126 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2029 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2029  outer membrane efflux protein  100 
 
 		 422 aa  855    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.769975  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02027  putative RND efflux system protein  45.36 
 
 		 413 aa  371  1e-101  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1957  putative RND efflux system protein  38.98 
 
 		 444 aa  307  2.0000000000000002e-82  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4156  outer membrane efflux protein  41.34 
 
 		 446 aa  297  2e-79  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.283296 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3455  outer membrane efflux protein  38.93 
 
 		 449 aa  279  7e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.414344  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0385  outer membrane efflux protein  37.01 
 
 		 474 aa  268  1e-70  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1970  outer membrane efflux protein  38.92 
 
 		 414 aa  250  4e-65  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0227  outer membrane efflux protein  38.4 
 
 		 414 aa  248  2e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3766  cation efflux system protein  37.8 
 
 		 415 aa  242  1e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1958  aconitate hydratase 1  34.07 
 
 		 422 aa  229  6e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0713794  normal  0.321859 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00372  putative RND efflux system protein  31.95 
 
 		 426 aa  199  1.0000000000000001e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08520  Outer membrane efflux protein  33.76 
 
 		 424 aa  197  2.0000000000000003e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.504267  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2356  RND OM export protein  34.15 
 
 		 421 aa  182  9.000000000000001e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3997  outer membrane efflux protein  29.72 
 
 		 427 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4386  outer membrane efflux protein  30.13 
 
 		 427 aa  163  7e-39  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.438421 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0665  outer membrane efflux protein  28.74 
 
 		 453 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000306808  hitchhiker  0.00231848 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00307  Outer membrane efflux protein  29.5 
 
 		 400 aa  145  2e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3870  Co/Zn/Cd efflux system component  28.64 
 
 		 448 aa  139  8.999999999999999e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2097  Outer membrane efflux protein  29.25 
 
 		 435 aa  138  2e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.771655  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31040  putative cation efflux system protein  28.9 
 
 		 415 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000919684  unclonable  5.14474e-22 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0617  outer membrane efflux protein  28.39 
 
 		 438 aa  122  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2106  Outer membrane efflux protein  26.26 
 
 		 471 aa  119  9.999999999999999e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.343125  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1420  Outer membrane efflux protein  24.68 
 
 		 472 aa  109  8.000000000000001e-23  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2142  outer membrane efflux protein  26.17 
 
 		 423 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.143725 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3648  outer membrane efflux protein  25.74 
 
 		 424 aa  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.856557 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1847  outer membrane efflux protein  25.4 
 
 		 451 aa  107  5e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.179966  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1848  outer membrane efflux protein  25.81 
 
 		 423 aa  106  9e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7183  putative outer membrane protein precursor CzcC  26.52 
 
 		 422 aa  106  9e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3970  Outer membrane efflux protein  27.64 
 
 		 426 aa  105  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.214282  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2298  outer membrane efflux protein  25.62 
 
 		 423 aa  104  3e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2344  outer membrane efflux protein  26.28 
 
 		 423 aa  104  3e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7266  putative outer membrane cobalt-zinc-cadmium resistance protein czcC precursor  25.73 
 
 		 424 aa  104  3e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.217099  normal  0.831215 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2321  outer membrane efflux protein  27.08 
 
 		 428 aa  101  2e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.760032  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3981  outer membrane efflux protein  26.63 
 
 		 423 aa  102  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.161912  normal  0.377505 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4530  outer membrane efflux protein  25.68 
 
 		 425 aa  100  4e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2553  outer membrane efflux protein  27.03 
 
 		 421 aa  100  6e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3343  outer membrane efflux protein  24.43 
 
 		 423 aa  98.2  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.141208 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2284  outer membrane efflux protein  29.27 
 
 		 420 aa  98.2  3e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.185931  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2433  outer membrane efflux protein  26.2 
 
 		 440 aa  93.6  7e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3371  outer membrane efflux protein  26.25 
 
 		 407 aa  90.9  4e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.252246  normal  0.409086 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1455  Outer membrane efflux protein  25.92 
 
 		 423 aa  90.1  6e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.170729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2568  outer membrane efflux protein  25.13 
 
 		 438 aa  89.4  1e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.316597 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2339  outer membrane efflux protein  23.11 
 
 		 437 aa  89.4  1e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.884796  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1329  cobalt-zinc-cadmium outer membrane resistance protein  25.91 
 
 		 425 aa  87.8  3e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31970  CzcC family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter outer membrane protein  24.57 
 
 		 428 aa  86.3  9e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2715  outer membrane protein precursor CzcC  23.86 
 
 		 428 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.727923  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3845  outer membrane efflux protein  26.32 
 
 		 437 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1764  outer membrane efflux protein  27.41 
 
 		 418 aa  85.5  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.715826  normal  0.306921 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1373  heavy metal resistance protein CzcC  26.69 
 
 		 443 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0033  heavy metal resistance protein CzcC  26.02 
 
 		 443 aa  84.3  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.299983  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4686  outer membrane efflux protein  26.08 
 
