More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_4295 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010622  Bphy_2381  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  87.14 
 
 
420 aa  729    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.916996  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4295  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
420 aa  843    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.193876  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2931  spermidine/putrescine ABC transporter inner membrane protein  56.67 
 
 
422 aa  467  9.999999999999999e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6886  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.19 
 
 
425 aa  462  1e-129  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.653272  normal  0.230244 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.43 
 
 
446 aa  461  9.999999999999999e-129  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0108621  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0644  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  58.35 
 
 
419 aa  455  1e-127  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4323  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.42 
 
 
423 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.554758 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2499  putative polyamine ABC transporter, permease protein  57.38 
 
 
419 aa  449  1e-125  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1813  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  57.38 
 
 
419 aa  448  1e-125  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.574113  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0484  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  57.38 
 
 
419 aa  448  1e-125  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0433  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  57.38 
 
 
419 aa  448  1e-125  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0813  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  57.38 
 
 
419 aa  448  1e-125  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.780468  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1469  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.62 
 
 
422 aa  450  1e-125  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.633443  hitchhiker  0.0000000331128 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1520  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.62 
 
 
422 aa  450  1e-125  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.030853  normal  0.984041 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2360  putative polyamine ABC transporter, permease protein  57.38 
 
 
419 aa  448  1e-125  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3920  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.11 
 
 
418 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2168  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  57.14 
 
 
418 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0193763  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4446  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.11 
 
 
418 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.126385  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.8 
 
 
462 aa  447  1.0000000000000001e-124  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.105452 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3298  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.8 
 
 
420 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.753859  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3607  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.11 
 
 
418 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3814  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.32 
 
 
420 aa  443  1e-123  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.156739  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.38 
 
 
416 aa  426  1e-118  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.187641  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0595  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.31 
 
 
413 aa  421  1e-117  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1732  transport system permease transmembrane protein  58.8 
 
 
420 aa  419  1e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0286401  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4698  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.33 
 
 
418 aa  418  1e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2633  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.24 
 
 
423 aa  405  1.0000000000000001e-112  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.252621  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4613  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  50 
 
 
415 aa  369  1e-101  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.993847 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0564  polyamine ABC transporter, permease protein  49.75 
 
 
415 aa  367  1e-100  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1787  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.64 
 
 
423 aa  366  1e-100  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.229456  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1870  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.23 
 
 
423 aa  362  7.0000000000000005e-99  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5123  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  49.88 
 
 
415 aa  361  2e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0230497  normal  0.706395 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0749  polyamine ABC transporter permease  51.24 
 
 
415 aa  360  3e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4043  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.32 
 
 
527 aa  359  4e-98  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4789  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.5 
 
 
415 aa  359  5e-98  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.966966 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2542  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.19 
 
 
422 aa  357  2.9999999999999997e-97  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.275923  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0413  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.25 
 
 
415 aa  356  3.9999999999999996e-97  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.155483  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0447  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.25 
 
 
415 aa  356  3.9999999999999996e-97  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.328312 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0444  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.12 
 
 
415 aa  354  1e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.382081 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2229  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.28 
 
 
422 aa  355  1e-96  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.838973  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07890  putative permease of ABC transporter  50.8 
 
 
415 aa  353  2e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00567527 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0426  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.87 
 
 
424 aa  352  5.9999999999999994e-96  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4001  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.14 
 
 
415 aa  350  2e-95  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2373  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.23 
 
 
417 aa  350  2e-95  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2046  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  49.38 
 
 
406 aa  342  5e-93  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.480866  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3471  ABC spermidine/putrescine transporter, innermembrane subunit  45.45 
 
 
417 aa  342  9e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.60984 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6037  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.8 
 
 
421 aa  330  4e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.356927  normal  0.017991 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1612  spermidine/putrescine ABC transporter permease  45.48 
 
 
392 aa  323  4e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3108  spermidine/putrescine ABC transporter permease  44.16 
 
 
421 aa  321  1.9999999999999998e-86  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1220  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  44.16 
 
 
421 aa  320  3e-86  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1337  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.16 
 
 
421 aa  319  6e-86  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0328  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  41.49 
 
 
412 aa  315  9e-85  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4106  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.33 
 
 
389 aa  314  1.9999999999999998e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3715  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.92 
 
 
391 aa  314  1.9999999999999998e-84  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1717  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.86 
 
 
393 aa  306  5.0000000000000004e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.25226  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003667  putative permease of ABC transporter  42.31 
 
 
426 aa  300  4e-80  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7800  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.48 
 
 
424 aa  297  3e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.370122  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0668  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.09 
 
 
424 aa  294  2e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00457285 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4202  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.31 
 
 
411 aa  268  1e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0532  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.94 
 
 
424 aa  268  1e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.686624  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1884  ABC polyamine/opine transporter, inner membrane subunit  43.94 
 
 
424 aa  266  4e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.343799  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0468  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.76 
 
 
416 aa  261  2e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2150  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.05 
 
 
433 aa  260  3e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3461  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.05 
 
 
430 aa  260  3e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.881992  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2989  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.89 
 
 
541 aa  253  6e-66  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.263811  normal  0.821949 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.73 
 
 
414 aa  239  8e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1269  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.19 
 
 
557 aa  226  5.0000000000000005e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.347255  normal  0.330105 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1508  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  47.95 
 
 
301 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0734046  normal  0.0460711 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6152  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.49 
 
 
301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.25 
 
 
294 aa  195  1e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.132934  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6579  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.8 
 
 
302 aa  194  3e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.21378  normal  0.43558 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3242  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  44.44 
 
 
314 aa  192  8e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.549497  normal  0.829711 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4994  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.69 
 
 
290 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5590  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.5 
 
 
290 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1934  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.37 
 
 
305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0157506 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.6 
 
 
288 aa  185  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.06 
 
 
283 aa  184  3e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0734345  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6248  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.05 
 
 
291 aa  183  4.0000000000000006e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.358621 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1954  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.44 
 
 
305 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.336194  normal  0.870065 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3815  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.44 
 
 
305 aa  180  4.999999999999999e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.972091  normal  0.192229 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2090  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.44 
 
 
305 aa  180  4.999999999999999e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.394579  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6543  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.65 
 
 
290 aa  178  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.548122  normal  0.277874 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2400  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.37 
 
 
318 aa  178  2e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0272456  normal  0.898727 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6090  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  42.99 
 
 
300 aa  177  3e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.467049  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2666  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  44.91 
 
 
284 aa  177  4e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0393724  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4875  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.74 
 
 
587 aa  174  2.9999999999999996e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.432532 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.08 
 
 
298 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.420206 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.64 
 
 
597 aa  171  3e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.24 
 
 
283 aa  169  9e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.783769  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1106  polyamine ABC transporter, permease protein, putative  44.62 
 
 
271 aa  168  1e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3857  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.24 
 
 
277 aa  169  1e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1589  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  47.42 
 
 
303 aa  166  5e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0639141 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4262  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.27 
 
 
593 aa  166  6.9999999999999995e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2210  ABC transporter, membrane spanning protein (polyamine)  42.99 
 
 
294 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0568314  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.28 
 
 
596 aa  160  4e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2375  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.01 
 
 
304 aa  160  4e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.113051  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1277  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.39 
 
 
309 aa  159  8e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.197627  normal  0.200022 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1952  ABC polyamine transporter, inner membrane subunit  39.35 
 
 
309 aa  158  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00258406  normal  0.610972 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2307  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.89 
 
 
309 aa  157  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.622  normal  0.150857 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3045  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.84 
 
 
331 aa  154  2e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>