More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_3231 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_3231  flagellar regulatory protein B  100 
 
 		 360 aa  731    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1434  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  86.11 
 
 		 360 aa  643    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2939  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  86.11 
 
 		 360 aa  643    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.924574  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2579  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  85.56 
 
 		 360 aa  646    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1279  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  93.33 
 
 		 360 aa  659    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1346  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  92.22 
 
 		 360 aa  652    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1339  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  94.72 
 
 		 360 aa  671    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.400038 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3071  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  86.39 
 
 		 360 aa  645    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.429893 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2929  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  85.83 
 
 		 360 aa  640    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1179  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  75.61 
 
 		 356 aa  513  1e-144  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1615  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  69.65 
 
 		 370 aa  495  1e-139  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1358  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  69.23 
 
 		 371 aa  488  1e-137  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3069  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  69.23 
 
 		 371 aa  487  1e-136  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1321  ATP-binding region, ATPase-like protein  68.66 
 
 		 356 aa  481  1e-135  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1363  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  70.12 
 
 		 362 aa  468  9.999999999999999e-131  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2300  flagellar regulatory protein B  63.58 
 
 		 357 aa  390  1e-107  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.601872 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1720  flagellar regulatory protein B  48.24 
 
 		 351 aa  313  2.9999999999999996e-84  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00341718  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2311  histidine kinase  45.13 
 
 		 347 aa  304  1.0000000000000001e-81  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3050  histidine kinase  47.48 
 
 		 398 aa  295  8e-79  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03165  hypothetical protein  44.98 
 
 		 345 aa  290  2e-77  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002812  flagellar sensor histidine kinase FleS  44.68 
 
 		 343 aa  288  7e-77  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2000  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.62 
 
 		 411 aa  287  2e-76  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1499  flagellar regulatory protein B  43.95 
 
 		 431 aa  285  1.0000000000000001e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.440819  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02892  putative sensory box sensor histidine kinase in two-component regulatory system  46.46 
 
 		 380 aa  282  8.000000000000001e-75  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4273  two-component sensor  43.71 
 
 		 402 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.595871  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3697  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.71 
 
 		 405 aa  266  4e-70  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.194004  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3933  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.28 
 
 		 405 aa  262  8e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.571484  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4372  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.28 
 
 		 405 aa  261  1e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.91149 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1495  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.28 
 
 		 405 aa  261  1e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.702129 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1533  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  42.86 
 
 		 403 aa  259  7e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50200  two-component sensor  44.01 
 
 		 402 aa  249  7e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000583337 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2828  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.9 
 
 		 409 aa  241  2e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.453157  normal  0.0182492 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2192  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.98 
 
 		 442 aa  236  6e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3460  flagellar sensor histidine kinase FleS  41.25 
 
 		 404 aa  232  6e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1955  sensor histidine kinase FleS  41.89 
 
 		 368 aa  231  2e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.189576  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3451  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.68 
 
 		 384 aa  230  3e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1727  hypothetical protein  39.44 
 
 		 343 aa  217  2e-55  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1727  hypothetical protein  39.13 
 
 		 343 aa  217  2e-55  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0774  sensor histidine kinase  36.45 
 
 		 397 aa  201  9.999999999999999e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.307711 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1445  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.34 
 
 		 390 aa  193  3e-48  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2898  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.82 
 
 		 386 aa  173  3.9999999999999995e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0230241  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2712  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.7 
 
 		 564 aa  144  2e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0213  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.25 
 
 		 722 aa  141  9.999999999999999e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.100019 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1684  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.86 
 
 		 581 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0799101  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1658  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  32.78 
 
 		 579 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0362267  normal  0.337398 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2201  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.64 
 
 		 480 aa  120  3.9999999999999996e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2269  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.65 
 
 		 736 aa  119  9e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00414095 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2821  sensory box histidine kinase  30.23 
 
 		 604 aa  119  9.999999999999999e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0824  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  30.35 
 
 		 616 aa  117  3e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.125796 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2908  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  29.84 
 
