More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3050 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_3050  histidine kinase  100 
 
 
398 aa  806    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02892  putative sensory box sensor histidine kinase in two-component regulatory system  60.54 
 
 
380 aa  401  9.999999999999999e-111  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1499  flagellar regulatory protein B  52.28 
 
 
431 aa  341  1e-92  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.440819  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2311  histidine kinase  48.83 
 
 
347 aa  311  2e-83  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1363  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  50 
 
 
362 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1179  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  46.59 
 
 
356 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1720  flagellar regulatory protein B  48.38 
 
 
351 aa  302  8.000000000000001e-81  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00341718  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2579  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  47.77 
 
 
360 aa  298  8e-80  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1358  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  47.6 
 
 
371 aa  297  3e-79  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2000  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  49.71 
 
 
411 aa  296  5e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1321  ATP-binding region, ATPase-like protein  48.51 
 
 
356 aa  295  1e-78  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002812  flagellar sensor histidine kinase FleS  46.55 
 
 
343 aa  294  2e-78  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2939  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  48.07 
 
 
360 aa  293  3e-78  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.924574  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2929  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  47.93 
 
 
360 aa  293  3e-78  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1434  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  48.07 
 
 
360 aa  293  3e-78  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3071  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  48.07 
 
 
360 aa  293  5e-78  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.429893 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03165  hypothetical protein  45.95 
 
 
345 aa  291  9e-78  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1615  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  47.75 
 
 
370 aa  291  1e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3069  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  47.23 
 
 
371 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1339  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  47.77 
 
 
360 aa  271  1e-71  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.400038 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1279  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  46.88 
 
 
360 aa  271  2e-71  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1346  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  46.59 
 
 
360 aa  271  2e-71  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3933  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  45.62 
 
 
405 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.571484  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3231  flagellar regulatory protein B  47.48 
 
 
360 aa  269  7e-71  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4273  two-component sensor  43.87 
 
 
402 aa  268  1e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.595871  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3697  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  45.76 
 
 
405 aa  266  5.999999999999999e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.194004  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4372  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  45.02 
 
 
405 aa  265  8.999999999999999e-70  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.91149 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1495  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  45.02 
 
 
405 aa  265  8.999999999999999e-70  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.702129 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2828  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  45.38 
 
 
409 aa  261  2e-68  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.453157  normal  0.0182492 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1533  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  43.99 
 
 
403 aa  249  4e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50200  two-component sensor  44.17 
 
 
402 aa  248  1e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000583337 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2300  flagellar regulatory protein B  47.55 
 
 
357 aa  246  4.9999999999999997e-64  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.601872 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3460  flagellar sensor histidine kinase FleS  43.27 
 
 
404 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2192  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.72 
 
 
442 aa  244  1.9999999999999999e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1955  sensor histidine kinase FleS  42.57 
 
 
368 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.189576  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1445  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.18 
 
 
390 aa  233  6e-60  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3451  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.55 
 
 
384 aa  219  7.999999999999999e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1727  hypothetical protein  35.47 
 
 
343 aa  196  6e-49  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1727  hypothetical protein  34.86 
 
 
343 aa  192  7e-48  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0774  sensor histidine kinase  35.03 
 
 
397 aa  187  3e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.307711 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2898  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.82 
 
 
386 aa  184  3e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0230241  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2146  two component signal transduction histidine kinase  28.89 
 
 
559 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1029  two-component sensor CbrA  32.06 
 
 
986 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.211087  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1650  histidine kinase  33.61 
 
 
612 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1628  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.34 
 
 
929 aa  127  3e-28  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0182  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.95 
 
 
708 aa  127  5e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000583847 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2821  sensory box histidine kinase  27.98 
 
 
604 aa  123  5e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1893  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.51 
 
 
985 aa  122  9.999999999999999e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.426931  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1831  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.84 
 
 
793 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.836817  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2908  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  26.94 
 
 
604 aa  122  1.9999999999999998e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.293686  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1139  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  29.17 
 
 
578 aa  120  3e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0426  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  26.74 
 
 
598 aa  120  4.9999999999999996e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.830485  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0673  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  26.6 
 
 
1215 aa  120  6e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2368  sensory histidine kinase AtoS  29.41 
 
 
608 aa  118  9.999999999999999e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0221711  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0659  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.74 
 
 
525 aa  119  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1396  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  27.08 
 
 
547 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2712  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.48 
 
 
564 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3892  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.61 
 
 
512 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.234407 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02146  sensory histidine kinase in two-component regulatory system with AtoC  29.01 
 
 
608 aa  117  3e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1431  sensory histidine kinase AtoS  29.01 
 
 
608 aa  117  3e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.250093  hitchhiker  0.00150562 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02105  hypothetical protein  29.01 
 
 
608 aa  117  3e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1439  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  29.01 
 
 
608 aa  117  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.36941  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2360  sensory histidine kinase AtoS  29.01 
 
 
608 aa  117  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00013069  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3814  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.79 
 
 
515 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3018  Signal transduction histidine kinase, NtrY  28.3 
 
 
712 aa  117  5e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0768  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.78 
 
 
673 aa  117  5e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.670648  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2111  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.18 
 
 
682 aa  116  6e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3785  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  30 
 
 
611 aa  116  6.9999999999999995e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.862005  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5442  two-component sensor CbrA  28.15 
 
 
983 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62530  two-component sensor CbrA  28.15 
 
 
983 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0531  sensory histidine kinase AtoS  29.13 
 
 
611 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3507  PAS sensor protein  27.06 
 
 
512 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1487  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  25.71 
 
 
491 aa  115  1.0000000000000001e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.470629  normal  0.424816 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0625  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.32 
 
 
526 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0699  histidine kinase  27.73 
 
 
412 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0969  histidine kinase  30.34 
 
 
801 aa  115  2.0000000000000002e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.0000115814  hitchhiker  0.0000040144 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1793  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.27 
 
 
591 aa  114  3e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.456575  normal  0.950737 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2560  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.1 
 
 
540 aa  114  3e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.948735  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3269  sensor protein  31.47 
 
 
619 aa  114  3e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_02190  histidine kinase  32.88 
 
 
340 aa  113  5e-24  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2943  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.2 
 
 
586 aa  113  5e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1360  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.84 
 
 
603 aa  113  7.000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.062671 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2808  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.75 
 
 
595 aa  112  8.000000000000001e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.277541  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2950  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.17 
 
 
602 aa  112  9e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.085128  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2503  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.57 
 
 
603 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2759  two component sensor histidine kinase  31.8 
 
 
764 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000152723  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2089  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.61 
 
 
802 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0236176  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0659  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.1 
 
 
525 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1727  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.77 
 
 
590 aa  112  1.0000000000000001e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1343  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.99 
 
 
510 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2411  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  27.88 
 
 
497 aa  112  1.0000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1425  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.28 
 
 
603 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.524026  normal  0.827969 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2545  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.66 
 
 
556 aa  112  1.0000000000000001e-23  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.668362  normal  0.0765765 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1413  ATPase domain-containing protein  31.28 
 
 
603 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2307  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.71 
 
 
506 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4825  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.1 
 
 
582 aa  111  2.0000000000000002e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.924426 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2017  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.47 
 
 
422 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.224575  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1590  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.28 
 
 
447 aa  112  2.0000000000000002e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.632481 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0201  histidine kinase  28.83 
 
 
347 aa  110  3e-23  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.370904  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3869  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  29.71 
 
 
611 aa  110  3e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.793663  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>