More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_6252 on replicon NC_007972
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007972  Rmet_6252  phage integrase-like SAM-like  100 
 
 
381 aa  797    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7358  integrase family protein  33.99 
 
 
402 aa  203  5e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0147599  normal  0.807102 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1210  phage integrase family protein  30.93 
 
 
379 aa  193  5e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0590479  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7315  putative transposase  36.41 
 
 
385 aa  183  3e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0266  putative transposase  36.41 
 
 
385 aa  183  3e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1469  putative transposase  36.41 
 
 
410 aa  184  3e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0707219  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7706  putative phage integrase  36.41 
 
 
385 aa  183  3e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.780364  normal  0.11828 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3328  putative transposase  36.41 
 
 
385 aa  183  3e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7404  putative phage integrase  36.41 
 
 
385 aa  183  3e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.894165 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3444  phage integrase family protein  28.69 
 
 
377 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3483  phage integrase family protein  28.69 
 
 
377 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.561062  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5720  integrase family protein  28.94 
 
 
392 aa  144  3e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6755  integrase family protein  28.25 
 
 
392 aa  140  3e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6272  integrase family protein  29.75 
 
 
411 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.419313 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3609  site-specific recombinase, phage integrase family  29.97 
 
 
340 aa  136  7.000000000000001e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.608868  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0189  phage integrase family protein  26.82 
 
 
372 aa  108  1e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7364  integrase domain protein SAM domain protein  27.22 
 
 
397 aa  99.8  7e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0716  tyrosine recombinase XerC  24.85 
 
 
307 aa  93.2  7e-18  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.841608  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_623  site-specific recombinase  24.85 
 
 
307 aa  91.3  3e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0651  tyrosine recombinase XerC subunit  24.85 
 
 
307 aa  91.3  3e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4254  phage integrase family protein  28.88 
 
 
421 aa  83.6  0.000000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.0265726 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4540  transposase A  24.65 
 
 
361 aa  83.2  0.000000000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0047  integrase family protein  27.95 
 
 
314 aa  82.8  0.000000000000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.456307  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1224  Tn554, transposase A  25.56 
 
 
361 aa  80.9  0.00000000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0995985  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1347  Tn554, transposase A  25.56 
 
 
361 aa  80.9  0.00000000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.444384  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2506  transposase A  25.56 
 
 
361 aa  80.9  0.00000000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0043  phage integrase family protein  25.56 
 
 
361 aa  80.9  0.00000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  26.13 
 
 
295 aa  80.9  0.00000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1751  phage integrase family protein  25.56 
 
 
361 aa  80.9  0.00000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.252007  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0043  phage integrase family protein  25.56 
 
 
361 aa  80.9  0.00000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1717  phage integrase family protein  25.56 
 
 
361 aa  80.9  0.00000000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1450  integrase family protein  27.91 
 
 
299 aa  80.1  0.00000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00858396  normal  0.734684 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0863  phage integrase family protein  29.14 
 
 
313 aa  80.1  0.00000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  24.57 
 
 
297 aa  79.7  0.00000000000008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4150  integrase family protein  26.67 
 
 
373 aa  77.4  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.333103 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0986  Tn554-related, transposase A  21.45 
 
 
384 aa  76.6  0.0000000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.061254  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1466  Tn554-related, transposase A  23.85 
 
 
370 aa  74.7  0.000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000354684  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20700  site-specific recombinase, integrase family  25.8 
 
 
395 aa  74.3  0.000000000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1023  tyrosine recombinase XerC subunit  24.27 
 
 
307 aa  74.7  0.000000000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.554982  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0918  integrase  24.02 
 
 
307 aa  74.7  0.000000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.0200604 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11080  phage integrase family protein  24.12 
 
 
310 aa  72.4  0.00000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0105178  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0401  integrase family protein  22.86 
 
 
310 aa  72  0.00000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5287  phage integrase domain/SAM domain-containing protein  25.36 
 
 
495 aa  72  0.00000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.970641  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4577  phage integrase domain/SAM domain-containing protein  25.36 
 
 
495 aa  72  0.00000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  23.69 
 
 
295 aa  70.9  0.00000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0455  phage integrase family protein  27.48 
 
 
349 aa  70.5  0.00000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3589  phage integrase family protein  27.48 
 
 
349 aa  70.5  0.00000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0127182 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5497  phage integrase family protein  27.48 
 
 
349 aa  70.5  0.00000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.052501 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5980  phage integrase family protein  25.95 
 
 
364 aa  70.5  0.00000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.409193 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1704  phage integrase family protein  25.95 
 
 
364 aa  70.5  0.00000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.91638 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5577  phage integrase  25.6 
 
 
344 aa  69.7  0.00000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  25.56 
 
