More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1999 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009338  Mflv_3445  thiamine pyrophosphate protein  55.41 
 
 		 596 aa  637    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.663093  normal  0.499781 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5505  thiamine pyrophosphate protein  64.16 
 
 		 606 aa  720    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.774081  normal  0.363102 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2979  thiamine pyrophosphate protein  61.19 
 
 		 595 aa  749    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0396438 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0860  thiamine pyrophosphate protein  66.78 
 
 		 593 aa  772    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.805016  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33590  thiamine pyrophosphate protein  57.02 
 
 		 596 aa  671    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.345752 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4857  thiamine pyrophosphate protein  57.09 
 
 		 603 aa  680    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4440  thiamine pyrophosphate protein  70.15 
 
 		 608 aa  848    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.435967  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2032  thiamine pyrophosphate protein  59.97 
 
 		 613 aa  722    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.977535  hitchhiker  0.00000144173 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5492  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  63.62 
 
 		 597 aa  773    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.165409  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0946  thiamine pyrophosphate protein  62.27 
 
 		 744 aa  750    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.217897  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0471  thiamine pyrophosphate protein  68.09 
 
 		 601 aa  853    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2732  thiamine pyrophosphate protein  59.73 
 
 		 596 aa  730    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.109736  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6385  thiamine pyrophosphate protein  59.6 
 
 		 610 aa  733    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3203  thiamine pyrophosphate protein  59.93 
 
 		 590 aa  686    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0068  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  61.26 
 
 		 596 aa  737    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.736165  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0017  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  60.07 
 
 		 599 aa  708    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0984309 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1467  thiamine pyrophosphate protein  64.18 
 
 		 588 aa  809    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0808  thiamine pyrophosphate protein  66.38 
 
 		 593 aa  772    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2495  thiamine pyrophosphate protein  55.95 
 
 		 599 aa  646    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.215575  normal  0.718329 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0287  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  62.88 
 
 		 597 aa  795    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2355  thiamine pyrophosphate protein  62.03 
 
 		 598 aa  747    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0320889  hitchhiker  0.000848806 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2436  thiamine pyrophosphate protein  60.68 
 
 		 595 aa  742    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.262777  normal  0.635484 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1836  thiamine pyrophosphate protein  60.13 
 
 		 613 aa  704    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.208772  normal  0.385639 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1284  thiamine pyrophosphate protein  61.67 
 
 		 635 aa  721    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283585  normal  0.383394 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4190  thiamine pyrophosphate protein  59.32 
 
 		 615 aa  745    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1291  thiamine pyrophosphate protein  63.39 
 
 		 611 aa  719    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.155181  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2718  thiamine pyrophosphate protein  60.41 
 
 		 594 aa  718    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0076  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  61.43 
 
 		 596 aa  736    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.686266 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6569  thiamine pyrophosphate protein  63.82 
 
 		 608 aa  715    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.923475  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37340  thiamine pyrophosphate protein  59.42 
 
 		 590 aa  679    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000027158  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08480  thiamine pyrophosphate protein  61.36 
 
 		 598 aa  707    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00807055  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0856  thiamine pyrophosphate protein  65.87 
 
 		 593 aa  774    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.701267  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3966  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  58.12 
 
 		 597 aa  673    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6540  thiamine pyrophosphate protein  63.39 
 
 		 611 aa  719    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.230604  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6220  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  59.9 
 
 		 596 aa  720    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.863586  normal  0.0472829 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4175  thiamine pyrophosphate protein  57.17 
 
 		 593 aa  662    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.296619  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0784  thiamine pyrophosphate protein  62.44 
 
 		 608 aa  753    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6147  thiamine pyrophosphate protein  64.51 
 
 		 612 aa  721    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0509796  normal  0.360981 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0414  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  60.99 
 
 		 597 aa  707    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.211464  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2966  thiamine pyrophosphate protein  61.53 
 
 		 595 aa  734    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.482904 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6283  thiamine pyrophosphate protein  63.82 
 
 		 608 aa  717    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.368758  decreased coverage  0.00160036 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1999  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  100 
 
 		 593 aa  1201    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0409327  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2089  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  62.1 
 
 		 597 aa  747    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0517417 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3686  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  56.48 
 
 		 599 aa  664    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0906801  normal  0.0462514 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0772  thiamine pyrophosphate protein  62.44 
 
 		 608 aa  752    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0548988  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2796  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain-containing protein  54.81 
 
 		 597 aa  629  1e-179  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0268922  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1982  thiamine pyrophosphate protein  54.59 
 
 		 596 aa  585  1.0000000000000001e-165  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0200304  normal  0.0807898 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3238  thiamine pyrophosphate protein central region  50.85 
 
 		 614 aa  572  1.0000000000000001e-162  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.864303 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3376  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  54.36 
 
 		 586 aa  540  9.999999999999999e-153  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4340  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP binding region  49.74 
 
 		 574 aa  516  1.0000000000000001e-145  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0579862  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4426  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  49.74 
 