 		 604 aa  117  3.9999999999999997e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.293686  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2391  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28 
 
 		 573 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000390402  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 		 589 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0773722  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1439  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  27.82 
 
 		 608 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.36941  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2360  sensory histidine kinase AtoS  27.82 
 
 		 608 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00013069  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2097  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.8 
 
 		 398 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.827775  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02146  sensory histidine kinase in two-component regulatory system with AtoC  27.82 
 
 		 608 aa  113  5e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02105  hypothetical protein  27.82 
 
 		 608 aa  113  5e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1431  sensory histidine kinase AtoS  27.82 
 
 		 608 aa  113  5e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.250093  hitchhiker  0.00150562 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4312  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.01 
 
 		 591 aa  113  6e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0016  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  26.1 
 
 		 679 aa  113  6e-24  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.225702  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0852  histidine kinase  30.25 
 
 		 528 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.152084  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0768  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.28 
 
 		 673 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.670648  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2368  sensory histidine kinase AtoS  27.42 
 
 		 608 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0221711  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0448  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  27.59 
 
 		 519 aa  110  3e-23  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4448  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.26 
 
 		 589 aa  110  3e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2148  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.75 
 
 		 729 aa  110  3e-23  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1628  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.32 
 
 		 929 aa  109  7.000000000000001e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2808  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.98 
 
 		 595 aa  109  8.000000000000001e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.277541  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2985  histidine kinase  32.33 
 
 		 498 aa  108  1e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0078  histidine kinase  28.96 
 
 		 475 aa  107  2e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4031  sensory box histidine kinase/response regulator  26.74 
 
 		 851 aa  107  2e-22  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0124  multi-sensor hybrid histidine kinase  26.74 
 
 		 851 aa  107  2e-22  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2293  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  31.1 
 
 		 782 aa  108  2e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3168  histidine kinase  29.65 
 
 		 369 aa  108  2e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1319  sensor histidine kinase  29.57 
 
 		 367 aa  107  3e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1826  histidine kinase  27.95 
 
 		 418 aa  107  4e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.778764  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4095  sensory box histidine kinase/response regulator  26.46 
 
 		 851 aa  107  4e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2367  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.58 
 
 		 439 aa  107  4e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0188793  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3472  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  28.98 
 
 		 520 aa  106  5e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5473  sensor protein ZraS  30.51 
 
 		 458 aa  106  6e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.548998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1422  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.07 
 
 		 655 aa  105  9e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000957952  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1004  sensory box histidine kinase  27.48 
 
 		 363 aa  105  1e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.27324  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2943  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.08 
 
 		 586 aa  105  1e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1841  multi-sensor signal transduction histidine kinase  24.85 
 
 		 832 aa  105  1e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.193006  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3357  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.74 
 
 		 970 aa  105  1e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.984464  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1139  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  24.06 
 
 		 578 aa  104  2e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2492  sensory box histidine kinase  26.32 
 
 		 830 aa  104  2e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0673  signal transduction histidine kinase with CheB and CheR activity  29.3 
 
 		 1215 aa  104  2e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0661  signal transduction histidine kinase  26.93 
 
 		 537 aa  105  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1396  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  28.72 
 
 		 547 aa  105  2e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3741  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.04 
 
 		 367 aa  104  2e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.49679  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3598  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.45 
 
 		 479 aa  104  2e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2161  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.69 
 
 		 412 aa  105  2e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3624  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 		 523 aa  105  2e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2061  histidine kinase  29.36 
 
 		 412 aa  104  2e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000174417 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2787  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  26.58 
 
 		 365 aa  104  2e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.220649  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0471  sensor histidine kinase  32.72 
 
 		 419 aa  104  3e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.328588  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1016  sensor protein ZraS  27.56 
 
 		 450 aa  104  3e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0625472  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0426  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  26.83 
 
 		 598 aa  104  3e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.830485  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4395  histidine kinase  33.17 
 
 		 484 aa  104  3e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.448772  normal  0.535318 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>