More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1520 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc1732  transport system permease transmembrane protein  87.08 
 
 
420 aa  644    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0286401  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1469  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  97.16 
 
 
422 aa  761    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.633443  hitchhiker  0.0000000331128 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3607  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  80.57 
 
 
418 aa  649    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6886  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  77.96 
 
 
425 aa  668    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.653272  normal  0.230244 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0433  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  79.86 
 
 
419 aa  637    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0813  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  79.86 
 
 
419 aa  637    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.780468  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2360  putative polyamine ABC transporter, permease protein  79.86 
 
 
419 aa  637    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2168  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  79.62 
 
 
418 aa  642    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0193763  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0644  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  80.57 
 
 
419 aa  640    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4323  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  80.57 
 
 
423 aa  656    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.554758 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2499  putative polyamine ABC transporter, permease protein  80.09 
 
 
419 aa  639    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2931  spermidine/putrescine ABC transporter inner membrane protein  77.49 
 
 
422 aa  669    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1813  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  79.86 
 
 
419 aa  637    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.574113  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3814  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  80.81 
 
 
420 aa  653    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.156739  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0484  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  79.86 
 
 
419 aa  637    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  79.86 
 
 
462 aa  639    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.105452 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4446  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  80.57 
 
 
418 aa  649    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.126385  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  79.38 
 
 
446 aa  654    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0108621  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3920  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  80.57 
 
 
418 aa  649    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3298  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  81.04 
 
 
420 aa  654    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.753859  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1520  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
422 aa  844    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.030853  normal  0.984041 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4698  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.44 
 
 
418 aa  497  1e-139  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0595  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.48 
 
 
413 aa  497  1e-139  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.03 
 
 
416 aa  494  1e-139  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.187641  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2381  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.76 
 
 
420 aa  478  1e-133  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.916996  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4295  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.62 
 
 
420 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.193876  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5123  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  58.15 
 
 
415 aa  456  1e-127  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0230497  normal  0.706395 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2633  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.31 
 
 
423 aa  456  1e-127  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.252621  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0564  polyamine ABC transporter, permease protein  57.77 
 
 
415 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4613  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  58.01 
 
 
415 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.993847 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0749  polyamine ABC transporter permease  58.39 
 
 
415 aa  448  1e-125  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07890  putative permease of ABC transporter  57.54 
 
 
415 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00567527 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0413  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.65 
 
 
415 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.155483  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0447  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.65 
 
 
415 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.328312 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4789  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.14 
 
 
415 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.966966 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4001  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.07 
 
 
415 aa  437  1e-121  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0444  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.4 
 
 
415 aa  436  1e-121  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.382081 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0426  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.25 
 
 
424 aa  424  1e-117  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4043  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.64 
 
 
527 aa  417  9.999999999999999e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1787  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.37 
 
 
423 aa  409  1e-113  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.229456  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1870  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.74 
 
 
423 aa  410  1e-113  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2542  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.51 
 
 
422 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.275923  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2229  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.02 
 
 
422 aa  402  1e-111  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.838973  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1220  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  49.16 
 
 
421 aa  376  1e-103  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2046  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  53.23 
 
 
406 aa  375  1e-103  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.480866  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1337  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.16 
 
 
421 aa  375  1e-103  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3108  spermidine/putrescine ABC transporter permease  48.92 
 
 
421 aa  373  1e-102  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2373  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.6 
 
 
417 aa  360  2e-98  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3471  ABC spermidine/putrescine transporter, innermembrane subunit  47.33 
 
 
417 aa  355  5.999999999999999e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.60984 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6037  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.49 
 
 
421 aa  347  2e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.356927  normal  0.017991 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003667  putative permease of ABC transporter  44.76 
 
 
426 aa  342  9e-93  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4106  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.78 
 
 
389 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0328  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  45.82 
 
 
412 aa  326  5e-88  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7800  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43 
 
 
424 aa  319  6e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.370122  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0668  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.3 
 
 
424 aa  315  7e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00457285 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1612  spermidine/putrescine ABC transporter permease  44.33 
 
 
392 aa  307  2.0000000000000002e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3715  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.34 
 
 
391 aa  302  8.000000000000001e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0468  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.88 
 
 
416 aa  301  2e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1717  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.75 
 
 
393 aa  298  1e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.25226  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4202  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.8 
 
 
411 aa  292  7e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2150  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.79 
 
 
433 aa  292  8e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3461  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.79 
 
 
430 aa  292  8e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.881992  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0532  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.24 
 
 
424 aa  290  3e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.686624  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1884  ABC polyamine/opine transporter, inner membrane subunit  46.51 
 
 
424 aa  288  9e-77  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.343799  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.54 
 
 
414 aa  258  1e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2989  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.43 
 
 
541 aa  254  2.0000000000000002e-66  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.263811  normal  0.821949 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1269  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.28 
 
 
557 aa  249  9e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.347255  normal  0.330105 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1508  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  47.42 
 
 
301 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0734046  normal  0.0460711 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.92 
 
 
294 aa  197  3e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.132934  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6152  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.01 
 
 
301 aa  196  7e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6579  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.86 
 
 
302 aa  195  1e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.21378  normal  0.43558 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.75 
 
 
288 aa  192  1e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4994  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.91 
 
 
290 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3242  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.25 
 
 
314 aa  187  2e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.549497  normal  0.829711 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5590  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.58 
 
 
290 aa  187  3e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6248  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.5 
 
 
291 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.358621 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.71 
 
 
283 aa  182  1e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0734345  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6543  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.51 
 
 
290 aa  182  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.548122  normal  0.277874 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2210  ABC transporter, membrane spanning protein (polyamine)  45.21 
 
 
294 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0568314  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.94 
 
 
597 aa  178  1e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6090  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  42.86 
 
 
300 aa  178  2e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.467049  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1106  polyamine ABC transporter, permease protein, putative  42.21 
 
 
271 aa  176  8e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1589  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  47.39 
 
 
303 aa  173  5e-42  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0639141 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.26 
 
 
596 aa  171  3e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1954  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.41 
 
 
305 aa  170  4e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.336194  normal  0.870065 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1934  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.83 
 
 
305 aa  170  5e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0157506 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2666  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  40.68 
 
 
284 aa  169  6e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0393724  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2400  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.83 
 
 
318 aa  169  6e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0272456  normal  0.898727 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4875  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.15 
 
 
587 aa  169  6e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.432532 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3815  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.41 
 
 
305 aa  169  9e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.972091  normal  0.192229 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4262  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.79 
 
 
593 aa  169  1e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2090  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.41 
 
 
305 aa  169  1e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.394579  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2384  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.82 
 
 
328 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.833701  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3017  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.82 
 
 
328 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2998  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.82 
 
 
328 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.131392  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.14 
 
 
298 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.420206 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2907  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.27 
 
 
331 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6347  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  41.36 
 
 
328 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2812  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  41.36 
 
 
328 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0938  ABC putrescine transporter, inner membrane subunit PotH  41.47 
 
 
324 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.123183  normal  0.465808 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>