More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2989 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007802  Jann_1269  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.1 
 
 
557 aa  635    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.347255  normal  0.330105 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2989  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
541 aa  1092    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.263811  normal  0.821949 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2150  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.14 
 
 
433 aa  355  2e-96  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3461  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.14 
 
 
430 aa  355  2e-96  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.881992  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0532  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.71 
 
 
424 aa  329  9e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.686624  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0668  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.93 
 
 
424 aa  329  9e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00457285 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1884  ABC polyamine/opine transporter, inner membrane subunit  60.71 
 
 
424 aa  328  2.0000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.343799  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003667  putative permease of ABC transporter  47.51 
 
 
426 aa  309  9e-83  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7800  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.95 
 
 
424 aa  304  3.0000000000000004e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.370122  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2046  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  47.84 
 
 
406 aa  287  4e-76  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.480866  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6037  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.93 
 
 
421 aa  283  5.000000000000001e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.356927  normal  0.017991 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3471  ABC spermidine/putrescine transporter, innermembrane subunit  49.29 
 
 
417 aa  281  2e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.60984 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.36 
 
 
414 aa  281  3e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2373  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.93 
 
 
417 aa  280  6e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.58 
 
 
416 aa  278  2e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.187641  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4001  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.99 
 
 
415 aa  268  1e-70  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0426  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.72 
 
 
424 aa  268  2e-70  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5123  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  44.38 
 
 
415 aa  266  8e-70  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0230497  normal  0.706395 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2381  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.53 
 
 
420 aa  265  1e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.916996  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4698  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.74 
 
 
418 aa  265  2e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4202  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.84 
 
 
411 aa  263  4.999999999999999e-69  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0564  polyamine ABC transporter, permease protein  44.48 
 
 
415 aa  261  2e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4613  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  44.18 
 
 
415 aa  260  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.993847 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0447  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.51 
 
 
415 aa  258  2e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.328312 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4789  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.54 
 
 
415 aa  257  3e-67  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.966966 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0444  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.47 
 
 
415 aa  257  3e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.382081 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0413  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.27 
 
 
415 aa  256  5e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.155483  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0749  polyamine ABC transporter permease  44.53 
 
 
415 aa  253  5.000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4043  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.63 
 
 
527 aa  251  3e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0595  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.2 
 
 
413 aa  250  4e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2931  spermidine/putrescine ABC transporter inner membrane protein  40.97 
 
 
422 aa  250  5e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0644  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  44.66 
 
 
419 aa  248  1e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4295  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.92 
 
 
420 aa  247  4e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.193876  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4323  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.64 
 
 
423 aa  246  6e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.554758 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07890  putative permease of ABC transporter  44.53 
 
 
415 aa  246  6e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00567527 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0433  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  44.01 
 
 
419 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0813  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  44.01 
 
 
419 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.780468  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1813  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  44.01 
 
 
419 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.574113  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2360  putative polyamine ABC transporter, permease protein  44.01 
 
 
419 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2499  putative polyamine ABC transporter, permease protein  44.01 
 
 
419 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0484  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  44.01 
 
 
419 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3607  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.57 
 
 
418 aa  245  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2168  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  42.95 
 
 
418 aa  245  1.9999999999999999e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0193763  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4446  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.57 
 
 
418 aa  245  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.126385  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3920  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.57 
 
 
418 aa  245  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.98 
 
 
462 aa  244  3e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.105452 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1520  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.01 
 
 
422 aa  244  3.9999999999999997e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.030853  normal  0.984041 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.98 
 
 
446 aa  243  5e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0108621  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3814  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.26 
 
 
420 aa  242  1e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.156739  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1469  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.99 
 
 
422 aa  241  2e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.633443  hitchhiker  0.0000000331128 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3298  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.26 
 
 
420 aa  241  2e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.753859  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2633  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.19 
 
 
423 aa  241  2.9999999999999997e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.252621  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1787  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.36 
 
 
423 aa  239  9e-62  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.229456  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1870  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.45 
 
 
423 aa  238  3e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2542  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.96 
 
 
422 aa  237  4e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.275923  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2229  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.96 
 
 
422 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.838973  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6886  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.82 
 
 
425 aa  236  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.653272  normal  0.230244 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1732  transport system permease transmembrane protein  46.22 
 
 
420 aa  232  2e-59  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0286401  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0328  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  38.06 
 
 
412 aa  223  8e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1220  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  44.92 
 
 
421 aa  220  7e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1337  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.53 
 
 
421 aa  218  2e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3108  spermidine/putrescine ABC transporter permease  44.53 
 
 
421 aa  216  9e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0468  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.71 
 
 
416 aa  211  4e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3715  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.87 
 
 
391 aa  206  9e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4106  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.38 
 
 
389 aa  204  5e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1612  spermidine/putrescine ABC transporter permease  35.54 
 
 
392 aa  197  6e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1508  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  44.24 
 
 
301 aa  193  6e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0734046  normal  0.0460711 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6152  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.78 
 
 
301 aa  191  2.9999999999999997e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6579  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.44 
 
 
302 aa  187  3e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.21378  normal  0.43558 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.5 
 
 
597 aa  186  9e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3648  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.44 
 
 
288 aa  184  3e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4994  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.66 
 
 
290 aa  184  4.0000000000000006e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1717  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.2 
 
 
393 aa  183  5.0000000000000004e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.25226  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6114  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.65 
 
 
294 aa  181  2.9999999999999997e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.132934  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5590  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.53 
 
 
290 aa  176  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6248  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.35 
 
 
291 aa  175  1.9999999999999998e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.358621 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6543  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.35 
 
 
290 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.548122  normal  0.277874 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6090  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  42.2 
 
 
300 aa  174  3.9999999999999995e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.467049  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3242  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.43 
 
 
314 aa  172  1e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.549497  normal  0.829711 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2210  ABC transporter, membrane spanning protein (polyamine)  40.53 
 
 
294 aa  167  5.9999999999999996e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0568314  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4262  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.5 
 
 
593 aa  167  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.99 
 
 
283 aa  166  1.0000000000000001e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0734345  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1937  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.64 
 
 
606 aa  164  3e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1934  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.43 
 
 
305 aa  161  3e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0157506 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1954  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
305 aa  160  8e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.336194  normal  0.870065 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3815  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
305 aa  159  1e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.972091  normal  0.192229 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2090  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
305 aa  159  2e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.394579  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3605  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.19 
 
 
295 aa  159  2e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0391464 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3095  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.04 
 
 
301 aa  158  2e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0587247  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17630  polyamine transport protein PotB  41.01 
 
 
297 aa  158  3e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1589  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  41.98 
 
 
303 aa  157  5.0000000000000005e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0639141 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1272  polyamine ABC transporter, permease protein  34.2 
 
 
301 aa  156  8e-37  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4875  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
587 aa  156  8e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.432532 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1533  polyamine transport protein PotB  40.55 
 
 
297 aa  156  8e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.8542  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2666  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  37.28 
 
 
284 aa  156  9e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0393724  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2400  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.4 
 
 
318 aa  156  1e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0272456  normal  0.898727 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.39 
 
 
293 aa  155  1e-36  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.913053 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.62 
 
 
301 aa  156  1e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0057841  normal  0.437411 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2998  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.62 
 
 
301 aa  156  1e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0768287  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1861  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  37.89 
 
 
286 aa  155  1e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.317879  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>