0.00247224  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08710  transcription antitermination protein NusG  40.11 
 
 
177 aa  153  2e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000110912  hitchhiker  0.00206249 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4480  transcription antitermination protein NusG  41.04 
 
 
181 aa  152  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0050057  decreased coverage  0.0000000000000047886 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0146  NusG antitermination factor  39.88 
 
 
180 aa  152  2.9999999999999998e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000173451  normal  0.0355944 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4068  NusG antitermination factor  41.62 
 
 
183 aa  152  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000120393  hitchhiker  0.00918489 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0188  NusG antitermination factor  41.62 
 
 
183 aa  152  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000173496  hitchhiker  0.000578467 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0184  NusG antitermination factor  41.62 
 
 
183 aa  152  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000410017  n/a   
 
 
-
 
NC_009037  Sbal_4470  NusG antitermination factor  41.62 
 
 
183 aa  152  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0444  NusG antitermination factor  40.12 
 
 
183 aa  152  2.9999999999999998e-36  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0219  transcription antitermination protein NusG  40.46 
 
 
183 aa  151  4e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0614  transcription antitermination protein NusG  41.48 
 
 
177 aa  151  4e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.332962  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0485  NusG antitermination factor  39.2 
 
 
177 aa  151  4e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00514524  hitchhiker  0.00000162097 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4560  transcription antitermination protein NusG  41.48 
 
 
177 aa  151  4e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000238123  normal  0.475852 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0314  transcription termination/antitermination factor NusG  39.2 
 
 
177 aa  151  4e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.655686  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0200  transcription antitermination protein NusG  40.46 
 
 
181 aa  151  4e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00968308  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0187  transcription antitermination protein nusG  40.46 
 
 
183 aa  151  4e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000177465  hitchhiker  0.00840518 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0182  transcription antitermination protein nusG  40.46 
 
 
183 aa  151  4e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000371558  normal  0.0116836 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0205  transcription antitermination protein NusG  40.46 
 
 
181 aa  151  4e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000145742  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03858  transcription antitermination protein NusG  40.46 
 
 
181 aa  151  5e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00000783565  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4013  NusG antitermination factor  40.46 
 
 
181 aa  151  5e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000017638  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4430  transcription antitermination protein NusG  40.46 
 
 
181 aa  151  5e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000852563  hitchhiker  0.00000586315 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4215  transcription antitermination protein NusG  40.46 
 
 
181 aa  151  5e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.3776099999999998e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4521  transcription antitermination protein NusG  40.46 
 
 
181 aa  151  5e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000238759  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0973  transcription antitermination protein NusG  42.05 
 
 
176 aa  151  5e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00943054 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5447  transcription antitermination protein NusG  40.46 
 
 
181 aa  151  5e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000061444  hitchhiker  0.00794731 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0283  NusG antitermination factor  39.2 
 
 
177 aa  151  5e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000912407  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03811  hypothetical protein  40.46 
 
 
181 aa  151  5e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00000794784  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4043  transcription antitermination protein NusG  40.46 
 
 
181 aa  151  5e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000183625  hitchhiker  0.00769513 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4470  transcription antitermination protein NusG  40.46 
 
 
181 aa  151  5e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000671893  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4702  NusG antitermination factor  39.31 
 
 
183 aa  150  5.9999999999999996e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000069225  hitchhiker  0.0000042395 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2226  NusG antitermination factor  40.45 
 
 
179 aa  150  5.9999999999999996e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0470266 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00690  transcription termination/antitermination factor NusG  41.04 
 
 
183 aa  150  5.9999999999999996e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.0000164845  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1930  NusG antitermination factor  38.73 
 
 
175 aa  150  5.9999999999999996e-36  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000062864  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3863  NusG antitermination factor  42.05 
 
 
176 aa  150  7e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0971314 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4288  NusG antitermination factor  41.48 
 
 
177 aa  150  7e-36  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000127222  hitchhiker  0.00000238714 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1321  transcription antitermination protein NusG  38.07 
 
 
176 aa  150  8e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.885271 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2364  NusG antitermination factor  39.89 
 
 
179 aa  150  8.999999999999999e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0318836  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2276  NusG antitermination factor  39.89 
 
 
179 aa  150  8.999999999999999e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2786  NusG antitermination factor  41.86 
 
 
180 aa  149  1e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  decreased coverage  0.000144907  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3434  transcription antitermination protein NusG  37.93 
 
 
185 aa  150  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00962421  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0236  transcription antitermination protein NusG  37.93 
 
 
185 aa  150  1e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.176958  normal  0.0127315 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0263  transcription antitermination protein NusG  37.93 
 
 
185 aa  150  1e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00191516  normal  0.632034 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3202  transcription antitermination protein NusG  40.91 
 
 
176 aa  150  1e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2772  transcription antitermination protein NusG  37.93 
 
 
185 aa  150  1e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.268118  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2077  NusG antitermination factor  41.86 
 
 
179 aa  150  1e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0254  transcription antitermination protein NusG  37.93 
 
 
185 aa  150  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0345322  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0335  transcription antitermination protein NusG  37.93 
 
 
185 aa  150  1e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00697763  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0187  transcription antitermination protein nusG  39.88 
 
 
183 aa  150  1e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000254051  normal  0.0190585 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0314  transcription antitermination protein NusG  37.93 
 
 
185 aa  150  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00007649  normal  0.212857 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0192  transcription antitermination protein NusG  39.31 
 
 
181 aa  149  2e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.0000000156554  normal  0.240176 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>