More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_5123 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_4789  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  89.16 
 
 
415 aa  704    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.966966 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0413  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  90.12 
 
 
415 aa  708    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.155483  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0564  polyamine ABC transporter, permease protein  89.4 
 
 
415 aa  717    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0447  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  89.64 
 
 
415 aa  705    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.328312 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4613  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  89.16 
 
 
415 aa  713    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.993847 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5123  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  100 
 
 
415 aa  833    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0230497  normal  0.706395 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0444  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  89.88 
 
 
415 aa  706    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.382081 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0749  polyamine ABC transporter permease  82.61 
 
 
415 aa  664    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07890  putative permease of ABC transporter  82.13 
 
 
415 aa  653    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00567527 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4001  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  79.23 
 
 
415 aa  632  1e-180  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2931  spermidine/putrescine ABC transporter inner membrane protein  58.61 
 
 
422 aa  480  1e-134  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3814  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.35 
 
 
420 aa  474  1e-133  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.156739  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6886  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.61 
 
 
425 aa  475  1e-133  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.653272  normal  0.230244 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3298  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.1 
 
 
420 aa  472  1e-132  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.753859  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2168  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  59.9 
 
 
418 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0193763  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0644  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  61.87 
 
 
419 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4446  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.9 
 
 
418 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.126385  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3607  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.9 
 
 
418 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.37 
 
 
446 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0108621  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3920  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.9 
 
 
418 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0433  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  61.36 
 
 
419 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2360  putative polyamine ABC transporter, permease protein  61.36 
 
 
419 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0813  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  61.36 
 
 
419 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.780468  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0484  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  61.36 
 
 
419 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1813  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  61.36 
 
 
419 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.574113  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2499  putative polyamine ABC transporter, permease protein  61.36 
 
 
419 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4323  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.8 
 
 
423 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.554758 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.66 
 
 
462 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.105452 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1469  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.65 
 
 
422 aa  456  1e-127  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.633443  hitchhiker  0.0000000331128 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1520  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.4 
 
 
422 aa  453  1.0000000000000001e-126  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.030853  normal  0.984041 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0426  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.77 
 
 
424 aa  453  1.0000000000000001e-126  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1787  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.24 
 
 
423 aa  435  1e-121  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.229456  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1870  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.87 
 
 
423 aa  437  1e-121  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2229  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.67 
 
 
422 aa  432  1e-120  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.838973  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1732  transport system permease transmembrane protein  58.72 
 
 
420 aa  429  1e-119  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0286401  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.41 
 
 
416 aa  428  1e-118  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.187641  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2542  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.91 
 
 
422 aa  426  1e-118  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.275923  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4698  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.01 
 
 
418 aa  420  1e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3471  ABC spermidine/putrescine transporter, innermembrane subunit  51.77 
 
 
417 aa  409  1e-113  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.60984 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2373  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.38 
 
 
417 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0595  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.03 
 
 
413 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1337  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.79 
 
 
421 aa  397  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1220  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  53.79 
 
 
421 aa  397  1e-109  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3108  spermidine/putrescine ABC transporter permease  53.12 
 
 
421 aa  393  1e-108  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2046  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  54.3 
 
 
406 aa  389  1e-107  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.480866  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2381  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.03 
 
 
420 aa  385  1e-106  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.916996  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003667  putative permease of ABC transporter  48.63 
 
 
426 aa  382  1e-105  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6037  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.94 
 
 
421 aa  382  1e-105  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.356927  normal  0.017991 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2633  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.15 
 
 
423 aa  377  1e-103  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.252621  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4295  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.75 
 
 
420 aa  377  1e-103  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.193876  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4043  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.01 
 
 
527 aa  341  1e-92  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7800  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.55 
 
 
424 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.370122  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0328  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  43.9 
 
 
412 aa  325  1e-87  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0668  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.24 
 
 
424 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00457285 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3461  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.49 
 
 
430 aa  317  3e-85  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.881992  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2150  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.49 
 
 
433 aa  317  4e-85  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0468  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42 
 
 
416 aa  314  1.9999999999999998e-84  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3715  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.64 
 
 
391 aa  302  6.000000000000001e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0532  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.11 
 
 
424 aa  300  3e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.686624  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4202  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.83 
 
 
411 aa  300  5e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1884  ABC polyamine/opine transporter, inner membrane subunit  45.99 
 
 
424 aa  296  4e-79  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.343799  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4106  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44 
 
 
389 aa  293  4e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1612  spermidine/putrescine ABC transporter permease  41.3 
 
 
392 aa  283  4.0000000000000003e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1717  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.24 
 
 
393 aa  281  2e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.25226  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.59 
 
 
414 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2989  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.38 
 
 
541 aa  270  5e-71  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.263811  normal  0.821949 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1269  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.35 
 
 
557 aa  241  2e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.347255  normal  0.330105 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6152  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.63 
 
 
301 aa  193  6e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6579  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.12 
 
 
302 aa  192  7e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.21378  normal  0.43558 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1508  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  47.12 
 
 
301 aa  192  1e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0734046  normal  0.0460711 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.64 
 
 
294 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.132934  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3242  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40 
 
 
314 aa  182  1e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.549497  normal  0.829711 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.19 
 
 
288 aa  182  1e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.18 
 
 
283 aa  181  2.9999999999999997e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0734345  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1106  polyamine ABC transporter, permease protein, putative  43.22 
 
 
271 aa  179  7e-44  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4994  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.86 
 
 
290 aa  179  8e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5590  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.67 
 
 
290 aa  177  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4262  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.63 
 
 
593 aa  176  9e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.46 
 
 
597 aa  174  1.9999999999999998e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6543  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.47 
 
 
290 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.548122  normal  0.277874 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6248  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.12 
 
 
291 aa  174  2.9999999999999996e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.358621 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1954  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.18 
 
 
305 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.336194  normal  0.870065 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3815  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.18 
 
 
305 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.972091  normal  0.192229 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2090  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.18 
 
 
305 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.394579  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1934  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.57 
 
 
305 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0157506 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1589  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  46.67 
 
 
303 aa  170  4e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0639141 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1937  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.18 
 
 
606 aa  168  2e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2400  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.2 
 
 
318 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0272456  normal  0.898727 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2666  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  39.6 
 
 
284 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0393724  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6090  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  38.49 
 
 
300 aa  164  3e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.467049  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1277  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.74 
 
 
309 aa  164  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.197627  normal  0.200022 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.88 
 
 
298 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.420206 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.64 
 
 
283 aa  162  1e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.783769  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04240  putative permease of ABC transporter  40.93 
 
 
309 aa  162  1e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2307  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.38 
 
 
309 aa  161  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.622  normal  0.150857 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0377  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.48 
 
 
303 aa  161  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00142926  hitchhiker  0.00113268 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4875  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.91 
 
 
587 aa  161  2e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.432532 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1952  ABC polyamine transporter, inner membrane subunit  39.38 
 
 
309 aa  161  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00258406  normal  0.610972 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0394  polyamine transport protein PotH  39.6 
 
 
303 aa  161  2e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.72562  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03950  polyamine transport protein PotH  39.6 
 
 
293 aa  160  4e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>