More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5847 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011988  Avi_5847  hypothetical protein  100 
 
 
541 aa  1076    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0879773  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5380  allophanate hydrolase, putative  60.98 
 
 
539 aa  629  1e-179  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0869  hypothetical protein  60 
 
 
549 aa  624  1e-177  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2450  allophanate hydrolase subunit 2  58.56 
 
 
553 aa  603  1.0000000000000001e-171  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.76901  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0499  Urea amidolyase-related protein  56.85 
 
 
534 aa  593  1e-168  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3511  allophanate hydrolase subunit 2  58.93 
 
 
539 aa  582  1.0000000000000001e-165  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.80956  normal  0.701023 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5727  allophanate hydrolase subunit 2  57.79 
 
 
531 aa  578  1e-164  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.506367  normal  0.818149 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3293  urea amidolyase related protein  57.22 
 
 
536 aa  558  1e-157  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0322  allophanate hydrolase subunit 2  55.68 
 
 
522 aa  503  1e-141  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.751903  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0533  urea amidolyase related protein  52.17 
 
 
518 aa  459  9.999999999999999e-129  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.384607  normal  0.0140832 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0175  urea amidolyase related protein  45.71 
 
 
562 aa  419  1e-116  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0082  urea amidolyase related protein  48.13 
 
 
539 aa  417  9.999999999999999e-116  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0095  urea amidolyase related protein  46.83 
 
 
555 aa  415  1e-114  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19250  biotin-dependent carboxylase-like protein  42.6 
 
 
585 aa  349  8e-95  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3520  Allophanate hydrolase subunit 2  43.25 
 
 
510 aa  321  3e-86  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0100  Allophanate hydrolase subunit 2  38.46 
 
 
564 aa  298  2e-79  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.368046  normal  0.0250714 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2769  urea amidolyase related protein  39.13 
 
 
571 aa  285  1.0000000000000001e-75  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0149332  hitchhiker  0.000017266 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29770  allophanate hydrolase subunit 2  36.05 
 
 
592 aa  259  8e-68  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06210  biotin-dependent carboxylase-like protein  46.58 
 
 
290 aa  228  2e-58  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.447378  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3557  Allophanate hydrolase subunit 1  57.92 
 
 
205 aa  226  7e-58  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.15839  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2975  allophanate hydrolase  46.71 
 
 
288 aa  224  3e-57  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0524316  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2601  urea amidolyase-like protein  47.42 
 
 
312 aa  222  1.9999999999999999e-56  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.983467 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1829  Allophanate hydrolase subunit 2  33.46 
 
 
506 aa  215  1.9999999999999998e-54  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.359832  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06200  conserved hypothetical protein TIGR00370  55.17 
 
 
203 aa  213  7e-54  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.288812  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2196  urea amidolyase related protein  46.9 
 
 
293 aa  209  7e-53  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.859253  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1968  allophanate hydrolase subunit 2  44.52 
 
 
286 aa  208  3e-52  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.138307  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1969  hypothetical protein  51.24 
 
 
201 aa  204  3e-51  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.129668  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2073  Allophanate hydrolase subunit 2  32.36 
 
 
499 aa  203  6e-51  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.721268 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2197  Allophanate hydrolase subunit 1  52.71 
 
 
203 aa  199  1.0000000000000001e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.432726  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3556  urea amidolyase related protein  44.25 
 
 
308 aa  198  2.0000000000000003e-49  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.392081  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00380  biotin-dependent carboxylase-like protein  42.14 
 
 
285 aa  197  4.0000000000000005e-49  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.301441 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2600  allophanate hydrolase subunit 1  55.15 
 
 
204 aa  197  5.000000000000001e-49  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6350  Allophanate hydrolase subunit 1  48.04 
 
 
204 aa  194  2e-48  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0544  putative allophanate hydrolase  32.03 
 
 
549 aa  191  2.9999999999999997e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00179093  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00390  allophanate hydrolase subunit 1  50.75 
 
 
203 aa  187  4e-46  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.543027 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0098  urea amidolyase related protein  48.03 
 
 
312 aa  187  6e-46  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1379  urea amidolyase related protein  42.41 
 
 
282 aa  185  2.0000000000000003e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0813478  normal  0.896147 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0095  urea amidolyase related protein  43.93 
 
 
311 aa  183  8.000000000000001e-45  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000550439 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2974  allophanate hydrolase subunit 1  45.06 
 
 
248 aa  182  2e-44  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0811525  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2976  urea amidolyase related protein  44.83 
 
 
298 aa  182  2e-44  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0304  allophanate hydrolase subunit 1  50.26 
 
 
235 aa  181  2e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7094  allophanate hydrolase subunit 2  38.8 
 
 
325 aa  180  4.999999999999999e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.169878  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4802  urea amidolyase related protein  44.9 
 
 
288 aa  179  8e-44  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.467113 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1267  urea amidolyase related protein  42.16 
 
 
288 aa  179  1e-43  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0378  urea amidolyase related protein  40.74 
 
 
298 aa  176  9.999999999999999e-43  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00676966 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0377  allophanate hydrolase subunit 1  48.7 
 
 
233 aa  175  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0129741 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0257  urea amidolyase related protein  40.41 
 
 
292 aa  174  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.170917 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6834  urea amidolyase related protein  45.73 
 
