More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0322 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_0322  allophanate hydrolase subunit 2  100 
 
 
522 aa  1022    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.751903  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5847  hypothetical protein  55.68 
 
 
541 aa  511  1e-143  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0879773  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5727  allophanate hydrolase subunit 2  52.37 
 
 
531 aa  467  9.999999999999999e-131  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.506367  normal  0.818149 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2450  allophanate hydrolase subunit 2  51.01 
 
 
553 aa  468  9.999999999999999e-131  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.76901  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3511  allophanate hydrolase subunit 2  51.3 
 
 
539 aa  461  9.999999999999999e-129  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.80956  normal  0.701023 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5380  allophanate hydrolase, putative  49.53 
 
 
539 aa  457  1e-127  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0869  hypothetical protein  50 
 
 
549 aa  455  1e-127  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0499  Urea amidolyase-related protein  48.87 
 
 
534 aa  445  1e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3293  urea amidolyase related protein  49.25 
 
 
536 aa  438  9.999999999999999e-123  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0533  urea amidolyase related protein  50.19 
 
 
518 aa  409  1e-113  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.384607  normal  0.0140832 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0175  urea amidolyase related protein  45.42 
 
 
562 aa  392  1e-107  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0095  urea amidolyase related protein  44.38 
 
 
555 aa  384  1e-105  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0082  urea amidolyase related protein  42.91 
 
 
539 aa  360  4e-98  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3520  Allophanate hydrolase subunit 2  45.33 
 
 
510 aa  312  7.999999999999999e-84  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19250  biotin-dependent carboxylase-like protein  40.51 
 
 
585 aa  298  2e-79  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29770  allophanate hydrolase subunit 2  39.11 
 
 
592 aa  289  8e-77  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0100  Allophanate hydrolase subunit 2  37.3 
 
 
564 aa  280  5e-74  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.368046  normal  0.0250714 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2769  urea amidolyase related protein  38.13 
 
 
571 aa  270  5e-71  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0149332  hitchhiker  0.000017266 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3557  Allophanate hydrolase subunit 1  57.43 
 
 
205 aa  225  1e-57  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.15839  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06200  conserved hypothetical protein TIGR00370  59.22 
 
 
203 aa  224  2e-57  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.288812  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2073  Allophanate hydrolase subunit 2  35.67 
 
 
499 aa  221  3e-56  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.721268 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2197  Allophanate hydrolase subunit 1  56.65 
 
 
203 aa  215  9.999999999999999e-55  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.432726  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1969  hypothetical protein  54.9 
 
 
201 aa  213  4.9999999999999996e-54  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.129668  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2600  allophanate hydrolase subunit 1  57.92 
 
 
204 aa  212  1e-53  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1968  allophanate hydrolase subunit 2  47.16 
 
 
286 aa  211  3e-53  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.138307  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1829  Allophanate hydrolase subunit 2  34.19 
 
 
506 aa  208  2e-52  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.359832  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06210  biotin-dependent carboxylase-like protein  44.48 
 
 
290 aa  201  3e-50  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.447378  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2196  urea amidolyase related protein  45.52 
 
 
293 aa  200  6e-50  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.859253  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00380  biotin-dependent carboxylase-like protein  43.01 
 
 
285 aa  199  9e-50  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.301441 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3556  urea amidolyase related protein  45.2 
 
 
308 aa  197  5.000000000000001e-49  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.392081  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0544  putative allophanate hydrolase  29.75 
 
 
549 aa  193  6e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00179093  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0304  allophanate hydrolase subunit 1  47.14 
 
 
235 aa  191  2e-47  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2975  allophanate hydrolase  44.4 
 
 
288 aa  185  2.0000000000000003e-45  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0524316  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00390  allophanate hydrolase subunit 1  51.47 
 
 
203 aa  184  4.0000000000000006e-45  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.543027 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1379  urea amidolyase related protein  42.5 
 
 
282 aa  182  1e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0813478  normal  0.896147 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4802  urea amidolyase related protein  44.04 
 
 
288 aa  182  2e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.467113 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0098  urea amidolyase related protein  46.32 
 
 
312 aa  181  2.9999999999999997e-44  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2601  urea amidolyase-like protein  45.17 
 
 
312 aa  180  7e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.983467 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6350  Allophanate hydrolase subunit 1  46.8 
 
 
204 aa  179  8e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6834  urea amidolyase related protein  42.55 
 
 
285 aa  179  9e-44  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0258  allophanate hydrolase subunit 1  48.77 
 
 
221 aa  178  2e-43  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.161763 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0268  allophanate hydrolase subunit 1  48.77 
 
 
221 aa  178  2e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0278  allophanate hydrolase subunit 1  48.77 
 
 
221 aa  178  2e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.511839  normal  0.151369 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2976  urea amidolyase related protein  44.13 
 
 
298 aa  176  9.999999999999999e-43  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0092  urea amidolyase related protein  44.29 
 
 
282 aa  175  1.9999999999999998e-42  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0377  allophanate hydrolase subunit 1  44.59 
 
 
233 aa  174  3.9999999999999995e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0129741 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0095  urea amidolyase related protein  45.59 
 
 
311 aa  173  7.999999999999999e-42  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000550439 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4801  Allophanate hydrolase subunit 1  48.1 
 
 
212 aa  171  3e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.440705 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1267  urea amidolyase related protein  42.55 
 
