70 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4568 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc0786  hypothetical protein  53.58 
 
 		 938 aa  776    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.447385 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4568  membrane protein-like protein  100 
 
 		 1139 aa  2189    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.95183 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1901  membrane protein-like protein  63.27 
 
 		 1146 aa  1230    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.95592  normal  0.876478 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3194  membrane protein-like  83.58 
 
 		 1155 aa  1684    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5173  membrane protein-like protein  83.67 
 
 		 1124 aa  1688    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.747728  normal  0.0847519 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1674  membrane protein-like protein  51.3 
 
 		 1093 aa  857    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.956677 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5093  membrane protein-like protein  96.16 
 
 		 1133 aa  1864    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.161035 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0732  hypothetical protein  53.94 
 
 		 953 aa  760    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.40961  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0453  membrane protein-like  83.86 
 
 		 1133 aa  1667    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.201937  normal  0.0526268 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5106  membrane protein-like protein  83.58 
 
 		 1130 aa  1687    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0951295  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0802  hypothetical protein  55.15 
 
 		 957 aa  810    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.627232 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3483  membrane protein-like protein  69.31 
 
 		 989 aa  1065    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.736371  normal  0.107925 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1508  hypothetical protein  37.43 
 
 		 949 aa  432  1e-119  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.144952  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5166  hypothetical protein  40.55 
 
 		 939 aa  423  1e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.095267  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1987  Protein of unknown function DUF2339, transmembrane  36.71 
 
 		 973 aa  399  1e-109  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0361094  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1094  hypothetical protein  38.57 
 
 		 902 aa  382  1e-104  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0433151  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67530  hypothetical protein  52.94 
 
 		 1201 aa  377  1e-103  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.311173  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5847  hypothetical protein  52.01 
 
 		 1200 aa  373  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.227793  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1102  hypothetical protein  38.6 
 
 		 903 aa  361  4e-98  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.181448  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2460  hypothetical protein  34.98 
 
 		 946 aa  336  1e-90  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3218  hypothetical protein  41.91 
 
 		 891 aa  327  1e-87  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.311466  normal  0.319436 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0350  hypothetical protein  45.42 
 
 		 1198 aa  324  7e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02114  hypothetical protein  44.83 
 
 		 774 aa  308  5.0000000000000004e-82  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.283131  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0505  membrane protein-like protein  45.26 
 
 		 1207 aa  305  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2804  membrane-like protein  35.65 
 
 		 941 aa  294  5e-78  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.195505 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4945  hypothetical protein  40.76 
 
 		 1128 aa  251  7e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.451104 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1537  hypothetical protein  38.31 
 
 		 1242 aa  239  3e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.896798  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2282  membrane protein-like  28.11 
 
 		 1045 aa  164  8.000000000000001e-39  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.650605  normal  0.0137094 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2975  membrane protein  25.88 
 
 		 833 aa  147  8.000000000000001e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1743  hypothetical protein  24.84 
 
 		 778 aa  143  1.9999999999999998e-32  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0602624  normal  0.707761 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1663  membrane protein-like protein  30.61 
 
 		 600 aa  137  9.999999999999999e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0094657 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1764  membrane protein  34.31 
 
 		 587 aa  135  3e-30  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.923243 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2238  hypothetical protein  27.53 
 
 		 824 aa  133  2.0000000000000002e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2493  membrane protein-like protein  25 
 
 		 921 aa  100  2e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0413775  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1520  membrane protein-like protein  23.01 
 
 		 823 aa  97.4  1e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.115215  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0315  membrane protein-like protein  27.32 
 
 		 1312 aa  83.6  0.00000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.170493  normal  0.126351 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1751  putative integral membrane protein  24.22 
 
 		 954 aa  63.2  0.00000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0104  membrane protein-like  27.27 
 
 		 934 aa  61.6  0.00000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1194  hypothetical protein  23 
 
 		 856 aa  61.6  0.00000009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000186085  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0606  hypothetical protein  31.48 
 
 		 573 aa  60.8  0.0000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.00000211502  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1640  putative integral membrane protein  23.91 
 
 		 954 aa  60.1  0.0000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0819  hypothetical protein  22.09 
 
 		 573 aa  60.5  0.0000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000546296  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4612  hypothetical protein  32.39 
 
 		 573 aa  59.7  0.0000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000184306  normal  0.241609 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0723  hypothetical protein  29.63 
 
 		 573 aa  58.5  0.0000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00206833  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0914  hypothetical protein  24.75 
 
 		 850 aa  57.4  0.000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0601  hypothetical protein  23.79 
 
 		 573 aa  56.6  0.000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000191529  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0760  hypothetical protein  23.73 
 
 		 573 aa  56.6  0.000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00101969  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0657  hypothetical protein  22.27 
 
 		 573 aa  55.5  0.000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0416794  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0691  hypothetical protein  22.27 
 
 		 573 aa  55.5  0.000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00673286  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0746  hypothetical protein  22.98 
 
 		 573 aa  55.5  0.000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000103771 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0602  hypothetical protein  23.21 
 
 		 573 aa  54.7  0.00001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.139247  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2369  hypothetical protein  31.84 
 
 		 894 aa  54.3  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.518364  normal  0.262094 
 
 
-
 
NC_009374  OSTLU_43595  predicted protein  29.41 
 
 		 329 aa  53.1  0.00003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.796402  normal  0.0151385 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3151  hypothetical protein  23.57 
 
 		 1064 aa  50.8  0.0001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0678  hypothetical protein  28.46 
 
 		 915 aa  50.4  0.0002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1873  peptidoglycan binding domain-containing protein  33.33 
 
 		 261 aa  50.4  0.0002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.499146  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1170  sporulation domain-containing protein  28.96 
 
 		 300 aa  50.4  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3759  PT repeat-containing protein  34.04 
 
 		 259 aa  50.1  0.0003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1232  hypothetical protein  27.27 
 
 		 899 aa  49.7  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2989  hypothetical protein  29.57 
 
 		 373 aa  50.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.662915 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0187  hypothetical protein  22.62 
 
 		 1019 aa  49.3  0.0005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.382454  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0391  Poly granule associated  33.61 
 
 		 230 aa  48.9  0.0006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1250  hypothetical protein  26.55 
 
 		 893 aa  48.5  0.0007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.373819  n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_44994  predicted protein  43.18 
 
 		 840 aa  47  0.002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0685164  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04921  hypothetical protein  24 
 
 		 906 aa  47.4  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1379  hypothetical protein  40.32 
 
 		 920 aa  46.2  0.004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0267  type 3a, cellulose-binding  35.83 
 
 		 671 aa  45.8  0.005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2913  membrane protein-like  26.75 
 
 		 847 aa  45.4  0.006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.992887  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3466  SH3 type 3 domain-containing protein  44.44 
 
 		 1281 aa  45.1  0.008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.180669  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2332  hypothetical protein  27.69 
 
 		 915 aa  44.7  0.009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.741682 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>