More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6569 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_0287  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  63.82 
 
 		 597 aa  788    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2355  thiamine pyrophosphate protein  71.38 
 
 		 598 aa  884    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0320889  hitchhiker  0.000848806 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2436  thiamine pyrophosphate protein  73.91 
 
 		 595 aa  931    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.262777  normal  0.635484 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2979  thiamine pyrophosphate protein  75.08 
 
 		 595 aa  940    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0396438 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4440  thiamine pyrophosphate protein  65.22 
 
 		 608 aa  783    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.435967  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2032  thiamine pyrophosphate protein  76.68 
 
 		 613 aa  938    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.977535  hitchhiker  0.00000144173 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0946  thiamine pyrophosphate protein  82.94 
 
 		 744 aa  1030    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.217897  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3966  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  57.65 
 
 		 597 aa  670    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0471  thiamine pyrophosphate protein  66.17 
 
 		 601 aa  823    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2732  thiamine pyrophosphate protein  75.25 
 
 		 596 aa  932    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.109736  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6283  thiamine pyrophosphate protein  99.18 
 
 		 608 aa  1223    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.368758  decreased coverage  0.00160036 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4857  thiamine pyrophosphate protein  56.71 
 
 		 603 aa  687    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1999  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  63.82 
 
 		 593 aa  728    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0409327  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5492  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  81.28 
 
 		 597 aa  999    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.165409  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1467  thiamine pyrophosphate protein  62.59 
 
 		 588 aa  793    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0808  thiamine pyrophosphate protein  66.55 
 
 		 593 aa  802    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2495  thiamine pyrophosphate protein  57.19 
 
 		 599 aa  661    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.215575  normal  0.718329 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6385  thiamine pyrophosphate protein  76.44 
 
 		 610 aa  956    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0068  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  75.88 
 
 		 596 aa  917    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.736165  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2966  thiamine pyrophosphate protein  75.42 
 
 		 595 aa  928    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.482904 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1836  thiamine pyrophosphate protein  75.86 
 
 		 613 aa  912    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.208772  normal  0.385639 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1284  thiamine pyrophosphate protein  80 
 
 		 635 aa  955    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283585  normal  0.383394 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2089  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  73.45 
 
 		 597 aa  880    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0517417 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4190  thiamine pyrophosphate protein  62.46 
 
 		 615 aa  769    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08480  thiamine pyrophosphate protein  74.25 
 
 		 598 aa  889    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00807055  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3203  thiamine pyrophosphate protein  59.36 
 
 		 590 aa  688    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1291  thiamine pyrophosphate protein  96.14 
 
 		 611 aa  1114    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.155181  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2718  thiamine pyrophosphate protein  61.97 
 
 		 594 aa  716    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33590  thiamine pyrophosphate protein  57.17 
 
 		 596 aa  694    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.345752 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0017  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  56.78 
 
 		 599 aa  697    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0984309 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6147  thiamine pyrophosphate protein  95.54 
 
 		 612 aa  1124    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0509796  normal  0.360981 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6569  thiamine pyrophosphate protein  100 
 
 		 608 aa  1235    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.923475  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37340  thiamine pyrophosphate protein  59.13 
 
 		 590 aa  687    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000027158  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0414  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  73.66 
 
 		 597 aa  857    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.211464  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0076  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  75.38 
 
 		 596 aa  908    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.686266 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6540  thiamine pyrophosphate protein  96.14 
 
 		 611 aa  1114    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.230604  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4175  thiamine pyrophosphate protein  57.78 
 
 		 593 aa  671    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.296619  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5505  thiamine pyrophosphate protein  92.93 
 
 		 606 aa  1099    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.774081  normal  0.363102 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6220  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  70.54 
 
 		 596 aa  840    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.863586  normal  0.0472829 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0860  thiamine pyrophosphate protein  65.37 
 
 		 593 aa  789    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.805016  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0784  thiamine pyrophosphate protein  82.97 
 
 		 608 aa  1031    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3686  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  57.34 
 
 		 599 aa  674    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0906801  normal  0.0462514 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0856  thiamine pyrophosphate protein  65.37 
 
 		 593 aa  792    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.701267  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0772  thiamine pyrophosphate protein  82.8 
 
 		 608 aa  1029    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0548988  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2796  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain-containing protein  53.44 
 
 		 597 aa  625  1e-178  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0268922  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3445  thiamine pyrophosphate protein  54.11 
 
 		 596 aa  620  1e-176  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.663093  normal  0.499781 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3238  thiamine pyrophosphate protein central region  53.09 
 
 		 614 aa  595  1e-169  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.864303 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1982  thiamine pyrophosphate protein  53.07 
 
 		 596 aa  561  1e-158  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0200304  normal  0.0807898 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3376  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  53.45 
 
 		 586 aa  529  1e-149  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4340  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP binding region  48.74 
 
 		 574 aa  508  9.999999999999999e-143  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0579862  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4426  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  48.74 
 
 		 574 aa  508  9.999999999999999e-143  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.247244  normal  0.506887 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4720  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  48.74 
 
