More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_1337 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_1220  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  99.76 
 
 
421 aa  842    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3108  spermidine/putrescine ABC transporter permease  99.29 
 
 
421 aa  838    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1337  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
421 aa  843    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2542  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.39 
 
 
422 aa  596  1e-169  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.275923  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1870  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  72.1 
 
 
423 aa  592  1e-168  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2229  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  71.16 
 
 
422 aa  594  1e-168  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.838973  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1787  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.31 
 
 
423 aa  584  1.0000000000000001e-165  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.229456  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0426  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.57 
 
 
424 aa  409  1e-113  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5123  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  53.15 
 
 
415 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0230497  normal  0.706395 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4789  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.38 
 
 
415 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.966966 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0413  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.7 
 
 
415 aa  405  1e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.155483  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0564  polyamine ABC transporter, permease protein  52.27 
 
 
415 aa  404  1e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.87 
 
 
446 aa  404  1e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0108621  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4613  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  52.53 
 
 
415 aa  405  1e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.993847 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0444  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.44 
 
 
415 aa  402  1e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.382081 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0447  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.44 
 
 
415 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.328312 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0749  polyamine ABC transporter permease  54.29 
 
 
415 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3814  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.61 
 
 
420 aa  395  1e-109  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.156739  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2168  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  51.11 
 
 
418 aa  395  1e-109  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0193763  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07890  putative permease of ABC transporter  54.38 
 
 
415 aa  397  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00567527 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4001  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.69 
 
 
415 aa  395  1e-108  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.96 
 
 
462 aa  394  1e-108  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.105452 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3607  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.62 
 
 
418 aa  394  1e-108  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4446  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.62 
 
 
418 aa  394  1e-108  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.126385  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2499  putative polyamine ABC transporter, permease protein  52.8 
 
 
419 aa  392  1e-108  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3298  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.36 
 
 
420 aa  394  1e-108  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.753859  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3920  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.62 
 
 
418 aa  394  1e-108  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1813  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  53.04 
 
 
419 aa  391  1e-107  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.574113  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0433  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  53.04 
 
 
419 aa  391  1e-107  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0813  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  53.04 
 
 
419 aa  391  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.780468  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2360  putative polyamine ABC transporter, permease protein  53.04 
 
 
419 aa  391  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0484  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  53.04 
 
 
419 aa  391  1e-107  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0644  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  52.55 
 
 
419 aa  387  1e-106  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2931  spermidine/putrescine ABC transporter inner membrane protein  48.67 
 
 
422 aa  387  1e-106  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6886  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.64 
 
 
425 aa  384  1e-105  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.653272  normal  0.230244 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4323  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.39 
 
 
423 aa  376  1e-103  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.554758 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1469  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.16 
 
 
422 aa  377  1e-103  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.633443  hitchhiker  0.0000000331128 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1520  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.16 
 
 
422 aa  377  1e-103  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.030853  normal  0.984041 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2046  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  51.13 
 
 
406 aa  368  1e-100  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.480866  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.61 
 
 
416 aa  365  1e-99  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.187641  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0595  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.64 
 
 
413 aa  363  4e-99  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2373  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.04 
 
 
417 aa  360  3e-98  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4698  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.36 
 
 
418 aa  359  6e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3471  ABC spermidine/putrescine transporter, innermembrane subunit  46.53 
 
 
417 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.60984 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1732  transport system permease transmembrane protein  50.36 
 
 
420 aa  350  2e-95  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0286401  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2633  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.05 
 
 
423 aa  347  2e-94  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.252621  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4295  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.02 
 
 
420 aa  340  4e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.193876  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2381  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.72 
 
 
420 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.916996  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6037  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.28 
 
 
421 aa  334  1e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.356927  normal  0.017991 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003667  putative permease of ABC transporter  44.01 
 
 
426 aa  321  1.9999999999999998e-86  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4043  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.42 
 
 
527 aa  318  1e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0328  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  43.72 
 
 
412 aa  314  1.9999999999999998e-84  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7800  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.57 
 
 
424 aa  300  3e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.370122  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0668  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.84 
 
 
424 aa  292  9e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00457285 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3715  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.88 
 
 
391 aa  285  2.0000000000000002e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4202  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.97 
 
 
411 aa  280  5e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1612  spermidine/putrescine ABC transporter permease  42.28 
 
 
392 aa  278  2e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4106  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.32 
 
 
389 aa  276  6e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0468  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.2 
 
 
416 aa  274  3e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1717  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.51 
 
 
393 aa  270  2.9999999999999997e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.25226  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3461  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.26 
 
 
430 aa  265  1e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.881992  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2150  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.26 
 
 
433 aa  265  1e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0532  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.51 
 
 
424 aa  263  4.999999999999999e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.686624  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1884  ABC polyamine/opine transporter, inner membrane subunit  43.82 
 
 
424 aa  255  1.0000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.343799  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.82 
 
 
414 aa  246  6e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2989  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.32 
 
 
541 aa  231  2e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.263811  normal  0.821949 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1269  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.26 
 
 
557 aa  226  6e-58  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.347255  normal  0.330105 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3242  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.8 
 
 
314 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.549497  normal  0.829711 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.86 
 
 
283 aa  189  7e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0734345  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.14 
 
 
294 aa  187  3e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.132934  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6152  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.33 
 
 
301 aa  186  5e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1954  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.58 
 
 
305 aa  186  5e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.336194  normal  0.870065 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1934  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.13 
 
 
305 aa  186  8e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0157506 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3815  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.58 
 
 
305 aa  186  9e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.972091  normal  0.192229 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2090  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.58 
 
 
305 aa  186  9e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.394579  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.79 
 
 
597 aa  184  3e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6579  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.39 
 
 
302 aa  183  6e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.21378  normal  0.43558 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1508  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  44.39 
 
 
301 aa  182  1e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0734046  normal  0.0460711 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4994  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.97 
 
 
290 aa  178  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2666  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  43.83 
 
 
284 aa  177  3e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0393724  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5590  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.58 
 
 
290 aa  177  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.31 
 
 
298 aa  176  5e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.420206 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2907  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.54 
 
 
331 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2018  putrescine ABC transport system, permease protein  43.17 
 
 
326 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0632  putrescine ABC transporter, permease protein PotH  40.56 
 
 
326 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0371718  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0724  putrescine ABC transporter, permease protein PotH  40.56 
 
 
326 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1106  polyamine ABC transporter, permease protein, putative  42.71 
 
 
271 aa  174  3.9999999999999995e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2400  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.55 
 
 
318 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0272456  normal  0.898727 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6347  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  43.54 
 
 
328 aa  174  3.9999999999999995e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2812  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  43.54 
 
 
328 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1950  putrescine ABC transporter, permease protein  42.29 
 
 
326 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.443162  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2384  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.54 
 
 
328 aa  174  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.833701  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3017  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.54 
 
 
328 aa  174  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2998  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.54 
 
 
328 aa  174  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.131392  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6067  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
323 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2992  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.54 
 
 
328 aa  172  7.999999999999999e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6248  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.58 
 
 
291 aa  172  1e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.358621 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1589  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  47.96 
 
 
303 aa  171  2e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0639141 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.74 
 
 
288 aa  171  2e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3045  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.58 
 
 
331 aa  171  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>