 		 574 aa  516  1.0000000000000001e-145  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.247244  normal  0.506887 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4720  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  49.74 
 
 		 574 aa  505  9.999999999999999e-143  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.60094  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2122  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding protein  43.39 
 
 		 584 aa  448  1.0000000000000001e-124  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6370  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding protein  41.51 
 
 		 599 aa  435  1e-120  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.529318 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2151  pyruvate oxidase  43.52 
 
 		 584 aa  424  1e-117  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4042  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  41.9 
 
 		 605 aa  399  9.999999999999999e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5572  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  41.31 
 
 		 600 aa  385  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.307179 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2426  pyruvate oxidase  37.83 
 
 		 566 aa  370  1e-101  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0695657  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2495  pyruvate oxidase  37.66 
 
 		 566 aa  369  1e-101  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.667676  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2152  pyruvate oxidase  37.66 
 
 		 566 aa  368  1e-100  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2201  pyruvate oxidase  37.66 
 
 		 566 aa  365  2e-99  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0998219  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2360  pyruvate oxidase  37.3 
 
 		 566 aa  365  2e-99  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1818  pyruvate oxidase  32.98 
 
 		 578 aa  330  6e-89  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2615  pyruvate oxidase  31.41 
 
 		 579 aa  308  2.0000000000000002e-82  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2562  pyruvate oxidase  31.41 
 
 		 579 aa  308  2.0000000000000002e-82  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2314  pyruvate dehydrogenase  35.81 
 
 		 601 aa  297  4e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.493557  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2115  pyruvate oxidase  29.93 
 
 		 579 aa  297  5e-79  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.100527  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1986  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  30.61 
 
 		 549 aa  295  1e-78  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2510  pyruvate dehydrogenase  35.34 
 
 		 572 aa  295  1e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.172395  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1843  pyruvate dehydrogenase  34.55 
 
 		 577 aa  292  1e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.528367  normal  0.413476 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1564  pyruvate dehydrogenase  34.55 
 
 		 577 aa  292  1e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.48094  normal  0.707647 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3125  pyruvate dehydrogenase  34.49 
 
 		 574 aa  290  4e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.765369  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5095  pyruvate dehydrogenase  33.22 
 
 		 573 aa  290  6e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0038503 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0935  pyruvate dehydrogenase  32.46 
 
 		 572 aa  288  2e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1032  pyruvate dehydrogenase  32.64 
 
 		 572 aa  287  2.9999999999999996e-76  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0900  pyruvate dehydrogenase  32.46 
 
 		 572 aa  287  4e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.84426 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00876  pyruvate dehydrogenase  32.46 
 
 		 572 aa  286  5.999999999999999e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.688216  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2771  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  32.46 
 
 		 572 aa  286  5.999999999999999e-76  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00882  hypothetical protein  32.46 
 
 		 572 aa  286  5.999999999999999e-76  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.731415  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0944  pyruvate dehydrogenase  32.46 
 
 		 572 aa  286  5.999999999999999e-76  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.987106  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2725  pyruvate dehydrogenase  32.46 
 
 		 572 aa  286  5.999999999999999e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0975  pyruvate dehydrogenase  32.46 
 
 		 572 aa  286  7e-76  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2460  pyruvate dehydrogenase  32.46 
 
 		 572 aa  286  7e-76  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0970  pyruvate dehydrogenase  32.29 
 
 		 572 aa  286  8e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1002  pyruvate dehydrogenase  32.29 
 
 		 572 aa  286  9e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.244882  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1033  pyruvate dehydrogenase  32.29 
 
 		 572 aa  286  9e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1531  pyruvate dehydrogenase  34.43 
 
 		 576 aa  286  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.885242  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1052  pyruvate dehydrogenase  32.29 
 
 		 572 aa  285  2.0000000000000002e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1387  pyruvate dehydrogenase  32.81 
 
 		 572 aa  281  3e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2791  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain-containing protein  36.67 
 
 		 576 aa  280  5e-74  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0635028  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2619  pyruvate dehydrogenase  32.87 
 
 		 573 aa  278  3e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2427  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  32.55 
 
 		 574 aa  277  4e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0700684  normal  0.107215 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2703  pyruvate dehydrogenase  32.69 
 
 		 573 aa  276  5e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2788  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  35.13 
 
 		 578 aa  276  6e-73  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.987771  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1589  pyruvate dehydrogenase  32.69 
 
 		 573 aa  276  8e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2374  pyruvate dehydrogenase  33.68 
 
 		 573 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1677  pyruvate dehydrogenase  34.49 
 
 		 577 aa  275  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.50308  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02710  pyruvate dehydrogenase (cytochrome)  34.77 
 
 		 571 aa  275  2.0000000000000002e-72  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5205  pyruvate dehydrogenase  33.8 
 
 		 573 aa  274  3e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.799967  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2858  pyruvate dehydrogenase  33.68 
 
 		 573 aa  270  4e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.21878  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>