More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_0068 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_2979  thiamine pyrophosphate protein  72.77 
 
 		 595 aa  925    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0396438 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2436  thiamine pyrophosphate protein  72.77 
 
 		 595 aa  917    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.262777  normal  0.635484 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3445  thiamine pyrophosphate protein  54.9 
 
 		 596 aa  641    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.663093  normal  0.499781 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4440  thiamine pyrophosphate protein  63.48 
 
 		 608 aa  776    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.435967  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2032  thiamine pyrophosphate protein  71.73 
 
 		 613 aa  886    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.977535  hitchhiker  0.00000144173 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6220  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  68.63 
 
 		 596 aa  830    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.863586  normal  0.0472829 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2796  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain-containing protein  54.04 
 
 		 597 aa  638    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0268922  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0946  thiamine pyrophosphate protein  74.49 
 
 		 744 aa  915    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.217897  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0471  thiamine pyrophosphate protein  64.66 
 
 		 601 aa  826    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2732  thiamine pyrophosphate protein  74.16 
 
 		 596 aa  915    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.109736  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1467  thiamine pyrophosphate protein  63.61 
 
 		 588 aa  825    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0784  thiamine pyrophosphate protein  74.49 
 
 		 608 aa  915    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0808  thiamine pyrophosphate protein  64.86 
 
 		 593 aa  798    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2495  thiamine pyrophosphate protein  56.5 
 
 		 599 aa  656    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.215575  normal  0.718329 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0287  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  61.98 
 
 		 597 aa  798    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0068  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  100 
 
 		 596 aa  1219    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.736165  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0856  thiamine pyrophosphate protein  64.02 
 
 		 593 aa  795    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.701267  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1836  thiamine pyrophosphate protein  70.98 
 
 		 613 aa  859    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.208772  normal  0.385639 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1284  thiamine pyrophosphate protein  73.53 
 
 		 635 aa  894    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283585  normal  0.383394 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2089  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  71.33 
 
 		 597 aa  863    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0517417 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4190  thiamine pyrophosphate protein  62.84 
 
 		 615 aa  800    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0017  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  58.1 
 
 		 599 aa  692    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0984309 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1291  thiamine pyrophosphate protein  76.56 
 
 		 611 aa  898    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.155181  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33590  thiamine pyrophosphate protein  54.47 
 
 		 596 aa  665    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.345752 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2718  thiamine pyrophosphate protein  60.24 
 
 		 594 aa  713    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2966  thiamine pyrophosphate protein  73.28 
 
 		 595 aa  912    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.482904 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3203  thiamine pyrophosphate protein  59.42 
 
 		 590 aa  711    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5505  thiamine pyrophosphate protein  76.55 
 
 		 606 aa  902    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.774081  normal  0.363102 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6569  thiamine pyrophosphate protein  75.88 
 
 		 608 aa  895    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.923475  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37340  thiamine pyrophosphate protein  59.25 
 
 		 590 aa  709    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000027158  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08480  thiamine pyrophosphate protein  73.31 
 
 		 598 aa  876    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00807055  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6385  thiamine pyrophosphate protein  71.76 
 
 		 610 aa  905    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1999  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  61.26 
 
 		 593 aa  717    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0409327  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3686  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  54.96 
 
 		 599 aa  659    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0906801  normal  0.0462514 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6540  thiamine pyrophosphate protein  76.56 
 
 		 611 aa  898    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.230604  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6283  thiamine pyrophosphate protein  76.05 
 
 		 608 aa  894    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.368758  decreased coverage  0.00160036 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2355  thiamine pyrophosphate protein  70.95 
 
 		 598 aa  880    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0320889  hitchhiker  0.000848806 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4175  thiamine pyrophosphate protein  56.92 
 
 		 593 aa  673    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.296619  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0860  thiamine pyrophosphate protein  63.51 
 
 		 593 aa  785    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.805016  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4857  thiamine pyrophosphate protein  55.57 
 
 		 603 aa  688    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0076  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  98.83 
 
 		 596 aa  1205    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.686266 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3966  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  57.17 
 
 		 597 aa  669    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6147  thiamine pyrophosphate protein  76.73 
 
 		 612 aa  903    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0509796  normal  0.360981 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0414  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  72.18 
 
 		 597 aa  842    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.211464  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5492  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  74.71 
 
 		 597 aa  932    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.165409  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0772  thiamine pyrophosphate protein  74.32 
 
 		 608 aa  912    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0548988  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3238  thiamine pyrophosphate protein central region  54.62 
 
 		 614 aa  630  1e-179  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.864303 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1982  thiamine pyrophosphate protein  51.99 
 
 		 596 aa  564  1.0000000000000001e-159  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0200304  normal  0.0807898 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3376  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  54.18 
 
 		 586 aa  550  1e-155  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4340  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP binding region  50.09 
 
 		 574 aa  525  1e-147  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0579862  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4426  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  50.09 
 
