More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_3686 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010087  Bmul_5505  thiamine pyrophosphate protein  57.69 
 
 
606 aa  642    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.774081  normal  0.363102 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6283  thiamine pyrophosphate protein  57.19 
 
 
608 aa  635    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.368758  decreased coverage  0.00160036 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2355  thiamine pyrophosphate protein  55.46 
 
 
598 aa  665    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0320889  hitchhiker  0.000848806 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5492  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  55.37 
 
 
597 aa  675    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.165409  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4440  thiamine pyrophosphate protein  59.11 
 
 
608 aa  689    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.435967  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6385  thiamine pyrophosphate protein  53.63 
 
 
610 aa  655    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0946  thiamine pyrophosphate protein  57.02 
 
 
744 aa  662    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.217897  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0471  thiamine pyrophosphate protein  59.9 
 
 
601 aa  732    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2732  thiamine pyrophosphate protein  54.45 
 
 
596 aa  657    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.109736  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2436  thiamine pyrophosphate protein  55.46 
 
 
595 aa  671    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.262777  normal  0.635484 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1467  thiamine pyrophosphate protein  57.78 
 
 
588 aa  716    Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2979  thiamine pyrophosphate protein  55.97 
 
 
595 aa  681    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0396438 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0808  thiamine pyrophosphate protein  60.64 
 
 
593 aa  720    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2495  thiamine pyrophosphate protein  56.25 
 
 
599 aa  666    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.215575  normal  0.718329 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1836  thiamine pyrophosphate protein  54.84 
 
 
613 aa  635    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.208772  normal  0.385639 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1284  thiamine pyrophosphate protein  55.37 
 
 
635 aa  645    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.283585  normal  0.383394 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4190  thiamine pyrophosphate protein  53.36 
 
 
615 aa  656    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0287  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  56.16 
 
 
597 aa  676    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0856  thiamine pyrophosphate protein  60.14 
 
 
593 aa  714    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.701267  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1291  thiamine pyrophosphate protein  57.34 
 
 
611 aa  639    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.155181  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1999  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  56.48 
 
 
593 aa  639    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0409327  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2718  thiamine pyrophosphate protein  57.36 
 
 
594 aa  675    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08480  thiamine pyrophosphate protein  54.81 
 
 
598 aa  640    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00807055  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0017  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  67 
 
 
599 aa  833    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0984309 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6147  thiamine pyrophosphate protein  56.97 
 
 
612 aa  641    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0509796  normal  0.360981 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0068  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  54.96 
 
 
596 aa  647    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.736165  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6569  thiamine pyrophosphate protein  57 
 
 
608 aa  641    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.923475  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2966  thiamine pyrophosphate protein  56.3 
 
 
595 aa  665    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.482904 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4857  thiamine pyrophosphate protein  68.01 
 
 
603 aa  853    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6540  thiamine pyrophosphate protein  57.34 
 
 
611 aa  639    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.230604  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0860  thiamine pyrophosphate protein  59.63 
 
 
593 aa  709    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.805016  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3445  thiamine pyrophosphate protein  63.34 
 
 
596 aa  750    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.663093  normal  0.499781 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4175  thiamine pyrophosphate protein  70.44 
 
 
593 aa  870    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.296619  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2089  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  54.27 
 
 
597 aa  643    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0517417 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2796  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain-containing protein  62.88 
 
 
597 aa  768    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0268922  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33590  thiamine pyrophosphate protein  66.78 
 
 
596 aa  823    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.345752 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0076  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  54.73 
 
 
596 aa  643    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.686266 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2032  thiamine pyrophosphate protein  54.35 
 
 
613 aa  654    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.977535  hitchhiker  0.00000144173 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0772  thiamine pyrophosphate protein  57.02 
 
 
608 aa  664    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0548988  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3966  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  70.76 
 
 
597 aa  845    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0784  thiamine pyrophosphate protein  57.02 
 
 
608 aa  664    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3686  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  100 
 
 
599 aa  1217    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0906801  normal  0.0462514 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3203  thiamine pyrophosphate protein  54.65 
 
 
590 aa  623  1e-177  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6220  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  53.19 
 
 
596 aa  616  1e-175  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.863586  normal  0.0472829 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37340  thiamine pyrophosphate protein  53.96 
 
 
590 aa  616  1e-175  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000027158  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0414  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  53.6 
 
 
597 aa  610  1e-173  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.211464  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3238  thiamine pyrophosphate protein central region  50.25 
 
 
614 aa  560  1e-158  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.864303 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1982  thiamine pyrophosphate protein  54.55 
 
 
596 aa  559  1e-158  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0200304  normal  0.0807898 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3376  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  55.27 
 
 
586 aa  556  1e-157  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4340  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP binding region  50.88 
 
 
574 aa  521  1e-146  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0579862  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4426  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  50.88 
 