 		 574 aa  498  1e-139  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.60094  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2122  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding protein  41.15 
 
 		 584 aa  454  1.0000000000000001e-126  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6370  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding protein  42.43 
 
 		 599 aa  442  9.999999999999999e-123  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.529318 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2151  pyruvate oxidase  45.17 
 
 		 584 aa  439  1e-121  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4042  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  41.68 
 
 		 605 aa  413  1e-114  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5572  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  38.8 
 
 		 600 aa  378  1e-103  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.307179 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2495  pyruvate oxidase  35.37 
 
 		 566 aa  343  5e-93  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.667676  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2360  pyruvate oxidase  35.02 
 
 		 566 aa  341  2e-92  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2426  pyruvate oxidase  34.91 
 
 		 566 aa  336  7e-91  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0695657  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2152  pyruvate oxidase  34.74 
 
 		 566 aa  333  4e-90  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2201  pyruvate oxidase  34.56 
 
 		 566 aa  332  1e-89  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0998219  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1818  pyruvate oxidase  32.51 
 
 		 578 aa  310  5.9999999999999995e-83  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02710  pyruvate dehydrogenase (cytochrome)  38.11 
 
 		 571 aa  307  4.0000000000000004e-82  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1986  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  33.16 
 
 		 549 aa  303  5.000000000000001e-81  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1531  pyruvate dehydrogenase  35.3 
 
 		 576 aa  295  2e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.885242  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2615  pyruvate oxidase  31.42 
 
 		 579 aa  294  4e-78  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2562  pyruvate oxidase  31.42 
 
 		 579 aa  294  4e-78  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0203  pyruvate dehydrogenase  35.52 
 
 		 576 aa  289  1e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0234842 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2115  pyruvate oxidase  30.16 
 
 		 579 aa  287  4e-76  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.100527  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22790  pyruvate dehydrogenase  34.8 
 
 		 578 aa  286  5e-76  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.998017  normal  0.640022 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3372  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  35.22 
 
 		 576 aa  284  3.0000000000000004e-75  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3125  pyruvate dehydrogenase  35.37 
 
 		 574 aa  284  3.0000000000000004e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.765369  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2788  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  37.02 
 
 		 578 aa  283  6.000000000000001e-75  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.987771  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2374  pyruvate dehydrogenase  34.75 
 
 		 573 aa  281  2e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0972  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  33.68 
 
 		 581 aa  281  2e-74  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2427  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  34.43 
 
 		 574 aa  280  4e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0700684  normal  0.107215 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2314  pyruvate dehydrogenase  35.14 
 
 		 601 aa  280  5e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.493557  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2510  pyruvate dehydrogenase  35.19 
 
 		 572 aa  280  6e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.172395  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0736  pyruvate dehydrogenase [cytochrome]  33.33 
 
 		 563 aa  278  2e-73  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2791  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain-containing protein  35.56 
 
 		 576 aa  276  1.0000000000000001e-72  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0635028  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1052  pyruvate dehydrogenase  33.57 
 
 		 572 aa  275  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0935  pyruvate dehydrogenase  33.57 
 
 		 572 aa  275  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1843  pyruvate dehydrogenase  34.26 
 
 		 577 aa  275  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.528367  normal  0.413476 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1564  pyruvate dehydrogenase  34.26 
 
 		 577 aa  274  3e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.48094  normal  0.707647 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0970  pyruvate dehydrogenase  33.39 
 
 		 572 aa  273  5.000000000000001e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0892  pyruvate dehydrogenase  34.89 
 
 		 576 aa  273  5.000000000000001e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.129247  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1002  pyruvate dehydrogenase  33.39 
 
 		 572 aa  273  9e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.244882  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1033  pyruvate dehydrogenase  33.39 
 
 		 572 aa  273  9e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2703  pyruvate dehydrogenase  34.26 
 
 		 573 aa  271  2e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2619  pyruvate dehydrogenase  34.26 
 
 		 573 aa  271  2.9999999999999997e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5095  pyruvate dehydrogenase  33.74 
 
 		 573 aa  270  4e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0038503 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01410  pyruvate dehydrogenase (cytochrome)  34.02 
 
 		 591 aa  270  5e-71  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3312  pyruvate dehydrogenase  34.75 
 
 		 573 aa  270  5.9999999999999995e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.653262  normal  0.0298964 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0024  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  35.03 
 
 		 578 aa  270  7e-71  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.338176  normal  0.262087 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1589  pyruvate dehydrogenase  34.26 
 
 		 573 aa  270  7e-71  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5157  pyruvate dehydrogenase  34.75 
 
 		 573 aa  269  8.999999999999999e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5205  pyruvate dehydrogenase  35.13 
 
 		 573 aa  269  1e-70  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.799967  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1032  pyruvate dehydrogenase  32.69 
 
 		 572 aa  268  2e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0975  pyruvate dehydrogenase  32.69 
 
 		 572 aa  267  2.9999999999999995e-70  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>