More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3933 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3933  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 		 405 aa  808    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.571484  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4372  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  96.05 
 
 		 405 aa  717    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.91149 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1495  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  96.05 
 
 		 405 aa  717    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.702129 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3697  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  87.34 
 
 		 405 aa  702    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.194004  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1533  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  77.5 
 
 		 403 aa  596  1e-169  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4273  two-component sensor  76.72 
 
 		 402 aa  570  1e-161  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.595871  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3460  flagellar sensor histidine kinase FleS  75.06 
 
 		 404 aa  558  1e-158  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2828  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  74.55 
 
 		 409 aa  550  1e-155  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.453157  normal  0.0182492 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50200  two-component sensor  74.68 
 
 		 402 aa  543  1e-153  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000583337 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1955  sensor histidine kinase FleS  77.56 
 
 		 368 aa  525  1e-148  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.189576  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2000  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  50.66 
 
 		 411 aa  351  1e-95  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2192  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  47.16 
 
 		 442 aa  329  7e-89  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02892  putative sensory box sensor histidine kinase in two-component regulatory system  49.69 
 
 		 380 aa  288  8e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1358  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  45.07 
 
 		 371 aa  280  4e-74  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1499  flagellar regulatory protein B  43.32 
 
 		 431 aa  278  1e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.440819  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3050  histidine kinase  46.65 
 
 		 398 aa  276  7e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2311  histidine kinase  42.86 
 
 		 347 aa  271  1e-71  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1720  flagellar regulatory protein B  46.46 
 
 		 351 aa  271  2e-71  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00341718  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1615  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.14 
 
 		 370 aa  269  7e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03165  hypothetical protein  44.01 
 
 		 345 aa  266  4e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2579  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  44.35 
 
 		 360 aa  266  5.999999999999999e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1179  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  44.24 
 
 		 356 aa  265  1e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002812  flagellar sensor histidine kinase FleS  43.71 
 
 		 343 aa  263  3e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1434  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.45 
 
 		 360 aa  263  4e-69  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2939  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.45 
 
 		 360 aa  263  4e-69  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.924574  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3071  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.45 
 
 		 360 aa  262  6e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.429893 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2929  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.45 
 
 		 360 aa  261  1e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1363  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.5 
 
 		 362 aa  259  5.0000000000000005e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3069  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  44.68 
 
 		 371 aa  258  1e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1321  ATP-binding region, ATPase-like protein  42.35 
 
 		 356 aa  253  4.0000000000000004e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3231  flagellar regulatory protein B  42.69 
 
 		 360 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3451  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  40.53 
 
 		 384 aa  244  1.9999999999999999e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1339  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.39 
 
 		 360 aa  241  1e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.400038 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1279  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.58 
 
 		 360 aa  241  2e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1346  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.58 
 
 		 360 aa  239  6.999999999999999e-62  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1445  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  37.44 
 
 		 390 aa  236  5.0000000000000005e-61  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2300  flagellar regulatory protein B  45.59 
 
 		 357 aa  233  3e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.601872 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0774  sensor histidine kinase  38.48 
 
 		 397 aa  227  3e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.307711 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1727  hypothetical protein  40.44 
 
 		 343 aa  224  2e-57  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1727  hypothetical protein  40.13 
 
 		 343 aa  224  3e-57  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2898  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.22 
 
 		 386 aa  203  5e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0230241  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1384  sensory histidine kinase AtoS  28.3 
 
 		 617 aa  140  3e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0172  sensory histidine kinase AtoS  31.11 
 
 		 621 aa  138  2e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.557198  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0531  sensory histidine kinase AtoS  30.61 
 
 		 611 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2017  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.08 
 
 		 422 aa  136  7.000000000000001e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.224575  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02146  sensory histidine kinase in two-component regulatory system with AtoC  28.98 
 
 		 608 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1439  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  28.98 
 
 		 608 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.36941  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2360  sensory histidine kinase AtoS  28.98 
 
 		 608 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00013069  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1431  sensory histidine kinase AtoS  28.98 
 
