More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1575 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1575  hypothetical protein  100 
 
 		 131 aa  269  9e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1979  Endoribonuclease L-PSP  88.52 
 
 		 122 aa  216  1e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1649  Endoribonuclease L-PSP  87.7 
 
 		 122 aa  214  2.9999999999999998e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.11505  normal  0.123115 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1158  endoribonuclease L-PSP  69.49 
 
 		 120 aa  160  5.0000000000000005e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0195416  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1273  endoribonuclease L-PSP  68.97 
 
 		 120 aa  157  4e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3771  Endoribonuclease L-PSP  59.13 
 
 		 117 aa  141  4e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2329  endoribonuclease L-PSP  56.78 
 
 		 127 aa  130  3.9999999999999996e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1369  hypothetical protein  56.64 
 
 		 133 aa  130  5e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1560  endoribonuclease L-PSP  55.75 
 
 		 117 aa  130  5e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3910  endoribonuclease L-PSP  55.93 
 
 		 116 aa  126  1.0000000000000001e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.119462  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1397  endoribonuclease L-PSP  54.87 
 
 		 117 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0150121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1781  endoribonuclease L-PSP  54.87 
 
 		 140 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.316896  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0990  endoribonuclease L-PSP  54.87 
 
 		 117 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00403793  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1357  endoribonuclease L-PSP  54.87 
 
 		 117 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.430779  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1450  endoribonuclease L-PSP  54.87 
 
 		 117 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.000258277  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1472  endoribonuclease L-PSP  54.87 
 
 		 117 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.155856  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1708  putative endoribonuclease L-PSP  55.26 
 
 		 117 aa  124  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2758  Endoribonuclease L-PSP  53.1 
 
 		 117 aa  124  5e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1732  putative endoribonuclease L-PSP  53.45 
 
 		 117 aa  123  8.000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.125289  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1886  L-PSP family endoribonuclease  53.45 
 
 		 141 aa  123  8.000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0683608  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0205  hypothetical protein  53.45 
 
 		 117 aa  123  9e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0197898  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1099  hypothetical protein  53.45 
 
 		 117 aa  123  9e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.130213  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1543  hypothetical protein  53.45 
 
 		 117 aa  123  9e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0959  putative endoribonuclease L-PSP  53.45 
 
 		 117 aa  123  9e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0541904  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4613  endoribonuclease L-PSP  53.98 
 
 		 117 aa  122  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00014505  normal  0.903485 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3455  endoribonuclease L-PSP  51.33 
 
 		 117 aa  120  5e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2598  L-PSP family endoribonuclease  53.51 
 
 		 117 aa  120  7e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0334  endoribonuclease L-PSP  51.75 
 
 		 114 aa  118  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0946724 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0936  endoribonuclease L-PSP  50 
 
 		 118 aa  117  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.453794 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2929  Endoribonuclease L-PSP  49.56 
 
 		 115 aa  115  1.9999999999999998e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.15841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2018  endoribonuclease L-PSP  53.1 
 
 		 114 aa  115  1.9999999999999998e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.711263  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2407  hypothetical protein  53.1 
 
 		 114 aa  115  1.9999999999999998e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000841178  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2129  endoribonuclease L-PSP  53.1 
 
 		 114 aa  115  1.9999999999999998e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4020  endoribonuclease L-PSP  49.12 
 
 		 119 aa  113  7.999999999999999e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.620706  normal  0.517505 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4389  Endoribonuclease L-PSP  49.12 
 
 		 119 aa  113  7.999999999999999e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.276873 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2737  putative ssRNA endoribonuclease L-PSP  50.88 
 
 		 115 aa  112  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1775  endoribonuclease L-PSP  51.75 
 
 		 115 aa  112  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.634582  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01773  endoribonuclease L-PSP family  50.44 
 
 		 115 aa  113  1.0000000000000001e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.719379  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0653  translation inhibitor of mRNA  47.79 
 
 		 116 aa  113  1.0000000000000001e-24  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2469  endoribonuclease L-PSP  44.74 
 
 		 121 aa  111  4.0000000000000004e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.301714  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4921  endoribonuclease L-PSP  53.1 
 
 		 115 aa  110  5e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2759  hypothetical protein  49.57 
 
 		 119 aa  110  5e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1395  endoribonuclease L-PSP  50 
 
 		 115 aa  110  5e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0691  Endoribonuclease L-PSP  50.43 
 
 		 116 aa  110  5e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4502  Endoribonuclease L-PSP  49.12 
 
 		 119 aa  110  6e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.654756 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1242  hypothetical protein  50.44 
 
 		 114 aa  110  6e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1150  endoribonuclease L-PSP  50.44 
 
 		 114 aa  110  6e-24  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.710558  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2672  hypothetical protein  46.49 
 
 		 116 aa  109  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.35779  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2023  endoribonuclease L-PSP family protein  51.35 
 
 		 114 aa  108  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.201612  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1966  endoribonuclease L-PSP family protein  51.35 
 
