69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc0786 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc0786  hypothetical protein  100 
 
 
938 aa  1787    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.447385 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3483  membrane protein-like protein  57.04 
 
 
989 aa  856    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.736371  normal  0.107925 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5106  membrane protein-like protein  55.64 
 
 
1130 aa  778    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0951295  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5093  membrane protein-like protein  60.19 
 
 
1133 aa  738    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.161035 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1901  membrane protein-like protein  55.54 
 
 
1146 aa  744    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.95592  normal  0.876478 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0732  hypothetical protein  78.08 
 
 
953 aa  1294    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.40961  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5173  membrane protein-like protein  55.75 
 
 
1124 aa  779    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.747728  normal  0.0847519 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4568  membrane protein-like protein  60.3 
 
 
1139 aa  739    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.95183 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3194  membrane protein-like  55.64 
 
 
1155 aa  778    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1674  membrane protein-like protein  53.08 
 
 
1093 aa  729    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.956677 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0802  hypothetical protein  79.73 
 
 
957 aa  1353    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.627232 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0453  membrane protein-like  60.93 
 
 
1133 aa  730    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.201937  normal  0.0526268 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1508  hypothetical protein  40.96 
 
 
949 aa  548  1e-154  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.144952  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5166  hypothetical protein  42 
 
 
939 aa  492  1e-137  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.095267  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1102  hypothetical protein  41.9 
 
 
903 aa  460  9.999999999999999e-129  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.181448  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1987  Protein of unknown function DUF2339, transmembrane  36.9 
 
 
973 aa  451  1e-125  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0361094  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1094  hypothetical protein  38.34 
 
 
902 aa  452  1e-125  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0433151  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2460  hypothetical protein  37.27 
 
 
946 aa  392  1e-107  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3218  hypothetical protein  39.74 
 
 
891 aa  366  1e-100  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.311466  normal  0.319436 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67530  hypothetical protein  53.03 
 
 
1201 aa  367  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.311173  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5847  hypothetical protein  52.05 
 
 
1200 aa  366  1e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.227793  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2804  membrane-like protein  38.94 
 
 
941 aa  360  9.999999999999999e-98  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.195505 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0350  hypothetical protein  47.29 
 
 
1198 aa  337  5e-91  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02114  hypothetical protein  45.92 
 
 
774 aa  328  2.0000000000000001e-88  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.283131  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0505  membrane protein-like protein  44.13 
 
 
1207 aa  317  7e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4945  hypothetical protein  40.4 
 
 
1128 aa  260  1e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.451104 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1537  hypothetical protein  37.98 
 
 
1242 aa  249  1e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.896798  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2282  membrane protein-like  31.52 
 
 
1045 aa  160  8e-38  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.650605  normal  0.0137094 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1663  membrane protein-like protein  27.78 
 
 
600 aa  156  1e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0094657 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2238  hypothetical protein  27.29 
 
 
824 aa  135  5e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1743  hypothetical protein  23.16 
 
 
778 aa  129  2.0000000000000002e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0602624  normal  0.707761 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2975  membrane protein  24.07 
 
 
833 aa  129  2.0000000000000002e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1764  membrane protein  31.91 
 
 
587 aa  120  9.999999999999999e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.923243 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0315  membrane protein-like protein  29.52 
 
 
1312 aa  90.1  2e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.170493  normal  0.126351 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2493  membrane protein-like protein  24.85 
 
 
921 aa  90.1  2e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0413775  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1520  membrane protein-like protein  24.76 
 
 
823 aa  85.5  0.000000000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.115215  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4612  hypothetical protein  26.51 
 
 
573 aa  64.7  0.000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000184306  normal  0.241609 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0723  hypothetical protein  24.91 
 
 
573 aa  62.8  0.00000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00206833  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2369  hypothetical protein  30.23 
 
 
894 aa  59.3  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.518364  normal  0.262094 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04921  hypothetical protein  25.45 
 
 
906 aa  57.4  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0606  hypothetical protein  21.74 
 
 
573 aa  57  0.000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.00000211502  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0601  hypothetical protein  21.4 
 
 
573 aa  56.6  0.000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000191529  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0746  hypothetical protein  21.77 
 
 
573 aa  56.6  0.000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000103771 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0760  hypothetical protein  21.69 
 
 
573 aa  55.5  0.000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00101969  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0914  hypothetical protein  22.03 
 
 
850 aa  55.1  0.000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0657  hypothetical protein  22.31 
 
 
573 aa  55.1  0.000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0416794  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0691  hypothetical protein  22.31 
 
 
573 aa  55.1  0.000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00673286  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2913  membrane protein-like  26.59 
 
 
847 aa  53.9  0.00001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.992887  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0602  hypothetical protein  22.71 
 
 
573 aa  53.9  0.00001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.139247  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1250  hypothetical protein  30.37 
 
 
893 aa  53.9  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.373819  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1640  putative integral membrane protein  32.47 
 
 
954 aa  53.1  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1751  putative integral membrane protein  32.47 
 
 
954 aa  53.1  0.00002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3151  hypothetical protein  32.26 
 
 
1064 aa  53.5  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1194  hypothetical protein  22.76 
 
 
856 aa  51.2  0.00008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000186085  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0929  hypothetical protein  25.87 
 
 
1048 aa  50.4  0.0001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0819  hypothetical protein  20.74 
 
 
573 aa  50.1  0.0002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000546296  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2614  membrane protein-like  27.42 
 
 
939 aa  49.7  0.0002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.284738  normal  0.14506 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3866  hypothetical protein  30 
 
 
1013 aa  49.7  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0438741 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000728  putative integral membrane protein  22.14 
 
 
884 aa  48.9  0.0004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.472428  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0967  hypothetical protein  25.87 
 
 
1048 aa  48.5  0.0006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0187  hypothetical protein  28.46 
 
 
1019 aa  48.1  0.0008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.382454  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1111  hypothetical protein  36.47 
 
 
901 aa  47.8  0.0009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.661792  normal  0.626609 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1232  hypothetical protein  37.5 
 
 
899 aa  47.8  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0933  hypothetical protein  30.65 
 
 
1063 aa  46.6  0.002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0931  hypothetical protein  30.65 
 
 
1048 aa  45.8  0.004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1096  hypothetical protein  29.84 
 
 
1045 aa  44.7  0.008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0888  hypothetical protein  33.82 
 
 
601 aa  44.7  0.008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7071  hypothetical protein  40 
 
 
639 aa  44.7  0.009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0104  membrane protein-like  30.51 
 
 
934 aa  44.3  0.01  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>