 		 608 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.250093  hitchhiker  0.00150562 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02105  hypothetical protein  28.98 
 
 		 608 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1628  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.16 
 
 		 929 aa  134  3e-30  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2368  sensory histidine kinase AtoS  28.98 
 
 		 608 aa  134  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0221711  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0426  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  30.92 
 
 		 598 aa  133  5e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.830485  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0078  histidine kinase  35.02 
 
 		 475 aa  129  9.000000000000001e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1311  sensory histidine kinase AtoS  25.65 
 
 		 614 aa  125  1e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2787  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  30.28 
 
 		 365 aa  125  1e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.220649  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0016  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  29.5 
 
 		 679 aa  125  1e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.225702  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2908  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  28.53 
 
 		 604 aa  124  2e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.293686  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2943  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  35.95 
 
 		 586 aa  125  2e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2821  sensory box histidine kinase  28.82 
 
 		 604 aa  124  3e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1139  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  27.75 
 
 		 578 aa  123  6e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1736  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.44 
 
 		 738 aa  123  7e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2712  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.17 
 
 		 564 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4467  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.83 
 
 		 589 aa  121  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0773722  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0828  sensory histidine kinase AtoS  28.8 
 
 		 613 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.167481 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2146  two component signal transduction histidine kinase  32.38 
 
 		 559 aa  121  3e-26  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1494  sensory box histidine kinase  30.1 
 
 		 550 aa  120  3.9999999999999996e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.102326  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1523  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.13 
 
 		 656 aa  120  4.9999999999999996e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1728  sensory box histidine kinase  27.2 
 
 		 571 aa  119  7e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00635742  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2693  histidine kinase  31.13 
 
 		 656 aa  119  9e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.23882e-16 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4448  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.83 
 
 		 589 aa  119  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4312  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.74 
 
 		 591 aa  119  9.999999999999999e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2010  sensory box histidine kinase  26.74 
 
 		 571 aa  118  1.9999999999999998e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2391  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.91 
 
 		 573 aa  117  3e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000390402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0670  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  33.73 
 
 		 546 aa  117  3e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0451507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1422  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.8 
 
 		 655 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000957952  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0824  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  32.49 
 
 		 616 aa  117  3.9999999999999997e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.125796 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1004  sensory box histidine kinase  28.34 
 
 		 363 aa  117  5e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.27324  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0292  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.91 
 
 		 393 aa  116  6e-25  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.183452  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2562  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  30.66 
 
 		 363 aa  116  6e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00117213 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1094  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.65 
 
 		 364 aa  116  6.9999999999999995e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0841  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  26.21 
 
 		 744 aa  116  7.999999999999999e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2013  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.89 
 
 		 801 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3393  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.61 
 
 		 607 aa  115  1.0000000000000001e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.391866  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3168  histidine kinase  34.65 
 
 		 369 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0768  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.34 
 
 		 673 aa  114  3e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.670648  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2201  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.65 
 
 		 480 aa  114  3e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3814  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.75 
 
 		 515 aa  114  3e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1684  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.9 
 
 		 581 aa  114  3e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0799101  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2148  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.14 
 
 		 729 aa  114  3e-24  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0675  two-component sensor kinase CbrA  30.7 
 
 		 975 aa  114  3e-24  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0675  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.25 
 
 		 855 aa  114  4.0000000000000004e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0701  Cache sensor signal transduction histidine kinase  30.67 
 
 		 655 aa  114  4.0000000000000004e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.831837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4457  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.63 
 
 		 661 aa  114  4.0000000000000004e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0852  histidine kinase  33.88 
 
 		 528 aa  113  5e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.152084  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1318  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.39 
 
 		 680 aa  113  6e-24  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3026  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  33.72 
 
 		 819 aa  112  1.0000000000000001e-23  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.956622  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3074  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.35 
 
 		 378 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3507  PAS sensor protein  28.5 
 
 		 512 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1319  sensor histidine kinase  37.61 
 
 		 367 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>