 
295 aa  69.3  0.0000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2147  phage integrase family protein  23.2 
 
 
367 aa  69.3  0.0000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1113  phage integrase family protein  25.82 
 
 
364 aa  68.2  0.0000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0671879  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  24.46 
 
 
295 aa  67.8  0.0000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4696  integrase family protein  25.31 
 
 
306 aa  67.8  0.0000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2497  integrase family protein  22.49 
 
 
308 aa  67.8  0.0000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3929  phage integrase domain/SAM domain-containing protein  23.23 
 
 
463 aa  67.8  0.0000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.050158  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1178  tyrosine recombinase XerC subunit  22.26 
 
 
300 aa  67.4  0.0000000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1560  tyrosine recombinase XerD  30.54 
 
 
331 aa  66.6  0.0000000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.736869  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5431  tyrosine recombinase XerD  27.08 
 
 
299 aa  66.2  0.0000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.060431  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1687  tyrosine recombinase XerD subunit  24.15 
 
 
314 aa  66.6  0.0000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0678  tyrosine recombinase XerD  25 
 
 
294 aa  66.6  0.0000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0265142 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0478  integrase family protein  24.16 
 
 
312 aa  66.2  0.0000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2585  integrase family protein  26.52 
 
 
324 aa  65.5  0.000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  25.53 
 
 
295 aa  65.9  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4728  integrase family protein  26.52 
 
 
324 aa  65.5  0.000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2670  integrase family protein  26.52 
 
 
324 aa  65.5  0.000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4009  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.16 
 
 
303 aa  65.1  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3873  site-specific tyrosine recombinase XerC  22.22 
 
 
299 aa  65.1  0.000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00557083  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2169  tyrosine recombinase XerD  24.77 
 
 
298 aa  64.7  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.167772  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3590  site-specific tyrosine recombinase XerC  22.22 
 
 
299 aa  65.1  0.000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0796955  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3878  site-specific tyrosine recombinase XerC  22.22 
 
 
299 aa  64.7  0.000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000107327  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.71 
 
 
298 aa  65.1  0.000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0543  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.16 
 
 
303 aa  65.1  0.000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0207  site-specific tyrosine recombinase XerC  25.16 
 
 
303 aa  65.1  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.279091  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0688  integrase family protein  24.85 
 
 
336 aa  64.7  0.000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3572  site-specific tyrosine recombinase XerC  22.22 
 
 
299 aa  64.7  0.000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000685052  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1554  tyrosine recombinase XerD  23.08 
 
 
295 aa  64.7  0.000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0884  integrase  24.77 
 
 
302 aa  64.7  0.000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.161871  hitchhiker  0.000000000000894527 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3843  site-specific tyrosine recombinase XerC  22.22 
 
 
299 aa  64.7  0.000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.27577e-62 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1457  tyrosine recombinase XerD  25.38 
 
 
292 aa  64.3  0.000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0432704  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0106  phage integrase family protein  22.54 
 
 
295 aa  64.3  0.000000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1585  tyrosine recombinase XerD  23.08 
 
 
295 aa  64.7  0.000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3929  site-specific tyrosine recombinase XerC  22.22 
 
 
299 aa  63.9  0.000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000313294  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3433  phage integrase family protein  25.67 
 
 
345 aa  64.3  0.000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3654  site-specific tyrosine recombinase XerC  22.22 
 
 
301 aa  63.9  0.000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000489449  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2567  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.78 
 
 
313 aa  64.3  0.000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.615759 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1906  integrase family protein  23.53 
 
 
295 aa  63.9  0.000000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.713326  normal  0.217947 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1314  site-specific tyrosine recombinase XerC  22.22 
 
 
299 aa  63.5  0.000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000019497  unclonable  8.39468e-26 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1003  tyrosine recombinase XerD subunit  22.74 
 
 
302 aa  63.9  0.000000005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.497558  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  24.22 
 
 
299 aa  63.5  0.000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1524  integrase family protein  22.52 
 
 
300 aa  63.5  0.000000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.681425  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1366  site-specific tyrosine recombinase XerC  23.81 
 
 
450 aa  63.5  0.000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00000415693  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3682  site-specific tyrosine recombinase XerC  21.9 
 
 
299 aa  63.2  0.000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.245295  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3969  site-specific tyrosine recombinase XerC  21.9 
 
 
299 aa  63.2  0.000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000391393  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1202  tyrosine recombinase XerC  24.54 
 
 
304 aa  63.2  0.000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3147  Tn554-related, transposase A  23.28 
 
 
372 aa  63.2  0.000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.85236  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2483  site-specific tyrosine recombinase XerC  22.86 
 
 
299 aa  63.2  0.000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000000855714  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0607  recombinase  25.71 
 
 
296 aa  63.2  0.000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>