More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_1533 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_1533  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  100 
 
 
403 aa  811    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4273  two-component sensor  76.83 
 
 
402 aa  610  1e-173  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.595871  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3460  flagellar sensor histidine kinase FleS  80.2 
 
 
404 aa  610  1e-173  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3697  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  77.89 
 
 
405 aa  606  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.194004  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50200  two-component sensor  77.81 
 
 
402 aa  587  1e-166  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000583337 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3933  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  77.5 
 
 
405 aa  576  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.571484  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4372  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  77.75 
 
 
405 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.91149 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1495  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  77.75 
 
 
405 aa  577  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.702129 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1955  sensor histidine kinase FleS  81.72 
 
 
368 aa  571  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.189576  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2828  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  78.1 
 
 
409 aa  567  1e-160  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.453157  normal  0.0182492 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2000  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  51.17 
 
 
411 aa  371  1e-101  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2192  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  48.2 
 
 
442 aa  340  2.9999999999999998e-92  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1615  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.84 
 
 
370 aa  285  7e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1358  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.31 
 
 
371 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02892  putative sensory box sensor histidine kinase in two-component regulatory system  46.95 
 
 
380 aa  283  5.000000000000001e-75  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03165  hypothetical protein  46.3 
 
 
345 aa  280  3e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1499  flagellar regulatory protein B  43.11 
 
 
431 aa  278  2e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.440819  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1363  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.06 
 
 
362 aa  277  2e-73  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002812  flagellar sensor histidine kinase FleS  46.3 
 
 
343 aa  276  6e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2579  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  44.31 
 
 
360 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2939  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.62 
 
 
360 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.924574  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1434  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.62 
 
 
360 aa  274  2.0000000000000002e-72  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3071  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.62 
 
 
360 aa  273  3e-72  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.429893 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2311  histidine kinase  44.21 
 
 
347 aa  273  3e-72  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2929  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.62 
 
 
360 aa  273  5.000000000000001e-72  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1720  flagellar regulatory protein B  45.79 
 
 
351 aa  271  1e-71  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00341718  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1179  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.29 
 
 
356 aa  270  2.9999999999999997e-71  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3050  histidine kinase  43.99 
 
 
398 aa  268  1e-70  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3069  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  44.74 
 
 
371 aa  261  2e-68  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3451  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.47 
 
 
384 aa  257  2e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1321  ATP-binding region, ATPase-like protein  42.73 
 
 
356 aa  258  2e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3231  flagellar regulatory protein B  42.86 
 
 
360 aa  246  4.9999999999999997e-64  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1279  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.43 
 
 
360 aa  243  3.9999999999999997e-63  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2300  flagellar regulatory protein B  45.26 
 
 
357 aa  243  5e-63  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.601872 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1346  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.43 
 
 
360 aa  241  1e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1339  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  41.96 
 
 
360 aa  240  4e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.400038 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1445  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  38.96 
 
 
390 aa  239  5.999999999999999e-62  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0774  sensor histidine kinase  38.42 
 
 
397 aa  218  1e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.307711 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2898  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.12 
 
 
386 aa  213  3.9999999999999995e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0230241  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1727  hypothetical protein  38.94 
 
 
343 aa  213  3.9999999999999995e-54  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1727  hypothetical protein  37.95 
 
 
343 aa  213  7e-54  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0426  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  32.74 
 
 
598 aa  141  3e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.830485  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2368  sensory histidine kinase AtoS  30.39 
 
 
608 aa  139  7.999999999999999e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0221711  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02146  sensory histidine kinase in two-component regulatory system with AtoC  30.39 
 
 
608 aa  137  2e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1439  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  30.39 
 
 
608 aa  138  2e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.36941  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02105  hypothetical protein  30.39 
 
 
608 aa  137  2e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2360  sensory histidine kinase AtoS  30.39 
 
 
608 aa  138  2e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00013069  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1431  sensory histidine kinase AtoS  30.39 
 
 
608 aa  137  3.0000000000000003e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.250093  hitchhiker  0.00150562 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1311  sensory histidine kinase AtoS  25.91 
 
