More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1717 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_1717  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
393 aa  776    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.25226  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1612  spermidine/putrescine ABC transporter permease  70.84 
 
 
392 aa  526  1e-148  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4106  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.12 
 
 
389 aa  465  9.999999999999999e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0328  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  60.73 
 
 
412 aa  460  9.999999999999999e-129  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3715  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.52 
 
 
391 aa  450  1e-125  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2381  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.86 
 
 
420 aa  311  1e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.916996  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4295  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.86 
 
 
420 aa  299  4e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.193876  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0595  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.54 
 
 
413 aa  294  2e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2633  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.14 
 
 
423 aa  293  3e-78  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.252621  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2229  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.25 
 
 
422 aa  286  5e-76  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.838973  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3607  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.19 
 
 
418 aa  285  7e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4446  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.19 
 
 
418 aa  285  7e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.126385  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3920  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.19 
 
 
418 aa  285  7e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.75 
 
 
416 aa  285  1.0000000000000001e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.187641  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3814  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.64 
 
 
420 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.156739  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2168  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  42.93 
 
 
418 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0193763  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.22 
 
 
446 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0108621  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3298  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.64 
 
 
420 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.753859  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2542  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42 
 
 
422 aa  282  9e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.275923  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4698  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.01 
 
 
418 aa  281  1e-74  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2931  spermidine/putrescine ABC transporter inner membrane protein  41.41 
 
 
422 aa  281  2e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6886  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.67 
 
 
425 aa  280  4e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.653272  normal  0.230244 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0426  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.58 
 
 
424 aa  278  1e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1520  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.11 
 
 
422 aa  277  3e-73  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.030853  normal  0.984041 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4323  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.62 
 
 
423 aa  276  6e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.554758 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3471  ABC spermidine/putrescine transporter, innermembrane subunit  41.8 
 
 
417 aa  275  9e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.60984 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2046  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  45.66 
 
 
406 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.480866  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.19 
 
 
462 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.105452 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1469  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.11 
 
 
422 aa  273  5.000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.633443  hitchhiker  0.0000000331128 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1870  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.75 
 
 
423 aa  271  1e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0749  polyamine ABC transporter permease  42.45 
 
 
415 aa  269  7e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2373  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.74 
 
 
417 aa  267  2e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1787  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.21 
 
 
423 aa  266  2.9999999999999995e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.229456  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5123  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.24 
 
 
415 aa  266  4e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0230497  normal  0.706395 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0644  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  41.58 
 
 
419 aa  266  5e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6037  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.61 
 
 
421 aa  265  7e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.356927  normal  0.017991 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0433  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  42.39 
 
 
419 aa  264  2e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0813  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  42.39 
 
 
419 aa  264  2e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.780468  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2499  putative polyamine ABC transporter, permease protein  42.13 
 
 
419 aa  264  2e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1813  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  42.39 
 
 
419 aa  264  2e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.574113  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0484  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  42.39 
 
 
419 aa  264  2e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2360  putative polyamine ABC transporter, permease protein  42.39 
 
 
419 aa  264  2e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4613  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.02 
 
 
415 aa  264  3e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.993847 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07890  putative permease of ABC transporter  41.64 
 
 
415 aa  263  3e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00567527 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0564  polyamine ABC transporter, permease protein  41.76 
 
 
415 aa  263  4.999999999999999e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0447  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.25 
 
 
415 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.328312 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0413  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.98 
 
 
415 aa  257  2e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.155483  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4789  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.98 
 
 
415 aa  256  3e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.966966 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4001  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.69 
 
 
415 aa  256  7e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0444  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.25 
 
 
415 aa  256  7e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.382081 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1732  transport system permease transmembrane protein  42.82 
 
 
420 aa  254  2.0000000000000002e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0286401  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1220  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  41.55 
 
 
421 aa  247  3e-64  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003667  putative permease of ABC transporter  36.04 
 
 
426 aa  246  4e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3108  spermidine/putrescine ABC transporter permease  41.55 
 
 
421 aa  246  4.9999999999999997e-64  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1337  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.26 
 
 
421 aa  246  6e-64  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0468  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.8 
 
 
416 aa  239  5e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4043  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.07 
 
 
527 aa  239  5.999999999999999e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7800  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.76 
 
 
424 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.370122  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0668  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.13 
 
 
424 aa  234  3e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00457285 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2150  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.84 
 
 
433 aa  222  9.999999999999999e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3461  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.84 
 
 
430 aa  222  9.999999999999999e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.881992  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4202  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.65 
 
 
411 aa  219  5e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0532  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.12 
 
 
424 aa  207  2e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.686624  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1884  ABC polyamine/opine transporter, inner membrane subunit  39.12 
 
 
424 aa  205  1e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.343799  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.07 
 
 
414 aa  195  1e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2989  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.18 
 
 
541 aa  187  2e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.263811  normal  0.821949 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6152  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.34 
 
 
301 aa  186  4e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1508  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  48.34 
 
 
301 aa  186  5e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0734046  normal  0.0460711 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6579  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.97 
 
 
302 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.21378  normal  0.43558 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1269  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.66 
 
 
557 aa  175  9.999999999999999e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.347255  normal  0.330105 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4994  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.88 
 
 
290 aa  171  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.91 
 
 
288 aa  169  8e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1106  polyamine ABC transporter, permease protein, putative  45.5 
 
 
271 aa  169  1e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.74 
 
 
283 aa  166  4e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0734345  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3242  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.99 
 
 
314 aa  166  5e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.549497  normal  0.829711 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1934  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.44 
 
 
305 aa  162  9e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0157506 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1954  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.44 
 
 
305 aa  162  9e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.336194  normal  0.870065 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3815  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.44 
 
 
305 aa  162  1e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.972091  normal  0.192229 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2090  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.44 
 
 
305 aa  162  1e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.394579  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2400  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.54 
 
 
318 aa  159  9e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0272456  normal  0.898727 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.78 
 
 
298 aa  159  9e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.420206 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
294 aa  159  1e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.132934  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5590  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.64 
 
 
290 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1589  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  46.53 
 
 
303 aa  157  3e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0639141 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.68 
 
 
293 aa  156  6e-37  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.913053 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2666  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  40.54 
 
 
284 aa  155  1e-36  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0393724  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6248  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.71 
 
 
291 aa  154  2e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.358621 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6090  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  39.45 
 
 
300 aa  152  8.999999999999999e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.467049  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6543  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.9 
 
 
290 aa  151  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.548122  normal  0.277874 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4662  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.99 
 
 
324 aa  151  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.93633  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4262  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.28 
 
 
593 aa  150  3e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.93 
 
 
283 aa  150  5e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.783769  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6347  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  40 
 
 
328 aa  149  8e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2812  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  40 
 
 
328 aa  149  8e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2307  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.36 
 
 
309 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.622  normal  0.150857 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2907  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.55 
 
 
331 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.16 
 
 
309 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0925484  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0938  ABC putrescine transporter, inner membrane subunit PotH  38.07 
 
 
324 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.123183  normal  0.465808 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1673  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.16 
 
 
309 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2210  ABC transporter, membrane spanning protein (polyamine)  46.75 
 
 
294 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0568314  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>