More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2355 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013510  Tcur_3966  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  58.32 
 
 		 597 aa  699    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6147  thiamine pyrophosphate protein  70.9 
 
 		 612 aa  874    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0509796  normal  0.360981 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2032  thiamine pyrophosphate protein  73.56 
 
 		 613 aa  914    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.977535  hitchhiker  0.00000144173 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0784  thiamine pyrophosphate protein  72.73 
 
 		 608 aa  920    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2436  thiamine pyrophosphate protein  79.83 
 
 		 595 aa  1016    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.262777  normal  0.635484 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6283  thiamine pyrophosphate protein  70.78 
 
 		 608 aa  862    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.368758  decreased coverage  0.00160036 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4440  thiamine pyrophosphate protein  64.32 
 
 		 608 aa  781    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.435967  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5492  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  73.66 
 
 		 597 aa  933    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.165409  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3203  thiamine pyrophosphate protein  57.48 
 
 		 590 aa  685    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0946  thiamine pyrophosphate protein  72.56 
 
 		 744 aa  919    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.217897  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0414  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  70.25 
 
 		 597 aa  840    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.211464  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0471  thiamine pyrophosphate protein  65.59 
 
 		 601 aa  813    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6385  thiamine pyrophosphate protein  72.77 
 
 		 610 aa  934    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2732  thiamine pyrophosphate protein  79.36 
 
 		 596 aa  1015    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.109736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3445  thiamine pyrophosphate protein  56.07 
 
 		 596 aa  655    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.663093  normal  0.499781 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33590  thiamine pyrophosphate protein  55.95 
 
 		 596 aa  687    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.345752 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2979  thiamine pyrophosphate protein  79.66 
 
 		 595 aa  1017    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0396438 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1467  thiamine pyrophosphate protein  63.71 
 
 		 588 aa  813    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08480  thiamine pyrophosphate protein  80.9 
 
 		 598 aa  992    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00807055  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0808  thiamine pyrophosphate protein  65.26 
 
 		 593 aa  809    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2495  thiamine pyrophosphate protein  57.83 
 
 		 599 aa  677    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.215575  normal  0.718329 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1836  thiamine pyrophosphate protein  72.09 
 
 		 613 aa  887    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.208772  normal  0.385639 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0772  thiamine pyrophosphate protein  72.56 
 
 		 608 aa  919    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0548988  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1284  thiamine pyrophosphate protein  75.34 
 
 		 635 aa  923    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283585  normal  0.383394 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2089  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  71.98 
 
 		 597 aa  879    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0517417 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4190  thiamine pyrophosphate protein  61.34 
 
 		 615 aa  773    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0856  thiamine pyrophosphate protein  65.6 
 
 		 593 aa  811    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.701267  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2355  thiamine pyrophosphate protein  100 
 
 		 598 aa  1225    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0320889  hitchhiker  0.000848806 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1291  thiamine pyrophosphate protein  71.21 
 
 		 611 aa  870    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.155181  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2718  thiamine pyrophosphate protein  62.22 
 
 		 594 aa  717    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0068  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  70.95 
 
 		 596 aa  887    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.736165  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6569  thiamine pyrophosphate protein  70.88 
 
 		 608 aa  865    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.923475  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37340  thiamine pyrophosphate protein  57.14 
 
 		 590 aa  682    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000027158  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2796  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain-containing protein  55.5 
 
 		 597 aa  645    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0268922  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0076  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  70.47 
 
 		 596 aa  883    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.686266 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0287  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  63.32 
 
 		 597 aa  790    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4857  thiamine pyrophosphate protein  57.34 
 
 		 603 aa  706    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6540  thiamine pyrophosphate protein  71.21 
 
 		 611 aa  870    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.230604  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2966  thiamine pyrophosphate protein  80.17 
 
 		 595 aa  1001    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.482904 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4175  thiamine pyrophosphate protein  57.04 
 
 		 593 aa  677    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.296619  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3686  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  55.46 
 
 		 599 aa  677    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0906801  normal  0.0462514 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0860  thiamine pyrophosphate protein  65.26 
 
 		 593 aa  806    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.805016  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6220  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  69.51 
 
 		 596 aa  854    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.863586  normal  0.0472829 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0017  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  59.02 
 
 		 599 aa  721    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0984309 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1999  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  62.03 
 
 		 593 aa  738    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0409327  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5505  thiamine pyrophosphate protein  72.05 
 
 		 606 aa  875    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.774081  normal  0.363102 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3238  thiamine pyrophosphate protein central region  52.33 
 
 		 614 aa  588  1e-167  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.864303 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1982  thiamine pyrophosphate protein  51.54 
 
 		 596 aa  556  1e-157  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0200304  normal  0.0807898 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3376  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  52.55 
 
 		 586 aa  536  1e-151  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4340  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP binding region  47.29 
 
 		 574 aa  516  1.0000000000000001e-145  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0579862  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4426  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  47.29 
 
