More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1300 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_1368  SNF2-related protein  59.76 
 
 
1073 aa  1319    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1651  Snf2 family protein  58.71 
 
 
1070 aa  1282    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1502  non-specific serine/threonine protein kinase  59.66 
 
 
1073 aa  1312    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1466  non-specific serine/threonine protein kinase  59.66 
 
 
1073 aa  1315    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2228  SNF2-related  69.67 
 
 
1088 aa  1575    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2620  SNF2-related protein  59.68 
 
 
1082 aa  1305    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00228348 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2687  SNF2-related protein  59.59 
 
 
1082 aa  1302    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.846523  unclonable  0.000081012 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1300  SNF2-related protein  100 
 
 
1070 aa  2209    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2881  Non-specific serine/threonine protein kinase  59.47 
 
 
1073 aa  1307    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.596708  hitchhiker  0.0027523 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2795  SNF2-related protein  59.87 
 
 
1082 aa  1309    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.320066 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1471  non-specific serine/threonine protein kinase  59.47 
 
 
1073 aa  1304    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.698518  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0114  SNF2-related protein  39.31 
 
 
1080 aa  699    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3870  SNF2-related:helicase, C-terminal:SWIM Zn-finger  36.62 
 
 
1091 aa  617  1e-175  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1663  non-specific serine/threonine protein kinase  36.47 
 
 
1108 aa  603  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0559989  normal  0.741306 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3404  Snf2 family protein  36.81 
 
 
1134 aa  605  1.0000000000000001e-171  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.698  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1060  Non-specific serine/threonine protein kinase  36.68 
 
 
1113 aa  598  1e-169  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.28014  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2601  SNF2-related protein  35.37 
 
 
1086 aa  596  1e-169  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0942  DNA helicase, SNF2/RAD54 family  36.68 
 
 
1113 aa  598  1e-169  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0905  non-specific serine/threonine protein kinase  35.15 
 
 
1120 aa  585  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0516  Non-specific serine/threonine protein kinase  45.45 
 
 
1104 aa  577  1.0000000000000001e-163  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0578806 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1687  non-specific serine/threonine protein kinase  35.96 
 
 
1105 aa  575  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.306833  normal  0.099326 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1664  putative helicase  40.23 
 
 
1150 aa  571  1e-161  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0566301 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3596  non-specific serine/threonine protein kinase  36.65 
 
 
1105 aa  568  1e-160  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.270477 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0801  hypothetical protein  35.82 
 
 
1088 aa  568  1e-160  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4987  Non-specific serine/threonine protein kinase  39.65 
 
 
1155 aa  568  1e-160  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.894116  normal  0.0382537 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0772  hypothetical protein  35.5 
 
 
1088 aa  563  1.0000000000000001e-159  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0104  SNF2-related protein  35.66 
 
 
1086 aa  563  1.0000000000000001e-159  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3239  non-specific serine/threonine protein kinase  44.56 
 
 
876 aa  550  1e-155  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1491  SNF2-related  38.67 
 
 
1126 aa  550  1e-155  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.318265  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3472  SNF2-related protein  44.52 
 
 
1100 aa  545  1e-153  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2099  helicase/SNF2 family domain protein  43.87 
 
 
918 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1894  SNF2-related:helicase, C-terminal:SWIM Zn-finger  43.87 
 
 
914 aa  542  9.999999999999999e-153  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.437669 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3931  SNF2-related  36.77 
 
 
1178 aa  523  1e-147  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2146  Snf2/Rad54 family helicase  46.4 
 
 
666 aa  519  1e-146  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.11254 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3868  SNF2-like  43.1 
 
 
896 aa  514  1e-144  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0208  SNF2 helicase-related protein  39.01 
 
 
1209 aa  513  1e-144  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53900  helicase  43.54 
 
 
663 aa  507  9.999999999999999e-143  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.027485  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4719  helicase  43.38 
 
 
773 aa  507  9.999999999999999e-143  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.218177  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_10820  helicase protein  41.49 
 
 
872 aa  489  1e-137  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2215  non-specific serine/threonine protein kinase  41.73 
 
 
1110 aa  484  1e-135  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00386976 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0176  SNF2-related protein  42.06 
 
 
777 aa  486  1e-135  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.461992 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2387  non-specific serine/threonine protein kinase  39.73 
 
 
1090 aa  476  1e-133  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2833  SNF2-related protein  42.31 
 
 
991 aa  474  1e-132  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1892  SNF2-related protein  41 
 
 
1161 aa  465  1e-129  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.500803 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1564  DEAD/DEAH box helicase-like  30.69 
 
 
1068 aa  444  1e-123  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.666232  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1539  Non-specific serine/threonine protein kinase  36.18 
 
 
1091 aa  429  1e-118  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  0.00041445  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0430  Non-specific serine/threonine protein kinase  30.59 
 
 
1068 aa  429  1e-118  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.218151  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1144  SNF2-related protein  30.63 
 
 
1071 aa  426  1e-117  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  decreased coverage  0.00377305  normal  0.635598 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0884  SNF2-related protein  30.28 
 
 
1068 aa  417  9.999999999999999e-116  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00950493  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0789  Non-specific serine/threonine protein kinase  39.15 
 
 
1069 aa  416  1e-114  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.412315 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3248  SNF2 helicase associated domain-containing protein  42.73 
 
