198 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3841 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3841  helicase domain-containing protein  100 
 
 		 636 aa  1311    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.092028  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2922  SNF2-related protein  28.85 
 
 		 660 aa  191  5e-47  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.64681  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1021  SNF2 family helicase  27.61 
 
 		 631 aa  130  8.000000000000001e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.856869  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1461  SNF2 family DNA/RNA helicase  25.84 
 
 		 630 aa  124  6e-27  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6303  helicase domain protein  27.43 
 
 		 493 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.881514  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0887  Non-specific serine/threonine protein kinase  22.31 
 
 		 559 aa  84  0.000000000000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000163947  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1653  SNF2-related protein  25 
 
 		 452 aa  74.7  0.000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0368  SNF2-related protein  24.78 
 
 		 674 aa  73.6  0.00000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.375742  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2687  SNF2-related protein  23.64 
 
 		 1082 aa  72.4  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.846523  unclonable  0.000081012 
 
 
-
 
NC_009046  PICST_90641  transcriptional regulator  25.37 
 
 		 1414 aa  71.2  0.00000000005  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.104973  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2620  SNF2-related protein  23.43 
 
 		 1082 aa  71.2  0.00000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00228348 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1766  non-specific serine/threonine protein kinase  25.99 
 
 		 1055 aa  70.9  0.00000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3788  SNF2-related protein  24.08 
 
 		 1148 aa  70.5  0.00000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5226  non-specific serine/threonine protein kinase  24.12 
 
 		 1021 aa  70.1  0.0000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2795  SNF2-related protein  23.23 
 
 		 1082 aa  69.7  0.0000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.320066 
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_12759  predicted protein  24.85 
 
 		 956 aa  69.7  0.0000000001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0485802  normal  0.764276 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4987  Non-specific serine/threonine protein kinase  24.04 
 
 		 1155 aa  69.3  0.0000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.894116  normal  0.0382537 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0494  SNF2-like protein  23.14 
 
 		 1025 aa  68.6  0.0000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1466  non-specific serine/threonine protein kinase  23.89 
 
 		 1073 aa  68.9  0.0000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3404  Snf2 family protein  23.28 
 
 		 1134 aa  68.2  0.0000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.698  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3870  SNF2-related:helicase, C-terminal:SWIM Zn-finger  24.18 
 
 		 1091 aa  66.2  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1664  putative helicase  23.73 
 
 		 1150 aa  65.9  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0566301 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0516  Non-specific serine/threonine protein kinase  23.63 
 
 		 1104 aa  66.2  0.000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0578806 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1651  Snf2 family protein  22.87 
 
 		 1070 aa  65.5  0.000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1502  non-specific serine/threonine protein kinase  23.68 
 
 		 1073 aa  65.5  0.000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1878  Snf2/Rad54 family helicase  24.41 
 
 		 1084 aa  65.1  0.000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.456033  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2303  SNF2-related protein  24.79 
 
 		 1112 aa  64.7  0.000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.646715  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0283  SNF2-related protein  24.12 
 
 		 1062 aa  65.1  0.000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2881  Non-specific serine/threonine protein kinase  23.28 
 
 		 1073 aa  64.7  0.000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.596708  hitchhiker  0.0027523 
 
 
-
 
NC_002620  TC0081  SNF2 family helicase  24.36 
 
 		 1181 aa  64.3  0.000000006  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1597  Snf2/Rad54 family helicase  24.4 
 
 		 1084 aa  64.7  0.000000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.154649  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2541  non-specific serine/threonine protein kinase  23.39 
 
 		 922 aa  64.3  0.000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0893525 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1471  non-specific serine/threonine protein kinase  22.87 
 
 		 1073 aa  64.3  0.000000007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.698518  n/a   
 
 
-
 
NC_009370  OSTLU_37662  predicted protein  23.16 
 
 		 589 aa  64.3  0.000000007  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0801404  normal  0.0201777 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0598  non-specific serine/threonine protein kinase  24.38 
 
 		 898 aa  64.3  0.000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3328  non-specific serine/threonine protein kinase  25.23 
 
 		 1066 aa  63.9  0.000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0986  DNA/RNA helicase, SNF2  22.42 
 
 		 1069 aa  63.9  0.000000009  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2520  DEAD/DEAH box helicase-like  24.95 
 
 		 1065 aa  63.2  0.00000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.138323  normal  0.614208 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01255  chromodomain helicase (Chd1), putative (AFU_orthologue; AFUA_1G10290)  24.14 
 
 		 1517 aa  62.8  0.00000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.959895  normal  0.880874 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1148  putative helicase  22.22 
 
 		 1069 aa  62.4  0.00000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0135217  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0810  helicase domain protein  26.33 
 
 		 737 aa  63.2  0.00000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4285  helicase domain-containing protein  22.98 
 
 		 906 aa  63.2  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13470  DNA/RNA helicase, superfamily II, SNF2 family  25.39 
 
 		 1102 aa  62.4  0.00000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0104  SNF2-related protein  23.94 
 
 		 1086 aa  62  0.00000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4316  SNF2-related protein  23.03 
 
 		 980 aa  61.2  0.00000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3980  non-specific serine/threonine protein kinase  23.01 
 
 		 1068 aa  61.2  0.00000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.863358  normal  0.858201 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0921  Non-specific serine/threonine protein kinase  24.76 
 
 		 895 aa  60.8  0.00000006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.203055  normal  0.885337 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1068  hypothetical protein  23.38 
 
 		 1128 aa  60.8  0.00000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2228  SNF2-related  23.45 
 
 		 1088 aa  60.8  0.00000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23220  DNA/RNA helicase, superfamily II, SNF2 family  24.5 
 
 		 1110 aa  60.8  0.00000008  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.211943  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4161  SNF2-related protein  21.29 
 
