More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_2718 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013510  Tcur_3966  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  59.29 
 
 
597 aa  702    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0017  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  61.42 
 
 
599 aa  749    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0984309 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3203  thiamine pyrophosphate protein  58.23 
 
 
590 aa  673    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6220  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  58.38 
 
 
596 aa  689    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.863586  normal  0.0472829 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3445  thiamine pyrophosphate protein  54.71 
 
 
596 aa  647    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.663093  normal  0.499781 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2966  thiamine pyrophosphate protein  61.53 
 
 
595 aa  727    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.482904 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4440  thiamine pyrophosphate protein  61.43 
 
 
608 aa  731    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.435967  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6283  thiamine pyrophosphate protein  61.8 
 
 
608 aa  705    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.368758  decreased coverage  0.00160036 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0946  thiamine pyrophosphate protein  59.87 
 
 
744 aa  727    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.217897  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5505  thiamine pyrophosphate protein  61.46 
 
 
606 aa  702    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.774081  normal  0.363102 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0076  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  60.24 
 
 
596 aa  732    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.686266 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0471  thiamine pyrophosphate protein  67.41 
 
 
601 aa  843    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2355  thiamine pyrophosphate protein  62.22 
 
 
598 aa  728    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0320889  hitchhiker  0.000848806 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2732  thiamine pyrophosphate protein  60.51 
 
 
596 aa  727    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.109736  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0068  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  60.24 
 
 
596 aa  731    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.736165  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4857  thiamine pyrophosphate protein  57.53 
 
 
603 aa  714    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1467  thiamine pyrophosphate protein  61.71 
 
 
588 aa  783    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0808  thiamine pyrophosphate protein  65.37 
 
 
593 aa  789    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2495  thiamine pyrophosphate protein  63.36 
 
 
599 aa  746    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.215575  normal  0.718329 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1836  thiamine pyrophosphate protein  59.07 
 
 
613 aa  692    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.208772  normal  0.385639 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1284  thiamine pyrophosphate protein  61.29 
 
 
635 aa  715    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283585  normal  0.383394 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1999  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  60.41 
 
 
593 aa  723    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0409327  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4190  thiamine pyrophosphate protein  60.58 
 
 
615 aa  758    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0856  thiamine pyrophosphate protein  66.04 
 
 
593 aa  796    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.701267  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0784  thiamine pyrophosphate protein  60.03 
 
 
608 aa  730    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3686  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  57.36 
 
 
599 aa  697    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0906801  normal  0.0462514 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1291  thiamine pyrophosphate protein  61.8 
 
 
611 aa  705    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.155181  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2718  thiamine pyrophosphate protein  100 
 
 
594 aa  1212    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0860  thiamine pyrophosphate protein  66.21 
 
 
593 aa  796    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.805016  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6147  thiamine pyrophosphate protein  61.97 
 
 
612 aa  707    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0509796  normal  0.360981 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0414  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  61.19 
 
 
597 aa  696    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.211464  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6569  thiamine pyrophosphate protein  61.97 
 
 
608 aa  710    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.923475  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37340  thiamine pyrophosphate protein  57.72 
 
 
590 aa  667    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000027158  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6540  thiamine pyrophosphate protein  61.8 
 
 
611 aa  705    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.230604  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6385  thiamine pyrophosphate protein  59.2 
 
 
610 aa  724    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33590  thiamine pyrophosphate protein  56.25 
 
 
596 aa  687    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.345752 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4175  thiamine pyrophosphate protein  55.33 
 
 
593 aa  684    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.296619  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2032  thiamine pyrophosphate protein  59.73 
 
 
613 aa  709    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.977535  hitchhiker  0.00000144173 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08480  thiamine pyrophosphate protein  62.39 
 
 
598 aa  705    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00807055  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2979  thiamine pyrophosphate protein  61.36 
 
 
595 aa  746    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0396438 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2436  thiamine pyrophosphate protein  60.85 
 
 
595 aa  735    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.262777  normal  0.635484 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2089  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  61.26 
 
 
597 aa  723    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0517417 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5492  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  62.12 
 
 
597 aa  756    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.165409  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0287  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  64.37 
 
 
597 aa  795    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0772  thiamine pyrophosphate protein  60.03 
 
 
608 aa  729    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0548988  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2796  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain-containing protein  52.94 
 
 
597 aa  628  1e-179  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0268922  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3238  thiamine pyrophosphate protein central region  51.35 
 
 
614 aa  586  1e-166  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.864303 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3376  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  52.98 
 
 
586 aa  557  1e-157  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1982  thiamine pyrophosphate protein  51.72 
 
 
596 aa  543  1e-153  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0200304  normal  0.0807898 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4340  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP binding region  47.37 
 
 
574 aa  503  1e-141  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0579862  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4426  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  47.37 
 