 
1084 aa  404  1e-111  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0664  SNF2-related protein  41.15 
 
 
1125 aa  402  9.999999999999999e-111  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5008  Non-specific serine/threonine protein kinase  41.32 
 
 
1403 aa  402  9.999999999999999e-111  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2473  SNF2-related protein  45.8 
 
 
1362 aa  400  9.999999999999999e-111  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.356302  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2303  SNF2-related protein  45.77 
 
 
1112 aa  402  9.999999999999999e-111  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.646715  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0283  SNF2-related protein  41.71 
 
 
1062 aa  402  9.999999999999999e-111  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0265  Non-specific serine/threonine protein kinase  41.98 
 
 
1129 aa  398  1e-109  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.355266  normal  0.1182 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1744  SNF2-related protein  45.17 
 
 
1386 aa  398  1e-109  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1766  non-specific serine/threonine protein kinase  44.92 
 
 
1055 aa  396  1e-108  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3874  Non-specific serine/threonine protein kinase  39.73 
 
 
1261 aa  396  1e-108  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.646878  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0731  SNF2-related protein  44.74 
 
 
1031 aa  394  1e-108  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2451  SNF2-related protein  40.76 
 
 
1087 aa  393  1e-108  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5226  non-specific serine/threonine protein kinase  43.43 
 
 
1021 aa  390  1e-107  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4580  Non-specific serine/threonine protein kinase  43.78 
 
 
982 aa  392  1e-107  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.407175  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3980  non-specific serine/threonine protein kinase  43.55 
 
 
1068 aa  393  1e-107  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.863358  normal  0.858201 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6251  SNF2-related protein  43.35 
 
 
959 aa  389  1e-106  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.971738  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0596  SNF2-related protein  41.77 
 
 
1250 aa  387  1e-106  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.160311  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1793  SNF2-related protein  44.86 
 
 
985 aa  386  1e-105  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00186852  normal  0.607723 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2499  Non-specific serine/threonine protein kinase  45.61 
 
 
1082 aa  385  1e-105  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000806643  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6180  SNF2-related protein  43.53 
 
 
1003 aa  382  1e-104  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0035  Non-specific serine/threonine protein kinase  42.74 
 
 
1112 aa  381  1e-104  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1371  helicase, SNF2/RAD54 family  41.62 
 
 
1381 aa  378  1e-103  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3458  SNF2-related protein  39.55 
 
 
1077 aa  377  1e-103  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2599  SNF2-related  39.05 
 
 
1437 aa  378  1e-103  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1878  Snf2/Rad54 family helicase  41.9 
 
 
1084 aa  379  1e-103  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.456033  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1597  Snf2/Rad54 family helicase  41.9 
 
 
1084 aa  378  1e-103  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.154649  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2580  non-specific serine/threonine protein kinase  42.03 
 
 
1069 aa  374  1e-102  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00984411  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0327  SNF2-related protein  37.04 
 
 
1354 aa  375  1e-102  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.19544  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4161  SNF2-related protein  33.89 
 
 
964 aa  375  1e-102  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000285202 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3627  SNF2 family DNA/RNA helicase  43.34 
 
 
977 aa  374  1e-102  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3350  SNF2-related protein  41.38 
 
 
1127 aa  372  1e-101  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.932326  normal  0.174859 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0770  SNF2-related protein  36.69 
 
 
1081 aa  369  1e-100  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0433  SNF2-related protein  41.19 
 
 
1130 aa  366  1e-99  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.735104  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3328  non-specific serine/threonine protein kinase  46.24 
 
 
1066 aa  366  1e-99  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2916  non-specific serine/threonine protein kinase  43.36 
 
 
1449 aa  366  1e-99  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23220  DNA/RNA helicase, superfamily II, SNF2 family  37.9 
 
 
1110 aa  365  2e-99  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.211943  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0547  SNF2-related:helicase, C-terminal  42.35 
 
 
988 aa  365  3e-99  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.122481  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2408  SNF2-related  37.52 
 
 
1163 aa  363  7.0000000000000005e-99  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.644608  normal  0.0402994 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1815  putative helicase  39.96 
 
 
1064 aa  363  8e-99  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3526  putative helicase  39.78 
 
 
1064 aa  362  2e-98  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13470  DNA/RNA helicase, superfamily II, SNF2 family  39.32 
 
 
1102 aa  362  2e-98  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0994  SNF2-related:helicase-like:Zinc finger, SWIM-type  40.41 
 
 
1142 aa  362  3e-98  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.424079 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30090  DNA/RNA helicase, superfamily II, SNF2 family  40.7 
 
 
1227 aa  361  4e-98  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1466  Non-specific serine/threonine protein kinase  37.89 
 
 
1118 aa  361  5e-98  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.266268  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0464  Non-specific serine/threonine protein kinase  37.48 
 
 
1139 aa  361  5e-98  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000898251  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3506  non-specific serine/threonine protein kinase  41.28 
 
 
848 aa  359  1.9999999999999998e-97  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0053  SNF2-related protein  38.66 
 
 
1141 aa  358  2.9999999999999997e-97  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3047  putative helicase  37.81 
 
 
1284 aa  358  3.9999999999999996e-97  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.149054  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1669  non-specific serine/threonine protein kinase  39.78 
 
 
1068 aa  357  5e-97  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0494  SNF2-like protein  41.56 
 
 
1025 aa  357  6.999999999999999e-97  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>