141 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_0861 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_0861  endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 164 aa  332  1e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.37845 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02286  TdcF  67.79 
 
 		 155 aa  203  1e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0810  endoribonuclease L-PSP  54.6 
 
 		 166 aa  166  1e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0702  Endoribonuclease L-PSP  50.69 
 
 		 168 aa  139  1.9999999999999998e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1722  endoribonuclease L-PSP  46.9 
 
 		 170 aa  131  5e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3006  deaminase AmnE, putative  44.6 
 
 		 144 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0930395  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2887  endoribonuclease L-PSP  44.29 
 
 		 144 aa  127  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00911045  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1381  endoribonuclease L-PSP  46.81 
 
 		 165 aa  118  3.9999999999999996e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.63415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2630  endoribonuclease L-PSP  47.29 
 
 		 171 aa  105  2e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0084  Endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 237 aa  73.9  0.000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0611865 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0067  Endoribonuclease L-PSP  40.71 
 
 		 244 aa  71.2  0.000000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0691  Endoribonuclease L-PSP  36.56 
 
 		 116 aa  58.5  0.00000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5211  2-aminomuconate deaminase  35.48 
 
 		 145 aa  57.8  0.00000007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.236738  normal  0.188233 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3200  Endoribonuclease L-PSP  30.09 
 
 		 215 aa  57.8  0.00000007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0172022  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0109  endoribonuclease L-PSP  38.17 
 
 		 140 aa  57.4  0.00000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.748315  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0416  endoribonuclease L-PSP  33.85 
 
 		 143 aa  54.7  0.0000006  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0920711 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1148  2-aminomuconate deaminase  33.33 
 
 		 145 aa  53.9  0.0000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.135879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5203  putative 2-aminomuconate deaminase  38.54 
 
 		 147 aa  53.9  0.0000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0761064  normal  0.126492 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6185  endoribonuclease L-PSP  36.09 
 
 		 149 aa  53.9  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.89906  normal  0.555721 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1940  putative endoribonuclease L-PSP  38.79 
 
 		 128 aa  52.8  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.049388  hitchhiker  0.000000582392 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2960  putative endoribonuclease L-PSP  39.83 
 
 		 129 aa  52.4  0.000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1033  putative endoribonuclease L-PSP  35.59 
 
 		 124 aa  50.8  0.000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0937  endoribonuclease L-PSP  35.34 
 
 		 171 aa  50.8  0.000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2929  Endoribonuclease L-PSP  31.2 
 
 		 115 aa  50.4  0.00001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.15841  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2710  putative endoribonuclease L-PSP  30.53 
 
 		 131 aa  49.3  0.00002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9111  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 140 aa  49.7  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2372  endoribonuclease L-PSP  28.21 
 
 		 127 aa  49.3  0.00002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.675716  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0931  endoribonuclease L-PSP  36.75 
 
 		 125 aa  49.3  0.00003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000470161  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5138  endoribonuclease L-PSP  32.26 
 
 		 140 aa  48.5  0.00004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0310879 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1336  endoribonuclease L-PSP  34.19 
 
 		 125 aa  48.5  0.00004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_920  translation initiation inhibitor, yjgF family  35.04 
 
 		 138 aa  48.5  0.00004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000322084  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0418  endoribonuclease L-PSP  33.05 
 
 		 128 aa  48.5  0.00004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.891288  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3761  hypothetical protein  27.69 
 
 		 117 aa  48.1  0.00006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1030  Endoribonuclease L-PSP  32.61 
 
 		 135 aa  47.8  0.00006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.308966  normal  0.703887 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5501  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 143 aa  47.8  0.00007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1409  endoribonuclease L-PSP  26.09 
 
 		 142 aa  47.4  0.00008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1176  putative endoribonuclease L-PSP  37.21 
 
 		 130 aa  47.4  0.00009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07405  Endoribonuclease L-PSP  32.26 
 
 		 141 aa  47.4  0.00009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44200  hypothetical protein  31.91 
 
 		 117 aa  47  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000922317  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2599  putative endoribonuclease L-PSP  30.53 
 
 		 131 aa  47.4  0.0001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000321897 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3266  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 128 aa  47  0.0001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.898778  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1288  YjgF family translation initiation inhibitor  37.93 
 
 		 128 aa  46.2  0.0002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.633e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4146  endoribonuclease L-PSP  30 
 
 		 125 aa  46.2  0.0002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.126381  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2061  endoribonuclease L-PSP  25 
 
 		 132 aa  45.8  0.0002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.199882 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2756  putative endoribonuclease L-PSP  29.77 
 
 		 131 aa  46.2  0.0002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00188195  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2009  endoribonuclease L-PSP  31.87 
 
 		 143 aa  46.6  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.673939  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET1052  endoribonuclease L-PSP, putative  38.46 
 
 		 125 aa  45.8  0.0003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0968171  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0496  endoribonuclease L-PSP  35.38 
 
 		 124 aa  45.8  0.0003  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000921293  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3898  endoribonuclease L-PSP  27.96 
 
 		 142 aa  45.4  0.0003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.216978 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1439  endoribonuclease L-PSP  34.41 
 