 
614 aa  134  3e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0172  sensory histidine kinase AtoS  30.34 
 
 
621 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.557198  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0016  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  28.88 
 
 
679 aa  130  5.0000000000000004e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.225702  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0531  sensory histidine kinase AtoS  31.41 
 
 
611 aa  130  5.0000000000000004e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2712  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.43 
 
 
564 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1384  sensory histidine kinase AtoS  27.34 
 
 
617 aa  126  8.000000000000001e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0670  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  34.12 
 
 
546 aa  125  2e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0451507  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1523  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.33 
 
 
656 aa  124  4e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2693  histidine kinase  32.33 
 
 
656 aa  122  9e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.23882e-16 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2017  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.21 
 
 
422 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.224575  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0768  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.52 
 
 
673 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.670648  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2943  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.02 
 
 
586 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1658  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  28.57 
 
 
579 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0362267  normal  0.337398 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0675  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.64 
 
 
855 aa  120  6e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0828  sensory histidine kinase AtoS  28.68 
 
 
613 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.167481 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0213  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.73 
 
 
722 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.100019 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0292  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.77 
 
 
393 aa  116  8.999999999999998e-25  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.183452  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0841  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  26.8 
 
 
744 aa  116  8.999999999999998e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1494  sensory box histidine kinase  30.53 
 
 
550 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.102326  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2787  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  30.39 
 
 
365 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.220649  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1684  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.73 
 
 
581 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0799101  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1628  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.29 
 
 
929 aa  114  2.0000000000000002e-24  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1139  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  25.73 
 
 
578 aa  114  4.0000000000000004e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2061  histidine kinase  34.8 
 
 
412 aa  114  4.0000000000000004e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000174417 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0969  sensory histidine kinase AtoS  30.56 
 
 
622 aa  114  4.0000000000000004e-24  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000351141  normal  0.40359 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1004  sensory box histidine kinase  29.62 
 
 
363 aa  113  7.000000000000001e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.27324  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2146  two component signal transduction histidine kinase  29.8 
 
 
559 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2562  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  30.19 
 
 
363 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00117213 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4191  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.12 
 
 
476 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000558631  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1970  sensory box histidine kinase  25.97 
 
 
415 aa  110  3e-23  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.645732  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3580  multi-sensor hybrid histidine kinase  27.82 
 
 
1428 aa  111  3e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.506123  normal  0.532587 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1736  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.71 
 
 
738 aa  111  3e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2821  sensory box histidine kinase  27.03 
 
 
604 aa  110  4.0000000000000004e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1012  sensory histidine kinase AtoS  27.16 
 
 
611 aa  110  4.0000000000000004e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.0763097 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1395  histidine kinase  29.82 
 
 
581 aa  110  5e-23  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2908  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  26.49 
 
 
604 aa  110  6e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.293686  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0852  histidine kinase  32.34 
 
 
528 aa  109  7.000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.152084  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1094  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.74 
 
 
364 aa  109  7.000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0915  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  30.47 
 
 
362 aa  109  8.000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.115848  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2148  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.47 
 
 
729 aa  109  8.000000000000001e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1422  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.96 
 
 
655 aa  109  8.000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000957952  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1288  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  28.98 
 
 
679 aa  109  8.000000000000001e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3646  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.1 
 
 
372 aa  109  8.000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0554  histidine kinase  31.15 
 
 
499 aa  109  9.000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1880  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.52 
 
 
612 aa  109  9.000000000000001e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.139426  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1318  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.98 
 
 
680 aa  109  9.000000000000001e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0625  sensory box sensor histidine kinase  31.56 
 
 
853 aa  108  1e-22  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0137493  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3168  histidine kinase  32.74 
 
 
369 aa  108  1e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2632  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.92 
 
 
510 aa  108  1e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0819  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  27.96 
 
 
393 aa  108  1e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0536941  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0515  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.72 
 
 
533 aa  108  1e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3078  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  28.26 
 
 
369 aa  108  1e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>