 
574 aa  503  1e-141  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.247244  normal  0.506887 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4720  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  47.37 
 
 
574 aa  492  9.999999999999999e-139  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.60094  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2122  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding protein  41.72 
 
 
584 aa  472  1e-132  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2151  pyruvate oxidase  42.71 
 
 
584 aa  449  1e-125  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6370  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding protein  40.95 
 
 
599 aa  441  9.999999999999999e-123  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.529318 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4042  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  41.57 
 
 
605 aa  412  1e-113  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5572  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  40.32 
 
 
600 aa  390  1e-107  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.307179 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2152  pyruvate oxidase  38.18 
 
 
566 aa  386  1e-106  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2360  pyruvate oxidase  38 
 
 
566 aa  385  1e-106  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2495  pyruvate oxidase  38 
 
 
566 aa  387  1e-106  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.667676  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2201  pyruvate oxidase  37.3 
 
 
566 aa  382  1e-105  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0998219  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2426  pyruvate oxidase  37.3 
 
 
566 aa  380  1e-104  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0695657  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1986  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  34.96 
 
 
549 aa  326  9e-88  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2562  pyruvate oxidase  33.1 
 
 
579 aa  319  1e-85  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2615  pyruvate oxidase  33.1 
 
 
579 aa  319  1e-85  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1818  pyruvate oxidase  30.86 
 
 
578 aa  308  2.0000000000000002e-82  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2791  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain-containing protein  36.89 
 
 
576 aa  306  5.0000000000000004e-82  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0635028  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2115  pyruvate oxidase  30.66 
 
 
579 aa  298  2e-79  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.100527  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1387  pyruvate dehydrogenase  34.36 
 
 
572 aa  297  3e-79  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2771  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  34.94 
 
 
572 aa  296  5e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2725  pyruvate dehydrogenase  34.94 
 
 
572 aa  296  5e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00876  pyruvate dehydrogenase  34.94 
 
 
572 aa  296  7e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.688216  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0975  pyruvate dehydrogenase  34.94 
 
 
572 aa  296  7e-79  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2460  pyruvate dehydrogenase  34.94 
 
 
572 aa  296  7e-79  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0935  pyruvate dehydrogenase  35.11 
 
 
572 aa  296  7e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00882  hypothetical protein  34.94 
 
 
572 aa  296  7e-79  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.731415  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0944  pyruvate dehydrogenase  34.94 
 
 
572 aa  295  1e-78  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.987106  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0900  pyruvate dehydrogenase  34.19 
 
 
572 aa  296  1e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.84426 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1032  pyruvate dehydrogenase  34.42 
 
 
572 aa  296  1e-78  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1002  pyruvate dehydrogenase  34.94 
 
 
572 aa  295  2e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.244882  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1033  pyruvate dehydrogenase  34.94 
 
 
572 aa  295  2e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5205  pyruvate dehydrogenase  35.83 
 
 
573 aa  295  2e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.799967  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2314  pyruvate dehydrogenase  34.45 
 
 
601 aa  294  3e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.493557  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0970  pyruvate dehydrogenase  34.94 
 
 
572 aa  293  4e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3125  pyruvate dehydrogenase  36 
 
 
574 aa  293  5e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.765369  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2374  pyruvate dehydrogenase  35.24 
 
 
573 aa  293  6e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1052  pyruvate dehydrogenase  34.94 
 
 
572 aa  293  6e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2427  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  34.22 
 
 
574 aa  293  6e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0700684  normal  0.107215 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2510  pyruvate dehydrogenase  33.95 
 
 
572 aa  291  3e-77  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.172395  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1664  pyruvate dehydrogenase  34.46 
 
 
573 aa  290  7e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.265267  normal  0.610724 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3312  pyruvate dehydrogenase  35.67 
 
 
573 aa  289  9e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.653262  normal  0.0298964 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5095  pyruvate dehydrogenase  34.23 
 
 
573 aa  288  1e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0038503 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5157  pyruvate dehydrogenase  35.67 
 
 
573 aa  289  1e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1564  pyruvate dehydrogenase  33.39 
 
 
577 aa  285  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.48094  normal  0.707647 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2858  pyruvate dehydrogenase  35.5 
 
 
573 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.21878  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1843  pyruvate dehydrogenase  33.39 
 
 
577 aa  285  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.528367  normal  0.413476 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1531  pyruvate dehydrogenase  34.7 
 
 
576 aa  284  3.0000000000000004e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.885242  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4792  pyruvate dehydrogenase  35.33 
 
 
573 aa  284  3.0000000000000004e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3376  pyruvate dehydrogenase  35.33 
 
 
573 aa  284  3.0000000000000004e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3372  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  34.25 
 
 
576 aa  284  3.0000000000000004e-75  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>