More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1136 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1136  regulatory protein, LuxR  100 
 
 		 868 aa  1682    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.87643 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1706  transcriptional regulator  45.84 
 
 		 827 aa  530  1e-149  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19850  putative transcriptional regulator  43.89 
 
 		 827 aa  515  1e-144  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.326832  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0907  ATP-dependent transcription regulator LuxR  38.16 
 
 		 850 aa  427  1e-118  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4706  ATP-dependent transcription regulator LuxR  37.32 
 
 		 911 aa  421  1e-116  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.157543 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13150  putative transcriptional regulator  38.03 
 
 		 906 aa  411  1e-113  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.697366  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1186  transcriptional regulator  38.14 
 
 		 906 aa  410  1e-113  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0993  regulatory protein, LuxR  36.32 
 
 		 920 aa  394  1e-108  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.962183  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4422  ATP-dependent transcription regulator LuxR  36.25 
 
 		 905 aa  396  1e-108  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0808  ATP-dependent transcription regulator LuxR  37.36 
 
 		 905 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0767  LuxR family transcriptional regulator  36.28 
 
 		 905 aa  386  1e-105  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0794  regulatory protein, LuxR  36.28 
 
 		 905 aa  386  1e-105  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.23816 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3658  regulatory protein, LuxR  37.85 
 
 		 914 aa  381  1e-104  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1151  transcriptional regulator, LuxR family  36.24 
 
 		 910 aa  372  1e-101  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4327  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.67 
 
 		 1021 aa  178  5e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2693  regulatory protein, LuxR  26.9 
 
 		 891 aa  144  7e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.602772  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1995  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.51 
 
 		 1019 aa  144  9.999999999999999e-33  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.686742  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2916  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  27.3 
 
 		 905 aa  143  9.999999999999999e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.725762  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3994  transcriptional regulator MalT  26.19 
 
 		 903 aa  143  1.9999999999999998e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0160  transcriptional regulator MalT  26.19 
 
 		 903 aa  143  1.9999999999999998e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.814727  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20540  regulatory protein LuxR  22.67 
 
 		 887 aa  140  1e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3606  LuxR transcriptional regulator  26.62 
 
 		 947 aa  137  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.156001  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4637  transcriptional regulator MalT  24.97 
 
 		 904 aa  133  1.0000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001102  transcriptional activator of maltose regulon MalT  24.19 
 
 		 902 aa  133  2.0000000000000002e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1446  LuxR family transcriptional regulator  22.59 
 
 		 921 aa  131  6e-29  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.308791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04848  transcriptional regulator MalT  23.73 
 
 		 902 aa  129  3e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1678  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  27.3 
 
 		 910 aa  127  1e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1936  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.08 
 
 		 880 aa  120  9.999999999999999e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.443116  hitchhiker  0.000000309593 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3894  transcriptional regulator MalT  24.33 
 
 		 901 aa  119  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0295  transcriptional regulator MalT  24.19 
 
 		 901 aa  119  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.464909 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3699  transcriptional regulator MalT  24.33 
 
 		 901 aa  119  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.203267  normal  0.15955 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4725  transcriptional regulator MalT  24.33 
 
 		 901 aa  119  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0295  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  24.19 
 
 		 901 aa  119  3e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2376  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  30.34 
 
 		 897 aa  119  3e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000225223  hitchhiker  0.000754758 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39970  transcriptional regulatory protein AcoK, LuxR family  30.02 
 
 		 900 aa  119  3e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3616  transcriptional regulator MalT  24.19 
 
 		 901 aa  119  3e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1584  regulatory protein, LuxR  26.18 
 
 		 916 aa  118  6e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03270  transcriptional regulator MalT  24.28 
 
 		 901 aa  116  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00934962  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5287  two component response regulator  27.75 
 
 		 896 aa  116  2.0000000000000002e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.318061  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03222  hypothetical protein  24.28 
 
 		 901 aa  116  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00528923  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3831  transcriptional regulator MalT  24.68 
 
 		 901 aa  115  3e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.219593  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2864  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  31.4 
 
 		 766 aa  114  9e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.155264  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1393  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.83 
 
 		 913 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3823  transcriptional regulator MalT  24.59 
 
 		 901 aa  112  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.268029  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3717  transcriptional regulator MalT  24.59 
 
 		 901 aa  112  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3714  transcriptional regulator MalT  24.59 
 
 		 901 aa  112  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3789  transcriptional regulator MalT  24.59 
 
 		 901 aa  112  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0120  transcriptional regulator MalT  24.57 
 
 		 921 aa  108  4e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3129  transcriptional regulator MalT  26.91 
 
 		 914 aa  106  2e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0535917  decreased coverage  0.00386402 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1895  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.15 
 
 		 867 aa  105  3e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.283939  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2538  regulatory protein, LuxR  28.73 
 