 
288 aa  171  3e-41  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0378  urea amidolyase related protein  41.79 
 
 
298 aa  169  8e-41  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00676966 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0257  urea amidolyase related protein  40.42 
 
 
292 aa  169  2e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.170917 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0267  allophanate hydrolase subunit 2  40.42 
 
 
292 aa  169  2e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0277  urea amidolyase related protein  40.42 
 
 
292 aa  169  2e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.957119  normal  0.165219 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10267  hypothetical protein  39.08 
 
 
300 aa  164  5.0000000000000005e-39  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.368185  normal  0.239017 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7094  allophanate hydrolase subunit 2  37.74 
 
 
325 aa  162  1e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.169878  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2974  allophanate hydrolase subunit 1  41.2 
 
 
248 aa  161  2e-38  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0811525  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0303  urea amidolyase related protein  40.21 
 
 
314 aa  156  9e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1596  urea amidolyase related protein  33.1 
 
 
334 aa  155  1e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6832  Allophanate hydrolase subunit 1  47.32 
 
 
200 aa  151  2e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0629  allophanate hydrolase, subunit 2  35.64 
 
 
310 aa  150  6e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1268  Allophanate hydrolase subunit 1  44.19 
 
 
219 aa  150  6e-35  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7093  allophanate hydrolase subunit 2  45.05 
 
 
209 aa  149  9e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.166941  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0802  allophanate hydrolase, subunit 2  35.64 
 
 
310 aa  148  2.0000000000000003e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.316983  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00672  predicted enzyme subunit  35.64 
 
 
310 aa  148  3e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2924  urea amidolyase related protein  35.64 
 
 
310 aa  148  3e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.126507  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00661  hypothetical protein  35.64 
 
 
310 aa  148  3e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2943  urea amidolyase related protein  35.64 
 
 
310 aa  148  3e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0760  allophanate hydrolase, subunit 2  35.64 
 
 
310 aa  148  3e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5816  urea amidolyase related protein  37.28 
 
 
344 aa  147  3e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.174826  normal  0.0709434 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0737  allophanate hydrolase, subunit 2  35.29 
 
 
310 aa  147  4.0000000000000006e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2921  urea amidolyase related protein  35.34 
 
 
309 aa  147  5e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0727  allophanate hydrolase, subunit 2  35.29 
 
 
310 aa  146  7.0000000000000006e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.25799  normal  0.390135 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1256  urea amidolyase related protein  37.19 
 
 
310 aa  145  2e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0977176  normal  0.848518 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1378  Allophanate hydrolase subunit 1  49.11 
 
 
222 aa  143  7e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.239875  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0760  allophanate hydrolase, subunit 2  34.6 
 
 
310 aa  140  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1215  urea amidolyase related protein  35.44 
 
 
310 aa  140  3.9999999999999997e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.478811  normal  0.0330317 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0836  allophanate hydrolase subunit 2  34.6 
 
 
310 aa  140  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.631798  hitchhiker  0.00120762 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0773  allophanate hydrolase subunit 2  34.6 
 
 
310 aa  140  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.905688 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0821  allophanate hydrolase, subunit 2  34.6 
 
 
310 aa  140  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0263857  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0870  allophanate hydrolase subunit 2  34.6 
 
 
310 aa  140  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.25979 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1271  urea amidolyase related protein  31.23 
 
 
329 aa  140  6e-32  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10268  hypothetical protein  40.67 
 
 
217 aa  140  7e-32  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0846378 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2977  allophanate hydrolase subunit 1  45.1 
 
 
203 aa  140  7e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.358004  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0478  allophanate hydrolase, subunit 1  41.9 
 
 
229 aa  138  2e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1168  urea amidolyase related protein  35.56 
 
 
316 aa  138  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000000000170574  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1957  Allophanate hydrolase subunit 1  41.47 
 
 
218 aa  138  2e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.360214  hitchhiker  0.00204684 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0022  Urea carboxylase  35.56 
 
 
310 aa  138  2e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00319916 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1116  biotin-dependent carboxylase domain-containing protein  35.56 
 
 
316 aa  137  3.0000000000000003e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000309284  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1137  urea amidolyase related protein  35.11 
 
 
309 aa  137  4e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.878292  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3109  urea amidolyase related protein  36.24 
 
 
314 aa  137  5e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12470  allophanate hydrolase/urea amidolyase-related protein  37.18 
 
 
301 aa  136  9e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0799674  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3590  biotin-dependent carboxylase domain-containing protein  35.21 
 
 
316 aa  136  9e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2225  urea amidolyase related protein  31.72 
 
 
319 aa  136  9.999999999999999e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3380  urea amidolyase related protein  36.59 
 
 
304 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.709139 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2336  Allophanate hydrolase subunit 1  45.41 
 
 
230 aa  135  1.9999999999999998e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1146  urea amidolyase related protein  31.65 
 
 
343 aa  135  1.9999999999999998e-30  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.234826  normal  0.390267 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1801  hypothetical protein  45.86 
 
 
205 aa  134  3.9999999999999996e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.145263  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2904  urea amidolyase related protein  34.08 
 
 
350 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.293477 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1227  urea amidolyase related protein  36.24 
 
 
314 aa  134  5e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2170  hypothetical protein  39.01 
 
 
353 aa  133  6e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.723282  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>