172 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3006 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3006  deaminase AmnE, putative  100 
 
 		 144 aa  285  2e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0930395  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2887  endoribonuclease L-PSP  93.75 
 
 		 144 aa  270  6e-72  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00911045  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02286  TdcF  47.33 
 
 		 155 aa  131  3e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0861  endoribonuclease L-PSP  44.6 
 
 		 164 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.37845 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0810  endoribonuclease L-PSP  40.56 
 
 		 166 aa  118  3e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1722  endoribonuclease L-PSP  42.75 
 
 		 170 aa  114  5e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1381  endoribonuclease L-PSP  40.77 
 
 		 165 aa  109  1.0000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.63415  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0702  Endoribonuclease L-PSP  38.85 
 
 		 168 aa  101  4e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2630  endoribonuclease L-PSP  37.98 
 
 		 171 aa  85.1  3e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0084  Endoribonuclease L-PSP  31.25 
 
 		 237 aa  65.5  0.0000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0611865 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1409  endoribonuclease L-PSP  32.85 
 
 		 142 aa  59.7  0.00000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5211  2-aminomuconate deaminase  33.09 
 
 		 145 aa  57.4  0.00000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.236738  normal  0.188233 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0684  endoribonuclease L-PSP  32.54 
 
 		 138 aa  57  0.00000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.68249  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7642  endoribonuclease L-PSP  31.39 
 
 		 143 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.882993 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5138  endoribonuclease L-PSP  32.54 
 
 		 140 aa  55.8  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0310879 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1470  Endoribonuclease L-PSP  31.34 
 
 		 143 aa  55.5  0.0000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2009  endoribonuclease L-PSP  31.65 
 
 		 143 aa  55.8  0.0000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.673939  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1824  YjgF-like protein  29.79 
 
 		 132 aa  55.1  0.0000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.516822  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9111  endoribonuclease L-PSP  30.67 
 
 		 140 aa  54.7  0.0000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2582  endoribonuclease L-PSP  34.13 
 
 		 129 aa  54.3  0.0000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0603  putative endoribonuclease L-PSP  35.16 
 
 		 129 aa  53.9  0.0000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0150  endoribonuclease L-PSP  34.09 
 
 		 126 aa  53.9  0.0000006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000335683  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4146  endoribonuclease L-PSP  34.19 
 
 		 125 aa  53.9  0.0000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.126381  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0067  Endoribonuclease L-PSP  30.47 
 
 		 244 aa  53.9  0.0000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1336  endoribonuclease L-PSP  33.07 
 
 		 125 aa  53.1  0.000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0387  endoribonuclease L-PSP  31.78 
 
 		 126 aa  53.5  0.000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000500244 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3522  endoribonuclease L-PSP  34.71 
 
 		 143 aa  52.8  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.270203 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1711  endoribonuclease L-PSP  37.86 
 
 		 130 aa  52.4  0.000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.38982  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1134  endoribonuclease L-PSP  30.47 
 
 		 126 aa  52.8  0.000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0496  endoribonuclease L-PSP  34.41 
 
 		 124 aa  52.8  0.000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000921293  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0720  endoribonuclease L-PSP  32.31 
 
 		 129 aa  52  0.000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0884731  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5501  endoribonuclease L-PSP  32.35 
 
 		 143 aa  52  0.000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16660  endoribonuclease L-PSP  36.22 
 
 		 127 aa  51.6  0.000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.594587 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1033  putative endoribonuclease L-PSP  33.61 
 
 		 124 aa  50.8  0.000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07405  Endoribonuclease L-PSP  29.75 
 
 		 141 aa  50.8  0.000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5203  putative 2-aminomuconate deaminase  35.96 
 
 		 147 aa  50.4  0.000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0761064  normal  0.126492 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2387  endoribonuclease L-PSP  32.81 
 
 		 124 aa  50.8  0.000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6508  endoribonuclease L-PSP  35.66 
 
 		 127 aa  50.8  0.000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0109  endoribonuclease L-PSP  33.07 
 
 		 140 aa  49.7  0.00001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.748315  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0192  endoribonuclease L-PSP  32.56 
 
 		 125 aa  49.7  0.00001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1148  2-aminomuconate deaminase  36.26 
 
 		 145 aa  49.7  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.135879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4213  endoribonuclease L-PSP  29.55 
 
 		 137 aa  50.1  0.00001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.381709  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0972  YjgF-like protein  31.5 
 
 		 130 aa  48.9  0.00002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.00459079  normal  0.578034 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1831  putative 2-aminomuconate deaminase  30.83 
 
 		 132 aa  49.3  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.502241 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0617  Endoribonuclease L-PSP  29.23 
 
 		 131 aa  49.7  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0561  endoribonuclease L-PSP  28.8 
 
 		 133 aa  49.3  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0734  endoribonuclease L-PSP, putative  31.54 
 
 		 133 aa  48.5  0.00003  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3922  endoribonuclease L-PSP  27.73 
 
 		 126 aa  48.5  0.00003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1208  putative endoribonuclease L-PSP  30.28 
 
 		 117 aa  48.5  0.00003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1777  endoribonuclease L-PSP  30.51 
 