 		 907 aa  105  5e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.896851  normal  0.0163895 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6753  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.68 
 
 		 932 aa  104  9e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.449288 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0037  transcriptional regulator MalT  23.1 
 
 		 901 aa  102  4e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3384  regulatory protein, LuxR  27.34 
 
 		 913 aa  102  4e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.425044  normal  0.0489433 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4759  regulatory protein, LuxR  26.16 
 
 		 913 aa  100  8e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2246  ATP-dependent transcription regulator LuxR  28.36 
 
 		 914 aa  100  1e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.220145  normal  0.0496967 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0601  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  24.07 
 
 		 901 aa  100  1e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000493174 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4133  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  28.4 
 
 		 749 aa  99  3e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4208  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.11 
 
 		 894 aa  97.8  8e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0897  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  27.14 
 
 		 933 aa  97.1  1e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.571021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2539  regulatory protein, LuxR  29.64 
 
 		 904 aa  97.1  1e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.50873  hitchhiker  0.00362349 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2963  regulatory protein, LuxR  30.31 
 
 		 824 aa  95.1  4e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1953  transcriptional activator domain protein  31.37 
 
 		 1083 aa  95.1  5e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00247822 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2524  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.81 
 
 		 914 aa  90.1  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.9975  normal  0.793034 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13097  serine/threonine-protein kinase transcriptional regulatory protein pknK  29.27 
 
 		 1110 aa  90.9  1e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0423  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  24.32 
 
 		 1003 aa  89.7  2e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0921  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein  30.24 
 
 		 881 aa  88.2  6e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.54574  normal  0.164383 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1911  transcriptional regulator domain protein  30.21 
 
 		 990 aa  87.8  7e-16  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.345318  decreased coverage  0.000588756 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3885  transcriptional regulator MalT  25.63 
 
 		 902 aa  87.4  9e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0892  ATP-dependent transcriptional regulator-like protein protein  25.78 
 
 		 896 aa  87  0.000000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.311866  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3046  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.68 
 
 		 922 aa  85.9  0.000000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2246  regulatory protein, LuxR  26.12 
 
 		 899 aa  85.9  0.000000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.348554 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5034  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  29.9 
 
 		 935 aa  85.5  0.000000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.314145  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0670  regulatory protein, LuxR  28.28 
 
 		 890 aa  84.3  0.000000000000009  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1210  ATP-dependent transcription regulator LuxR  25.36 
 
 		 889 aa  82.8  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.603589  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2600  transcriptional activator domain protein  27.51 
 
 		 1108 aa  82.4  0.00000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3548  transcriptional regulator  26.98 
 
 		 924 aa  82.8  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4346  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.04 
 
 		 921 aa  82  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.815962  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5027  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.04 
 
 		 921 aa  81.6  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.381332  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5833  ATP-dependent transcription regulator LuxR  26.04 
 
 		 921 aa  81.6  0.00000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4164  LuxR transcriptional regulator  29.58 
 
 		 960 aa  81.3  0.00000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.950161  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0366  transcriptional activator domain protein  28.16 
 
 		 1097 aa  79.7  0.0000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.37715 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0292  hypothetical protein  22.49 
 
 		 954 aa  80.1  0.0000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0090168  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2932  regulatory protein, LuxR  31.93 
 
 		 919 aa  79.3  0.0000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.104407  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1148  regulatory protein LuxR  24.85 
 
 		 921 aa  78.6  0.0000000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.108504  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3322  transcriptional activator domain-containing protein  30.77 
 
 		 1204 aa  78.6  0.0000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.11039  normal  0.190141 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2469  ATP-dependent transcription regulator LuxR  23.87 
 
 		 860 aa  78.2  0.0000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4815  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.79 
 
 		 924 aa  78.2  0.0000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4838  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.74 
 
 		 900 aa  76.3  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.874018  hitchhiker  0.003849 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1602  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.25 
 
 		 897 aa  76.6  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.208535 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1583  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.25 
 
 		 955 aa  76.6  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.559531  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0605  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT- like, LuxR family  26.5 
 
 		 758 aa  76.3  0.000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.841569 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2722  ATP-dependent transcription regulator LuxR  29.18 
 
 		 947 aa  75.5  0.000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5436  LuxR family LuxR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 904 aa  75.1  0.000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7173  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.18 
 
 		 928 aa  73.9  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.866663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0926  regulatory protein, LuxR  25 
 
 		 878 aa  72.8  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.289088  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0367  transcriptional regulator, LuxR family  58.18 
 
 		 556 aa  72.8  0.00000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5822  LuxR family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 914 aa  72.4  0.00000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2575  ATP-dependent transcriptional regulator, MalT-like, LuxR family  40.87 
 
 		 917 aa  72.4  0.00000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4345  transcriptional activator domain-containing protein  29.68 
 
 		 1095 aa  72  0.00000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00663384 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>