62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1232 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_2369  hypothetical protein  67.91 
 
 		 894 aa  983    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.518364  normal  0.262094 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1250  hypothetical protein  77.25 
 
 		 893 aa  1099    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.373819  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1232  hypothetical protein  100 
 
 		 899 aa  1717    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1111  hypothetical protein  85.79 
 
 		 901 aa  1170    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.661792  normal  0.626609 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1379  hypothetical protein  41.36 
 
 		 920 aa  461  9.999999999999999e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0695  hypothetical protein  33.09 
 
 		 926 aa  278  3e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.91131 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1640  putative integral membrane protein  28.46 
 
 		 954 aa  223  9.999999999999999e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1751  putative integral membrane protein  28.17 
 
 		 954 aa  221  3e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0104  membrane protein-like  27.32 
 
 		 934 aa  165  4.0000000000000004e-39  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4197  hypothetical protein  49.21 
 
 		 900 aa  152  3e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.382569  normal  0.29939 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4567  hypothetical protein  49.21 
 
 		 900 aa  151  4e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.117175 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2913  membrane protein-like  27.19 
 
 		 847 aa  146  1e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.992887  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2614  membrane protein-like  27.03 
 
 		 939 aa  144  6e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.284738  normal  0.14506 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4712  hypothetical protein  50.86 
 
 		 910 aa  132  3e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00644592 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000728  putative integral membrane protein  23.73 
 
 		 884 aa  94.7  7e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.472428  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04921  hypothetical protein  26.2 
 
 		 906 aa  91.7  6e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1508  hypothetical protein  26.43 
 
 		 949 aa  77  0.000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.144952  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0678  hypothetical protein  39.74 
 
 		 915 aa  76.6  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2332  hypothetical protein  39.74 
 
 		 915 aa  74.3  0.000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.741682 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0802  hypothetical protein  30.56 
 
 		 957 aa  72.8  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.627232 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1520  membrane protein-like protein  24.2 
 
 		 823 aa  72.4  0.00000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.115215  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0315  membrane protein-like protein  27.49 
 
 		 1312 aa  71.2  0.00000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.170493  normal  0.126351 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1764  membrane protein  28.93 
 
 		 587 aa  65.9  0.000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.923243 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0732  hypothetical protein  31.84 
 
 		 953 aa  63.9  0.00000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.40961  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1663  membrane protein-like protein  24.81 
 
 		 600 aa  62.4  0.00000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0094657 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5166  hypothetical protein  30.31 
 
 		 939 aa  61.6  0.00000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.095267  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67530  hypothetical protein  31.25 
 
 		 1201 aa  60.8  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.311173  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1102  hypothetical protein  27.53 
 
 		 903 aa  59.3  0.0000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.181448  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1743  hypothetical protein  22.66 
 
 		 778 aa  58.9  0.0000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0602624  normal  0.707761 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5847  hypothetical protein  31 
 
 		 1200 aa  58.5  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.227793  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1987  Protein of unknown function DUF2339, transmembrane  27.8 
 
 		 973 aa  58.5  0.0000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0361094  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0606  hypothetical protein  22.97 
 
 		 573 aa  58.5  0.0000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.00000211502  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1674  membrane protein-like protein  29.05 
 
 		 1093 aa  53.5  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.956677 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1094  hypothetical protein  24.11 
 
 		 902 aa  52  0.00004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0433151  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0819  hypothetical protein  21.58 
 
 		 573 aa  51.2  0.00008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000546296  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1194  hypothetical protein  24.9 
 
 		 856 aa  50.8  0.0001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000186085  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2493  membrane protein-like protein  25.72 
 
 		 921 aa  50.8  0.0001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0413775  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0760  hypothetical protein  20.79 
 
 		 573 aa  50.8  0.0001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00101969  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5093  membrane protein-like protein  27.27 
 
 		 1133 aa  50.1  0.0002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.161035 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0601  hypothetical protein  21.88 
 
 		 573 aa  50.1  0.0002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000191529  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2238  hypothetical protein  22.33 
 
 		 824 aa  50.1  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0691  hypothetical protein  21.48 
 
 		 573 aa  49.3  0.0003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00673286  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0657  hypothetical protein  21.48 
 
 		 573 aa  49.3  0.0003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0416794  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0746  hypothetical protein  21.48 
 
 		 573 aa  49.3  0.0003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000103771 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3218  hypothetical protein  28.21 
 
 		 891 aa  49.3  0.0003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.311466  normal  0.319436 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4568  membrane protein-like protein  27.27 
 
 		 1139 aa  49.3  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.95183 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0350  hypothetical protein  27.81 
 
 		 1198 aa  48.5  0.0006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0723  hypothetical protein  23.05 
 
 		 573 aa  48.1  0.0007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00206833  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2460  hypothetical protein  27.67 
 
 		 946 aa  48.1  0.0008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0786  hypothetical protein  37.5 
 
 		 938 aa  47.8  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.447385 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3194  membrane protein-like  29.36 
 
 		 1155 aa  47.8  0.001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4945  hypothetical protein  29.13 
 
 		 1128 aa  47  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.451104 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5173  membrane protein-like protein  29.36 
 
 		 1124 aa  47.8  0.001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.747728  normal  0.0847519 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4612  hypothetical protein  23.94 
 
 		 573 aa  47.8  0.001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000184306  normal  0.241609 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5106  membrane protein-like protein  29.36 
 
 		 1130 aa  47.8  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0951295  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1537  hypothetical protein  30.22 
 
 		 1242 aa  47  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.896798  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02114  hypothetical protein  29.88 
 
 		 774 aa  46.6  0.002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.283131  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7071  hypothetical protein  34.18 
 
 		 639 aa  46.2  0.003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0602  hypothetical protein  20.99 
 
 		 573 aa  46.2  0.003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.139247  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3483  membrane protein-like protein  32.89 
 
 		 989 aa  45.4  0.005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.736371  normal  0.107925 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1901  membrane protein-like protein  29.29 
 
 		 1146 aa  45.1  0.006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.95592  normal  0.876478 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0453  membrane protein-like  30.69 
 
 		 1133 aa  44.3  0.009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.201937  normal  0.0526268 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>