 		 135 aa  45.4  0.0003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.534154  normal  0.776942 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1575  hypothetical protein  33.33 
 
 		 131 aa  45.4  0.0004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1824  YjgF-like protein  30.65 
 
 		 132 aa  45.1  0.0004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.516822  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0041  endoribonuclease L-PSP  34.17 
 
 		 124 aa  45.1  0.0004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7642  endoribonuclease L-PSP  29.03 
 
 		 143 aa  45.1  0.0005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.882993 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0734  endoribonuclease L-PSP, putative  35.38 
 
 		 133 aa  44.7  0.0005  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0365  endoribonuclease L-PSP  32.2 
 
 		 128 aa  45.1  0.0005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0277  endoribonuclease L-PSP, putative  33.91 
 
 		 120 aa  45.1  0.0005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1523  endoribonuclease L-PSP  32.06 
 
 		 128 aa  45.1  0.0005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.383106 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1582  endoribonuclease L-PSP  32.37 
 
 		 128 aa  45.1  0.0005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.193118 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4261  endoribonuclease L-PSP  33.85 
 
 		 122 aa  45.1  0.0005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.165406 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6129  endoribonuclease L-PSP  34.83 
 
 		 117 aa  44.7  0.0006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.409916  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3109  endoribonuclease L-PSP  31.03 
 
 		 123 aa  44.3  0.0007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0400559 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4936  endoribonuclease L-PSP  27.33 
 
 		 150 aa  44.3  0.0007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.309405  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0282  Endoribonuclease L-PSP  33.7 
 
 		 128 aa  44.3  0.0007  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0662893  normal  0.101063 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3876  Endoribonuclease L-PSP  29.67 
 
 		 127 aa  44.3  0.0007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.873675  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3120  endoribonuclease L-PSP  38.46 
 
 		 116 aa  44.3  0.0008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3740  endoribonuclease L-PSP  30.11 
 
 		 127 aa  44.3  0.0008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1470  Endoribonuclease L-PSP  29.03 
 
 		 143 aa  43.9  0.0009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0250  endoribonuclease L-PSP  29.32 
 
 		 173 aa  43.5  0.001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0230  YjgF-like protein protein  35.34 
 
 		 135 aa  43.9  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2335  endoribonuclease L-PSP  31.62 
 
 		 127 aa  43.5  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3523  endoribonuclease L-PSP  29.03 
 
 		 154 aa  43.5  0.001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0445  putative endoribonuclease L-PSP  30.51 
 
 		 128 aa  43.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.013198 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0043  endoribonuclease L-PSP  32.2 
 
 		 124 aa  43.9  0.001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00285503  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1312  putative endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 128 aa  43.5  0.001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0434  putative endoribonuclease L-PSP  32.2 
 
 		 128 aa  43.9  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0498  endoribonuclease L-PSP  32.2 
 
 		 128 aa  43.9  0.001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0150  endoribonuclease L-PSP  33.7 
 
 		 126 aa  43.5  0.001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000335683  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02980  predicted L-PSP (mRNA) endoribonuclease  31.36 
 
 		 129 aa  42.7  0.002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0590  endoribonuclease L-PSP  31.36 
 
 		 129 aa  42.7  0.002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2467  endoribonuclease L-PSP  29.01 
 
 		 131 aa  42.4  0.002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000783764  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02931  hypothetical protein  31.36 
 
 		 129 aa  42.7  0.002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0174  endoribonuclease L-PSP  36.52 
 
 		 125 aa  42.7  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.282996 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1258  putative endoribonuclease L-PSP  31.54 
 
 		 126 aa  43.1  0.002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.768034  normal  0.325919 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4840  Endoribonuclease L-PSP  32.56 
 
 		 130 aa  42.4  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3301  hypothetical protein  31.36 
 
 		 129 aa  42.7  0.002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3587  hypothetical protein  31.36 
 
 		 129 aa  43.1  0.002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1663  Endoribonuclease L-PSP  31.36 
 
 		 140 aa  42.7  0.002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.526711  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0585  hypothetical protein  31.36 
 
 		 129 aa  42.7  0.002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3409  hypothetical protein  31.36 
 
 		 129 aa  42.7  0.002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2706  putative endoribonuclease L-PSP  29.01 
 
 		 131 aa  42.7  0.002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000241959 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3244  hypothetical protein  31.36 
 
 		 129 aa  42.7  0.002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.536174  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00762  endoribonuclease L-PSP family protein  30.08 
 
 		 127 aa  42.7  0.002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4426  hypothetical protein  31.36 
 
 		 129 aa  42.7  0.002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0305727 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2726  endoribonuclease L-PSP, putative  29.01 
 
 		 131 aa  42.4  0.003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000401402  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0684  endoribonuclease L-PSP  29.03 
 
 		 138 aa  42.4  0.003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.68249  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3572  endoribonuclease L-PSP  30.51 
 
 		 128 aa  42.4  0.003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0317  putative endoribonuclease L-PSP  36.96 
 
 		 84 aa  42.4  0.003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1878  endoribonuclease L-PSP  34.88 
 
 		 125 aa  42.4  0.003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5421  endoribonuclease L-PSP  32.06 
 
 		 133 aa  42.4  0.003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>