 		 574 aa  525  1e-147  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.247244  normal  0.506887 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4720  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  50.09 
 
 		 574 aa  516  1.0000000000000001e-145  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.60094  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2122  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding protein  42.78 
 
 		 584 aa  479  1e-134  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6370  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding protein  44.67 
 
 		 599 aa  472  1e-132  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.529318 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2151  pyruvate oxidase  45.88 
 
 		 584 aa  465  1e-129  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4042  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  43.99 
 
 		 605 aa  440  9.999999999999999e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5572  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  42.48 
 
 		 600 aa  410  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.307179 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2360  pyruvate oxidase  36.41 
 
 		 566 aa  359  7e-98  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2495  pyruvate oxidase  36.59 
 
 		 566 aa  358  1.9999999999999998e-97  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.667676  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2426  pyruvate oxidase  36.23 
 
 		 566 aa  355  2e-96  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0695657  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2152  pyruvate oxidase  35.51 
 
 		 566 aa  349  8e-95  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2201  pyruvate oxidase  35.7 
 
 		 566 aa  348  2e-94  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0998219  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1986  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  34.45 
 
 		 549 aa  325  1e-87  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2562  pyruvate oxidase  31.96 
 
 		 579 aa  315  1.9999999999999998e-84  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2615  pyruvate oxidase  31.96 
 
 		 579 aa  315  1.9999999999999998e-84  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1818  pyruvate oxidase  32.09 
 
 		 578 aa  310  4e-83  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1531  pyruvate dehydrogenase  36.28 
 
 		 576 aa  303  4.0000000000000003e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.885242  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0203  pyruvate dehydrogenase  36.62 
 
 		 576 aa  301  3e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0234842 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2115  pyruvate oxidase  29.91 
 
 		 579 aa  300  7e-80  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.100527  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1052  pyruvate dehydrogenase  35.15 
 
 		 572 aa  299  9e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0935  pyruvate dehydrogenase  35.15 
 
 		 572 aa  298  2e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1002  pyruvate dehydrogenase  34.97 
 
 		 572 aa  296  5e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.244882  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1033  pyruvate dehydrogenase  34.97 
 
 		 572 aa  296  5e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0970  pyruvate dehydrogenase  34.97 
 
 		 572 aa  296  5e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0736  pyruvate dehydrogenase [cytochrome]  35.5 
 
 		 563 aa  295  2e-78  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2314  pyruvate dehydrogenase  35.5 
 
 		 601 aa  294  3e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.493557  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2510  pyruvate dehydrogenase  35.33 
 
 		 572 aa  291  2e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.172395  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0900  pyruvate dehydrogenase  34.45 
 
 		 572 aa  291  2e-77  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.84426 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1843  pyruvate dehydrogenase  34.45 
 
 		 577 aa  291  2e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.528367  normal  0.413476 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1564  pyruvate dehydrogenase  34.45 
 
 		 577 aa  291  2e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.48094  normal  0.707647 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2427  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  35.04 
 
 		 574 aa  291  3e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0700684  normal  0.107215 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1032  pyruvate dehydrogenase  34.27 
 
 		 572 aa  290  5.0000000000000004e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0944  pyruvate dehydrogenase  34.45 
 
 		 572 aa  290  6e-77  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.987106  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0892  pyruvate dehydrogenase  36.43 
 
 		 576 aa  290  7e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.129247  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0972  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  33.39 
 
 		 581 aa  289  8e-77  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0975  pyruvate dehydrogenase  34.27 
 
 		 572 aa  289  9e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2460  pyruvate dehydrogenase  34.27 
 
 		 572 aa  289  9e-77  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00876  pyruvate dehydrogenase  34.27 
 
 		 572 aa  288  1e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.688216  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2771  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  34.27 
 
 		 572 aa  289  1e-76  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2725  pyruvate dehydrogenase  34.27 
 
 		 572 aa  289  1e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00882  hypothetical protein  34.27 
 
 		 572 aa  288  1e-76  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.731415  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2374  pyruvate dehydrogenase  36.03 
 
 		 573 aa  287  4e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1664  pyruvate dehydrogenase  35.21 
 
 		 573 aa  286  9e-76  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.265267  normal  0.610724 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_02710  pyruvate dehydrogenase (cytochrome)  35.75 
 
 		 571 aa  285  1.0000000000000001e-75  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1387  pyruvate dehydrogenase  34.62 
 
 		 572 aa  285  2.0000000000000002e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3125  pyruvate dehydrogenase  35.26 
 
 		 574 aa  284  3.0000000000000004e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.765369  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2791  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain-containing protein  35.56 
 
 		 576 aa  280  4e-74  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0635028  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2619  pyruvate dehydrogenase  34.68 
 
 		 573 aa  280  4e-74  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1589  pyruvate dehydrogenase  34.68 
 
 		 573 aa  280  5e-74  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2788  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  36.08 
 
 		 578 aa  280  8e-74  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.987771  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>