More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3609 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3609  site-specific recombinase, phage integrase family  100 
 
 		 340 aa  710    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.608868  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1210  phage integrase family protein  35.17 
 
 		 379 aa  183  4.0000000000000006e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0590479  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3444  phage integrase family protein  32.34 
 
 		 377 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3483  phage integrase family protein  32.34 
 
 		 377 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.561062  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5720  integrase family protein  30.21 
 
 		 392 aa  150  3e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6755  integrase family protein  30.7 
 
 		 392 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6272  integrase family protein  30.5 
 
 		 411 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.419313 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6252  phage integrase-like SAM-like  29.97 
 
 		 381 aa  136  6.0000000000000005e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7358  integrase family protein  27.3 
 
 		 402 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0147599  normal  0.807102 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1469  putative transposase  29.01 
 
 		 410 aa  107  3e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0707219  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7315  putative transposase  28.32 
 
 		 385 aa  107  4e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7706  putative phage integrase  28.32 
 
 		 385 aa  107  4e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.780364  normal  0.11828 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7404  putative phage integrase  28.32 
 
 		 385 aa  107  4e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.894165 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0266  putative transposase  28.32 
 
 		 385 aa  107  4e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3328  putative transposase  28.32 
 
 		 385 aa  107  4e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4254  phage integrase family protein  25.75 
 
 		 421 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0265726 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1466  Tn554-related, transposase A  26.11 
 
 		 370 aa  75.1  0.000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000354684  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3147  Tn554-related, transposase A  26.43 
 
 		 372 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.85236  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4540  transposase A  26.27 
 
 		 361 aa  69.7  0.00000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0401  integrase family protein  25.24 
 
 		 310 aa  69.3  0.00000000008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1821  integrase family protein  25.95 
 
 		 307 aa  66.6  0.0000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0364742  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1224  Tn554, transposase A  27.9 
 
 		 361 aa  63.5  0.000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0995985  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1347  Tn554, transposase A  27.9 
 
 		 361 aa  63.5  0.000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.444384  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2506  transposase A  27.9 
 
 		 361 aa  63.5  0.000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1717  phage integrase family protein  27.9 
 
 		 361 aa  63.5  0.000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1751  phage integrase family protein  27.9 
 
 		 361 aa  63.5  0.000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.252007  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0043  phage integrase family protein  27.9 
 
 		 361 aa  63.5  0.000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0043  phage integrase family protein  27.9 
 
 		 361 aa  63.5  0.000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4150  integrase family protein  24.84 
 
 		 373 aa  62.4  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.333103 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0772  phage integrase  25.88 
 
 		 304 aa  59.7  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.672054 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1349  integrase family protein  26.57 
 
 		 291 aa  59.7  0.00000008  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0242  Tn554-related, transposase A  29.49 
 
 		 519 aa  59.3  0.00000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25380  tyrosine recombinase XerD subunit  26.4 
 
 		 311 aa  58.9  0.0000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.732719 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6209  Phage integrase  27.64 
 
 		 303 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5431  tyrosine recombinase XerD  23.4 
 
 		 299 aa  58.5  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.060431  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6923  integrase family protein  27.94 
 
 		 430 aa  57.8  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3710  phage integrase family protein  26.29 
 
 		 305 aa  57  0.0000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3642  phage integrase family protein  29.53 
 
 		 305 aa  56.6  0.0000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.000185721  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1924  site-specific tyrosine recombinase XerD  31.45 
 
 		 325 aa  56.6  0.0000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.239497 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  25.81 
 
 		 295 aa  56.2  0.0000007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1611  tyrosine recombinase  25.08 
 
 		 308 aa  56.2  0.0000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.4794 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0092  integrase family protein  26.34 
 
 		 270 aa  56.2  0.0000007  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.554655  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  23.27 
 
 		 295 aa  56.2  0.0000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3738  tyrosine recombinase XerD subunit  25.31 
 
 		 328 aa  55.5  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3671  phage integrase family protein  29.02 
 
 		 305 aa  55.5  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0986  Tn554-related, transposase A  21.6 
 
 		 384 aa  54.7  0.000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.061254  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1023  tyrosine recombinase XerC subunit  25 
 
 		 307 aa  54.7  0.000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.554982  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0728  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.91 
 
 		 330 aa  54.7  0.000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.442089  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1189  integrase family protein  27.14 
 
 		 297 aa  54.3  0.000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000203109  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1205  integrase/recombinase XerD  27.94 
 
 		 274 aa  54.3  0.000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4696  integrase family protein  27.59 
 
 		 306 aa  54.3  0.000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  26.36 
 
 		 296 aa  54.3  0.000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0660  integrase family protein  23.84 
 
 		 284 aa  53.9  0.000004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2872  phage integrase family protein  26.87 
 
