62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0505 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009656  PSPA7_5847  hypothetical protein  63.22 
 
 		 1200 aa  1225    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.227793  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0350  hypothetical protein  65.41 
 
 		 1198 aa  1230    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0505  membrane protein-like protein  100 
 
 		 1207 aa  2286    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67530  hypothetical protein  63.21 
 
 		 1201 aa  1181    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.311173  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4945  hypothetical protein  39.98 
 
 		 1128 aa  587  1e-166  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.451104 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1537  hypothetical protein  41.49 
 
 		 1242 aa  520  1e-146  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.896798  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5166  hypothetical protein  57.19 
 
 		 939 aa  497  1e-139  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.095267  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0802  hypothetical protein  47.27 
 
 		 957 aa  395  1e-108  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.627232 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0786  hypothetical protein  46.22 
 
 		 938 aa  392  1e-107  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.447385 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0732  hypothetical protein  47.08 
 
 		 953 aa  381  1e-104  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.40961  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5093  membrane protein-like protein  53 
 
 		 1133 aa  362  2e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.161035 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4568  membrane protein-like protein  52.76 
 
 		 1139 aa  362  3e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.95183 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5173  membrane protein-like protein  41.6 
 
 		 1124 aa  359  1.9999999999999998e-97  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.747728  normal  0.0847519 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5106  membrane protein-like protein  41.44 
 
 		 1130 aa  357  5.999999999999999e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0951295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3194  membrane protein-like  41.44 
 
 		 1155 aa  357  7.999999999999999e-97  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1508  hypothetical protein  42.58 
 
 		 949 aa  345  4e-93  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.144952  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0453  membrane protein-like  51.21 
 
 		 1133 aa  338  3.9999999999999995e-91  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.201937  normal  0.0526268 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1901  membrane protein-like protein  52.38 
 
 		 1146 aa  337  1e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.95592  normal  0.876478 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1674  membrane protein-like protein  40.4 
 
 		 1093 aa  332  2e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.956677 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1987  Protein of unknown function DUF2339, transmembrane  41.3 
 
 		 973 aa  328  4.0000000000000003e-88  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0361094  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1102  hypothetical protein  50.77 
 
 		 903 aa  323  9.999999999999999e-87  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.181448  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3483  membrane protein-like protein  41.42 
 
 		 989 aa  314  7.999999999999999e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.736371  normal  0.107925 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3218  hypothetical protein  46.38 
 
 		 891 aa  283  2e-74  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.311466  normal  0.319436 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1094  hypothetical protein  35.27 
 
 		 902 aa  278  5e-73  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0433151  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2460  hypothetical protein  39.51 
 
 		 946 aa  276  1.0000000000000001e-72  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2804  membrane-like protein  44.59 
 
 		 941 aa  269  2e-70  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.195505 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02114  hypothetical protein  43.35 
 
 		 774 aa  255  4.0000000000000004e-66  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.283131  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2282  membrane protein-like  33.47 
 
 		 1045 aa  163  1e-38  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.650605  normal  0.0137094 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2975  membrane protein  25.64 
 
 		 833 aa  130  1.0000000000000001e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1743  hypothetical protein  23.42 
 
 		 778 aa  129  2.0000000000000002e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0602624  normal  0.707761 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1663  membrane protein-like protein  27.15 
 
 		 600 aa  126  2e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0094657 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2238  hypothetical protein  24.76 
 
 		 824 aa  123  1.9999999999999998e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1764  membrane protein  32.49 
 
 		 587 aa  120  9.999999999999999e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.923243 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2493  membrane protein-like protein  25.98 
 
 		 921 aa  118  7.999999999999999e-25  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0413775  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1520  membrane protein-like protein  21.6 
 
 		 823 aa  83.6  0.00000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.115215  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0315  membrane protein-like protein  25.93 
 
 		 1312 aa  77  0.000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.170493  normal  0.126351 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04921  hypothetical protein  23.64 
 
 		 906 aa  69.3  0.0000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0104  membrane protein-like  30.45 
 
 		 934 aa  66.2  0.000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0678  hypothetical protein  30.74 
 
 		 915 aa  63.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2332  hypothetical protein  30.66 
 
 		 915 aa  61.2  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.741682 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2369  hypothetical protein  28.81 
 
 		 894 aa  60.8  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.518364  normal  0.262094 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0836  hypothetical protein  39.76 
 
 		 268 aa  60.8  0.0000002  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000351202 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0914  hypothetical protein  25.19 
 
 		 850 aa  58.5  0.0000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1751  putative integral membrane protein  27.27 
 
 		 954 aa  58.2  0.000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2614  membrane protein-like  27.88 
 
 		 939 aa  55.1  0.000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.284738  normal  0.14506 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1640  putative integral membrane protein  26.89 
 
 		 954 aa  54.3  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3080  Extensin family protein  36.47 
 
 		 316 aa  50.8  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1232  hypothetical protein  26.42 
 
 		 899 aa  50.4  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1250  hypothetical protein  30.41 
 
 		 893 aa  50.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.373819  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0606  hypothetical protein  23.1 
 
 		 573 aa  49.3  0.0004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.00000211502  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000728  putative integral membrane protein  21.62 
 
 		 884 aa  49.3  0.0005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.472428  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1096  hypothetical protein  21.71 
 
 		 1045 aa  48.5  0.0007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3151  hypothetical protein  23.4 
 
 		 1064 aa  47.8  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1111  hypothetical protein  28.95 
 
 		 901 aa  47  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.661792  normal  0.626609 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4612  hypothetical protein  21.16 
 
 		 573 aa  46.6  0.003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000184306  normal  0.241609 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1986  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG family protein  26.09 
 
 		 257 aa  46.6  0.003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2628  putative signal peptide protein  35.42 
 
 		 356 aa  46.6  0.003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4305  membrane protein-like protein  35.21 
 
 		 679 aa  45.8  0.005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.345935  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1194  hypothetical protein  22.6 
 
 		 856 aa  45.8  0.005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000186085  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0921  TolA protein  36.78 
 
 		 394 aa  45.8  0.006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.214208 
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_43595  predicted protein  37.36 
 
 		 329 aa  45.4  0.006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.796402  normal  0.0151385 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2913  membrane protein-like  25.78 
 
 		 847 aa  45.4  0.007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.992887  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>