60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1111 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_2369  hypothetical protein  66.7 
 
 		 894 aa  945    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.518364  normal  0.262094 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1250  hypothetical protein  76.41 
 
 		 893 aa  1078    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.373819  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1232  hypothetical protein  85.4 
 
 		 899 aa  1238    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1111  hypothetical protein  100 
 
 		 901 aa  1707    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.661792  normal  0.626609 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1379  hypothetical protein  40.96 
 
 		 920 aa  438  1e-121  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0695  hypothetical protein  33.73 
 
 		 926 aa  281  4e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.91131 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4567  hypothetical protein  41.45 
 
 		 900 aa  152  2e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.117175 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4197  hypothetical protein  47.15 
 
 		 900 aa  148  5e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.382569  normal  0.29939 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0104  membrane protein-like  27.09 
 
 		 934 aa  145  3e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2913  membrane protein-like  27.49 
 
 		 847 aa  144  9.999999999999999e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.992887  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1640  putative integral membrane protein  30.77 
 
 		 954 aa  141  3.9999999999999997e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1751  putative integral membrane protein  30.77 
 
 		 954 aa  141  4.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4712  hypothetical protein  49.14 
 
 		 910 aa  129  3e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00644592 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000728  putative integral membrane protein  26.19 
 
 		 884 aa  108  5e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.472428  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04921  hypothetical protein  27.27 
 
 		 906 aa  97.8  7e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2332  hypothetical protein  32.96 
 
 		 915 aa  94.4  9e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.741682 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0678  hypothetical protein  32.58 
 
 		 915 aa  91.3  8e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2614  membrane protein-like  35.33 
 
 		 939 aa  90.1  2e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.284738  normal  0.14506 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0315  membrane protein-like protein  25.93 
 
 		 1312 aa  76.3  0.000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.170493  normal  0.126351 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1508  hypothetical protein  24.5 
 
 		 949 aa  76.6  0.000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.144952  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1520  membrane protein-like protein  24.75 
 
 		 823 aa  68.9  0.0000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.115215  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0802  hypothetical protein  30.9 
 
 		 957 aa  68.6  0.0000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.627232 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0786  hypothetical protein  31.28 
 
 		 938 aa  62.8  0.00000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.447385 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1663  membrane protein-like protein  22.13 
 
 		 600 aa  62.4  0.00000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0094657 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0732  hypothetical protein  30.74 
 
 		 953 aa  62.4  0.00000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.40961  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67530  hypothetical protein  30.21 
 
 		 1201 aa  61.2  0.00000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.311173  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1743  hypothetical protein  20.07 
 
 		 778 aa  61.6  0.00000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0602624  normal  0.707761 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1764  membrane protein  27.08 
 
 		 587 aa  61.2  0.00000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.923243 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5847  hypothetical protein  29.73 
 
 		 1200 aa  60.1  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.227793  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5166  hypothetical protein  29.62 
 
 		 939 aa  58.2  0.0000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.095267  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1987  Protein of unknown function DUF2339, transmembrane  27.12 
 
 		 973 aa  57.8  0.0000009  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0361094  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2975  membrane protein  21.9 
 
 		 833 aa  55.8  0.000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2238  hypothetical protein  23.21 
 
 		 824 aa  55.1  0.000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1094  hypothetical protein  24.92 
 
 		 902 aa  54.3  0.000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0433151  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1194  hypothetical protein  23.11 
 
 		 856 aa  53.9  0.00001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000186085  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3218  hypothetical protein  30.11 
 
 		 891 aa  52  0.00005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.311466  normal  0.319436 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2493  membrane protein-like protein  25.26 
 
 		 921 aa  51.2  0.00009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0413775  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0606  hypothetical protein  21.98 
 
 		 573 aa  49.7  0.0002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.00000211502  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02114  hypothetical protein  30.29 
 
 		 774 aa  50.1  0.0002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.283131  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0350  hypothetical protein  28.21 
 
 		 1198 aa  50.1  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0601  hypothetical protein  20.85 
 
 		 573 aa  48.5  0.0005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000191529  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1674  membrane protein-like protein  27.91 
 
 		 1093 aa  48.1  0.0007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.956677 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0657  hypothetical protein  20 
 
 		 573 aa  47.4  0.001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0416794  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0691  hypothetical protein  20 
 
 		 573 aa  47.4  0.001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00673286  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5093  membrane protein-like protein  26.26 
 
 		 1133 aa  47.4  0.001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.161035 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4568  membrane protein-like protein  26.26 
 
 		 1139 aa  46.6  0.002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.95183 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0819  hypothetical protein  20.22 
 
 		 573 aa  47  0.002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000546296  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4612  hypothetical protein  22.87 
 
 		 573 aa  47  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000184306  normal  0.241609 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0746  hypothetical protein  20 
 
 		 573 aa  46.6  0.002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000103771 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0723  hypothetical protein  22.11 
 
 		 573 aa  46.2  0.003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00206833  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2460  hypothetical protein  27.65 
 
 		 946 aa  46.2  0.003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3483  membrane protein-like protein  34.04 
 
 		 989 aa  46.2  0.003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.736371  normal  0.107925 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1537  hypothetical protein  30.67 
 
 		 1242 aa  45.8  0.004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.896798  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7071  hypothetical protein  35 
 
 		 639 aa  45.8  0.004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0453  membrane protein-like  41.94 
 
 		 1133 aa  45.4  0.005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.201937  normal  0.0526268 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0760  hypothetical protein  20 
 
 		 573 aa  45.1  0.006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00101969  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1901  membrane protein-like protein  28.28 
 
 		 1146 aa  44.7  0.007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.95592  normal  0.876478 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3194  membrane protein-like  40.32 
 
 		 1155 aa  44.3  0.01  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5106  membrane protein-like protein  40.32 
 
 		 1130 aa  44.3  0.01  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0951295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5173  membrane protein-like protein  40.32 
 
 		 1124 aa  44.3  0.01  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.747728  normal  0.0847519 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>