 
574 aa  521  1e-146  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.247244  normal  0.506887 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4720  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  50.88 
 
 
574 aa  509  1e-143  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.60094  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2122  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding protein  41.48 
 
 
584 aa  461  9.999999999999999e-129  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2151  pyruvate oxidase  42.16 
 
 
584 aa  432  1e-120  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6370  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding protein  41.3 
 
 
599 aa  422  1e-117  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.529318 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4042  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  40.04 
 
 
605 aa  375  1e-102  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5572  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  38.23 
 
 
600 aa  354  2.9999999999999997e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.307179 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2152  pyruvate oxidase  34.7 
 
 
566 aa  338  1.9999999999999998e-91  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2495  pyruvate oxidase  34.7 
 
 
566 aa  338  1.9999999999999998e-91  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.667676  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2426  pyruvate oxidase  35.25 
 
 
566 aa  337  2.9999999999999997e-91  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0695657  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2360  pyruvate oxidase  34.19 
 
 
566 aa  336  7e-91  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2201  pyruvate oxidase  35.25 
 
 
566 aa  336  7.999999999999999e-91  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0998219  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1986  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  34.47 
 
 
549 aa  304  3.0000000000000004e-81  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2615  pyruvate oxidase  32.31 
 
 
579 aa  300  4e-80  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2562  pyruvate oxidase  32.31 
 
 
579 aa  300  4e-80  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1531  pyruvate dehydrogenase  34.98 
 
 
576 aa  295  1e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.885242  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2788  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  36.2 
 
 
578 aa  293  9e-78  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.987771  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1818  pyruvate oxidase  30.43 
 
 
578 aa  290  8e-77  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2314  pyruvate dehydrogenase  34.15 
 
 
601 aa  288  2e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.493557  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2115  pyruvate oxidase  29.01 
 
 
579 aa  286  9e-76  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.100527  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3125  pyruvate dehydrogenase  34.88 
 
 
574 aa  283  6.000000000000001e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.765369  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0203  pyruvate dehydrogenase  34.46 
 
 
576 aa  283  6.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0234842 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0736  pyruvate dehydrogenase [cytochrome]  33.75 
 
 
563 aa  281  2e-74  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2510  pyruvate dehydrogenase  34.09 
 
 
572 aa  280  4e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.172395  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1564  pyruvate dehydrogenase  33.11 
 
 
577 aa  278  1e-73  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.48094  normal  0.707647 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1843  pyruvate dehydrogenase  33.11 
 
 
577 aa  279  1e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.528367  normal  0.413476 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0975  pyruvate dehydrogenase  32.1 
 
 
572 aa  278  3e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2460  pyruvate dehydrogenase  32.1 
 
 
572 aa  278  3e-73  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1032  pyruvate dehydrogenase  31.92 
 
 
572 aa  277  3e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0900  pyruvate dehydrogenase  31.75 
 
 
572 aa  276  9e-73  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.84426 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00876  pyruvate dehydrogenase  31.92 
 
 
572 aa  275  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.688216  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2771  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  31.92 
 
 
572 aa  275  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00882  hypothetical protein  31.92 
 
 
572 aa  275  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.731415  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2725  pyruvate dehydrogenase  31.92 
 
 
572 aa  275  1.0000000000000001e-72  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0944  pyruvate dehydrogenase  31.92 
 
 
572 aa  275  2.0000000000000002e-72  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.987106  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1664  pyruvate dehydrogenase  32.64 
 
 
573 aa  274  4.0000000000000004e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.265267  normal  0.610724 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0892  pyruvate dehydrogenase  34.56 
 
 
576 aa  273  5.000000000000001e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.129247  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1387  pyruvate dehydrogenase  32.1 
 
 
572 aa  272  1e-71  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0590  pyruvate dehydrogenase  33.57 
 
 
582 aa  271  2e-71  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2816  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  32.99 
 
 
577 aa  271  2e-71  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2374  pyruvate dehydrogenase  32.99 
 
 
573 aa  271  2.9999999999999997e-71  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0970  pyruvate dehydrogenase  31.75 
 
 
572 aa  271  2.9999999999999997e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1033  pyruvate dehydrogenase  31.75 
 
 
572 aa  271  2.9999999999999997e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1002  pyruvate dehydrogenase  31.75 
 
 
572 aa  271  2.9999999999999997e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.244882  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2703  pyruvate dehydrogenase  32.16 
 
 
573 aa  270  5.9999999999999995e-71  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2619  pyruvate dehydrogenase  32.16 
 
 
573 aa  270  7e-71  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4864  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  35.04 
 
 
575 aa  269  1e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.662059  normal  0.681862 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0720  pyruvate dehydrogenase  33.91 
 
 
582 aa  269  1e-70  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0935  pyruvate dehydrogenase  31.57 
 
 
572 aa  269  1e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1589  pyruvate dehydrogenase  31.99 
 
 
573 aa  268  2e-70  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>