 
285 aa  174  2.9999999999999996e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0267  allophanate hydrolase subunit 2  40.41 
 
 
292 aa  174  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0277  urea amidolyase related protein  40.41 
 
 
292 aa  174  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.957119  normal  0.165219 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0303  urea amidolyase related protein  41.22 
 
 
314 aa  174  5e-42  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0258  allophanate hydrolase subunit 1  47.42 
 
 
221 aa  173  7.999999999999999e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.161763 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0268  allophanate hydrolase subunit 1  47.42 
 
 
221 aa  173  7.999999999999999e-42  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0278  allophanate hydrolase subunit 1  47.42 
 
 
221 aa  173  7.999999999999999e-42  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.511839  normal  0.151369 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0092  urea amidolyase related protein  44.41 
 
 
282 aa  169  1e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10267  hypothetical protein  37.29 
 
 
300 aa  167  5e-40  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.368185  normal  0.239017 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4801  Allophanate hydrolase subunit 1  45.77 
 
 
212 aa  167  5e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.440705 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2225  urea amidolyase related protein  33.98 
 
 
319 aa  166  1.0000000000000001e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7093  allophanate hydrolase subunit 2  46.11 
 
 
209 aa  164  3e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.166941  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6832  Allophanate hydrolase subunit 1  48 
 
 
200 aa  162  1e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1256  urea amidolyase related protein  38.1 
 
 
310 aa  162  2e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0977176  normal  0.848518 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2977  allophanate hydrolase subunit 1  44.22 
 
 
203 aa  150  4e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.358004  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1378  Allophanate hydrolase subunit 1  49.43 
 
 
222 aa  150  6e-35  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.239875  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1596  urea amidolyase related protein  32.21 
 
 
334 aa  149  1.0000000000000001e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1137  urea amidolyase related protein  36.91 
 
 
309 aa  149  2.0000000000000003e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.878292  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0230  hypothetical protein  42.79 
 
 
259 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0254  putative allophanate hydrolase, subunit 1  43 
 
 
256 aa  149  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0178  Allophanate hydrolase subunit 1  46.07 
 
 
242 aa  148  3e-34  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0629  allophanate hydrolase, subunit 2  35.96 
 
 
310 aa  148  3e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3367  putative allophanate hydrolase, subunit 1  42.51 
 
 
218 aa  147  5e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3311  hypothetical protein  42.51 
 
 
218 aa  147  5e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2981  hypothetical protein  42.51 
 
 
218 aa  147  5e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.78206  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2111  hypothetical protein  42.51 
 
 
218 aa  147  5e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00672  predicted enzyme subunit  35.62 
 
 
310 aa  147  6e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2924  urea amidolyase related protein  35.62 
 
 
310 aa  147  6e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.126507  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2943  urea amidolyase related protein  35.62 
 
 
310 aa  147  6e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0760  allophanate hydrolase, subunit 2  35.62 
 
 
310 aa  147  6e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00661  hypothetical protein  35.62 
 
 
310 aa  147  6e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1146  urea amidolyase related protein  33.8 
 
 
343 aa  147  7.0000000000000006e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.234826  normal  0.390267 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0802  allophanate hydrolase, subunit 2  35.93 
 
 
310 aa  146  8.000000000000001e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.316983  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2903  allophanate hydrolase subunit 1  41.55 
 
 
217 aa  146  9e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.282421 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0449  hypothetical protein  42.51 
 
 
256 aa  146  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0737  allophanate hydrolase, subunit 2  35.62 
 
 
310 aa  145  1e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0266  putative allophanate hydrolase, subunit 1  42.51 
 
 
256 aa  146  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.251765  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0359  urea amidolyase related protein  33.56 
 
 
307 aa  144  3e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0883531  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2921  urea amidolyase related protein  36.79 
 
 
309 aa  144  3e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3741  Allophanate hydrolase subunit 1  41.06 
 
 
217 aa  144  4e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.456378 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1099  allophanate hydrolase subunit 2  32.53 
 
 
307 aa  144  5e-33  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.279436  normal  0.154385 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0727  allophanate hydrolase, subunit 2  35.59 
 
 
310 aa  144  5e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.25799  normal  0.390135 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1268  Allophanate hydrolase subunit 1  41.82 
 
 
219 aa  144  5e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0836  allophanate hydrolase subunit 2  35.96 
 
 
310 aa  143  7e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.631798  hitchhiker  0.00120762 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0821  allophanate hydrolase, subunit 2  35.96 
 
 
310 aa  143  7e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0263857  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0760  allophanate hydrolase, subunit 2  35.96 
 
 
310 aa  143  7e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0870  allophanate hydrolase subunit 2  35.96 
 
 
310 aa  143  7e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.25979 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0195  hypothetical protein  45.61 
 
 
217 aa  143  7e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10268  hypothetical protein  39.69 
 
 
217 aa  143  8e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0846378 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0773  allophanate hydrolase subunit 2  35.96 
 
 
310 aa  143  8e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.905688 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1116  biotin-dependent carboxylase domain-containing protein  36.75 
 
 
316 aa  142  1.9999999999999998e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000309284  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3032  allophanate hydrolase subunit 1  41.75 
 
 
218 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1168  urea amidolyase related protein  36.75 
 
 
316 aa  142  1.9999999999999998e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000000000170574  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>