 		 574 aa  516  1.0000000000000001e-145  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.247244  normal  0.506887 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4720  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  47.29 
 
 		 574 aa  507  9.999999999999999e-143  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.60094  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2122  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding protein  43.34 
 
 		 584 aa  489  1e-137  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6370  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding protein  44.13 
 
 		 599 aa  476  1e-133  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.529318 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2151  pyruvate oxidase  44.06 
 
 		 584 aa  443  1e-123  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4042  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  43.01 
 
 		 605 aa  432  1e-119  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5572  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  41 
 
 		 600 aa  414  1e-114  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.307179 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2495  pyruvate oxidase  35.45 
 
 		 566 aa  359  9.999999999999999e-98  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.667676  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2201  pyruvate oxidase  35.27 
 
 		 566 aa  356  6.999999999999999e-97  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0998219  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2360  pyruvate oxidase  34.92 
 
 		 566 aa  355  1e-96  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2426  pyruvate oxidase  35.1 
 
 		 566 aa  353  4e-96  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0695657  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2152  pyruvate oxidase  34.92 
 
 		 566 aa  353  5e-96  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2562  pyruvate oxidase  33.03 
 
 		 579 aa  327  6e-88  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2615  pyruvate oxidase  33.03 
 
 		 579 aa  327  6e-88  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1986  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  34.74 
 
 		 549 aa  326  8.000000000000001e-88  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1818  pyruvate oxidase  32.32 
 
 		 578 aa  324  3e-87  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3125  pyruvate dehydrogenase  36.79 
 
 		 574 aa  307  4.0000000000000004e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.765369  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2115  pyruvate oxidase  30.14 
 
 		 579 aa  304  3.0000000000000004e-81  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.100527  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1052  pyruvate dehydrogenase  33.73 
 
 		 572 aa  301  2e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0935  pyruvate dehydrogenase  33.73 
 
 		 572 aa  300  5e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1002  pyruvate dehydrogenase  33.56 
 
 		 572 aa  299  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.244882  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1033  pyruvate dehydrogenase  33.56 
 
 		 572 aa  299  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2374  pyruvate dehydrogenase  36.1 
 
 		 573 aa  298  3e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0944  pyruvate dehydrogenase  34.14 
 
 		 572 aa  297  3e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.987106  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0972  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  32.94 
 
 		 581 aa  297  4e-79  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0970  pyruvate dehydrogenase  33.51 
 
 		 572 aa  297  4e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1843  pyruvate dehydrogenase  33.56 
 
 		 577 aa  297  5e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.528367  normal  0.413476 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1564  pyruvate dehydrogenase  33.56 
 
 		 577 aa  297  5e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.48094  normal  0.707647 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0900  pyruvate dehydrogenase  34.14 
 
 		 572 aa  296  9e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.84426 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00876  pyruvate dehydrogenase  33.97 
 
 		 572 aa  295  1e-78  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.688216  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2771  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  33.97 
 
 		 572 aa  296  1e-78  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00882  hypothetical protein  33.97 
 
 		 572 aa  295  1e-78  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.731415  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2460  pyruvate dehydrogenase  33.97 
 
 		 572 aa  295  1e-78  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2725  pyruvate dehydrogenase  33.97 
 
 		 572 aa  296  1e-78  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1032  pyruvate dehydrogenase  33.97 
 
 		 572 aa  295  1e-78  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0975  pyruvate dehydrogenase  33.97 
 
 		 572 aa  295  1e-78  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0736  pyruvate dehydrogenase [cytochrome]  34.21 
 
 		 563 aa  294  2e-78  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1387  pyruvate dehydrogenase  33.97 
 
 		 572 aa  294  3e-78  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1531  pyruvate dehydrogenase  34.54 
 
 		 576 aa  294  4e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.885242  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2510  pyruvate dehydrogenase  34.72 
 
 		 572 aa  292  1e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.172395  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5095  pyruvate dehydrogenase  35.58 
 
 		 573 aa  292  1e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0038503 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1664  pyruvate dehydrogenase  34.6 
 
 		 573 aa  290  5.0000000000000004e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.265267  normal  0.610724 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2314  pyruvate dehydrogenase  34.2 
 
 		 601 aa  290  7e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.493557  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2788  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  35.74 
 
 		 578 aa  289  8e-77  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.987771  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2619  pyruvate dehydrogenase  34.13 
 
 		 573 aa  289  1e-76  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2427  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  33.92 
 
 		 574 aa  289  1e-76  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0700684  normal  0.107215 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2703  pyruvate dehydrogenase  34.13 
 
 		 573 aa  289  1e-76  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1589  pyruvate dehydrogenase  34.13 
 
 		 573 aa  288  2e-76  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3149  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  33.51 
 
 		 572 aa  287  4e-76  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0282907  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0203  pyruvate dehydrogenase  34.66 
 
 		 576 aa  286  5e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0234842 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>