 		 279 aa  53.9  0.000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000984905  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0106  phage integrase family protein  28.36 
 
 		 295 aa  53.9  0.000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1633  phage integrase  26.67 
 
 		 362 aa  53.5  0.000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1524  integrase family protein  27.59 
 
 		 300 aa  53.5  0.000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.681425  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1560  tyrosine recombinase XerD  26.19 
 
 		 331 aa  53.5  0.000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.736869  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3500  site-specific tyrosine recombinase XerD  26.17 
 
 		 314 aa  53.1  0.000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.385537  normal  0.347515 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2815  integrase/recombinase XerD  22.84 
 
 		 311 aa  53.1  0.000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1622  tyrosine recombinase XerD  25.08 
 
 		 310 aa  52.8  0.000008  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0863  phage integrase family protein  23.59 
 
 		 313 aa  52.8  0.000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4348  site-specific recombinase, phage integrase family  26.99 
 
 		 326 aa  52.8  0.000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.175546  hitchhiker  0.00000000567763 
 
 
-
 
NC_003296  RS05531  site-specific tyrosine recombinase XerC  28.02 
 
 		 347 aa  52.8  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1917  integrase  28 
 
 		 375 aa  52.8  0.00001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3617  phage integrase family protein  26.94 
 
 		 305 aa  52  0.00001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0530  tyrosine recombinase XerD  23.96 
 
 		 320 aa  52  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.931339  normal  0.0955198 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5516  phage integrase  26.24 
 
 		 734 aa  52  0.00001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0248661  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2157  phage integrase  27.05 
 
 		 363 aa  52  0.00001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0421336  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0722  phage integrase family protein  25.76 
 
 		 306 aa  52  0.00001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0599364 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1178  tyrosine recombinase XerC subunit  23.38 
 
 		 300 aa  52.4  0.00001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2147  phage integrase family protein  26.15 
 
 		 367 aa  52.4  0.00001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1320  tyrosine recombinase XerD  26.09 
 
 		 302 aa  52  0.00002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11988  putative tyrosine recombinase  25.37 
 
 		 298 aa  51.2  0.00002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0023  integrase family protein  25.98 
 
 		 291 aa  51.6  0.00002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4524  Phage integrase  28.94 
 
 		 310 aa  51.6  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1481  phage integrase family protein  22.22 
 
 		 311 aa  51.6  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0281722  normal  0.205606 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2489  tyrosine recombinase XerD  22.34 
 
 		 318 aa  51.2  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.189208  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2522  integrase family protein  24.13 
 
 		 334 aa  50.8  0.00003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.0000359584  hitchhiker  0.00166754 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3465  integrase family protein  25.14 
 
 		 459 aa  51.2  0.00003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0235  Integrase  27.49 
 
 		 308 aa  50.8  0.00003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.386202  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3090  tyrosine recombinase XerD  28.85 
 
 		 320 aa  50.8  0.00003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3730  integrase family protein  27.14 
 
 		 381 aa  50.8  0.00003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000165595  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1237  integrase family protein  24.13 
 
 		 334 aa  50.8  0.00003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.212345 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.42 
 
 		 299 aa  50.8  0.00003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0435  integrase family protein  26.44 
 
 		 299 aa  50.8  0.00003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1899  integrase family protein  25.14 
 
 		 459 aa  51.2  0.00003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.430371  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0787  formylmethanofuran dehydrogenase subunit E-like protein  24.06 
 
 		 320 aa  50.8  0.00003  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  decreased coverage  0.00453269  unclonable  0.000000000000100471 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.09 
 
 		 298 aa  51.2  0.00003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11716  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.24 
 
 		 311 aa  51.2  0.00003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.162629 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3706  integrase family protein  24.13 
 
 		 334 aa  50.8  0.00003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.000354013  normal  0.710204 
 
 
-
 
NC_002936  DET0323  phage integrase family site specific recombinase  26.51 
 
 		 336 aa  50.8  0.00004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.158931  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1215  tyrosine recombinase XerD  25.84 
 
 		 302 aa  50.4  0.00004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.157843  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1258  phage integrase family protein  23.22 
 
 		 246 aa  50.8  0.00004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_998  integrase/recombinase  25.84 
 
 		 302 aa  50.4  0.00004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3654  site-specific tyrosine recombinase XerC  26.44 
 
 		 301 aa  50.8  0.00004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000489449  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0918  integrase  23.2 
 
 		 307 aa  50.4  0.00004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.0200604 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1450  integrase family protein  25.33 
 
 		 299 aa  50.1  0.00005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00858396  normal  0.734684 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0758  phage integrase family protein  24.88 
 
 		 304 aa  50.1  0.00005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.000222973  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0678  tyrosine recombinase XerD  27.19 
 
 		 294 aa  50.4  0.00005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0265142 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>