 		 964 aa  60.5  0.00000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000285202 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6251  SNF2-related protein  21.82 
 
 		 959 aa  60.1  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.971738  normal  1 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_54139  predicted protein  23.22 
 
 		 995 aa  60.1  0.0000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3874  Non-specific serine/threonine protein kinase  22.67 
 
 		 1261 aa  60.5  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.646878  normal  1 
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_231  predicted protein  24.14 
 
 		 970 aa  60.1  0.0000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6255  SNF2-related protein  23.26 
 
 		 1019 aa  59.3  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.999994  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1894  SNF2-related:helicase, C-terminal:SWIM Zn-finger  23.25 
 
 		 914 aa  59.3  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.437669 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2175  DEAD/DEAH box helicase-like  24.65 
 
 		 1063 aa  58.9  0.0000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0731  SNF2-related protein  24.34 
 
 		 1031 aa  59.3  0.0000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1300  SNF2-related protein  22.02 
 
 		 1070 aa  59.7  0.0000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0884  SNF2-related protein  24.33 
 
 		 1068 aa  59.3  0.0000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00950493  normal  1 
 
 
-
 
NC_009048  PICST_85702  Nuclear protein STH1/NPS1 (Chromatin structure remodeling complex protein STH1) (SNF2 homolog)  21.31 
 
 		 1259 aa  59.3  0.0000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.250535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1368  SNF2-related protein  22.91 
 
 		 1073 aa  59.3  0.0000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1013  Non-specific serine/threonine protein kinase  25 
 
 		 1029 aa  59.7  0.0000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.806419  normal  0.0475682 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_10043  ATPase (Eurofung)  23.12 
 
 		 648 aa  58.5  0.0000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.282737  normal  0.199288 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0420  SNF2-related protein  22.96 
 
 		 901 aa  58.5  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1096  SNF2-related protein  24.8 
 
 		 899 aa  58.9  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.87327  normal  0.314656 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2473  SNF2-related protein  23.9 
 
 		 1362 aa  58.9  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.356302  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0503  helicase domain-containing protein  29.59 
 
 		 1147 aa  58.9  0.0000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0789  Non-specific serine/threonine protein kinase  23.73 
 
 		 1069 aa  58.5  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.412315 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28381  SNF2 family DNA/RNA helicase  23.85 
 
 		 1099 aa  58.5  0.0000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.590649 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05643  SNF2 family helicase/ATPase, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G13460)  24.4 
 
 		 1111 aa  58.2  0.0000005  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1371  helicase, SNF2/RAD54 family  24.58 
 
 		 1381 aa  58.2  0.0000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53900  helicase  23.83 
 
 		 663 aa  58.2  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.027485  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2099  helicase/SNF2 family domain protein  23.25 
 
 		 918 aa  57.8  0.0000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21820  DNA/RNA helicase, superfamily II, SNF2 family  34.96 
 
 		 690 aa  57.8  0.0000007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006693  CNH02010  transcription activator snf2l1, putative  21.98 
 
 		 1096 aa  57.4  0.0000009  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.606714  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6788  SNF2/helicase domain protein  25.37 
 
 		 1040 aa  57.4  0.0000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0383717  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0596  SNF2-related protein  24.81 
 
 		 1250 aa  56.6  0.000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.160311  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1673  SNF2-related  22.07 
 
 		 1048 aa  57  0.000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.115641  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1466  Non-specific serine/threonine protein kinase  24.07 
 
 		 1118 aa  56.2  0.000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.266268  normal  1 
 
 
-
 
NC_011680  PHATRDRAFT_28551  imitation switch isoform 1, alias nucleosome remodeling factor 140 kDa subunit  23.3 
 
 		 1023 aa  56.2  0.000002  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.0148713  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0874  DEAD/DEAH box helicase-like  24.16 
 
 		 1019 aa  56.2  0.000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00587786  normal  0.0126455 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1983  Non-specific serine/threonine protein kinase  24.33 
 
 		 1089 aa  55.8  0.000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0020  Non-specific serine/threonine protein kinase  23.64 
 
 		 950 aa  56.2  0.000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1144  SNF2-related protein  22.54 
 
 		 1071 aa  55.8  0.000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00377305  normal  0.635598 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03240  DNA/RNA helicase, superfamily II, SNF2 family  31.55 
 
 		 1028 aa  55.8  0.000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1760  non-specific serine/threonine protein kinase  22.5 
 
 		 966 aa  55.5  0.000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1359  hypothetical protein  23.43 
 
 		 1146 aa  55.5  0.000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1744  SNF2-related protein  23.9 
 
 		 1386 aa  55.5  0.000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003242  helicase putative  23.16 
 
 		 1149 aa  55.1  0.000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.919418  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14860  DNA/RNA helicase, superfamily II, SNF2 family  26.27 
 
 		 1082 aa  55.1  0.000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0912995  normal  0.460369 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3539  SNF2-related protein  22.58 
 
 		 872 aa  55.1  0.000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1564  DEAD/DEAH box helicase-like  23.11 
 
 		 1068 aa  54.7  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.666232  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4719  helicase  23.83 
 
 		 773 aa  54.7  0.000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.218177  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1663  non-specific serine/threonine protein kinase  23.32 
 
 		 1108 aa  54.7  0.000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0559989  normal  0.741306 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2279  SNF2-related protein  23.63 
 
 		 1033 aa  54.3  0.000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.613804 
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_11009  predicted protein  24.13 
 
 		 535 aa  54.3  0.000007  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3777  non-specific serine/threonine protein kinase  23.19 
 
 		 918 aa  54.3  0.000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1060  Non-specific serine/threonine protein kinase  23.63 
 
 		 1113 aa  53.9  0.000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.28014  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>