More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_5130 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_5130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
596 aa  1148    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4602  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  74.87 
 
 
591 aa  813    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.621124  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4875  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.35 
 
 
587 aa  304  2.0000000000000002e-81  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.432532 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1937  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.85 
 
 
606 aa  304  4.0000000000000003e-81  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4262  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.56 
 
 
593 aa  300  4e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.5 
 
 
597 aa  296  6e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5471  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.85 
 
 
588 aa  287  4e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7062  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.39 
 
 
593 aa  246  9.999999999999999e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.156031 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4944  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.5 
 
 
588 aa  238  3e-61  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0237049  normal  0.467133 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4359  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.38 
 
 
591 aa  234  2.0000000000000002e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.184868  normal  0.311507 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1033  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.65 
 
 
550 aa  234  5e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.957073  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1787  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.09 
 
 
669 aa  230  6e-59  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3109  spermidine/putrescine ABC transporter permease  41.53 
 
 
282 aa  194  5e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1338  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.53 
 
 
282 aa  194  5e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1221  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  41.53 
 
 
282 aa  194  5e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.35 
 
 
275 aa  193  7e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.360042  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2541  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.49 
 
 
272 aa  191  2e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.180027  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3449  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.04 
 
 
269 aa  191  4e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2228  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.79 
 
 
272 aa  191  5e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5122  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.67 
 
 
274 aa  189  1e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.026759  normal  0.638371 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1871  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.99 
 
 
278 aa  187  6e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.22 
 
 
275 aa  184  3e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.22 
 
 
275 aa  184  3e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.355956 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.32 
 
 
275 aa  184  4.0000000000000006e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0709875  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.22 
 
 
275 aa  184  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.439073 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.53 
 
 
268 aa  182  1e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0474626  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6091  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  39.84 
 
 
266 aa  183  1e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.417915  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.14 
 
 
283 aa  182  2e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.783769  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1953  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.11 
 
 
268 aa  181  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.911704  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.11 
 
 
268 aa  181  4e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.217099  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3816  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.34 
 
 
269 aa  180  5.999999999999999e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0037178  normal  0.4746 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3243  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.15 
 
 
269 aa  180  8e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.796458 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.91 
 
 
264 aa  180  8e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.71 
 
 
269 aa  179  1e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0161656 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6542  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.36 
 
 
266 aa  177  4e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.208097 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  41.23 
 
 
275 aa  174  3.9999999999999995e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.586316  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6037  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.92 
 
 
421 aa  173  7.999999999999999e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.356927  normal  0.017991 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0750  ABC transporter permease  41.2 
 
 
276 aa  173  9e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07900  putative permease of ABC transporter  41.2 
 
 
276 aa  173  9e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00280578 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0427  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.19 
 
 
274 aa  172  2e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2399  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.72 
 
 
271 aa  172  2e-41  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00651767  normal  0.388943 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1862  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.84 
 
 
272 aa  172  2e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.148364  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.77 
 
 
275 aa  172  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.776443 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2665  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  39.82 
 
 
271 aa  171  3e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0357719  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6247  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.35 
 
 
266 aa  168  2.9999999999999998e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.487966 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2990  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.99 
 
 
391 aa  167  4e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0689786  normal  0.478679 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2486  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.95 
 
 
268 aa  167  5.9999999999999996e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0758947  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5591  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.47 
 
 
266 aa  167  5.9999999999999996e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4612  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  42.49 
 
 
273 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.950111 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4698  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.33 
 
 
418 aa  166  2.0000000000000002e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2373  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.64 
 
 
417 aa  164  3e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0565  polyamine ABC transporter, permease protein  44.02 
 
 
273 aa  164  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.903035  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2633  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.83 
 
 
423 aa  164  4.0000000000000004e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.252621  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2498  putative polyamine ABC transporter, permease protein  41.28 
 
 
289 aa  164  6e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.633965  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0645  polyamine ABC transporter, permease protein  41.7 
 
 
279 aa  164  6e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.637437  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3471  ABC spermidine/putrescine transporter, innermembrane subunit  41.1 
 
 
417 aa  164  6e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.60984 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2359  putative polyamine ABC transporter, permease protein  41.28 
 
 
289 aa  164  6e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0812  polyamine ABC transporter, permease protein  41.28 
 
 
279 aa  163  9e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.610714  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2931  spermidine/putrescine ABC transporter inner membrane protein  43.26 
 
 
422 aa  163  9e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1105  polyamine ABC transporter, permease protein  39.92 
 
 
267 aa  163  1e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0595  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.28 
 
 
413 aa  163  1e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6886  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.26 
 
 
425 aa  162  1e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.653272  normal  0.230244 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1106  polyamine ABC transporter, permease protein, putative  42.58 
 
 
271 aa  162  2e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2209  putrescine ABC transporter permease  39.57 
 
 
264 aa  162  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.052298  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.66 
 
 
270 aa  162  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1589  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  40.57 
 
 
303 aa  161  3e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0639141 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3606  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.63 
 
 
281 aa  161  4e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.63 
 
 
281 aa  161  4e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.140944  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.63 
 
 
281 aa  161  4e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003666  probable permease of ABC transporter  36.82 
 
 
282 aa  160  5e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4323  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.4 
 
 
423 aa  160  8e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.554758 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0468  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.76 
 
 
416 aa  160  8e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6113  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.84 
 
 
266 aa  160  8e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.575148  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2168  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  43.27 
 
 
418 aa  160  9e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0193763  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.08 
 
 
275 aa  159  9e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3736  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.25 
 
 
276 aa  159  1e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.282406  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6152  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.56 
 
 
301 aa  159  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.19 
 
 
261 aa  159  2e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.98 
 
 
446 aa  159  2e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0108621  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3815  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.18 
 
 
281 aa  159  2e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.723291  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3299  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.18 
 
 
278 aa  159  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.735344  normal  0.669781 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3735  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.24 
 
 
283 aa  158  3e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.153195  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.98 
 
 
462 aa  157  4e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.105452 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2167  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  40.72 
 
 
278 aa  157  4e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00407242  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0644  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  44.02 
 
 
419 aa  157  5.0000000000000005e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2381  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.28 
 
 
420 aa  157  5.0000000000000005e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.916996  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1508  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  38.2 
 
 
301 aa  157  6e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0734046  normal  0.0460711 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0328  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  43.33 
 
 
412 aa  157  7e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3814  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.31 
 
 
420 aa  157  7e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.156739  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3298  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.31 
 
 
420 aa  157  7e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.753859  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4662  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.47 
 
 
278 aa  156  9e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.445054  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3920  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.83 
 
 
418 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3607  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.83 
 
 
418 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5431  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.47 
 
 
278 aa  156  1e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.708074  normal  0.0941502 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.09 
 
 
262 aa  156  1e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4446  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.83 
 
 
418 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.126385  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4294  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.8 
 
 
279 aa  156  1e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.144254  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6579  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.29 
 
 
302 aa  155  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.21378  normal  0.43558 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2499  putative polyamine ABC transporter, permease protein  44.5 
 
 
419 aa  155  2e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.67 
 
 
263 aa  155  2e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.829399  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>