 		 439 aa  83.2  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.432562  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3677  outer membrane efflux protein  26.08 
 
 		 439 aa  83.2  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.621392  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1031  heavy metal resistance protein CzcC  26.49 
 
 		 443 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.147927  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0013  heavy metal resistance protein CzcC  26.49 
 
 		 461 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.238799  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0399  heavy metal resistance protein CzcC  26.49 
 
 		 461 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.132876  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1442  cobalt-zinc-cadmium resistance efflux protein  26.49 
 
 		 461 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0705718  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1183  heavy metal resistance protein CzcC  26.49 
 
 		 461 aa  82.8  0.00000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.84848  n/a   
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6170  outer membrane efflux protein  25.82 
 
 		 435 aa  82  0.00000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.446847 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5982  cation proton antiporter efflux protein CzcC  27.1 
 
 		 418 aa  81.3  0.00000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000196082  normal  0.0745476 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1527  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcC  26.36 
 
 		 452 aa  80.9  0.00000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0705  RND heavy metal ion efflux pump, outer membrane protein  23.02 
 
 		 458 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.199067  normal  0.26582 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2209  outer membrane efflux protein  22.75 
 
 		 433 aa  77.8  0.0000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.798472  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4596  heavy metal cation tricomponent efflux outer membrane porin  24.86 
 
 		 431 aa  77.4  0.0000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0688687  hitchhiker  0.005842 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2577  outer membrane efflux protein  26.34 
 
 		 435 aa  76.6  0.0000000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.996623 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3623  Outer membrane efflux protein  25.37 
 
 		 415 aa  76.6  0.0000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2148  outer membrane efflux protein  27.59 
 
 		 400 aa  75.9  0.000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2609  outer membrane efflux protein  26.88 
 
 		 425 aa  74.3  0.000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.153251  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3557  outer membrane efflux protein  25.78 
 
 		 442 aa  73.9  0.000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2567  outer membrane efflux protein  25.63 
 
 		 433 aa  72  0.00000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2294  outer membrane efflux protein  25.48 
 
 		 409 aa  70.5  0.00000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1714  outer membrane efflux protein  20.52 
 
 		 443 aa  69.3  0.0000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.664423 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0045  CzcC family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter outer membrane protein  24.12 
 
 		 423 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000529043 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1044  HelC protein  22.81 
 
 		 416 aa  66.2  0.000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5400  outer membrane efflux protein  25 
 
 		 355 aa  66.2  0.000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0772872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0059  outer membrane efflux protein  24.12 
 
 		 423 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.56854 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0062  outer membrane efflux protein  24.12 
 
 		 423 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405972 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0059  outer membrane efflux protein  24.12 
 
 		 394 aa  65.5  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00860018 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1175  outer membrane efflux protein  22.44 
 
 		 416 aa  64.7  0.000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0491  cobalt-zinc-cadmium outer membrane resistance protein  26.89 
 
 		 441 aa  64.3  0.000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2447  outer membrane efflux protein  23.73 
 
 		 423 aa  62.4  0.00000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2843  outer membrane efflux protein  23.6 
 
 		 489 aa  61.2  0.00000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1089  outer membrane efflux protein  23.26 
 
 		 444 aa  61.2  0.00000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2504  outer membrane efflux protein  25.35 
 
 		 436 aa  60.1  0.00000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.10477  normal  0.0160345 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2338  efflux ABC transporter outer membrane protein  23.04 
 
 		 470 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2373  HelC protein  22.14 
 
 		 414 aa  57.4  0.0000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2408  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcC, putative  22.52 
 
 		 425 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00195815  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4801  Outer membrane efflux protein  22.05 
 
 		 408 aa  56.2  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00249818 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2276  outer membrane efflux protein  23.39 
 
 		 432 aa  55.8  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0693511 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2042  outer membrane efflux protein  22.28 
 
 		 417 aa  54.3  0.000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.367282  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00407  putative outer membrane cation efflux system protein  22.28 
 
 		 451 aa  53.9  0.000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00236087  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3287  outer membrane efflux protein  22.73 
 
 		 464 aa  53.9  0.000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.7008 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1939  outer membrane efflux protein  22.73 
 
 		 432 aa  53.1  0.000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003406  agglutination protein  26.55 
 
 		 423 aa  52.4  0.00001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001579  agglutination protein  26.78 
 
 		 437 aa  52  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.582339  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0377  metal ion efflux outer membrane protein, putative  21.93 
 
 		 408 aa  51.2  0.00003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2478  Outer membrane efflux protein  23.6 
 
 		 416 aa  51.2  0.00003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2137  metal ion efflux outer membrane protein family protein, putative  23.44 
 
 		 437 aa  51.2  0.00004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3453  putative tolC outer membrane protein  23.65 
 
 		 438 aa  50.1  0.00008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.341393 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0502  outer membrane efflux protein  22.41 
 
 		 433 aa  49.7  0.0001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1228  agglutination protein  25.42 
 
 		 445 aa  49.3  0.0001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000902456  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>