 		 114 aa  108  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.533564  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1962  endoribonuclease L-PSP family protein  51.35 
 
 		 114 aa  108  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1309  endoribonuclease L-PSP family protein  51.35 
 
 		 114 aa  108  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.264768  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2886  Endoribonuclease L-PSP  47.79 
 
 		 114 aa  108  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1494  endoribonuclease L-PSP family protein  51.35 
 
 		 114 aa  108  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2936  hypothetical protein  48.67 
 
 		 113 aa  108  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0246  endoribonuclease L-PSP  49.12 
 
 		 116 aa  108  3e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0063  endoribonuclease L-PSP  48.28 
 
 		 117 aa  107  4.0000000000000004e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.819868  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1989  Endoribonuclease L-PSP  50 
 
 		 115 aa  108  4.0000000000000004e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4948  Endoribonuclease L-PSP  51.33 
 
 		 115 aa  107  6e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.439757  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4435  hypothetical protein  47.37 
 
 		 117 aa  107  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000622606 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1365  endoribonuclease L-PSP  47.79 
 
 		 114 aa  106  9.000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.798025  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2376  endoribonuclease L-PSP  48.25 
 
 		 114 aa  106  1e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.337804  normal  0.72291 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2764  endoribonuclease L-PSP  51.33 
 
 		 114 aa  106  1e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0880096  normal  0.0168064 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2626  Endoribonuclease L-PSP  46.9 
 
 		 114 aa  105  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.658895  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1174  endoribonuclease L-PSP  49.57 
 
 		 114 aa  105  3e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4265  Endoribonuclease L-PSP  47.79 
 
 		 116 aa  105  3e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4426  endoribonuclease L-PSP  44.54 
 
 		 122 aa  104  4e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0537399  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4474  endoribonuclease L-PSP  48.25 
 
 		 117 aa  104  4e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01767  hypothetical protein  49.55 
 
 		 114 aa  104  5e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.712473  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01779  hypothetical protein  49.55 
 
 		 114 aa  104  5e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.893197  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1834  Endoribonuclease L-PSP  49.55 
 
 		 115 aa  104  5e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00508894  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1824  endoribonuclease L-PSP  49.55 
 
 		 115 aa  104  5e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.208797  normal  0.387771 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1379  endoribonuclease L-PSP family protein  49.55 
 
 		 114 aa  104  5e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.618035  normal  0.177039 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2036  endoribonuclease L-PSP family protein  49.55 
 
 		 114 aa  104  5e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.818249  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2069  endoribonuclease L-PSP family protein  49.55 
 
 		 114 aa  104  5e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2536  endoribonuclease L-PSP family protein  49.55 
 
 		 114 aa  104  5e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0868618  normal  0.902173 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6077  hypothetical protein  50 
 
 		 117 aa  104  5e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1897  endoribonuclease L-PSP family protein  49.55 
 
 		 114 aa  104  5e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70010  hypothetical protein  50 
 
 		 117 aa  104  5e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0102  endoribonuclease L-PSP family protein  48.25 
 
 		 117 aa  102  1e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6409  endoribonuclease L-PSP  47.37 
 
 		 131 aa  102  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6642  endoribonuclease L-PSP  47.37 
 
 		 131 aa  102  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6240  endoribonuclease L-PSP  47.37 
 
 		 116 aa  102  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3317  hypothetical protein  44.74 
 
 		 117 aa  102  2e-21  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2622  endoribonuclease L-PSP  52.88 
 
 		 116 aa  101  3e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0236  endoribonuclease L-PSP  47.37 
 
 		 117 aa  101  4e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0725  Endoribonuclease L-PSP  46.49 
 
 		 116 aa  100  5e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.799959  normal  0.37819 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5466  endoribonuclease L-PSP  44.83 
 
 		 117 aa  99.4  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0275026 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2227  Endoribonuclease L-PSP  45.13 
 
 		 114 aa  99.8  1e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.39224  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3954  Endoribonuclease L-PSP  44.25 
 
 		 117 aa  99.4  1e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4149  endoribonuclease L-PSP  42.74 
 
 		 120 aa  99.4  1e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3393  endoribonuclease L-PSP  45.61 
 
 		 116 aa  99.8  1e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.308192 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2379  endoribonuclease L-PSP  47.75 
 
 		 114 aa  99  2e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2026  endoribonuclease L-PSP  46.96 
 
 		 118 aa  99.4  2e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.232751  normal  0.248157 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5822  hypothetical protein  48.67 
 
 		 116 aa  99  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47970  Endoribonuclease L-PSP family protein  46.49 
 
 		 117 aa  98.2  3e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67140  hypothetical protein  48.28 
 
 		 116 aa  98.2  4e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0926922  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0961  hypothetical protein  44.25 
 
 		 114 aa  97.4  5e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1019  hypothetical protein  44.25 
 
 		 114 aa  97.4  5e-20  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.301471  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2762  endoribonuclease L-PSP  42.37 
 
 		 121 aa  97.4  5e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>