 		 125 aa  48.1  0.00004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3523  endoribonuclease L-PSP  31.45 
 
 		 154 aa  48.1  0.00004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0245  endoribonuclease L-PSP  33.07 
 
 		 126 aa  48.1  0.00004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.836469  normal  0.336264 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1894  putative endoribonuclease L-PSP  32 
 
 		 125 aa  48.1  0.00004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.373962  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3601  endoribonuclease L-PSP, putative  30.95 
 
 		 134 aa  47.8  0.00006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0919  endoribonuclease L-PSP  33.86 
 
 		 126 aa  47.4  0.00007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.13854 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1940  putative endoribonuclease L-PSP  33.62 
 
 		 128 aa  47.4  0.00007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.049388  hitchhiker  0.000000582392 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4742  putative endoribonuclease L-PSP  31.62 
 
 		 128 aa  47  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1052  endoribonuclease L-PSP, putative  32.29 
 
 		 125 aa  47  0.00008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0968171  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4711  putative endoribonuclease L-PSP  31.62 
 
 		 128 aa  47  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.44833  normal  0.31675 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4840  putative endoribonuclease L-PSP  31.62 
 
 		 128 aa  47  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4805  putative endoribonuclease L-PSP  31.62 
 
 		 128 aa  47  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.163261  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4861  putative endoribonuclease L-PSP  31.62 
 
 		 128 aa  47  0.00008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02980  predicted L-PSP (mRNA) endoribonuclease  32.77 
 
 		 129 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3200  Endoribonuclease L-PSP  28.83 
 
 		 215 aa  46.6  0.0001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0172022  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0590  endoribonuclease L-PSP  32.77 
 
 		 129 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0418  endoribonuclease L-PSP  31.62 
 
 		 128 aa  46.2  0.0001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.891288  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1288  YjgF family translation initiation inhibitor  30.71 
 
 		 128 aa  46.6  0.0001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.633e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02931  hypothetical protein  32.77 
 
 		 129 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3244  hypothetical protein  32.77 
 
 		 129 aa  46.6  0.0001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.536174  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4350  Endoribonuclease L-PSP  35.38 
 
 		 133 aa  47  0.0001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1663  endoribonuclease L-PSP  27.2 
 
 		 142 aa  46.6  0.0001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4426  hypothetical protein  32.77 
 
 		 129 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0305727 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3301  hypothetical protein  32.77 
 
 		 129 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3587  hypothetical protein  32.77 
 
 		 129 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3898  endoribonuclease L-PSP  29.85 
 
 		 142 aa  46.6  0.0001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.216978 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0585  hypothetical protein  32.77 
 
 		 129 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3409  hypothetical protein  32.77 
 
 		 129 aa  46.6  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2235  endoribonuclease L-PSP, putative  31.25 
 
 		 126 aa  45.4  0.0002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00087243  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1512  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 128 aa  45.8  0.0002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0871  putative endoribonuclease L-PSP  35.9 
 
 		 150 aa  45.8  0.0002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0915568  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0614  putative endoribonuclease L-PSP  28.57 
 
 		 127 aa  46.2  0.0002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1258  putative endoribonuclease L-PSP  29.46 
 
 		 126 aa  45.8  0.0002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.768034  normal  0.325919 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4079  putative endoribonuclease L-PSP  33.07 
 
 		 127 aa  45.8  0.0002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1176  putative endoribonuclease L-PSP  32.31 
 
 		 130 aa  45.4  0.0002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5535  Endoribonuclease L-PSP  28.87 
 
 		 131 aa  45.8  0.0002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.261772  normal  0.030433 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0106  endoribonuclease L-PSP  31.5 
 
 		 127 aa  45.8  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2009  endoribonuclease L-PSP  29.13 
 
 		 129 aa  45.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6129  endoribonuclease L-PSP  30 
 
 		 117 aa  45.4  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.409916  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3120  endoribonuclease L-PSP  32.48 
 
 		 116 aa  45.4  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1300  YjgF-like protein  31.82 
 
 		 130 aa  45.1  0.0003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00325157  normal  0.10412 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1955  endoribonuclease L-PSP  32.22 
 
 		 130 aa  45.4  0.0003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0042  putative endoribonuclease L-PSP  28.35 
 
 		 124 aa  45.1  0.0003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0493131  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0052  putative endoribonuclease L-PSP  28.35 
 
 		 124 aa  44.7  0.0004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000180566  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0815  endoribonuclease L-PSP  32.18 
 
 		 132 aa  45.1  0.0004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0809  endoribonuclease L-PSP  31.9 
 
 		 124 aa  44.3  0.0005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_51902  maintenance of mitochondrial DNA  29.82 
 
 		 109 aa  44.3  0.0005  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03082  hypothetical protein  31.9 
 
 		 148 aa  44.3  0.0006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_920  translation initiation inhibitor, yjgF family  31.3 
 
 		 138 aa  44.3  0.0006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000322084  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5264  putative endoribonuclease L-PSP  31.11 
 
 		 124 aa  43.9  0.0007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.574263  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0127  translation initiation inhibitor (endoribonuclease L-PSP)  31.62 
 
 		 129 aa  43.9  0.0007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>